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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Development of ultrasonic and magnetic field-sensitive receiver molecules and their application to muscle tissue formation promotion technology

Planned Research

Project AreaNext-generation non-invasive biological deep-tissue manipulation by biomolecular engineering and low physical energy logistics
Project/Area Number 20H05758
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

井上 圭一  東京大学, 物性研究所, 准教授 (90467001)

Project Period (FY) 2020-10-02 – 2023-03-31
Keywords深部生体操作 / 光熱変換 / 超音波 / 磁場 / 低物理エネルギーロジスティクス
Outline of Annual Research Achievements

本計画研究では、超音波や磁場に高感度で応答し、イオン輸送を行う新規レシーバ分子を開発し、さらにそれによってイオンチャネルを駆動することで、低物理エネルギーを生理機能に変換するシステムを構築する。そして最終的にそれらを用いた筋細胞の分化誘発の達成を目指す。2021年度はこのうち磁場操作のため、PIEZO1やTRPV4のほか、細菌由来の巨大径機械受容チャネルであるMscLへ、細胞内に普遍的に存在し巨大鉄ナノ微粒子を内包するフェリチンを、フェリチン結合ドメイン(FBD)を介して結合させる分子系の開発を行った。さらにフェリチンとMscLにそれぞれFRB、FKBPタグを導入することで、ラパマイシンを用いて分子間の結合を誘導するコンストラクトの作製も行った。これらのコンストラクトのイオン輸送能を効率的に評価するため、細胞に陰圧を加えた際に生じるイオン流を測定するパッチクランプ系を新たに構築した。これにより設計したPIEZO1、MscLのコンストラクトが、野生型に近い機械受容能と整流性のないイオン輸送活性を保持していることを確認した。特にMscLについては単一チャネルコンダクタンスがおよそ0.7nS程度と大きなものであり、効率的な磁場操作を可能にするものとして期待される。
さらに磁場刺激法について、新たに20mT程度の高周波磁場を印加できる系を構築し、より多様な形での磁場刺激を可能とした。そのほかフェリチンとチャネルの結合をより正確に評価するため、全反射蛍光顕微鏡を用いた一分子顕微鏡の構築を行い、一分子レベルで細胞表面の分子の観察が可能であることを確認した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

2021年度は磁場操作のため、PIEZO1やTRPV4のほか、細菌由来の巨大径機械受容チャネルであるMscLへ、細胞内に普遍的に存在し巨大鉄ナノ微粒子を内包するフェリチンを、FBDもしくはFRB-ラパマイシン-FKBPを介して強固に結合させるコンストラクトの作製も行った。またこれらコンストラクトが異なる機械受容チャネルの輸送能を効率的に評価するため、新たに構築した陰圧刺激型のパッチクランプこれにより、設計したPIEZO1、MscLのコンストラクトが、野生型に近い機械受容能とイオン輸送活性を保持していることを確認した。さらに磁場刺激法について、新たに20mT程度の高周波磁場を印加できる系を構築し、より多様な形での磁場刺激を可能とした。そのほかフェリチンとチャネルの結合をより正確に評価するため、全反射顕微鏡の構築を行い、一分子レベルで細胞表面の分子の観察が可能であることを確認した。
以上のことから、本年度予定されていた研究項目は概ね達成することができ、順調な研究の進展が見られた。

Strategy for Future Research Activity

本年度複数のコンストラクトについて、良好なチャネル活性が見られ、また高強度パルス、高周波、定常など異なる形での磁場刺激が可能な系の構築も完了したことから、次年度においてはこれらを用いて、実際に細胞の活動を制御することを試みる。磁場印加によるイオン流の変化が少ない場合は、新たに構築した一分子観察系を用いて、イオンチャネルへのフェリチンの結合を評価し、それを指針に最も強いフェリチンの結合が可能な分子設計を行っていく。

  • Research Products

    (41 results)

All 2022 2021 Other

All Journal Article (10 results) (of which Int'l Joint Research: 6 results,  Peer Reviewed: 10 results,  Open Access: 4 results) Presentation (30 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Invited: 11 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Diverse Heliorhodopsins Detected via Functional Metagenomics in Freshwater Actinobacteria, Chloroflexi and Archaea2022

