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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Development of Molecular Information Transmitting Devices for Minimal Artificial Brain

Planned Research

Project AreaMolecular Cybernetics -Development of Minimal Artificial Brain by the Power of Chemistry
Project/Area Number 20H05970
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

野村 慎一郎  東北大学, 工学研究科, 准教授 (50372446)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 松浦 和則  鳥取大学, 工学研究科, 教授 (60283389)
佐藤 佑介  九州工業大学, 大学院情報工学研究院, 准教授 (60830560)
村山 恵司  名古屋大学, 工学研究科, 助教 (70779595)
Project Period (FY) 2020-11-19 – 2025-03-31
Keywords人工情報伝達分子 / 人工トランスデューサ / 分子サイバネティクス / 分子ロボティクス / 人工細胞
Outline of Annual Research Achievements

領域が目標に掲げるミクロンサイズの化学AIの構築に向け,本課題では,人工細胞膜小胞(GUV)の情報伝達を司り,かつ学習反応のためのリセットが可能な分子デバイスの設計と評価を行っている。本年度も引き続き,3種の情報伝達分子デバイス1)人工タイトジャンクション,2)人工レセプター,3)人工トランスデューサと,4)光照射によりリセット可能な分子デザインについて設計・構築と評価,検討を行った。野村グループは佐藤グループと共同で,引き続きDNAナノテクノロジーを基盤とした信号伝達分子デバイスの構築を行っている。GUVの膜上で機能する分子トランスデューサの設計と最適条件の探索を進め,核酸分子配列の伝達が直交性を有すること,さらにGUV内部のDNA回路を起動可能であることを示した。佐藤グループでは,さらに機能を高める分子トランスデューサとして,2つのGUV間における信号伝達機構を設計し,その動作確認に成功した。松浦グループは,昨年度のスピロピラン修飾光応答性ペプチドナノファイバーを用いた光による劇的なGUV変形の成功に続き,今年度は相分離GUVのLd相付近でペプチドナノファイバーを成長させることによりGUVの局所的な変形に成功した。今後、DNAシグナルに応答したGUV変形システムの創製を目指す。村山グループでは,人工核酸三重鎖で構成される膜貫通ドメインの合成スキームを改良し,合成期間の大幅な短縮を達成した。また,この膜貫通ドメインを介してGUV内のDNAと相互作用させることに成功した。これらの進展に加え,松浦グループはペプチド合成拠点を,村山グループは核酸合成拠点を引き続きそれぞれ運営しており,公募班を含む領域全体へのサービスと共同研究を引き続き強力に進めている。以上の成果に基づき,化学AI素子の実現のために他班・公募班との連携を進めている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

本年度も引き続き,3種+1項目の情報伝達分子デバイスについて設計・構築と評価を進めた。1)人工タイトジャンクション,2)人工レセプター,3)人工トランスデューサ,加えて4)上記の分子デバイスを再利用(リセット)可能にする機構,である。それぞれについて個々の進捗のみならず,共同研究による大きな課題へのアプローチが進んだ一年であった。下記のような特筆すべき進展があった。当初計画していたGUV間,隣接するGUVの内部から内部へ,脂質二分子膜2枚越しの情報伝達を実現する分子トランスデューサが,佐藤グループの設計によって確認された。これは,当初想定された機構よりも複雑化された,しかし昨年までに培った基礎的な知見に基づき実験上の課題を解決し得られた成果である。今回,設計された分子デバイスは世界にも類を見ない本領域発の新技術として発展的に用いられることが期待される。また,野村らはこれまでに発表した人工多細胞体(自己集合で形成されるcmスケールに及ぶヘミフュージョン体であり,各区画が脂質二分子膜で隔てられている)を簡便かつ大量に生産する手法を改良し,ロボットによる自動的な生成を実現し,報告した。この手法は本領域が目指す人工細胞間相互作用の構築と評価を行うための強力なプラットフォームとなり得る。さらに,松浦らは,スピロピラン修飾β-シート形成ペプチドによる光応答性可逆的なペプチドナノファイバーの形成・解離の制御に成功し,これを用いたGUVの大変形を,局所的に生じさせることに成功した。これらの進展は領域全体のデバイス統合による化学AI実現への課題解決を後押しする技術であり,今後の計画推進を強力にサポートする重要なものであると考えている。

