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2020 Fiscal Year Annual Research Report

Development of ultrasonic and magnetic field-sensitive receiver molecules and their application to muscle tissue formation promotion technology

Planned Research

Project AreaNext-generation non-invasive biological deep-tissue manipulation by biomolecular engineering and low physical energy logistics
Project/Area Number 20H05758
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

井上 圭一  東京大学, 物性研究所, 准教授 (90467001)

Project Period (FY) 2020-10-02 – 2023-03-31
Keywords深部生体操作 / 光熱変換 / 超音波 / 磁場 / 低物理エネルギーロジスティクス
Outline of Annual Research Achievements

本計画研究では、超音波や磁場に高感度で応答する新規レシーバ分子を開発し、さらにそれによってイオンチャネルを駆動することで、低物理エネルギーを生理機能に変換するシステムを構築する。そして最終的にそれらを用いた筋細胞の分化誘発の達成を目指す。
2020年度はこのうち磁場操作のため、細菌由来の巨大径機械受容チャネルであるMscLへ、細胞内に普遍的に存在し、巨大鉄ナノ微粒子を内包するフェリチンを、フェリチン結合ドメイン(FBD)を介して結合させる分子系の開発を行った。これによりMscL-フェリチンの二次元ネットワークを形質膜上に形成し、フェリチンをレシーバ分子として、磁場印可に伴う膜曲率の変化とMscLのチャネルの開口を起こすことが期待される。このうちFBD結合ドメインと融合させたMscLについては細胞内膜系への蓄積が見られたことから、今後シグナル配列などを最適化する必要がある。またフェリチンの動態を観察するためmCherryを結合させたコンストラクトを作製したところ、細胞内に良好なタンパク質の発現が見られた。
また計測系として磁場刺激を組み込んだ実験専用のパッチクランプシステムを構築し、特に磁場刺激実験に最適化した細胞還流チャンバーを設計・自作した。また物性研究所国際超強磁場科学研究施設と共同し、新たに多重巻きコイルを用いたパルス磁場印可システムを構築した。これにより最大80ミリテスラ程度のミリ秒磁場パルスを試料ステージ上に印可できることが確認され、過去の先行研究で用いられたものよりも、はるかに高い磁場勾配を用いた磁場操作が今後可能になると期待される。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

2020年度は磁場操作のため、細菌由来の巨大径機械受容チャネルであるMscLへ、細胞内に普遍的に存在し、巨大鉄ナノ微粒子を内包するフェリチンを、フェリチン結合ドメイン(FBD)を介して結合させる分子系の開発を行った。MscL-フェリチンの二次元ネットワークを形質膜上に形成し、フェリチンをレシーバ分子として、磁場印可に伴う膜曲率の変化とMscLのチャネルの開口を起こすことが期待される。このうちFBD結合ドメインと融合させたMscLについては細胞内膜系への蓄積が見られたことから、今後シグナル配列などを最適化する必要がある。またフェリチンの動態を観察するためmCherryを結合させたコンストラクトを作製したところ、細胞内に良好なタンパク質の発現が見られた。
また計測系として磁場刺激を組み込んだ実験専用のパッチクランプシステムを構築し、特に磁場刺激実験に最適化した細胞還流チャンバーを設計・自作した。また物性研究所国際超強磁場科学研究施設と共同し、新たに多重巻きコイルを用いたパルス磁場印可システムを構築した。これにより最大80ミリテスラ程度のミリ秒磁場パルスを試料ステージ上に印可できることが確認され、過去の先行研究で用いられたものよりも、はるかに高い磁場勾配を用いた磁場操作が今後可能になると期待される。

Strategy for Future Research Activity

次年度以降、シグナル配列の最適化などによって形質膜上へのMscL-FBDの良好な発現が見られた段階で、内在性フェリチンと結合させ、さらにパルス磁場の印可によるイオン流の測定をパッチクランプ法で行う。得られる電流が弱い場合は、FBDの種類を変えるなどの検討を行う。また超音波操作についても、今後超音波発生装置をパッチクランプシステムに組み込み、MscLやPIEZO1などを発現させた細胞を用いて、超音波で誘起される電流の観測を試みる。

  • Research Products

    (24 results)

