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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Plant epigenome regulation under fluctuating environment

Planned Research

Project AreaMulti-layered regulatory system of plant resilience under fluctuating environment
Project/Area Number 20H05913
Research InstitutionOkinawa Institute of Science and Technology Graduate University

Principal Investigator

佐瀬 英俊  沖縄科学技術大学院大学, 植物エピジェネティクスユニット, 教授 (70510006)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 稲垣 宗一  東京大学, 大学院理学系研究科(理学部), 准教授 (00597883)
Project Period (FY) 2020-11-19 – 2025-03-31
Keywordsエピゲノム制御 / 環境ストレス / 病原体応答 / 植物ゲノム
Outline of Annual Research Achievements

佐瀬は、シロイヌナズナにおいて遺伝子転写産物が環境ストレスによってどのように多様化するのかについて解析を行った。また、エピゲノムが変化した変異体などの解析により、植物のエピゲノム制御によってトランスクリプトーム多様化がどのように引き起こされているか解析を行い、その成果を論文発表した 。また、環境ストレスによるRNAメチル化の動態を解析し、成果発表した。 稲垣は、ヒストンH3K4モノメチル化酵素群の制御機構の解析を進め、それらは転写共役的に働く酵素と転写非依存的に他のエピゲノム情報やゲノム情報を目印に働く酵素に大別されることを明らかにし、論文として公表した。またH3K4ジメチル化を除去する脱メチル化酵素も転写共役的に働くことを示し、論文として公表した。さらに、H3K9メチル化の下流でH3K4モノメチル化の除去を介して転写を抑制する経路の解析を進め、予想に反してH3K9メチル化が転写の抑制だけではなく抗抑制にも関わり、それによって動的な転写抑制が実現していることを明らかにし、プレプリントとして公表した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

シロイヌナズナにおいて、エピゲノム修飾の変化により多くのmRNAの転写開始点や転写終結点、スプライシングパターンが変化することを明らかにし、その成果を論文発表した。また、環境ストレス下におけるRNA修飾の変化について解析を行い、成果発表を行なってる。

Strategy for Future Research Activity

最終年度では環境ストレスがスプライシングなどのRNAの転写後プロセッシングやRNA修飾に影響するのかさらなる解析を進める。また、転写共役的なH3K4メチル化制御の意義を探るため に、メチル化・脱メチル化酵素変異体を用いて、環境応答性遺伝子発現の解析を行う。

  • Research Products

    (18 results)

All 2024 2023 Other

All Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 7 results) Presentation (9 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] ARGONAUTE1-binding Tudor domain proteins function in small interfering RNA production for RNA-directed DNA methylation2024

    • Author(s)
      Takei Takahito、Tsukada Michio、Tamura Kentaro、Hara-Nishimura Ikuko、Fukao Yoichiro、Kurihara Yukio、Matsui Minami、Saze Hidetoshi、Tsuzuki Masayuki、Watanabe Yuichiro、Hamada Takahiro
    • Journal Title

      Plant Physiology

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1093/plphys/kiae135

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] RNA N6-adenine methylation dynamics impact<i>Hyaloperonospora arabidopsidis</i>resistance in<i>Arabidopsis</i>2024

    • Author(s)
      Furci Leonardo、Berthelier Jeremy、Saze Hidetoshi
    • Journal Title

      biorxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1101/2024.01.30.577950

    • Open Access
  • [Journal Article] Long-read direct RNA sequencing reveals epigenetic regulation of chimeric gene-transposon transcripts in Arabidopsis thaliana2023

    • Author(s)
      Berthelier Jeremy、Furci Leonardo、Asai Shuta、Sadykova Munissa、Shimazaki Tomoe、Shirasu Ken、Saze Hidetoshi
    • Journal Title

      Nature Communications

      Volume: 14 Pages: -

    • DOI

      10.1038/s41467-023-38954-z

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Chemical Modification of Peptides and Proteins Using Spirooxindole Oxirane Derivatives2023

    • Author(s)
      Chavan Santosh S.、Saze Hidetoshi、Tanaka Fujie
    • Journal Title

      Advanced Synthesis &amp; Catalysis

      Volume: 365 Pages: 2171~2176

    • DOI

      10.1002/adsc.202300578

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Editorial overview: Delving into organizational principles of plant genomes2023

