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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Development of Molecular Information Transmitting Devices for Minimal Artificial Brain

Planned Research

Project AreaMolecular Cybernetics -Development of Minimal Artificial Brain by the Power of Chemistry
Project/Area Number 20H05970
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

野村 慎一郎  東北大学, 工学研究科, 准教授 (50372446)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 松浦 和則  鳥取大学, 工学研究科, 教授 (60283389)
佐藤 佑介  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 准教授 (60830560)
村山 恵司  名古屋大学, 工学研究科, 助教 (70779595)
Project Period (FY) 2020-11-19 – 2025-03-31
Keywords人工情報伝達分子 / 人工トランスデューサ / 分子サイバネティクス / 分子ロボティクス / 人工細胞
Outline of Annual Research Achievements

領域が目標に掲げるミクロンサイズの化学AIの構築に向け,本課題では,人工細胞膜小胞(GUV)の情報伝達を司り,かつ学習反応のためのリセットが可能な分子デバイスの設計と評価を行っている。本年度も引き続き,3種の情報伝達分子デバイス1)人工タイトジャンクション,2)人工レセプター,3)人工トランスデューサと,4)光照射によりリセット可能な分子デザインについて設計・構築と評価,検討を行った。野村グループは佐藤グループと共同で,引き続きDNAナノテクノロジーを基盤とした信号伝達分子デバイスの構築を行っている。GUVの膜上で機能する分子トランスデューサの具体的な設計と最適条件の探索を進め,複数種の分子デザインを評価しており,核酸分子配列の伝達が直交性を有することを示した。これらの分子デバイスは,疎水分子の修飾により構造が凝集しやすく,精製が困難な課題がある。この課題に対し,野村と佐藤は共同で,界面活性剤を援用した新規構造精製方法を開発することに成功した。さらに,cmスケールの人工多細胞体の構築手法を確立し,報告した。これは化学AI素子の別の形態として(マイクロ流体デバイス外部で)の利用が期待される。松浦グループでは,スピロピラン(SP)修飾β-シート形成ペプチドを合成し,これをGUVに内包させ光照射することで,球状からワーム状ベシクルへの可逆的かつ劇的な形態変化に成功した。村山グループでは,人工核酸L-aTNA骨格のメチル基に疎水性基を導入した新規人工核酸を創出し,その三重鎖を膜貫通ドメインとして応用することを試み,コレステロールで修飾した場合,設計通りの三重鎖状態で膜貫通することが示された。これらの進展に加え,松浦グループはペプチド合成拠点を,村山グループは核酸合成拠点をそれぞれ運営しており,公募班を含む領域全体へのサービスと共同研究を引き続き強力に進めている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

本年度も引き続き,3種+1項目の情報伝達分子デバイスの設計・構築と評価を進めた。1)人工タイトジャンクション,2)人工レセプター,3)人工トランスデューサ,加えて4)上記の分子デバイスを再利用(リセット)可能にする機構,である。それぞれについて個々の,そして共同研究による進捗と課題へのアプローチが進んでいるが,本年度はさらに,下記のような特筆すべき進展があった。本計画で開発する分子センサやトランスデューサなど,リポソーム膜で動作するDNAナノデバイスの取り扱いに不可欠なのが,疎水性修飾された人工分子の単離・精製であり,佐藤と野村は共同でその手法を確立し報告した。脂質膜に結合するDNAナノテク製人工分子デバイスは数多く報告されるものの,定量的な機能評価のための単離・精製が大きなハードルとなっていた。今回,見出した分子デバイスを界面活性剤共存下で処理する手法はシンプルかつ有効であり,本領域発の新技術として発展的に用いられることが期待され,重要な論文としてエディタからも高く評価された。また,野村らは人工多細胞体を簡便かつ大量に生産する手法を,報告した。この構造は自己集合で形成されるcmスケールに及ぶヘミフュージョン体であり,各区画が脂質二分子膜で隔てられていることから,本領域が目指す人工細胞間相互作用の構築と評価を行うための強力なプラットフォームとなり得る。さらに,松浦らは,スピロピラン修飾β-シート形成ペプチドを合成し,光照射による可逆的なペプチドナノファイバーの形成・解離の制御に成功し,これを巨大リポソームに内包させることで,球状からワーム状ベシクルへの光照射による可逆的かつ劇的な形態変化に成功した。これらの進展は当初の計画には見込まれておらず,しかし領域全体が直面する困難を打破する技術であり,今後の計画推進をサポートする重要なものであると考えている。