All 2021 2020 Other

All Journal Article (11 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Peer Reviewed: 11 results,  Open Access: 6 results) Presentation (11 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 6 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] TAT Rhodopsin is a UV-Dependent Environmental pH Sensor2021

    • Author(s)
      Chihiro Kataoka, Teppei Sugimoto, Shunta Shigemura, Kota Katayama, Satoshi P. Tsunoda, Keiichi Inoue, Oded Beja, Hideki Kandori
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 60 Pages: 899-907

    • DOI

      10.1021/acs.biochem.0c00951

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Exploration of Natural Red-shifted Rhodopsins Using a Machine Learning-based Bayesian Experimental Design2021

    • Author(s)
      Keiichi Inoue, Masayuki Karasuyama, Ryoko Nakamura, Masae Konno, Daichi Yamada, Kentaro Mannen, Takashi Nagata, Yu Inatsu, Hiromu Yawo, Kei Yura, Oded Beja, Hideki Kandori, Ichiro Takeuchi
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 4 Pages: 362

    • DOI

      10.1038/s42003-021-01878-9

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Time-Resolved Serial Femtosecond Crystallography Reveals Early Structural Changes in Channelrhodopsin2021

    • Author(s)
      K. Oda, T. Nomura, T. Nakane, K. Inoue, S. Ito, J. Vierock, ... R. Ishitani, S. Hayashi, H. Kandori, P. Hegemann, S. Iwata, M. Kubo, T. Nishizawa, O. Nureki
    • Journal Title

      eLife

      Volume: 10 Pages: e62389

    • DOI

      10.7554/eLife.62389

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Crystal Structure of Schizorhodopsin Reveals Mechanism of Inward Proton Pumping2021

    • Author(s)
      Akimitsu Higuchi, Wataru Shihoya, Masae Konno, Tatsuya Ikuta, Hideki Kandori, Keiichi Inoue, Osamu Nureki
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

      Volume: 118 Pages: e2016328118

    • DOI

      10.1073/pnas.2016328118

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Schizorhodopsins: A Novel Family of Rhodopsins from Asgard archaea that Function as Light-Driven Inward H+ Pumps2020

    • Author(s)
      Keiichi Inoue, Satoshi P. Tsunoda, Manish Singh, Sahoko Tomida, Shoko Hososhima, Masae Konno, Ryoko Nakamura, Hiroki Watanabe, Paul-Adrian Bulzu, Horia L. Banciu, Adrian-Stefan Andrei, Takayuki Uchihashi, Rohit Ghai, Oded Beja, Hideki Kandori
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 6 Pages: eaaz2441

    • DOI

      10.1126/sciadv.aaz2441

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Gate-Keeper of Ion Transport- a Highly Conserved Helix-3 Tryptophan in a Channelrhodopsin Chimera, C1C2/ChRWR2020

    • Author(s)
      Yujiro Nagasaka, Shoko Hososhima, Naoko Kubo, Takashi Nagata, Hideki Kandori, Keiichi Inoue, Hiromu Yawo
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 17 Pages: 59-70

    • DOI

      10.2142/biophysico.BSJ-2020007

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Excitonic Coupling Effect on the Circular Dichroism Spectrum of Sodium-Pumping Rhodopsin KR22020

    • Author(s)
      Kazuhiro J. Fujimoto, Keiichi Inoue
    • Journal Title

      The Journal of Chemical Physics

      Volume: 153 Pages: 45101

    • DOI

      10.1063/5.0013642

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Active Learning of Bayesian Linear Models with High-Dimensional Binary Features by Parameter Confidence-Region Estimation2020

    • Author(s)
      Yu Inatsu, Masayuki Karasuyama, Keiichi Inoue, Hideki Kandori, Ichiro Takeuchi
    • Journal Title

      Neural Computation

      Volume: 32 Pages: 1998-2031

    • DOI

      10.1162/neco_a_01310

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Active Learning for Level Set Estimation Under Input Uncertainty and Its Extensions2020

    • Author(s)
      Yu Inatsu, Masayuki Karasuyama, Keiichi Inoue, Ichiro Takeuchi
    • Journal Title