Strategy for Future Research Activity

最終年度となる本年度は,これまで開発を続けてきた以下の情報伝達分子デバイスの設計・構築と評価,特に人工細胞膜および人工細胞間での機能評価に注力し,他班および公募班と連携してシステム化を追求する。人工タイトジャンクションとして選択的にGUV同士を隣り合わせて結合し,情報伝達を実現する機構と,人工レセプターとして,GUVの膜上に存在し,外部からの特定の分子信号と結合して構造を変化させ,溶液の交換を伴わずにリポソーム内部に状態変化を伝える機構,これらを統合して,2つの連結したリポソームの内部同士で状態変化を伝える機構とした(人工トランスデューサ)。これらのデバイスを実際にDNA回路を内包するGUVに組み込んで,連係した動作の評価を行う。さらに,外部からの光照射によるリセット機構,光応答性の局所的GUV膜の大変形機構を統合した一連のデザインの開発を進める.具体的な連携として,C01班,D01班で進行している学習・運動機構について,そのトリガーや,動作の結果を別のコンパートメントに伝える情報伝達について,我々の分子デバイスを活用した試験を行う。そして,A01班の開発している人工細胞回路の形成・処理を行う自動化機構と連携して,一連の分子情報伝達の評価を目指す。またペプチド合成拠点,人工核酸合成拠点による領域サービスの運営も引き続き行い,これら他班および公募班との連携を進め,分子サイバネティクス領域全体の成果としてのSPAユニットの動作を目指す。

  • Research Products

    (55 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (14 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 14 results,  Open Access: 13 results) Presentation (31 results) (of which Int'l Joint Research: 12 results,  Invited: 10 results) Book (6 results) Remarks (3 results)

  • [Int'l Joint Research] UWE Bristol(英国)

    • Country Name
      UNITED KINGDOM
    • Counterpart Institution
      UWE Bristol
  • [Journal Article] Liquid DNA Coacervates form Porous Capsular Hydrogels via Viscoelastic Phase Separation on Microdroplet Interface2024

    • Author(s)
      Morita Masamune、Sakamoto Tetsuro、Nomura Shin‐ichiro M.、Murata Satoshi、Yanagisawa Miho、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      Advanced Materials Interfaces

      Volume: 11 Pages: 2300898

    • DOI

      10.1002/admi.202300898

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] DNA Reaction System That Acquires Classical Conditioning2024

    • Author(s)
      Nakakuki Takashi、Toyonari Masato、Aso Kaori、Murayama Keiji、Asanuma Hiroyuki、de Greef Tom F. A.
    • Journal Title

      ACS Synthetic Biology

      Volume: 13 Pages: 521~529

    • DOI

      10.1021/acssynbio.3c00459

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Pioneering artificial cell-like structures with DNA nanotechnology-based liquid-liquid phase separation2024

    • Author(s)
      Sato Yusuke、Takinoue Masahiro
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 21 Pages: n/a~n/a

    • DOI

      10.2142/biophysico.bppb-v21.0010

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Polycyclic aromatic hydrocarbons in samples of Ryugu formed in the interstellar medium2023

    • Author(s)
      Zeichner Sarah S. et al.
    • Journal Title

      Science

      Volume: 382 Pages: 1411~1416

    • DOI

      10.1126/science.adg6304

    • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] From Molecular Robotics to Molecular Cybernetics: The First Step Toward Chemical Artificial Intelligence2023

    • Author(s)
      Kuzuya Akinori、Nomura Shin-Ichiro M.、Toyota Taro、Nakakuki Takashi、Murata Satoshi
    • Journal Title

      IEEE Transactions on Molecular, Biological and Multi-Scale Communications

      Volume: 9 Pages: 354~363

    • DOI

      10.1109/TMBMC.2023.3304243

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Photoresponsive peptide materials: Spatiotemporal control of self-assembly and biological functions2023

    • Author(s)
      Matsuura Kazunori、Inaba Hiroshi
    • Journal Title

      Biophysics Reviews

      Volume: 4 Pages: 041303

    • DOI

      10.1063/5.0179171

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Construction of Silver Nanoparticles inside Microtubules Using Tau-Derived Peptide Ligated with Silver-Binding Peptide2023