Strategy for Future Research Activity

化学AIの素子形成と動作に向けて,引き続き,本課題の要素技術である3種+1項目の情報伝達分子デバイスの設計・構築と評価を進め,他班と連携した技術開発を行う。1)人工タイトジャンクションと2)人工レセプター,3)人工トランスデューサについて,連結させたリポソーム間での情報伝達機構の測定を行う。そして4)光リセット機構を有する膜局在型の分子デバイスについて,2)3)との連携が可能な分子設計を行う。これらに加えて,野村グループによる,分子トランスデューサとして膜貫通型のdsDNAを用いる手法は,複数種のDNA分子をリポソーム内部に導入可能であることが示された。これは,単独の分子システムで,外部からの複数種類のDNA分子信号(たとえばパブロフの犬反応での肉とベル信号)を同時にリポソーム内に導入することが可能であることを示している。さらに,C01班小宮らが構築中の,リポソーム内DNA増幅系を外部からのDNA信号入力で起動できることも示された。課題は,成功率が低い点であり,班間連携により伝達率の向上に取り組んでいく。加えて,野村グループの大規模人工多細胞体への適用可能性についても調査する。また,A01班豊田・濵田らとの共同研究により,マイクロ流体デバイス内で整列されたリポソームで,松浦グループのペプチドによる光応答性形態変化の確認を進める。さらに,B01川又,D01班Kabirらとの共同研究により,野村グループでは,微小管の集合-離散反応をDNA回路によって自動制御する実験系を確立しつつあり,DNA回路によるアクチュエータの操作実現を目指す。これらの研究を通じて,B01班の分子デバイス開発を,本領域研究が目標とする化学AIの素子形成へと集約し,さらに素子同士の連係動作を目指して研究を推進する。

  • Research Products

    (58 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (20 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Peer Reviewed: 20 results,  Open Access: 14 results) Presentation (27 results) (of which Int'l Joint Research: 2 results,  Invited: 6 results) Book (5 results) Remarks (5 results)

  • [Int'l Joint Research] University of West of England(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      University of West of England
  • [Journal Article] Reversible Photocontrol of Microtubule Stability by Spiropyran‐Conjugated Tau‐Derived Peptides2023

    • Author(s)
      Inaba Hiroshi、Sakaguchi Minamo、Watari Soei、Ogawa Shigesaburo、Kabir Arif Md. Rashedul、Kakugo Akira、Sada Kazuki、Matsuura Kazunori
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 24 Pages: e202200782

    • DOI

      10.1002/cbic.202200782

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Functionalization of acyclic xenonucleic acid with modified nucleobases2023

    • Author(s)
      Murayama Keiji、Yamano Yuuhei、Asanuma Hiroyuki
    • Journal Title

      Polymer Journal

      Volume: 55 Pages: 743~752

    • DOI

      10.1038/s41428-023-00776-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Scalable Synthesis of Planar Macroscopic Lipid-Based Multi-Compartment Structures2023

    • Author(s)
      Archer Richard J.、Hamada Shogo、Shimizu Ryo、Nomura Shin-Ichiro M.
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 39 Pages: 4863~4871

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.2c02859

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dramatic morphological changes in liposomes induced by peptide nanofibers reversibly polymerized and depolymerized by the photoisomerization of spiropyran2023

    • Author(s)
      Liang Yingbing、Ogawa Shigesaburo、Inaba Hiroshi、Matsuura Kazunori
    • Journal Title

      Frontiers in Molecular Biosciences

      Volume: 10 Pages: 1137885

    • DOI

      10.3389/fmolb.2023.1137885

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Sequence-dependent fusion dynamics and physical properties of DNA droplets2023

    • Author(s)
      Sato Yusuke、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      Nanoscale Advances

      Volume: 5 Pages: 1919~1925

    • DOI

      10.1039/d3na00073g

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Spontaneous and Driven Growth of Multicellular Lipid Compartments to Millimeter Size from Porous Polymer Structures**2022

    • Author(s)
      Nomura Shin‐ichiro M.、Shimizu Ryo、Archer Richard James、Hayase Gen、Toyota Taro、Mayne Richard、Adamatzky Andrew
    • Journal Title

      ChemSystemsChem

      Volume: 4 Pages: e202200006

    • DOI

      10.1002/syst.202200006

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Molecular Cybernetics: Challenges toward Cellular Chemical Artificial Intelligence2022

    • Author(s)
      Murata Satoshi、Toyota Taro、Nomura Shin‐ichiro M.、Nakakuki Takashi、Kuzuya Akinori
    • Journal Title