      Neural Computation

      Volume: 32 Pages: 2486-2531

    • DOI

      10.1162/neco_a_01332

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Shining light on rhodopsin selectivity: How do proteins decide whether to transport H+ or Cl-?2020

    • Author(s)
      Keiichi Inoue
    • Journal Title

      The Journal of Biological Chemistry

      Volume: 295 Pages: 14805-14806

    • DOI

      10.1074/jbc.H120.016032

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Expression Analysis of Microbial Rhodopsin-like Genes in Guillardia theta2020

    • Author(s)
      Masae Konno, Yumeka Yamauchi, Keiichi Inoue, Hideki Kandori
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 15 Pages: e0243387

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0243387

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] タンパク質のボトムアップ機能向上への機械学習法の応用2021

    • Author(s)
      井上 圭一
    • Organizer
      ISSPワークショップ「物性科学におけるデータ科学の今と未来」
    • Invited
  • [Presentation] Photobiology of new microbial rhodopsins2021

    • Author(s)
      Keiichi Inoue
    • Organizer
      BPS - Biophysical Society 65th Annual Meeting
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 新奇な微生物型ロドプシンの光機能およびその光反応メカニズム2021

    • Author(s)
      井上 圭一
    • Organizer
      第3回晝間輝夫光科学賞・令和2年度研究助成金贈呈式
    • Invited
  • [Presentation] Sir Martin Wood Prize Lecture: The emerging world of microbial rhodopsins in photobiology2020

    • Author(s)
      Keiichi Inoue
    • Organizer
      MPI-FKF Seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Sir Martin Wood Prize Lecture: The emerging world of microbial rhodopsins in photobiology2020

    • Author(s)
      Keiichi Inoue
    • Organizer
      MRC LMB Seminar
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光駆動型内向きプロトンポンプ、シゾロドプシンのプロトン輸送メカニズム2020

    • Author(s)
      井上 圭一、志甫谷 渉、今野 雅恵、樋口 晶光、但馬 聖也、古谷 祐詞、川﨑 佑真、永田 崇、八尾 寛、川村 出、神取 秀樹、濡木 理
    • Organizer
      第43回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] 光駆動型内向きH+ポンプ型シゾロドプシンのH+輸送メカニズムの分光及び構造研究2020

    • Author(s)
      井上 圭一、志甫谷 渉、今野 雅恵、樋口 晶光、但馬 聖也、古谷 祐詞、川﨑 佑真、永田 崇、八尾 寛、川村 出、神取 秀樹、濡木 理
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第46回討論会
  • [Presentation] 海洋性細菌のCl-ポンプロドプシンにおける波長制御メカニズムの変異体解析2020

    • Author(s)
      永田 崇、烏山 昌幸、中島 悠、吉澤 晋、竹内 一郎、井上 圭一
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第46回討論会
  • [Presentation] TATロドプシンのpKaと多量体形成の制御における保存されたグルタミン酸の役割2020

    • Author(s)
      萬年 健太郎、永田 崇、戸叶 貴也、内橋 貴之、Oded Beja、井上 圭一
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第46回討論会
  • [Presentation] 微生物ロドプシンの吸収波長の自在制御に向けた機械学習法の開発2020

    • Author(s)
      井上 圭一
    • Organizer
      日本バイオインダストリー協会・発酵と代謝研究会勉強会
    • Invited
  • [Presentation] アスガルド古細菌の持つ新奇光駆動型内向きプロトンポンプ、シゾロドプシンの輸送メカニズム2020

    • Author(s)
      井上 圭一、志甫谷 渉、今野 雅恵、樋口 晶光、但馬 聖也、古谷 祐詞、川﨑 佑真、永田 崇、八尾 寛、川村 出、神取 秀樹、濡木 理
    • Organizer
      日本化学会 第101春季年会 (2021)
  • [Book] Optogenetics: Light-Sensing Proteins and Their Applications in Neuroscience and Beyond2021

    • Author(s)
      Keiichi Inoue
    • Total Pages
      37
    • Publisher
      Springer Nature
    • ISBN
      978-981-15-8763-4
  • [Remarks] 東京大学物性研究所・井上研究室

    • URL

      https://inoue.issp.u-tokyo.ac.jp/index.html

URL: 

Published: 2021-12-27  

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