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2023 Fiscal Year Annual Research Report

In-cell NMR studies of metalloproteins

Planned Research

Project AreaIntegrated Biometal Science: Research to Explore Dynamics of Metals in Cellular System
Project/Area Number 19H05773
Research InstitutionTokyo Metropolitan University

Principal Investigator

伊藤 隆  東京都立大学, 理学研究科, 教授 (80261147)

Project Period (FY) 2019-06-28 – 2024-03-31
Keywordsin-cell NMR / 金属結合タンパク質 / 立体構造 / 溶液NMR
Outline of Annual Research Achievements

様々な金属結合タンパク質についてin-cell NMR解析を行うための要素技術の研究を行っている.2023年度は特に,in-cell NMR解析技術の開発と,複合体形成やドメイン間相対配置の解析に資する常磁性NMR解析法の開発を行った.
「in-cell NMR解析技術の開発」については,不安定なタンパク質のin-cell NMR解析の研究を行った.Intrinsically Disordered Proteins (IDPs)はin-cell NMRの重要な標的であるが,細胞内で分解されるために解析が困難になる場合がある.様々なIDP試料の良好なin-cell NMRスペクトル取得を目指した.モデル試料として,KEAP1/NRF2系を用いた.NRF2は酸化還元ストレスに対応して,抗酸化酵素,金属結合タンパク質などの遺伝子の転写を制御している.NRF2のKEAP1結合領域(NRF2-NEH2)はIDPとしてふるまい,KEAP1存在下でユビキチン化されてプロテアソームで分解されるため,in-cell NMR解析が不可能であった.プロテアソーム阻害剤MG-132存在下でHeLa細胞を用いたNRF2-NEH2のin-cell NMR測定を行った結果良好なスペクトルが得られた.また内在性KEAP1との相互作用に由来するシグナルのブロードニングも観測した.MG-132は細胞内で不安定な他のタンパク質のin-cell NMR測定でも有効であった.
「複合体形成やドメイン間相対配置の解析に資する常磁性NMR解析法の開発」については,NMRによるFixL-FixJ二成分シグナル伝達系の構造解析を継続して進めた.ドメインの立体構造はNOE由来の距離情報を,ドメイン間相対配置は常磁性NMR情報を用いて立体構造計算を行った結果,X線結晶解析結果とは大きく異なる溶液構造を決定することができた.

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (26 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (3 results) Journal Article (3 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 3 results) Presentation (19 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 4 results) Book (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of Cambridge/University of Leicester(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University of Cambridge/University of Leicester
  • [Int'l Joint Research] Goethe University Frankfurt(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      Goethe University Frankfurt
  • [Int'l Joint Research] ETH Zurich(スイス)

    • Country Name
      SWITZERLAND
    • Counterpart Institution
      ETH Zurich
  • [Journal Article] Direct Observation of Membrane-Associated H-Ras in the Native Cellular Environment by In-Cell 19F-NMR Spectroscopy2023

    • Author(s)
      Masaomi Ikari,Hiromasa Yagi,Takuma Kasai,Kohsuke Inomata,Masahiro Ito,Kae Higuchi,Natsuko Matsuda,Yutaka Ito,Takanori Kigawa
    • Journal Title

      JACS Au

      Volume: 3 Pages: 1658-1669

    • DOI

      10.1021/jacsau.3c00108

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Structural insights into the complex of oncogenic KRas4BG12V and Rgl2, a RalA/B activator”2023

    • Author(s)
      Mishal Tariq,Teppei Ikeya,Naoyuki Togashi,Louise Fairall,Shun Kamei,Sannojah Mayooramurugan,Lauren R Abbott,Anab Hasan Carlos Bueno-Alejo,Sakura Sukegawa,Beatriz Romartinez-Alonso,Miguel Angel Muro Campillo,Andrew J. Hudson,Yutaka Ito,John W.R. Schwabe,Cyril Dominguez,Kayoko Tanaka
    • Journal Title

      Life Sci. Alliance

      Volume: 7 Pages: e202302080

    • DOI

      10.26508/lsa.202302080

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Interactions of the N- and C-Terminal SH3 Domains of Drosophila Drk with the Proline-Rich Peptides from Sos and Dos2023

    • Author(s)
      Sayeesh PM,Mayumi Iguchi,Yusuke Suemoto,Jin Inoue,Kohsuke Inomata,Teppei Ikeya,Yutaka Ito
    • Journal Title

      Int. J. Mol. Sci.