      Advanced Functional Materials

      Volume: 32 Pages: 2201866~2201866

    • DOI

      10.1002/adfm.202201866

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Surfactant‐Assisted Purification of Hydrophobic DNA Nanostructures2022

    • Author(s)
      Iwabuchi Shoji、Nomura Shin‐ichiro M.、Sato Yusuke
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 24 Pages: e202200568

    • DOI

      10.1002/cbic.202200568

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Stabilization of Artificial Viral Capsid Using Surface Modification with BODIPY2022

    • Author(s)
      Matsuura Kazunori、Yano Satomi、Ohtani Haruka、Kobayashi Risako、Inaba Hiroshi
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 51 Pages: 1087~1090

    • DOI

      10.1246/cl.220398

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mechanistic Studies for the Rational Design of Multivalent Glycodendrimers2022

    • Author(s)
      Manabe Yoshiyuki、Tsutsui Masato、Hirao Kohtaro、Kobayashi Risako、Inaba Hiroshi、Matsuura Kazunori、Yoshidome Daisuke、Kabayama Kazuya、Fukase Koichi
    • Journal Title

      Chemistry- A European Journal

      Volume: 28 Pages: e202201848

    • DOI

      10.1002/chem.202201848

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Anticancer Activity of Reconstituted Ribonuclease S‐Decorated Artificial Viral Capsid2022

    • Author(s)
      Liang Yingbing、Furukawa Hiroto、Sakamoto Kentarou、Inaba Hiroshi、Matsuura Kazunori
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 23 Pages: e202200220

    • DOI

      10.1002/cbic.202200220

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Intracellular delivery and photothermal therapeutic effects of polyhistidine peptide-modified gold nanoparticles2022

    • Author(s)
      Hori Kosuke、Higashida Shinichi、Osaki Tomohiro、Kawano Tsuyoshi、Inaba Hiroshi、Matsuura Kazunori、Iwasaki Takashi
    • Journal Title

      Journal of Biotechnology

      Volume: 354 Pages: 34~44

    • DOI

      10.1016/j.jbiotec.2022.06.006

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Changes of Microtubules by Encapsulation of Gold Nanoparticles Using a Tau-derived Peptide2022

    • Author(s)
      Inaba Hiroshi、Kabir Arif Md. Rashedul、Kakugo Akira、Sada Kazuki、Matsuura Kazunori
    • Journal Title

      Chemistry Letters

      Volume: 51 Pages: 348~351

    • DOI

      10.1246/cl.210761

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Kinesin motors driven microtubule swarming triggered by UV light2022

    • Author(s)
      Ishii Satsuki、Akter Mousumi、Murayama Keiji、Kabir Arif Md. Rashedul、Asanuma Hiroyuki、Sada Kazuki、Kakugo Akira
    • Journal Title

      Polymer Journal

      Volume: 54 Pages: 1501~1507

    • DOI

      10.1038/s41428-022-00693-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] DNA Concentration Regulator That can be Driven for a Long Time2022

    • Author(s)
      Nakakuki Takashi、Murayama Keiji、Asanuma Hiroyuki
    • Journal Title

      New Generation Computing

      Volume: 40 Pages: 681~702

    • DOI

      10.1007/s00354-022-00173-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Methyl group configuration on acyclic threoninol nucleic acids (<i>a</i>TNAs) impacts supramolecular properties2022

    • Author(s)
      Murayama Keiji、Kashida Hiromu、Asanuma Hiroyuki
    • Journal Title

      Organic &amp; Biomolecular Chemistry

      Volume: 20 Pages: 4115~4122

    • DOI

      10.1039/d2ob00266c

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] DNA Droplets: Intelligent, Dynamic Fluid2022

    • Author(s)
      Udono Hirotake、Gong Jing、Sato Yusuke、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      Advanced Biology

      Volume: 7 Pages: 2200180~2200180

    • DOI

      10.1002/adbi.202200180

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Water‐in‐Water Droplets Selectively Uptake Self‐Assembled DNA Nano/Microstructures: a Versatile Method for Purification in DNA Nanotechnology2022

    • Author(s)
      Masukawa Marcos K.、Sato Yusuke、Yu Fujio、Tsumoto Kanta、Yoshikawa Kenichi、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 23 Pages: e202200240

    • DOI

      10.1002/cbic.202200240

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Computational DNA Droplets Recognizing miRNA Sequence Inputs Based on Liquid?Liquid Phase Separation2022

    • Author(s)
      Gong Jing、Tsumura Nozomi、Sato Yusuke、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      Advanced Functional Materials

      Volume: 32 Pages: 2202322~2202322

    • DOI

      10.1002/adfm.202202322

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Construction of Artificial Cell-type Molecular Robots2022

