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2010 Fiscal Year Annual Research Report

遺伝情報収納のダイナミクス

Planned Research

Project AreaThe physicochemical field for genetic activities
Project/Area Number 20114003
Research InstitutionWaseda University

Principal Investigator

大山 隆  早稲田大学, 教育・総合科学学術院, 教授 (60268513)

Keywordsゲノム / 染色体 / 細胞核 / クロマチン / DNA物性 / DNA高次構造 / 遺伝子発現 / 自己集合
Research Abstract

二つの大きな研究成果が得られた。(1)DNAの物理的性質と核の大きさによって間期染色体の基本的な構造が決まることをほぼ解明した。具体的には、DNAの物理的性質によりヌクレオソームの配置とリンカーDNAの拡がりが決まり、核の大きさによりリンカーDNAの拡がりの方向が決まることを解明した。また、この原理を用いて、出芽酵母の全染色体(16本)の間期核内構造を、10nmクロマチン繊維の折りたたみが識別できる分解能でモデル化した。さらに、全染色体が核内で共存している様子もモデル化した。なお、得られたモデルは2点間の空間距離に関して、これまでに報告されている全ての実験データとほぼ完全に一致し、その正確さが証明された。(2)ヌクレオソームに自己集合能があることが明らかになった。これまでに同じ塩基配列をもつDNA同士が選択的に相互作用すること(DNAが自己集合すること)を、我々のグループで解明していたが、今回、DNAがヌクレオソームを形成していても選択的相互作用が起きることが解明された。この現象は、原子間力顕微鏡を用いて明らかにされたものであるが、DNAの自己集合現象の場合と同様、生理的濃度のマグネシウムイオンの存在が必須であることも明らかになった。これらの成果は、いずれも遺伝情報がクロマチンという形をとって折り畳まれる際の基本原理または基本メカニズムに迫る内容であり、「遺伝情報場」の理解のために、当初計画した研究が順調に進捗していることを示している。

  • Research Products

    (23 results)

All 2011 2010

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (22 results)

  • [Journal Article] Competence of an artificial bent DNA as a transcriptional activator in mouse ES cells.2011

    • Author(s)
      Tanase, J., 中3名, Ohyama, T.
    • Journal Title

      Mol.Biol.Rep.

      Volume: 38 Pages: 37-47

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Structure of yeast interphase chromosomes and the genome folding principle2011

    • Author(s)
      Ohyama T., 中7名, Yamada S.
    • Organizer
      International Symposium on the Physicochemical Field for Genetic Activities
    • Place of Presentation
      Awaji
    • Year and Date
      2011-01-24
  • [Presentation] The prime determinants of interphase chromosome structures2011

    • Author(s)
      Kimura H., Shimooka Y., Nishikawa J., Miura O., Yamada S., Ohyama T.
    • Organizer
      International Symposium on the Physicochemical Field for Genetic Activities
    • Place of Presentation
      Awaji
    • Year and Date
      2011-01-24
  • [Presentation] Sequence-dependent selective interaction between nucleosomes2011

    • Author(s)
      Nishikawa J., Ohyama T.
    • Organizer
      International Symposium on the Physicochemical Field for Genetic Activities
    • Place of Presentation
      Awaji
    • Year and Date
      2011-01-24
  • [Presentation] ヌクレオソーム間の選択的相互作用2011

    • Author(s)
      西川純一、大山隆
    • Organizer
      第28回染色体ワークショップ
    • Place of Presentation
      加賀
    • Year and Date
      2011-01-12
  • [Presentation] 出芽酵母間期染色体の三次元構造とゲノム折り畳み原理2011

    • Author(s)
      木村元、下岡保俊、西川純一、三浦理、山田修司、大山隆
    • Organizer
      第28回染色体ワークショップ
    • Place of Presentation
      加賀
    • Year and Date
      2011-01-12
  • [Presentation] Three-dimensional architecture of chromatin fibers in the interphase nucleus2010

