Disome-Seq: a genome-wide survey for parametric ribosome collisions

2023 Fiscal Year Final Research Report

• Project Area: Parametric biology based on translation rate regulatory mechanism
• Project/Area Number: 20H05784
• Research Category: Grant-in-Aid for Transformative Research Areas (B)
• Allocation Type: Single-year Grants
• Review Section: Transformative Research Areas, Section (III)
• Research Institution: Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: Iwasaki Shintaro 国立研究開発法人理化学研究所, 開拓研究本部, 主任研究員 (80611441)
• Project Period (FY): 2020-10-02 – 2023-03-31
• Keywords: 翻訳 / RNA / Ribosome profiling / Disome / Cas13

Outline of Final Research Achievements

In this research project, we developed a new method (termed Disome-Seq), which can comprehensively survey ribosome collision sites across transcriptome (Han et al. Cell Rep 2020). We applied this method to humans, zebrafish (Han et al. Cell Rep 2020), and bacteria (Fujita et al. RNA 2022). To engineer the parametric nature of translation artificially, we also developed CRISPRδ, which is based on dCas13 (Apostolopoulos et al. Nat Commun 2024).

Free Research Field

分子生物学

Academic Significance and Societal Importance of the Research Achievements

Disome-Seq法は翻訳そのものに関する基礎研究はもとより、リボソーム渋滞が原因で発症する疾患（神経変性疾患など）の理解に貢献すると期待できる。CRISPRδ（クリスパー・デルタ）法は、非常に特異的であるため遺伝子の機能を理解するという基礎生物学的応用ができる。また、ウイルス特異的な翻訳様式や神経変性疾患の原因となり得る特殊な翻訳様式も抑制できることから、さまざまな応用につながることが期待される。