    • Author(s)
      IWABUCHI Shoji、FUKAMI Noriki、SATO Yusuke、NOMURA Shin-ichiro M.
    • Journal Title

      Seibutsu Butsuri

      Volume: 62 Pages: 178~180

    • DOI

      10.2142/biophys.62.178

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] Molecular Cybernetics: viewpoints from the material side2023

    • Author(s)
      Nomura, S.-i. M.
    • Organizer
      14th INTERNATIONAL WORKSHOP ON NATURAL COMPUTING
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光異性化により可逆的に集合・脱集合するペプチドナノファイバーによるリポソーム変形2023

    • Author(s)
      梁応冰,小河重三郎,稲葉央,松浦和則
    • Organizer
      日本化学会 第103春季年会
  • [Presentation] DNA-β-シートペプチドコンジュゲートの自己集合による大腸菌のようなマイクロロッド形成のセレンディピティ的発見2023

    • Author(s)
      松浦和則,中津あおい,稲葉央
    • Organizer
      日本化学会 第103春季年会
  • [Presentation] 自己集合性ペプチドによる 分子サイバネティクス材料の創製2023

    • Author(s)
      松浦和則
    • Organizer
      分子サイバネティクス×超越分子システム合同シンポジウム2023
    • Invited
  • [Presentation] 非環状型人工核酸を利用した多彩な生物学的ツールの創製2023

    • Author(s)
      村山恵司
    • Organizer
      日本化学会 第103春季年会
    • Invited
  • [Presentation] DNAナノテクノロジーによる人工細胞界面の機能化2023

    • Author(s)
      佐藤佑介
    • Organizer
      第9回Yet Another Artificial-Cells研究会
  • [Presentation] 人工多細胞体の自動合成と自動操作2023

    • Author(s)
      野村M.慎一郎
    • Organizer
      第9回Yet Another Artificial-Cells研究会
  • [Presentation] 踊る人工多細胞2022

    • Author(s)
      野村 M. 慎一郎
    • Organizer
      第73回コロイドおよび界面化学討論会
    • Invited
  • [Presentation] Toward automated production of Multicellular Lipid Compartments2022

    • Author(s)
      Ryo Shimizu, Richard Archer James, Gen Hayase, Satoshi Murata, Shinichiro M. Nomura
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会
  • [Presentation] Three-dimensional motility assay with microtubules and kinesin2022

    • Author(s)
      Hisanori Saito,Gikyo Usuki,Kohei Nishiyama,Nathanael Aubert-Kato,Shinichiro M. Nomura,Satoshi Murata,Akira Kakugo,Ibuki Kawamata
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会
  • [Presentation] DNA 増幅を動力源とするナノモーターの設計と評価 / Design and evaluation of nanomotors powered by DNA amplification2022

    • Author(s)
      Riku Yoshino, Richard James Archer, Satoshi Murata, Shinichiro Nomura, Ibuki Kawamata
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会
  • [Presentation] 人工細胞間でのDNA配列情報の伝達に向けた分子トランスデューサの研究2022

    • Author(s)
      吉田 海, 川又生吹,濵田省吾,松林秀明,村田智,野村 M. 慎一郎
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会15.0
  • [Presentation] 人工細胞間でのDNA配列情報の伝達に向けた分子トランスデューサ2022

    • Author(s)
      吉田 海, 川又生吹,濵田省吾,松林秀明,村田智,野村 M. 慎一郎
    • Organizer
      第6回分子ロボティクス年次大会
  • [Presentation] Toward automated production of Multi-cellular Lipid Compartments2022

    • Author(s)
      Ryo Shimizu, Richard Archer James, Gen Hayase, Satoshi Murata, Shinichiro M. Nomura
    • Organizer
      第6回分子ロボティクス年次大会
  • [Presentation] ペプチドから走光性材料やウイルスレプリカを創る2022

    • Author(s)
      松浦和則,古川寛人,八田健志,稲葉央
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会 15.0
    • Invited
  • [Presentation] Reversible Peptide Nanofibers Formed and Dissociated by Light2022

    • Author(s)
      Yingbing Liang, Hiroshi Inaba, Kazunori Matsuura
    • Organizer
      第59回ペプチド討論会
  • [Presentation] 光により可逆的に集合・脱集合するペプチドナノファイバーの創製2022

    • Author(s)
      梁応冰,稲葉央,松浦和則
    • Organizer
      2022年 繊維学会秋季研究発表会
  • [Presentation] 人工核酸aTNAを利用した直交性HCRの開発とRNA検出への応用2022

