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2012 Fiscal Year Annual Research Report

シミュレーションによる生命情報の場の再現

Planned Research

Project AreaThe physicochemical field for genetic activities
Project/Area Number 20114008
Research InstitutionNational Institute of Genetics

Principal Investigator

木村 暁  国立遺伝学研究所, 構造遺伝学研究センター, 准教授 (10365447)

Project Period (FY) 2008-04-01 – 2013-03-31
Keywords遺伝情報場 / コンピュータシミュレーション / 細胞核 / 線虫 / 染色体
Outline of Annual Research Achievements

線虫C. elegansの初期胚をモデルとして、細胞核内で遺伝情報を取り巻く環境について空間的視点から定量化し、遺伝情報場の理論を提唱することを目的とする。本研究では遺伝子収納の場である核の大きさに着目する。当該年度での成果は以下の通りである。
(1)線虫C. elegansの初期胚発生過程における細胞分裂期の染色体の凝縮について解析を行っている。前年度までに、線虫のみならずアフリカツメガエルの抽出液を用いた実験でも核の大きさと染色体の凝縮とに相関があることを見いだしていた。本年度は、これらの成果をまとめ論文投稿を行った。編集者および査読者にはおおむね好評だが、いくつかの追加実験・解析を要求されたため、これらの解析を遂行した(継続中)。
(2)線虫C. elegansの初期胚発生過程における染色体の動態を可視化・定量化した。胚発生に伴い核の大きさが減少するのに伴い、染色体の動態も変化することを見いだした。さらに、染色体動態の変化と相関があるクロマチンの変化を探索するため、ヒストンの修飾やヘテロクロマチン領域の形成の変化を解析した(ヒストンの修飾については新学術領域内の共同研究)。そして、これらの動態変化を説明づけるコンピュータシミュレーションの構築を行った。これらの研究は学会発表を行い、専門家からのフィードバックをうけ、現在論文投稿準備中である。

Research Progress Status

24年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

24年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (16 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 3 results) Remarks (4 results)

  • [Journal Article] 細胞分裂の力学的理解2013

    • Author(s)
      木村健二, 木村暁
    • Journal Title

      細胞工学

      Volume: 32 Pages: 280-284

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An allometric relationship between mitotic spindle width, spindle length, and ploidy in Caenorhabditis elegans embryos.2013

    • Author(s)
      Hara Y., Kimura A.
    • Journal Title

      Mol Biol. Cell

      Volume: 24 Pages: 1411-1419

    • DOI

      10.1091/mbc.E12-07-0528

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] What determines cell size?2012

    • Author(s)
      Marshall M.F., Young K.D., Swaffer M., Wood E., Nurse P., Kimura A., Frankel J., Wallingford J., Walbot V., Qu X. and Roeder A.H.K.
    • Journal Title

      BMC Biology

      Volume: 10 Pages: 101

    • DOI

      DOI:10.1186/1741-7007-10-101

  • [Journal Article] Localized accumulation of tubulin during semi-open mitosis in the Caenorhabditis elegans embryo.2012

    • Author(s)
      Hayashi H. et al.
    • Journal Title

      Mol. Biol. Cell

      Volume: 23 Pages: 1688-1699

    • DOI

      10.1091/mbc.E11-09-0815

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Lfng regulates the synchronized oscillation of the mouse segmentation clock via trans-repression of Notch signaling.2012

    • Author(s)
      Okubo Y. et al.
    • Journal Title

      Nat. Comm.

      Volume: 3 Pages: 1141

    • DOI

      10.1038/ncomms2133

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rab6 is required for the exocytosis of cortical granules and the recruitment of separase to the granules during the oocyte-to-embryo transition in Caenorhabditis elegans.2012

    • Author(s)
      Kimura K., Kimura A.
    • Journal Title

      J. Cell Sci.

      Volume: 125 Pages: 5897-5905

    • DOI

      10.1242/jcs.116400

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 細胞の建築を理解するための可視化・定量化―PIV解析を利用した細胞質流動の解析-2012

    • Author(s)
      庭山律哉他
    • Journal Title

      可視化情報学会誌

      Volume: 32 Pages: 20-25

  • [Presentation] Quantification of Size Scaling Relationship of the Mitotic Spindle in the Caenorhabditis elegans Embryo.2013

    • Author(s)
      木村 暁
    • Organizer
      The 10th NIBB-EMBL Symposium 2013
    • Place of Presentation
      岡崎コンファレンスセンター
    • Year and Date
      2013-03-17
    • Invited
  • [Presentation] Estimation of forces driving a cytoplasmic flow in the C. elegans embryo using data assimilation.2012

    • Author(s)
      木村 暁
    • Organizer
      2012 ASCB Annual Meeting.
    • Place of Presentation
      The Moscone Center, San Francisco, USA.
    • Year and Date
      2012-12-17
  • [Presentation] Allometric Scaling in the Mitotic Spindle.2012

    • Author(s)
      木村 暁
    • Organizer
      2012 ASCB Annual Meeting. Special Interest Subgroup E.
    • Place of Presentation
      The Moscone Center, San Francisco, USA.
    • Year and Date
      2012-12-15
    • Invited
  • [Presentation] A cellular funicular: one active force generation drives two directional organelle movements.2012

    • Author(s)
      木村 暁
    • Organizer
      The 50th Annual Meeting of the BSJ.
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2012-09-22
    • Invited
  • [Presentation] A systematic quantification of the width-length relationship of mitotic spindle during embryogenesis of Caenorhabditis elegans.2012

    • Author(s)
      木村 暁
    • Organizer
      Joint meeting of the 45th annual meeting of the Japanese Society of Developmental Biologists & The 64 the annual meeting of the Japan Society for Cell Biology.
    • Place of Presentation
      神戸国際会議場
    • Year and Date
      2012-05-30
  • [Remarks] 細胞建築研究室HP

    • URL

      http://www.nig.ac.jp/section/kimura/kimura-j.html

  • [Remarks] 細胞分裂装置の建築はまず材料集めから

    • URL

      http://www.nig.ac.jp/Research-Highlights/992/1036.html

  • [Remarks] 受精卵の劇的リフォームを担う新たな因子

    • URL

      http://www.nig.ac.jp/Research-Highlights/992/1105.html

  • [Remarks] マウス体節時計の同調化機構を解明

    • URL

      http://www.nig.ac.jp/Research-Highlights/992/1118.html

URL: 

Published: 2018-02-02  

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