    • Author(s)
      Ariel Chazan, Andrey Rozenberg, Kentaro Mannen, Takashi Nagata, Ran Tahan, Shir Yaish, Shirley Larom, Keiichi Inoue, Oded Beja, Alina Pushkarev
    • Journal Title

      Environmental Microbiology

      Volume: 24 Pages: 110-121

    • DOI

      10.1111/1462-2920.15890

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural Basis for Channel Conduction in the Pump-like Channelrhodopsin ChRmine2022

    • Author(s)
      K. E. Kishi, Y. S. Kim, M. Fukuda, T. Kusakizako, E. Thadhani, E. F. X. Byrne, J. M. Paggi, C. Ramakrishnan, T. E. Matsui, K. Yamashita, T. Nagata, M. Konno, P. Y. Wang, M. Inoue, T. Benster, T. Uemura, K. Liu, M. Shibata, N. Nomura, S. Iwata, O. Nureki, R. O. Dror, K. Inoue, K. Deisseroth, H. E. Kato
    • Journal Title

      Cell

      Volume: 185 Pages: 672-689.e23

    • DOI

      10.1016/j.cell.2022.01.007

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Structural Characterization of Proton-pumping Rhodopsin Lacking a Cytoplasmic Proton Donor Residue by X-ray Crystallography2022

    • Author(s)
      Kano Suzuki, Maria del Carmen Marin, Masae Konno, Reza Bagherzadeh, Takeshi Murata, Keiichi Inoue
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 298 Pages: 101722

    • DOI

      10.1016/j.jbc.2022.101722

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Saccharibacteria Harness Light Energy Using Type-1 Rhodopsins That May Rely on Retinal Sourced from Microbial Hosts2022

    • Author(s)
      Alexander L. Jaffe, Masae Konno, Yuma Kawasaki, Chihiro Kataoka, Oded Beja, Hideki Kandori, Keiichi Inoue, Jillian F. Banfield
    • Journal Title

      The ISME Journal

      Volume: オンライン公開 Pages: オンライン公開

    • DOI

      10.1038/s41396-022-01231-w

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Thermostable Light-Driven Inward Proton Pump Rhodopsins2021

    • Author(s)
      Yuma Kawasaki, Masae Konno, Keiichi Inoue
    • Journal Title

      Chemical Physics Letters

      Volume: 779 Pages: 138868

    • DOI

      10.1016/j.cplett.2021.138868

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Ion transport activity assay of microbial rhodopsin expressed in Escherichia coli cells2021

    • Author(s)
      Masae Konno, Keiichi Inoue, Hideki Kandori
    • Journal Title

      Bio-protocol

      Volume: 11 Pages: e4115

    • DOI

      10.21769/BioProtoc.4115

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Microbial Rhodopsins: The Last Two Decades2021

    • Author(s)
      Andrey Rozenberg, Keiichi Inoue, Hideki Kandori, Oded Beja
    • Journal Title

      Annual Review of Microbiology

      Volume: 75 Pages: 427-447

    • DOI

      10.1146/annurev-micro-031721-020452

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Pro219 is an Electrostatic Color Determinant in the Light-driven Sodium Pump KR22021

    • Author(s)
      Yuta Nakajima, Laura Pedraza-Gonzalez, Leonardo Barneschi, Keiichi Inoue, Massimo Olivucci, Hideki Kandori
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 4 Pages: 1185

    • DOI

      10.1038/s42003-021-02684-z

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Heliorhodopsin Evolution is Driven by Photosensory Promiscuity in Monoderms2021

    • Author(s)
      Paul-Adrian Bulzu, Vinicius Silva Kavagutti, Maria-Cecilia Chiriac, Charlotte D. Vavourakis, Keiichi Inoue, Hideki Kandori, Adrian-Stefan Andrei, Rohit Ghai
    • Journal Title

      mSphere

      Volume: 6 Pages: e00661-21

    • DOI

      10.1128/mSphere.00661-21

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Rhodopsins at a Glance2021

    • Author(s)
      Takashi Nagata, Keiichi Inoue
    • Journal Title

      Journal of Cell Science

      Volume: 134 Pages: jcs258989

    • DOI

      10.1242/jcs.258989

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 光ではたらく膜タンパク質 ―ロドプシンの多彩な機能と光遺伝学―2022