      Volume: 24 Pages: 14135

    • DOI

      10.3390/ijms241814135

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] NMR studies of multi-domain adaptor proteins in signal transduction pathways2024

    • Author(s)
      Yutaka Ito,Teppei Ikeya,Sayeesh P.M.,Mao Oide,Yuji Sugita, Hiroshima
    • Organizer
      TJ2024 (Taiwan-Japan NMR Symposium 2024)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] In-cell NMRを用いたKeap1-Nrf2系の解析2024

    • Author(s)
      伊藤 隆
    • Organizer
      NMRシンポジウム―環境応答の構造生物学
    • Invited
  • [Presentation] In-cell NMR studies of the Keap1-Nrf2 system2023

    • Author(s)
      Yutaka Ito,Mei Toyoda,Shiori Suehiro,Kaito Shima,Teppei Ikeya,Takafumi Suzuki,Masayuki Yamamoto,Kohsuke Inomata
    • Organizer
      Asia-Pacific Nuclear Magnetic Resonance (APNMR) 2023
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 多次元NMRの原理2023

    • Author(s)
      伊藤 隆
    • Organizer
      2023年度?本分光学会主催秋期セミナー「NMR分光法の基礎と応用」
    • Invited
  • [Presentation] Analysis of the mechanism underlying multivalent interactions between GRB2 and SOS1 and their LLPS using solution NMR2023

    • Author(s)
      Teppei Ikeya,Mao Oide,W. Ren,Keita Tateno,Takami Ando,Haruka Sugasawa,Yuji Sugita,Yutaka Ito
    • Organizer
      日本生物物理学会第61回年会
  • [Presentation] GRB2とSOS1による多価相互作用と液液相分離の溶液NMR解析2023

    • Author(s)
      池谷鉄兵,菅澤はるか,富樫直之,林 俊文,美川 務,杉田有治,伊藤 隆
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] In-cell NMRにおける細胞試料管理2023

    • Author(s)
      猪股晃介,豊田芽生,島 海翔,長峰萌華,末広志織,池谷鉄兵,鈴木隆史,山本雅之,伊藤 隆
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] Interaction of N-and C-terminal SH3 domains of Drosophila adapter protein Drk with Sos and Dos2023

    • Author(s)
      Sayeesh PM,Mayuki Iguchi,Haruka Sugasawa,Kahsuke Inomata,Teppei Ikeya,Yutaka Ito
    • Organizer
      The 19th European Magnetic Resonance Congress
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] In-cell NMRを用いたlinear diubiquitinの細胞内での立体構造解析2023

    • Author(s)
      屋部祥大,田岸亮馬,鴨志田一,美川 務,猪股晃介,池谷鉄兵,伊藤 隆
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] 異種核多次元NMRによる根粒菌マルチドメイン蛋白質FixJの立体構造解析2023

    • Author(s)
      大久保里佳,堀川皓央,伊藤かおり,菱倉直樹,渡邉吏輝,三島正規,猪股晃介,小手石泰康,澤井仁美,城 宣嗣,池谷鉄兵,伊藤 隆
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] Structural and dynamic studies on the Drosophila adapter Protein Drk” NMR討論会,横須賀,2023年11月7日2023

    • Author(s)
      Sayeesh PM,Mayumi Iguchi,Teppei Ikeya,Yutaka Ito
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] ストレス応答型の転写制御に関与するKeap1-Nrf2複合体のIn-cell NMR解析2023

    • Author(s)
      豊田芽生,猪股晃介,末広志織,島 海翔,長峰萌華,池谷鉄兵,鈴木隆史,山本雅之,伊藤 隆
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] 溶液NMRによるKRASとRGL2の相互作用の解析2023

    • Author(s)
      助川咲良,富樫直之,P.M. Sayeesh,菅澤はるか,猪股晃介,田仲加代子,伊藤 隆,池谷鉄兵
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] NMRピークの線形解析を用いたKRAS/RGL2RBD滴定データの定量化2023

    • Author(s)
      富樫直之,助川咲良,菅澤はるか,美川 務,猪股晃介,田仲加代子,伊藤 隆,池谷鉄兵
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] Drk蛋白質のN末端およびC末端SH3ドメインとSos/Dos由来ペプチドとの相互作用解析2023

    • Author(s)
      井口真由美,P.M. Sayeesh,池谷鉄兵,伊藤 隆
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] 溶液NMRによるUbiquitin C-terminal Hydrolase L3 (UCHL3)の構造・ダイナミクス解析2023

    • Author(s)
      宮田裕貴,菅澤はるか,猪股晃介,伊藤 隆,池谷鉄兵
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] GRB2とSOS1による多価相互作用の溶液NMR解析2023

    • Author(s)
      林 俊文,館野桂太,菅澤はるか,池谷鉄兵,伊藤 隆
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] 蛋白質の立体構造に対する分子クラウディングの影響の解析2023

    • Author(s)
      加藤聖人,Sayeesh PM,池谷鉄兵,伊藤 隆
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Presentation] NMRによるFixL-FixJ二成分シグナル伝達系の機能解析2023

    • Author(s)
      菱倉直樹,渡邉吏輝,大久保里佳,堀川皓央,伊藤かおり,三島正規,猪股晃介,小手石泰康,澤井仁美,城 宣嗣,池谷鉄兵,伊藤 隆
    • Organizer
      第62回NMR討論会
  • [Book] Integrated Structural Biology - Chapter 5: In-cell Structural Biology Through the Integration of Solution NMR Spectroscopy and Computational Science2023

    • Author(s)
      Y. Ito, T. Ikeya, K. Inomata
    • Total Pages
      404
    • Publisher
      Royal Society of Chemistry
    • ISBN
      978-1-83916-183-4

URL: 

Published: 2024-12-25  

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