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2021 Fiscal Year Annual Research Report

Development of Molecular Information Transmitting Devices for Minimal Artificial Brain

Planned Research

Project AreaMolecular Cybernetics -Development of Minimal Artificial Brain by the Power of Chemistry
Project/Area Number 20H05970
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

野村 慎一郎  東北大学, 工学研究科, 准教授 (50372446)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 松浦 和則  鳥取大学, 工学研究科, 教授 (60283389)
佐藤 佑介  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 助教 (60830560)
村山 恵司  名古屋大学, 工学研究科, 助教 (70779595)
Project Period (FY) 2020-11-19 – 2025-03-31
Keywords人工情報伝達分子 / 人工トランスデューサ / 分子サイバネティクス / 分子ロボティクス / 人工細胞
Outline of Annual Research Achievements

領域が目標に掲げるミクロンサイズの人工脳(ミニマル人工脳)の構築に向け,本課題では,特にセンサと人工細胞膜小胞(リポソーム)間の情報伝達部分を構成する分子デバイスの実現,さらに学習反応のために再利用(リセット)可能な分子デバイス設計を行っている.本年も引き続き, 3種の情報伝達分子デバイス1)人工タイトジャンクション,2)人工レセプター,3)人工トランスデューサの設計・構築と評価を行い,4)これらの機構を外部からの光照射によりリセット可能とする分子デザインについて検討した.1)2)について,野村グループは松浦・佐藤と共に人工レセプターと人工ジャンクションの設計を行い,試作した分子デバイスが膜小胞上で機能することを確認した.松浦グループでは,人工設計・合成した膜貫通α-へリックスペプチドをリポソームに搭載し、シグナルDNAとのハイブリダイゼーションにより膜内でのペプチドの会合が起こることをFRETにより確認することに成功した。3)について,佐藤と野村が共同で,人工細胞膜上で機能する分子トランスデューサの具体的な設計と最適条件の探索を進め,複数種の分子デザインについて評価を行った.4)について,村山グループでは,トランスデューサの入力側に関する光リセット機構の検証を行った。配列最適化の結果、リポソームの表面で光応答性DNAの会合挙動を光制御できること、すなわち光リセット機構が実現可能であることを証明した。さらに膜貫通ドメインの作成に向け、人工核酸骨格に疎水性分子を高効率で導入する手法の確立に成功した。上記に加えて,領域全体へのサービスとしてペプチド合成拠点(鳥取大)と人工核酸合成拠点(名古屋大)を運営している.本年度は17件の論文発表を行った.毎月ミーティングを重ね,ロードマップの確認やアイディアの検討,議論を進めた.以上の実績により本領域を強力に推進する成果が得られつつある.

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本年度は3種+1項目の情報伝達分子デバイスの設計・構築と評価を進めた.1)人工タイトジャンクション,2)人工レセプター,3)人工トランスデューサ,加えて4)上記の分子デバイスを再利用(リセット)可能にする機構,である.そのそれぞれについて個々の,そして共同研究による進捗と課題へのアプローチが進んでいる.特に,1)の人工ペプチド製タイトジャンクションが動作確認された(野村・松浦・佐藤).2)と3)について,リポソーム膜越しの情報伝達のために,形状変化により核酸シグナルを伝達する可動機構の設計および評価を行ない,変形が示唆される結果が得られたこと(野村・佐藤),そしてシンプルな情報伝達機構として2本鎖DNAの膜貫通を試み,シグナルDNAを付与した2本鎖DNAを膜貫通させることに成功した(佐藤).さらに,4)のリセット機構について,村山によって複数回のON/OFFをリポソーム上で実現可能であることが示された.以上の進捗によって,領域が目指す「分子パブロフの犬」実現へのロードマップが明瞭になりつつある.そしてペプチド合成拠点(拠点長・松浦)と人工核酸合成拠点(拠点長・村山)が稼働しており,これら拠点を利用した分子デザイン→供給→テスト,という流れが確立したことから,おおむね順調に進んでいると考えている.

Strategy for Future Research Activity

引き続き,本課題の要素技術として3種+1項目の情報伝達分子デバイスの設計・構築と評価を進め,他班との連携を目指して技術開発を行う.1)人工タイトジャンクション:選択的にリポソーム同士を隣り合わせて結合する定性的な評価に続いて,選択性の向上や人工レセプター,人工トランスデューサとの協働などより高次の機能を定量的に評価する.2),3)人工レセプターと人工トランスデューサについて,1)の結果に基づき,連結させたリポソーム間での情報伝達機構の測定を行う.A01班との連携により得られる,サイズの揃ったリポソームに対して動作試験を行い,情報伝達機構を評価する.そして4)として,光リセット機構を有する膜局在型の分子デバイスを設計し,リポソーム膜上での機能評価を行う.これらに加えて,他班(C01班,D01班)で研究される学習・運動機構との連携を行い,外部からの光照射様式を含めた複数のデザインを評価する.研究グループ全体として,オンラインツールを駆使して他班も含めて課題を共有しつつ密な議論を行い,公募班も含めた領域全体で連携して,研究を強力に進める予定である.