    • Author(s)
      村山恵司、陳 楊凌志、長尾竜弥、浅沼浩之
    • Organizer
      第32回バイオ・高分子シンポジウム
  • [Presentation] 非環状型XNAを利用した直交性シグナル増幅回路の開発とRNA検出への応用2022

    • Author(s)
      村山恵司、陳 楊凌志、長尾竜弥、浅沼浩之
    • Organizer
      第71回高分子討論会 2022
  • [Presentation] 非環状型XNAで構成される直交性シグナル増幅回路の開発とRNA検出への応用2022

    • Author(s)
      村山恵司、陳 楊凌志、長尾竜弥、浅沼浩之
    • Organizer
      第16回バイオ関連化学シンポジウム 2022
  • [Presentation] 非環状型XNAを利用した機能性ハイドロゲルの開発2022

    • Author(s)
      村山恵司、重松勇貴、奥田祐登、浅沼浩之
    • Organizer
      第53回 中部化学関係学協会支部連合秋季大会
  • [Presentation] Construction of bio-inspired artificial molecular systems and devices based on DNA nanotechnology2022

    • Author(s)
      Yusuke Sato
    • Organizer
      The 6th FRIS and TFC Collaboration Event “Workshop on Biosystems Design -From nanotechnology to microfluidics in biotechnology"
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Toward the construction of cell-like molecular systems based on DNA nanotechnology2022

    • Author(s)
      Yusuke Sato
    • Organizer
      第60回生物物理学会年会
  • [Presentation] 脂質膜を貫通したDNAトランスデューサの構築2022

    • Author(s)
      吉海智喜, 佐藤佑介
    • Organizer
      第6回分子ロボティクス年次大会
  • [Presentation] 脂質膜を貫通し自己集合した,DNAによる人工ナノポア構築2022

    • Author(s)
      嶋田元徳, 佐藤佑介
    • Organizer
      第6回分子ロボティクス年次大会
  • [Presentation] 相分離DNAカプセルを用いた脂質膜の相分離制御に向けて2022

    • Author(s)
      柴田航希, 佐藤佑介
    • Organizer
      第6回分子ロボティクス年次大会
  • [Presentation] 脂質膜を貫通したDNAの自己集合による,人工ナノポア構築2022

    • Author(s)
      嶋田元徳, 佐藤佑介
    • Organizer
      「細胞を創る」研究会15.0
  • [Book] 人工細胞をコンテナとして用いる培養細胞操作,月刊「細胞」2022年4月号2022

    • Author(s)
      野村 M. 慎一郎,齋藤明,田中敦,小椋利彦
    • Total Pages
      56
    • Publisher
      ニューサイエンス
  • [Book] Biomolecules for molecular robot structures, Encyclopedia of Robotics2022

    • Author(s)
      Nomura, S.-i. M., Archer R. J.
    • Total Pages
      -
    • Publisher
      Springer, Berlin
  • [Book] Molecular Robotics: An Introduction2022

    • Author(s)
      Satoshi Murata (Ed)(Chapter 3を野村が執筆・編集担当)
    • Total Pages
      296
    • Publisher
      Springer Nature Singapore
  • [Book] Molecular Robotics: An Introduction2022

    • Author(s)
      Satoshi Murata (Ed)(Chapter 4.9 pp.167-173を松浦が執筆担当)
    • Total Pages
      296
    • Publisher
      Springer Nature Singapore
  • [Book] Molecular Robotics: An Introduction2022

    • Author(s)
      Satoshi Murata (Ed)(Chapter 3.2 pp.69-74を佐藤が執筆担当)
    • Total Pages
      296
    • Publisher
      Springer Nature Singapore
  • [Remarks] 野村研究室Webpage

    • URL

      https://sites.google.com/site/smnomuralaboratory/

  • [Remarks] 学術変革領域(A)分子サイバネティクス Webpage

    • URL

      https://molcyber.org

  • [Remarks] 東北大学 2023年 | プレスリリース・研究成果 多細胞型分子ロボット製造のための新手法を開発

    • URL

      https://www.tohoku.ac.jp/japanese/2023/03/press20230328-01-robot.html

  • [Remarks] 九州工業大学2023年 プレスリリース・人工細胞膜上で機能するナノデバイスの新たな精製方法を確立

    • URL

      https://www.kyutech.ac.jp/whats-new/press/entry-9698.html

  • [Remarks] 講談社ブルーバックス がん治療にも使える! 化学の力でつくる「ウイルスレプリカ」

    • URL

      https://gendai.media/articles/-/101203

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Published: 2023-12-25  

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