    • Author(s)
      井上 圭一
    • Organizer
      第6回CURIEセミナー
    • Invited
  • [Presentation] 細菌由来新奇Cl-ポンプロドプシンの輸送メカニズム研究2022

    • Author(s)
      石塚智大、川﨑佑真、今野雅恵、井上 圭一
    • Organizer
      第11回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] レチナール光異性化酵素ロドプシンRGRの光吸収・反応特性の解析2022

    • Author(s)
      森本直也、永田崇、井上 圭一
    • Organizer
      第11回日本生物物理学会関東支部会
  • [Presentation] Study on the dynamics of channel opening and closing of cation channelrhodopsin, C1C22022

    • Author(s)
      Keiichi Inoue、Keisei Shibata、 Kazumasa Oda、Tomohiro Nishizawa、Yuji Hazama、Ryohei Ono、Shunki Takaramoto、Reza Bagherzadeh、Hiromu Yawo、Osamu Nureki、Hidefumi Akiyama
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会(2022)
  • [Presentation] 機械学習を用いたロドプシンの吸収波長予測法とオプトジェネティクスツール開発への応用2022

    • Author(s)
      井上圭一、烏山昌幸、神取秀樹、竹内一郎
    • Organizer
      ISSPワークショップ:開放系トポロジーと生体・量子・統計物理
  • [Presentation] レチナール光異性化酵素として働くロドプシンの光吸収・反応特性の解析2022

    • Author(s)
      森本直也、永田崇、井上圭一
    • Organizer
      ISSPワークショップ:開放系トポロジーと生体・量子・統計物理
  • [Presentation] 光駆動タンパク質ロドプシンのもたらす生物と光の新たな関係2021

    • Author(s)
      井上 圭一
    • Organizer
      バイオインダストリー協会"・未来へのバイオ技術" 勉強会「光と音の遺伝子応答とオプトジェネティクス」
    • Invited
  • [Presentation] アスガルドアーキア由来の新奇光駆動型内向きプロトンポンプ:シゾロドプシンの機能・分光・構造研究2021

    • Author(s)
      井上 圭一、志甫谷 渉、今野 雅恵、樋口 晶光、但馬 聖也、古谷 祐詞、川﨑 佑真、永田 崇、八尾 寛、川村 出、神取 秀樹、濡木 理
    • Organizer
      第47回生体分子科学討論会
  • [Presentation] Methanoculleus 属アーキア由来シゾロドプシンの熱安定性研究2021

    • Author(s)
      川﨑佑真、今野雅恵、井上圭一
    • Organizer
      第47回生体分子科学討論会
  • [Presentation] ロドプシンの色を変える:構造・理論・機械学習的アプローチ2021

    • Author(s)
      井上 圭一
    • Organizer
      電気学会 光・量子デバイス研究会「革新的材料の創出とデバイス応用」
    • Invited
  • [Presentation] 光エネルギーを使って内向きにプロトンを輸送するロドプシンの構造とダイナミクス2021

    • Author(s)
      井上 圭一
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会・ワークショップ「高速分子動画:タンパク質の構造機能相関研究の最先端」
    • Invited
  • [Presentation] Methanoculleus 属古細菌由来新奇シゾロドプシンの熱安定性評価2021

    • Author(s)
      川﨑佑真、今野雅恵、井上圭一
    • Organizer
      第21回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] アスガルドアーキアは光をつかう?―ロドプシンを用いた光受容と新奇シゾロドプシンファミリ―2021

    • Author(s)
      井上 圭一
    • Organizer
      極限環境生物学会・第22回シンポジウム「微生物ダークマターへの挑戦」
    • Invited
  • [Presentation] 自然界の光分子ツールボックス―微生物ロドプシンの科学を理解する―2021

    • Author(s)
      井上 圭一
    • Organizer
      第19回 “光”機到来!Qコロキウム
    • Invited
  • [Presentation] 高温環境由来新奇シゾロドプシンの熱安定性研究2021