    • Author(s)
      Inaba Hiroshi、Hori Yuma、Kabir Arif Md Rashedul、Kakugo Akira、Sada Kazuki、Matsuura Kazunori
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      Volume: 96 Pages: 1082~1087

    • DOI

      10.1246/bcsj.20230162

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Hierarchical supramolecular structure comprising reduction-responsive DNA microspheres and semi-artificial glycopeptide-based micro-asters2023

    • Author(s)
      Isogami Ayaka、Higashi Sayuri L.、Okumura Bioru、Shibata Aya、Hirosawa Koichiro M.、Suzuki Kenichi G. N.、Tsukiji Shinya、Matsuura Kazunori、Ikeda Masato
    • Journal Title

      Polymer Journal

      Volume: 55 Pages: 1103~1107

    • DOI

      10.1038/s41428-023-00809-1

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Antigen/Adjuvant-Displaying Enveloped Viral Replica as a Self-Adjuvanting Anti-Breast-Cancer Vaccine Candidate2023

    • Author(s)
      Ito Keita、Furukawa Hiroto、Inaba Hiroshi、Ohshima Shino、Kametani Yoshie、Maeki Masatoshi、Tokeshi Manabu、Huang Xuhao、Kabayama Kazuya、Manabe Yoshiyuki、Fukase Koichi、Matsuura Kazunori
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 145 Pages: 15838~15847

    • DOI

      10.1021/jacs.3c02679

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Binding of Tau-derived peptide-fused GFP to plant microtubules in Arabidopsis thaliana2023

    • Author(s)
      Inaba Hiroshi、Oikawa Kazusato、Ishikawa Kazuya、Kodama Yutaka、Matsuura Kazunori、Numata Keiji
    • Journal Title

      PLOS ONE

      Volume: 18 Pages: e0286421

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0286421

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Reversible Photocontrol of Microtubule Stability by Spiropyran‐Conjugated Tau‐Derived Peptides2023

    • Author(s)
      Inaba Hiroshi、Sakaguchi Minamo、Watari Soei、Ogawa Shigesaburo、Kabir Arif Md. Rashedul、Kakugo Akira、Sada Kazuki、Matsuura Kazunori
    • Journal Title

      ChemBioChem

      Volume: 24 Pages: e202200782

    • DOI

      10.1002/cbic.202200782

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Highly Functional Acyclic Xeno Nucleic Acids2023

    • Author(s)
      Murayama Keiji、Okita Hikari、Asanuma Hiroyuki
    • Journal Title

      Bulletin of the Chemical Society of Japan

      Volume: 96 Pages: 1179~1187

    • DOI

      10.1246/bcsj.20230188

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Rapid Chemical Ligation of DNA and <i>Acyclic</i> Threoninol Nucleic Acid (<i>a</i>TNA) for Effective Nonenzymatic Primer Extension2023

    • Author(s)
      Okita Hikari、Kondo Shuto、Murayama Keiji、Asanuma Hiroyuki
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 145 Pages: 17872~17880

    • DOI

      10.1021/jacs.3c04979

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Functionalization of acyclic xenonucleic acid with modified nucleobases2023

    • Author(s)
      Murayama Keiji、Yamano Yuuhei、Asanuma Hiroyuki
    • Journal Title

      Polymer Journal

      Volume: 55 Pages: 743~752

    • DOI

      10.1038/s41428-023-00776-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 光応答性核酸塩基を導入したXNA三重鎖によるナノ構造体形成2024

    • Author(s)
      村山恵司, 平野桂人, 浅沼浩之
    • Organizer
      日本化学会第104春季年会
  • [Presentation] 合成ペプチドの自己集合によるウイルスレプリカの創製2024

    • Author(s)
      松浦 和則
    • Organizer
      京都大学iPS細胞研究所 講演会
    • Invited
  • [Presentation] Creation of Photoresponsive Artificial Cytoskeleton based on Peptide Nanofibers2024

    • Author(s)
      Yingbing Liang,Hiroshi Inaba,Kazunori Matsuura
    • Organizer
      日本化学会第104春季年会
  • [Presentation] DNAハイドロゲル裏打ち構造を用いた脂質膜における分子分布規定方法の開発2024

    • Author(s)
      吉永琢朗,佐藤佑介
    • Organizer
      第7回分子ロボティクス年次大会
  • [Presentation] Nonenzymatic Primer Extension of Acyclic L-Threoninol Nucleic Acid Using Highly Effective Chemical Ligation2023