  • Research Products

    (34 results)

All 2022 2021 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (17 results) (of which Peer Reviewed: 17 results,  Open Access: 6 results) Presentation (15 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 9 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] University of West of England(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University of West of England
  • [Journal Article] Methyl group configuration on acyclic threoninol nucleic acids (<i>a</i>TNAs) impacts supramolecular properties2022

    • Author(s)
      Murayama Keiji、Kashida Hiromu、Asanuma Hiroyuki
    • Journal Title

      Organic &amp; Biomolecular Chemistry

      Volume: 20 Pages: 4115~4122

    • DOI

      10.1039/d2ob00266c

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Orthogonal Amplification Circuits Composed of Acyclic Nucleic Acids Enable RNA Detection2022

    • Author(s)
      Chen Yanglingzhi、Nagao Ryuya、Murayama Keiji、Asanuma Hiroyuki
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 144 Pages: 5887~5892

    • DOI

      10.1021/jacs.1c12659

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Xeno nucleic acids (XNAs) having non-ribose scaffolds with unique supramolecular properties2022

    • Author(s)
      Asanuma Hiroyuki、Kamiya Yukiko、Kashida Hiromu、Murayama Keiji
    • Journal Title

      Chemical Communications

      Volume: 58 Pages: 3993~4004

    • DOI

      10.1039/d1cc05868a

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Renewable DNA Proportional-Integral Controller with Photoresponsive Molecules2022

    • Author(s)
      Tamba Masaaki、Murayama Keiji、Asanuma Hiroyuki、Nakakuki Takashi
    • Journal Title

      Micromachines

      Volume: 13 Pages: 193~193

    • DOI

      10.3390/mi13020193

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Signal Amplification Circuit Composed of Serinol Nucleic Acid for RNA Detection2022

    • Author(s)
      Chen Yanglingzhi、Murayama Keiji、Asanuma Hiroyuki
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 51 Pages: 330~333

    • DOI

      10.1246/cl.210813

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Unexpected Dissociation of Photoresponsive UV-ON DNA Carrying <i>p</i>-<i>tert</i>-Butyl Azobenzene under UV Light Irradiation2022

    • Author(s)
      Ishii Satsuki、Murayama Keiji、Sada Kazuki、Asanuma Hiroyuki、Kakugo Akira
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 51 Pages: 292~295

    • DOI

      10.1246/cl.210788

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Therapeutic Applications of Programmable DNA Nanostructures2022

    • Author(s)
      Aye Seaim、Sato Yusuke
    • Journal Title

      Micromachines

      Volume: 13 Pages: 315~315

    • DOI

      10.3390/mi13020315

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Online Biomolecular Design Competition Across University Boundaries2021

    • Author(s)
      MURATA Satoshi、KUZUYA Akinori、FUJIWARA Kei、TAIRA Junichi、KAWAMATA Ibuki、SATO Yusuke、TAKINOUE Masahiro、M. NOMURA Shin-ichiro、KAKUGO Akira、HORI Yutaka、ABE Keita
    • Journal Title

      Journal of JSEE

      Volume: 69 Pages: 4_31~4_39

    • DOI

      10.4307/jsee.69.4_31

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Turn-On Fluorescent Probe Based on a Dansyl Triarginine Peptide for Ganglioside Imaging2021

    • Author(s)
      Matsuura Kazunori、Hisamoto Koichi、Tanaka Tomoya、Sakamoto Ryota、Okazaki Mizuki、Inaba Hiroshi
    • Journal Title

      ACS Organic & Inorganic Au

      Volume: 1 Pages: 60~67

    • DOI

      10.1021/acsorginorgau.1c00013

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Modulation of Microtubule Properties and Functions by Encapsulation of Nanomaterials Using a Tau-Derived Peptide2021

    • Author(s)
      Inaba Hiroshi、Matsuura Kazunori
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      Volume: 94 Pages: 2100~2112

    • DOI

      10.1246/bcsj.20210202

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Fluorescence Correlation Spectroscopy Analysis of Effect of Molecular Crowding on Self-Assembly of β-Annulus Peptide into Artificial Viral Capsid2021

    • Author(s)
      Kobayashi Risako、Inaba Hiroshi、Matsuura Kazunori
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 22 Pages: 4754~4754

    • DOI

      10.3390/ijms22094754

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Directional Propulsion of DNA Microspheres Based on Light-Induced Asymmetric Growth of Peptide Nanofibers2021

    • Author(s)
      Inaba Hiroshi、Hatta Kenji、Matsuura Kazunori
    • Journal Title

      ACS Applied Bio Materials

      Volume: 4 Pages: 5425~5434

    • DOI

      10.1021/acsabm.1c00146

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Photoresponsive Artificial Viral Capsid Self-Assembled from an Azobenzene-Containing β-Annulus Peptide2021

