2011 Fiscal Year Annual Research Report
細胞内物流システム解明のためのイメージデータを基としたデジタル解析システムの開発
| Project Area | Intracellular logistics: interdisciplinary approaches to pathophysiology of membrane traffic |
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| Project/Area Number |
20113007
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
牧野内 昭武 独立行政法人理化学研究所, 先端基盤技術部門, 部門長 (80087460)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
横田 秀夫 独立行政法人理化学研究所, 生物情報基盤構築チーム, チームヘッド (00261206)
竹本 智子 独立行政法人理化学研究所, 生物情報基盤構築チーム, 特別研究員 (00450403)
吉澤 信 独立行政法人理化学研究所, 生物情報基盤構築チーム, 基幹研究所特別研究員 (10455371)
曽我 公平 東京理科大学, 基礎工学部, 教授 (50272399)
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| Keywords | 画像処理 / パターン認識 / 生体生命情報学 / アルゴリズム / 計測工学 |
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| Research Abstract |
本研究では、細胞内の様々な輸送経路の統括的理解を目指し、①細胞内物流システム解析に特化した画像処理アルゴリズムの研究・開発、②細胞生物学者に優しい画像処理計算ソフトウェアの研究・開発、③細胞内物流システムの長時間観察システムの開発・運用の３課題を実施している。特に平成23年度には、①②の目的を達成するため、提案した画像処理アルゴリズムを画像処理統合プラットフォーム上で動作させるための研究開発を実施した。これは、提案アルゴリズムを生物学研究者が容易に利用できることを目的に開発したものである。主に、3次元以上の情報をユーザーが容易に操作できるためのユーザーインターフェースを作成した。開発システムを使用者や使用環境によらず、より使いやすく堅牢なソフトウェアとするため、一部のコーディングは外注することによりシステムの品質を確保した。具体的には、画像処理統合プラットフォームであるVCAT5の改変と共に、繰り返しの定型作業を容易に実行するためのマクロ機能の開発を行った。マクロ機能として、VCAT5で操作した手順を記録すること、記録した手順をファイルとして出力すること、手順を編集すること、編集した手順を実効制御することの機能を開発した。開発したシステムは、VCAT5のプラグインとして実装することにより、ユーザーにとって利用のインターフェースの統一を図った。
また、開発プロットフォームを領域内の研究者に公開し、処理の問題点や使い勝手などの問題点を洗い出しを図った。本開発プロットフォームは、情報科学系研究者のコミュニティに公開し、画像処理アルゴリズムのプラグイン開発への参加を呼びかけた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
開発計画にあげたＶＣＡＴ５実行プラットフォームシステムの開発を実施し、細胞内ロジスティクスで目標としている生物内の物質輸送の解析が可能なソフトウエアを整備した。
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| Strategy for Future Research Activity |
本研究課題は平成２４年度が最終年度のため、記入しない。
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