    • Author(s)
      Saze Hidetoshi、Springer Nathan
    • Journal Title

      Current Opinion in Plant Biology

      Volume: 76 Pages: 102458~102458

    • DOI

      10.1016/j.pbi.2023.102458

    • Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Cotranscriptional demethylation induces global loss of H3K4me2 from active genes in <i>Arabidopsis</i>2023

    • Author(s)
      Mori Shusei、Oya Satoyo、Takahashi Mayumi、Takashima Kazuya、Inagaki Soichi、Kakutani Tetsuji
    • Journal Title

      The EMBO Journal

      Volume: 42 Pages: e113798

    • DOI

      10.15252/embj.2023113798

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] H3K9me regulates heterochromatin silencing through incoherent feedforward loops2023

    • Author(s)
      Yabe Kannosuke、Kamio Asuka、Oya Satoyo、Kakutani Tetsuji、Hirayama Mami、Tanaka Yuriko、Inagaki Soichi
    • Journal Title

      biorxiv

      Volume: - Pages: -

    • DOI

      10.1101/2023.11.02.565278

    • Open Access
  • [Presentation] 低窒素環境での花成誘導と代謝制御に関わる転写因子 FBH4 の機能解析2024

    • Author(s)
      眞木美帆, 中尾果菜, 久保晃生, 稲垣宗一, 高木純平, 佐藤長緒
    • Organizer
      第65回 日本植物生理学会年会
  • [Presentation] Transcriptional regulation of actin polymerization switches cell wall patterns in xylem vessels2024

    • Author(s)
      貴嶋 紗久, 佐々木 武馬, 近藤 侑希, 稲垣 宗一, 山口 雅利, 小田 祥久
    • Organizer
      第65回 日本植物生理学会年会
  • [Presentation] H3K9メチル化はサイレンシングとアンチサイレンシングの二刀流として活躍する2024

    • Author(s)
      矢部寛之助, 神尾明日香, 大矢恵代, 角谷徹仁, 平山眞美, 田中祐梨子, 稲垣宗一
    • Organizer
      第41回染色体ワークショップ・第22回核ダイナミクス研究会
  • [Presentation] Transcription factor FBH4 mediates the regulation of flowering time and metabolism under low nitrogen conditions in Arabidopsis2023

    • Author(s)
      Miho Sanagi, Akio Kubo, Van Quoc Giang, Kana Nakao, Soichi Inagaki, Junpei Takagi, Takeo Sato
    • Organizer
      Nitrogen2023
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 転写共役的な脱メチル化機構が転写活性領域におけるH3K4低メチル化を引き起こす2023

    • Author(s)
      森秀世, 大矢恵代, 髙橋まゆみ, 高嶋和哉, 稲垣宗一, 角谷徹仁
    • Organizer
      日本遺伝学会第95回大会
  • [Presentation] ヒストンH3K4メチル化による抑制的クロマチン修飾の制御2023

    • Author(s)
      野寄拓海, 大矢恵代, 森秀世, 稲垣宗一, 角谷徹仁
    • Organizer
      日本遺伝学会第95回大会
  • [Presentation] シロイヌナズナ自然集団中でのネオセントロメアの探索2023

    • Author(s)
      山口 颯太, Juliarni, 長岐清孝, 稲垣宗一, 角谷徹仁
    • Organizer
      日本遺伝学会第95回大会
  • [Presentation] 転写因子FBH4によるシロイヌナズナの窒素欠乏条件での花成誘導と代謝制御機構2023

    • Author(s)
      眞木 美帆, Van Quoc Giang, 久保 晃生, 中尾 果菜, 稲垣 宗一, 高木 純平, 佐藤 長緒
    • Organizer
      日本植物学会第 87 回大会
  • [Presentation] "Cotranscriptional demethylation induces global loss of H3K4me2 from active genes in Arabidopsis"2023

    • Author(s)
      Shusei Mori, Satoyo Oya, Mayumi Takahashi, Kazuya Takashima, Soichi Inagaki, Tetsuji Kakutani
    • Organizer
      International Conference of Arabidopsis Research 2023
  • [Remarks] ストレスに適応する植物たち―動く遺伝子を利用した生存戦略

    • URL

      https://www.oist.jp/ja/news-center/news/2023/6/15/jumping-genes-help-plants-adapt-extreme-temperature-and-pathogens

  • [Remarks] 転写活性を植物ゲノムに記録する機構

    • URL

      https://www.s.u-tokyo.ac.jp/ja/press/10059/

URL: 

Published: 2024-12-25  

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