• Search Research Projects
  • Search Researchers
  • How to Use
  1. Back to project page

2010 Fiscal Year Annual Research Report

π電子系の関与する生体エネルギー変換過程の理論とシミュレーション

Planned Research

Project AreaEmergence of highly elaborated pai-space and its function
Project/Area Number 20108017
Research InstitutionKyoto University

Principal Investigator

安藤 耕司  京都大学, 理学研究科, 准教授 (90281641)

Keywords電子移動 / プロトンポンプ / エネルギー変換 / 量子動力学 / 生体分子
Research Abstract

本研究では、生体分子中においてπ電子系が主要な寄与を示す量子移動諸過程の微視的機構を探るための基礎理論と分子シミュレーション手法を開発・応用し、これらが協同的に機能することで実現される生体エネルギー変換の動作原理を分子レベルで解明することを目的としている。具体的には、電子移動、酸素還元、プロトンポンプが協働する膜タンパクであるチトクロム酸化酵素の機能解明を大課題に設定し、そこへ至る小課題として、(1)銅イオン酸化還元中心の電子状態とダイナミクス、(2)プロトンポンプの経路探索と量子波束シミュレーション、などに関する基盤的研究を推進している。平成22年度の研究成果としては、タンパク質中の長距離電子移動経路解析の新手法の開発と応用、青色銅タンパク質活性中心の電子状態変化と構造再配置における配位子揺らぎ制御機構の解析、プロトンポンプの量子波束シミュレーション手法の開発と応用、原子価結合電子波束法の開発などについて進展があった。

  • Research Products

    (16 results)

All 2011 2010

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (12 results)

  • [Journal Article] Pathway analysis of super-exchange electronic couplings in electron transfer reactions using a multi-configuration self-consistent field method2011

    • Author(s)
      Nishioka and K. Ando
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 13 Pages: 7043-7059

    • DOI

      DOI:10.1039/C0CP01051K

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Dynamics of Proton Transfer and Vibrational Relaxation in Dilute Hydrofluoric Acid2011

    • Author(s)
      T. Joutsuka and K. Ando
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry A

      Volume: 115 Pages: 678-684

    • DOI

      DOI:10.1021/jp108413p

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hydration Structure in Dilute Hydrofluoric Acid2011

    • Author(s)
      T. Joutsuka and K. Ando
    • Journal Title

      Journal of Physical Chemistry A

      Volume: 115 Pages: 671-677

    • DOI

      DOI:10.1021/jp108147e

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The axial methionine ligand may control the redox reorganizations in the active site of blue copper proteins2010

    • Author(s)
      K.Ando
    • Journal Title

      Journal of Chemical Physics

      Volume: 133 Pages: 175101(1-9)

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] プロトン移動性分子結晶5-ブロモ-9-ヒドロキシフェナレノンの誘電物性に関する理論的研究2011

    • Author(s)
      大滝大樹・安藤耕司
    • Organizer
      日本物理学会 第66回年次大会
    • Place of Presentation
      新潟大学
    • Year and Date
      2011-03-23
  • [Presentation] 球状ガウス波束を用いた水の準量子的MDシミュレーション:水素結合の組み換えに伴う核の量子揺らぎのメカニズム2011

    • Author(s)
      小野純一・安藤耕司
    • Organizer
      スーパーコンピュータワークショップ2011
    • Place of Presentation
      自然科学研究機構 岡崎コンファレンスセンター
    • Year and Date
      2011-01-24
  • [Presentation] プロトン移動性分子結晶5-ブロモ-9-ヒドロキシフェナレノンの誘電物性に関する理論的研究2010

    • Author(s)
      大滝大樹・安藤耕司
    • Organizer
      第8回京都大学福井謙一記念研究センターシンポジウム
    • Place of Presentation
      京都大学福井謙一記念研究センター
    • Year and Date
      2010-12-03
  • [Presentation] Semiquantum molecular dynamics simulation of liquid water2010

    • Author(s)
      金賢得、安藤耕司
    • Organizer
      第24回分子シミュレーション討論会
    • Place of Presentation
      福井県県民ホール
    • Year and Date
      2010-11-24
  • [Presentation] 水の水素結合ダイナミクスにおける核の量子効果の理論的解析2010

    • Author(s)
      小野 純一・金 賢得・安藤 耕司
    • Organizer
      第33回溶液化学シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都大学百周年時計台記念館2階国際交流ホール
    • Year and Date
      2010-11-17
  • [Presentation] Pathway Analysis of Electron Tunneling through Protein Media Using Divide-and-Conquer Electronic Structure Calculation2010

    • Author(s)
      西岡宏任・安藤耕司
    • Organizer
      日本生物物理学会 第48回年会
    • Place of Presentation
      東北大学川内キャンパス
    • Year and Date
      2010-09-20
  • [Presentation] 準量子的分子動力学法による水の水素結合ダイナミクスの理論的解析2010

    • Author(s)
      小野 純一・金 賢得・安藤 耕司
    • Organizer
      第4回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪大学豊中キャンパス
    • Year and Date
      2010-09-17
  • [Presentation] 水溶液中の振動緩和とプロトン移動2010

    • Author(s)
      城塚達也・安藤耕司
    • Organizer
      第4回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪大学豊中キャンパス
    • Year and Date
      2010-09-17
  • [Presentation] 分割統治(DC)電子状態計算を用いた蛋白質中電子移動反応のトンネル経路解析2010

    • Author(s)
      西岡宏任・安藤耕司
    • Organizer
      第4回分子科学討論会
    • Place of Presentation
      大阪大学豊中キャンパス
    • Year and Date
      2010-09-16
  • [Presentation] Quantum effects on hydrogen-bond network dynamics in water2010

    • Author(s)
      安藤耕司
    • Organizer
      第26回化学反応討論会
    • Place of Presentation
      広島大学東広島キャンパス
    • Year and Date
      2010-06-02
  • [Presentation] 多配置SCF法を用いた電子移動反応のトンネル経路解析2010

    • Author(s)
      西岡宏任・安藤耕司
    • Organizer
      第13回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      北海道大学 学術交流会館
    • Year and Date
      2010-05-25
  • [Presentation] 希釈フッ化水素酸中の振動緩和とプロトン移動2010

    • Author(s)
      城塚達也・安藤耕司
    • Organizer
      第13回理論化学討論会
    • Place of Presentation
      北海道大学 学術交流会館
    • Year and Date
      2010-05-23

URL: 

Published: 2012-07-19  

Information User Guide FAQ News Terms of Use Attribution of KAKENHI

Powered by NII kakenhi