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2012 Fiscal Year Annual Research Report

1分子イメージングによる生命情報の「その場」計測

Planned Research

Project AreaThe physicochemical field for genetic activities
Project/Area Number 20114004
Research InstitutionTokyo Institute of Technology

Principal Investigator

徳永 万喜洋  東京工業大学, 生命理工学研究科, 教授 (00192659)

Project Period (FY) 2008-04-01 – 2013-03-31
Keywords1分子イメージング / 分子システム / その場計測 / 3次元イメージング / マルチカラーイメージング / HILO照明法 / 分子定量 / 遺伝情報場
Outline of Annual Research Achievements

1分子イメージング観察と力計測を用いて、染色体の局所領域に一過的に作られる特殊な構造と変化を明らかにすることを目的とした。鮮明な細胞内部の1分子イメージング法を用い、細胞核内外の分子動態・相互作用を、時空間の関数として可視化し、個々の時空間場で直接観察計測する1分子イメージング定量技術の特性を生かし、細胞内の「その場」計測を推進した。
多色同時蛍光1分子イメージング観察と定量法を最適化した仕様の顕微鏡を、既に構築済みのものを改良するとともに、新規技術開発を行った。RNA PolymeraseII・転写因子とその相互作用分子、クロマチンリモデリング因子、メチル化・アセチル化等修飾ヒストン等の核構造および構造制御分子に焦点をあて、複数色同時1分子イメージングを生きた細胞で展開した。また、多色蛍光同時1分子イメージング解析の新たな展開として、10nm分解能での分子間・分子内動態と相互作用の定量解析研究を行った。さらに、、DNA2重らせんの塩基対を引き離してゆくunzippingの1分子計測と分子動力学simulationを行った。分子動力学計算結果からエントロピーを解析し、二重らせん構造形成へのエントロピー寄与が大きいことを見出した。
これらにより、多色同時1分子イメージングによる核内分子の定量ナノ解析により、局所的局時的なイベントに基づく細胞システム“場”における分子動態・相互作用の特性が、多次元の定量情報相関で明らかにできることを示した。生細胞中の分子動態を10nmオーダー分解能で定量し、機能と分子ダイナミクスの関係を明らかにする道を拓いた。中程度の強さの非常に多数の相互作用の集積が関与して“場”を形成しており、相互作用の探索空間(状態数)の制御すなわちエントロピーの制御が、“場”の特性に大きな鍵を握っていることを示している。

Research Progress Status

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (17 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results) Presentation (15 results) (of which Invited: 4 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Vesnarinone Suppresses TNFα mRNA Expression by Inhibiting Valosin-containing Protein2013

    • Author(s)
      Hotta K.
    • Journal Title

      Mol Pharmacol

      Volume: 83 Pages: 930-938

    • DOI

      10.1124/mol.112.081935

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Single molecule imaging in living cells and stochastic features of inter- and intra-molecular interactions2013

    • Author(s)
      Makio Tokunaga
    • Organizer
      The 10th NIBB-EMBL Symposium 2013 “Quantitative Bioimaging”
    • Place of Presentation
      NIBB, Aichi, Japan
    • Year and Date
      2013-03-19
    • Invited
  • [Presentation] Single molecule imaging in living cells and stochastic features of inter- and intra-molecular interactions2013

    • Author(s)
      Makio Tokunaga
    • Organizer
      1st Bioscience and Biotechnology International symposium “Biomolecular assemblies from nano to micro”
    • Place of Presentation
      Titech, Kanagawa, Japan
    • Year and Date
      2013-01-30
    • Invited
  • [Presentation] エピジェネティック制御における核内アクチン骨格の関与の解析2012

    • Author(s)
      山崎祥
    • Organizer
      第30回染色体ワークショップ・第11回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      淡路夢舞台国際会議場(兵庫県)
    • Year and Date
      2012-12-19
  • [Presentation] 神経細胞における生体膜ラフトの動作メカニズムの解明2012

    • Author(s)
      戸田収
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場(福岡県)
    • Year and Date
      2012-12-12
  • [Presentation] 光で観る計る生体分子のダイナミックな姿2012

    • Author(s)
      徳永万喜洋
    • Organizer
      東大光量子科学研究センター・レーザーアライアンス合同シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京大学(東京都)
    • Year and Date
      2012-12-08
    • Invited
  • [Presentation] Imaging anaysis of Arp4beta mutants in ATP-binding site2012

    • Author(s)
      Naomichi Inaba
    • Organizer
      The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Nagoya Univ, Aichi, Japan
    • Year and Date
      2012-09-27
  • [Presentation] Single molecule analysis of T cell activation with stimulatory lipid bilayers by live cell imaging2012

    • Author(s)
      Yuma Ito
    • Organizer
      The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Nagoya Univ, Aichi, Japan
    • Year and Date
      2012-09-24
  • [Presentation] Quantitative analysis of changes in molecular dynamics of Arp4 upon transcriptional activation using single-molecule fluorescence imaging2012

    • Author(s)
      Katsuo Ichinomiya
    • Organizer
      The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Nagoya Univ, Aichi, Japan
    • Year and Date
      2012-09-24
  • [Presentation] Spatial-temporal dynamics of calcium signaling and organelles in T cell activation2012

    • Author(s)
      Masahiro Shimozawa
    • Organizer
      The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Nagoya Univ, Aichi, Japan
    • Year and Date
      2012-09-24
  • [Presentation] Dynamics of intracellular Ca2+ distribution measured by genetically encoded Ca2+ indicators2012

    • Author(s)
      Hirohumi Oyama
    • Organizer
      The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Nagoya Univ, Aichi, Japan
    • Year and Date
      2012-09-24
  • [Presentation] Quantitative analysis of single molecule imaging of physicochemical field for genetic activities2012

    • Author(s)
      Kumiko Sakata-Sogawa
    • Organizer
      The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan, Symposium
    • Place of Presentation
      Nagoya Univ, Aichi, Japan
    • Year and Date
      2012-09-23
    • Invited
  • [Presentation] GC and AT pairs show different entropic stabilization of DNA structures found in single-molecule mechanical unzipping2012

    • Author(s)
      Akihiro Fukagawa
    • Organizer
      The 50th Annual Meeting of the Biophysical Society of Japan
    • Place of Presentation
      Nagoya Univ, Aichi, Japan
    • Year and Date
      2012-09-22
  • [Presentation] Dynamics of Spatial-temporal regulation of inflammatory signaling by single molecule analysis2012

    • Author(s)
      Makio Tokunaga
    • Organizer
      Gordon Research Conference Single Molecule Approaches To Biology
    • Place of Presentation
      West Dover, Vermont, USA
    • Year and Date
      2012-07-18
  • [Presentation] Quantitative spatiotemoporal dynamics of T cell signaling using single molecule imaging2012

    • Author(s)
      Kumiko Sakata-Sogawa
    • Organizer
      Gordon Research Conference Single Molecule Approaches To Biology
    • Place of Presentation
      West Dover, Vermont, USA
    • Year and Date
      2012-07-18
  • [Presentation] Development of stimulatory lipid bilayer system for quantitative analysis of T cell activation by single molecule imaging2012

    • Author(s)
      Yuma Ito
    • Organizer
      Gordon Research Conference Single Molecule Approaches To Biology
    • Place of Presentation
      West Dover, Vermont, USA
    • Year and Date
      2012-07-18
  • [Remarks] 東京工業大学 生命理工学研究科 生命情報専攻 徳永・十川研究室

    • URL

      http://www.toku.bio.titech.ac.jp/

URL: 

Published: 2018-02-02  

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