    • Author(s)
      川﨑佑真、今野雅恵、井上圭一
    • Organizer
      第15回分子科学討論会
  • [Presentation] 真核生物の起源に関わる新奇光受容型膜タンパク質ロドプシンの機能メカニズム研究2021

    • Author(s)
      井上 圭一
    • Organizer
      山田科学振興財団・2021年度研究交歓会
    • Invited
  • [Presentation] 高温環境から発見されたシゾロドプシンの熱安定性研究2021

    • Author(s)
      川﨑佑真、今野雅恵、井上圭一
    • Organizer
      第11回CSJ化学フェスタ2021
  • [Presentation] DTGロドプシンのX線結晶構造解析2021

    • Author(s)
      井上圭一、鈴木花野、今野雅恵、Reza Bagherzadeh、Andrey Rozenberg、Maria del Carmen Marin、Oded Beja、村田武士
    • Organizer
      第59回生物物理学会年会
  • [Presentation] 視覚再生に向けた暗活性・光不活性化GPCR型光遺伝学ツールの開発2021

    • Author(s)
      永田 崇
    • Organizer
      第59回生物物理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] シグナルペプチドを持つMarine group II 古細菌由来Clade-Cロドプシンの分子特性2021

    • Author(s)
      今野雅恵、Bu Xu、Apoorva Prabhu、Yang Liu、Meng Li、Oded Beja、Chuanlun Zhang、Christian Rinke、Lu Fan、井上圭一
    • Organizer
      第59回生物物理学会年会
  • [Presentation] Color Tuning of Microbial Rhodopsin Proteins: Combined Spectroscopic and QM/MM Modeling Studies2021

    • Author(s)
      Maria del Carmen Marin Perez、Konno Masae、Laura Pedraza-Gonzalez、Luca De Vico、Massimo Olivucci、Keiichi Inoue
    • Organizer
      第59回生物物理学会年会
  • [Presentation] 高温環境由来のアーキアから発見されたシゾロドプシンの熱安定性研究2021

    • Author(s)
      川﨑佑真、今野雅恵、井上 圭一
    • Organizer
      第59回生物物理学会年会
  • [Presentation] レチナール光異性化酵素として働く動物ロドプシンの分光学的解析2021

    • Author(s)
      森本直也、永田崇、井上 圭一
    • Organizer
      第59回生物物理学会年会
  • [Presentation] 機械学習による微生物ロドプシンの吸収波長予測2021

    • Author(s)
      井上圭一、烏山昌幸、神取秀樹、竹内一郎
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] Color Tuning of Microbial Rhodopsin Proteins: Combained Spectroscopic and QM/MM Modeling Studies2021

    • Author(s)
      Maria del Carmen Marin Perez、今野雅恵、Laura Pedraza-Gonzalez、Luca De Vico、Massimo Olivucci、井上圭一
    • Organizer
      第44回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] The diversity and the molecular mechanism of light-driven inward proton pump rhodopsins2021

    • Author(s)
      Keiichi Inoue
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pachific Basin Societies (Pacifichem) 2021
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Red-shifting mutation of light-driven sodium-pump rhodopsin2021

    • Author(s)
      Keiichi Inoue、Maria del Carmen Marin Perez、Sahoko Tomida、Ryoko Nakamura、Yuta Nakajima、Massimo Olivucci、Hideki Kandori
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pachific Basin Societies (Pacifichem) 2021
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Detection of Functional Processes of Photoreceptive Proteins by Muon2021

    • Author(s)
      Keiichi Inoue, Tamiko Kiyotani, Ichiro Tanaka
    • Organizer
      ISIS Muon Illumination Workshop
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Molecular physiological study on rhodopsin-based visual and non-visual photoreceptions of a jumping spiser2021

    • Author(s)
      永田 崇
    • Organizer
      日本比較生理生化学会第43回札幌大会
    • Invited
  • [Presentation] Spectral characterization of vertebrate opsins acting as a retinal photoisomerase2021

    • Author(s)
      森本直也、永田崇、井上圭一
    • Organizer
      日本比較生理生化学会第43回札幌大会
  • [Remarks] 東京大学物性研究所・井上研究室

    • URL

      https://inoue.issp.u-tokyo.ac.jp/index.html

URL: 

Published: 2022-12-28  

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