    • Author(s)
      Keiji Murayama
    • Organizer
      ICPAC Bali 2023
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Photo-controllable Acyclic Xeno Nucleic Acid with Adenine Analogues2023

    • Author(s)
      Keiji Murayama, Yuuhei Yamano, Hiroyuki Asanuma
    • Organizer
      ISMSC 2023
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Toward the Creation of Molecular Auto-Matter2023

    • Author(s)
      Shin-Ichiro M. Nomura
    • Organizer
      Unconventional Computing Workshop 2023
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Designing RNP network structures for inducing um-scale molecular assembly2023

    • Author(s)
      Kazuya Ankai, Hirohisa Ohno, Masahiro Takinoue, Yoshihiro Shimizu, Hirohide Saito and Shin-ichiro M. Nomura
    • Organizer
      DNA29
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Interconnected 2D hierarchical DNA networks assembled by molecular motors2023

    • Author(s)
      Farhana Afroze, Richard J Archer, Arif Md. Rashedul Kabir, Yuuto Miura, Shin-ichiro M. Nomura, Shogo Hamada and Akira Kakugo
    • Organizer
      DNA29
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] DNA condensate capable of photocontrollable rheological change creates multi-mode DNA microflow2023

    • Author(s)
      Hirotake Udono, Shin-ichiro M. Nomura and Masahiro Takinoue
    • Organizer
      DNA29
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dynamic behavior of hydrogel pattern in DNA-based reaction?diffusion system2023

    • Author(s)
      Jaehyeok Eom, Keita Abe, Ibuki Kawamata, Shinichiro Nomura and Satoshi Murata
    • Organizer
      DNA29
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dramatic Changes in Liposome Morphology by Light-Control of Peptide Nanofibers Modified with Spiropyran2023

    • Author(s)
      Yingbing Liang,Hiroshi Inaba,Kazunori Matsuura
    • Organizer
      第60回ペプチド討論会
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Virus Replicas Constructed from Designed Peptides2023

    • Author(s)
      Kazunori Matsuura
    • Organizer
      The 13th SPSJ International Polymer Conference (IPC 2023)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Construction of Enveloped Virus Replicas Embedding Membrane Proteins2023

    • Author(s)
      Kazunori Matsuura, Hiroto Furukawa, Hiroshi Inaba
    • Organizer
      The 19th Akabori Conference (German-Japanese Symposium on Peptide Science)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光異性化により可逆的に重合・脱重合するペプチドナノファイバーに誘起されたリポソームの劇的な変形2023

    • Author(s)
      梁 応冰,小河 重三郎,稲葉 央,松浦 和則
    • Organizer
      第72回高分子学会年次大会
  • [Presentation] ペプチドナノファイバーの光異性化によるリポソームの劇的な形態変化2023

    • Author(s)
      松浦 和則,梁 応冰,稲葉 央
    • Organizer
      光・量子デバイス研究会
    • Invited
  • [Presentation] Enveloped Virus Replicas self-assembled from beta-Annulus Peptides and Lipids2023

    • Author(s)
      Kazunori Matsuura
    • Organizer
      The 6th Asian Chemical Biology Conference (ACBC2023)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 光応答性ペプチドナノファイバーによるリポソームの劇的形態変化2023

    • Author(s)
      梁 応冰,稲葉 央,松浦 和則
    • Organizer
      第17回バイオ関連化学シンポジウム
  • [Presentation] 光応答性ペプチドナノファイバーによるリポソームの劇的かつ可逆的な形態制御2023

    • Author(s)
      梁 応冰,稲葉 央,松浦 和則
    • Organizer
      第72回高分子討論会
  • [Presentation] ペプチドで創るケミカルウイルスレプリカ2023

    • Author(s)
      松浦和則
    • Organizer
      バイオ・高分子研究会
    • Invited
  • [Presentation] DNAナノテクノロジーによる脂質膜の機能化と制御2023

    • Author(s)
      佐藤佑介
    • Organizer
      化学とマイクロ・ナノシステム学会第47回研究会
  • [Presentation] Assembly and Applications of Liquid-like Condensates Formed from Sequence-Designed DNA nanostructures2023