    • Author(s)
      Kimura H., Shimooka Y., Nishikawa J., Miura O., Yamada S. and Ohyama T.
    • Organizer
      The American Society for Cell Biology 50th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      Philadelphia
    • Year and Date
      20101200
  • [Presentation] Self-assembly of nucleosomes2010

    • Author(s)
      Nishikawa J. and Ohyama T.
    • Organizer
      The American Society for Cell Biology 50th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      Philadelphia
    • Year and Date
      20101200
  • [Presentation] S-like RNase gene expression in carnivorous plants2010

    • Author(s)
      Nishimura E., Horiuchi S., Nozaki N. and Ohyama T.
    • Organizer
      The American Society for Cell Biology 50th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      Philadelphia
    • Year and Date
      20101200
  • [Presentation] DNA flexibility maps of eukaryotic genomes2010

    • Author(s)
      Kimura H., Miura O., Arakawa J., Seki M., Yamada S., Ohyama T.
    • Organizer
      The American Society for Cell Biology 50th Annual Meeting
    • Place of Presentation
      Philadelphia
    • Year and Date
      2010-12-13
  • [Presentation] 間期クロマチンの三次元構造とゲノム収納の原理2010

    • Author(s)
      大山隆、木村元、下岡保俊、西川純一、三浦理、荒川潤、横尾岳大、関瑞穂
    • Organizer
      BMB2010ワークショップ「クロマチンと染色体の構造:学際的アプローチによる挑戦」
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-10
  • [Presentation] 間期クロマチン三次元構造の構築原理2010

    • Author(s)
      木村元、下岡保俊、西川純一、三浦理、大山隆
    • Organizer
      BMB2010第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-10
  • [Presentation] DNAの機械的特性と遺伝子機能2010

    • Author(s)
      三浦理、木村元、大山隆
    • Organizer
      BMB2010第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-09
  • [Presentation] メチル化DNAの高次構造と物性2010

    • Author(s)
      下岡保俊、杉山滋、大山隆
    • Organizer
      BMB2010第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-09
  • [Presentation] ヌクレオソームの自己集合2010

    • Author(s)
      西川純一、大山隆
    • Organizer
      BMB2010第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-09
  • [Presentation] 正の超らせんを擬態したベントDNA上に形成されるヌクレオソーム2010

    • Author(s)
      佐藤有吾、西川純一、駒知明、大山隆
    • Organizer
      BMB2010第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-09
  • [Presentation] 核内イオン環境の変化が細胞分化に及ぼす影響2010

    • Author(s)
      横尾岳大、松村祐紀、末盛博文、大山隆
    • Organizer
      BMB2010第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-09
  • [Presentation] 食虫植物のS-likeリボヌクレアーゼ:その発現様式と生物学的意義2010

    • Author(s)
      西村恵美、堀内沙織、漢那憲祐、野崎直仁、大山隆
    • Organizer
      BMB2010第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-08
  • [Presentation] ゲノムにおける物性の特異領域とその生物学的意義2010

    • Author(s)
      荒川潤、関瑞穂、木村元、大山隆
    • Organizer
      BMB2010第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-08
  • [Presentation] 人工ベントDNAにより活性化されたトランスジーンの核内局在2010

    • Author(s)
      宇田川紘司、棚瀬潤一、田辺秀之、大山隆
    • Organizer
      BMB2010第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-08
  • [Presentation] クロマチン構造の人為的改変による遺伝子の高効率発現2010

    • Author(s)
      棚瀬潤一、宇田川紘司、西川純一、大山隆
    • Organizer
      BMB2010第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2010-12-08
  • [Presentation] ヌクレオソームの自己集合2010

    • Author(s)
      西川純一, 浅野士郎, 大山隆
    • Organizer
      第9回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      修善寺
    • Year and Date
      2010-05-27
  • [Presentation] 食虫植物の生存戦略:環境応答遺伝子の転用とその発現のエピジェネティクス2010

    • Author(s)
      西村恵美、堀内沙織、漢那憲祐、野崎直仁、大山隆
    • Organizer
      第9回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      修善寺
    • Year and Date
      2010-05-27

URL: 

Published: 2012-07-19  

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