    • Author(s)
      Matsuura Kazunori、Fujita Seiya
    • Journal Title

      International Journal of Molecular Sciences

      Volume: 22 Pages: 4028~4028

    • DOI

      10.3390/ijms22084028

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A Pyrene‐Modified Serinol Nucleic Acid Nanostructure Converts the Chirality of Threoninol Nucleic Acids into Circularly Polarized Luminescence Signals2021

    • Author(s)
      Kashida Hiromu、Nishikawa Keiji、Ito Yuka、Murayama Keiji、Hayashi Ichiyo、Kakuta Takahiro、Ogoshi Tomoki、Asanuma Hiroyuki
    • Journal Title

      Chemistry A European Journal

      Volume: 27 Pages: 14582~14585

    • DOI

      10.1002/chem.202102333

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Light-Regulated Liquid?Liquid Phase Separation for Spatiotemporal Protein Recruitment and Cell Aggregation2021

    • Author(s)
      Ikeuchi Nao、Komachi Takuya、Murayama Keiji、Asanuma Hiroyuki、Maruyama Atsushi、Shimada Naohiko
    • Journal Title

      ACS Applied Materials & Interfaces

      Volume: 13 Pages: 5652~5659

    • DOI

      10.1021/acsami.0c22314

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Capsule-like DNA Hydrogels with Patterns Formed by Lateral Phase Separation of DNA Nanostructures2021

    • Author(s)
      Sato Yusuke、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      JACS Au

      Volume: 2 Pages: 159~168

    • DOI

      10.1021/jacsau.1c00450

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] DNA nanotechnology provides an avenue for the construction of programmable dynamic molecular systems2021

    • Author(s)
      Sato Yusuke、Suzuki Yuki
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 18 Pages: 116~126

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v18.013

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] ペプチドの自己集合により人工ウイルスレプリカを創る2022

    • Author(s)
      松浦和則
    • Organizer
      発動分子科学領域・分子サイバネ領域合同ワークショップ(オンライン)
    • Invited
  • [Presentation] ウイルス由来ペプチドの自己集合による「ウイルスレプリカ」の創製2022

    • Author(s)
      松浦和則
    • Organizer
      超分子研究会「球状集合体の世界-数ナノから数百ナノサイズまで-」,オンライン
    • Invited
  • [Presentation] 脂質二分子膜を介したシグナル伝達のためのペプチド―DNAコンジュゲートの創製2022

    • Author(s)
      小河 重三郎、松浦 和則
    • Organizer
      日本化学会 第102春季年会(オンライン)
  • [Presentation] Development of molecular information transmitting devices for chemical Al2021

    • Author(s)
      Shin-ichiro Nomura
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIFICHEM) 2021 (virtual)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Protein-decorated artificial viral capsids self-assembled from beta-annulus peptides2021

    • Author(s)
      Kazunori Matsuura
    • Organizer
      The International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (PACIFICHEM) 2021 (virtual)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Control of nanomaterials by molecular designed peptides2021

    • Author(s)
      Kazunori Matsuura
    • Organizer
      International Workshop on Molecular Cybernetics (online)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 化学でウイルスレプリカを合成する2021

    • Author(s)
      松浦和則
    • Organizer
      ウイルス若手研究集会(オンライン)
    • Invited
  • [Presentation] 非環状型人工核酸の鋳型重合による配列複製と機能化2021

    • Author(s)
      村山恵司
    • Organizer
      第70回高分子学会年次大会
  • [Presentation] 安定な二重鎖を形成する非環状型人工核酸の設計と高機能化2021

    • Author(s)
      村山恵司
    • Organizer
      2021年度 北海道高分子若手研究会
  • [Presentation] 異なる波長で独立に制御可能な光応答性人工核酸の開発2021

    • Author(s)
      村山恵司, 山野雄平, 浅沼浩之
    • Organizer
      第15回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 化学AI構築に向けた光応答性人工核酸の設計と非酵素的鎖伸長反応の開発2021

    • Author(s)
      村山恵司
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会14.0
    • Invited
  • [Presentation] Nonenzymatic polymerase-like elongation of acyclic L-threoninol nucleic acid via chemical ligation2021

    • Author(s)
      Keiji Murayama, Hikari Okita, Hiroyuki Asanuma
    • Organizer
      ISNAC2021
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Photoregulation of Artificial Nucleic Acid via Photo-Cycloaddition of Modified Adenine Residues for Chemical AI2021

    • Author(s)
      Keiji Murayama, Yuuhei Yamano, Hiroyuki Asanuma
    • Organizer
      第59回日本生物物理学会年会
    • Invited
  • [Presentation] Pattern formation on capsule-like DNA hydrogels induced by lateral phase separation of DNA nanostructure2021

    • Author(s)
      Yusuke Sato, Masahiro Takinoue
    • Organizer
      The 27th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming (DNA 27)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 側方相分離が誘起するカプセル様DNAハイドロゲル表面のパターン形成2021

    • Author(s)
      佐藤佑介, 瀧ノ上正浩
    • Organizer
      第59回生物物理学会年会
  • [Remarks] 学術変革領域(A)分子サイバネティクス Webpage

    • URL

      https://molcyber.org

URL: 

Published: 2022-12-28  

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