    • Author(s)
      佐藤佑介
    • Organizer
      The 29th International Conference on DNA Computing and Molecular Programming
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 相分離DNAハイドロゲルを活用した人工皮質様構造の構築と膜上分子分布の操作2023

    • Author(s)
      佐藤佑介
    • Organizer
      超越分子システム第3回領域会議
  • [Presentation] 相分離DNAハイドロゲルを用いた細胞皮質様構造の構築2023

    • Author(s)
      吉永琢朗,佐藤佑介
    • Organizer
      細胞を作る研究会16.0
  • [Presentation] DNAナノ構造の液液相分離現象とその活用2023

    • Author(s)
      佐藤佑介
    • Organizer
      第72回高分子討論会
  • [Presentation] DNAナノテクノロジーを軸とした細胞型分子システムのボトムアップ構築2023

    • Author(s)
      佐藤佑介
    • Organizer
      第13回細胞性粘菌学会
    • Invited
  • [Presentation] Toward construction of DNA hydrogel-based cortex-like structures for liposome functionalization2023

    • Author(s)
      吉永琢朗,佐藤佑介
    • Organizer
      第61回生物物理学会年会
  • [Presentation] DNAハイドロゲルを用いたリポソーム膜における分子分布規定方法の開発2023

    • Author(s)
      吉永琢朗,佐藤佑介
    • Organizer
      化学とマイクロ・ナノシステム学会第48回研究会
  • [Presentation] 膜貫通DNAのその場自己集合によるナノポア構築技術の開発2023

    • Author(s)
      高木諒,佐藤佑介
    • Organizer
      化学とマイクロ・ナノシステム学会第48回研究会
  • [Presentation] ダイマー型DNA分子トランスデューサによるベシクル間情報伝達機構の開発2023

    • Author(s)
      佐藤佑介
    • Organizer
      分子サイバネティクス第3回領域会議
  • [Presentation] 人工DNAチャネル内のイオン輸送特性に及ぼす細孔径と疎水性修飾の影響に関する分子論的解析2023

    • Author(s)
      高橋潤,川又生吹,佐藤佑介,仲村陽宏,徳増崇,馬渕拓哉
    • Organizer
      第37回分子シミュレーション討論会
  • [Book] 生命起源の事典「5-18 ペプチドによる形づくり」2024

    • Author(s)
      松浦 和則, 生命の起原と進化学会 監修
    • Total Pages
      312
    • Publisher
      朝倉書店
    • ISBN
      978-4-254-16078-9
  • [Book] Functionalization of microtubules by Tau-derived peptides: encapsulation, cell manipulation, and construction of superstructures2024

    • Author(s)
      Hiroshi Inaba, Kazunori Matsuura
    • Total Pages
      130
    • Publisher
      RSC
    • ISBN
      978-1-83916-705-8
  • [Book] 実験の自動化・自律化によるR&Dの効率化と運用方法?AI、ロボット技術、ChatGPT、MI、ベイズ最適化、秘密計算など?, 第10章第5節 "実験自動化による人工多細胞体の作製と観察への取り組みと今後の展望2023

    • Author(s)
      川又 生吹, 清水 稜, Richard J. Archer, 野村 M. 慎一郎
    • Total Pages
      545
    • Publisher
      技術情報協会
    • ISBN
      978-4-86104-994-1
  • [Book] Peptide Self‐Assembly and Engineering: Fundamentals, Structures, and Applications, Volume 1, Chapter 8: Protein‐decorated Artificial Viral Capsids Self‐assembled from β‐Annulus Peptides"2023

    • Author(s)
      Kazunori Matsuura (Eds by Xuehai Yan)
    • Total Pages
      688
    • Publisher
      Wiley-VCH
    • ISBN
      978-3-527-84125-7
  • [Book] Supramolecular Nanotechnology: Advanced Design of Self-Assembled Functional Materials,”Chapter 34, Designed Peptides that Control Protein Nano-assemblies”2023

    • Author(s)
      Hiroshi Inaba, Kazunori Matsuura, (Eds by Omar Azzaroni and Martin Conda-Sheridan)
    • Total Pages
      1360
    • Publisher
      Wiley-VCH
    • ISBN
      9783527834044
  • [Book] Handbook of Chemical Biology of Nucleic Acids, “Biomaterials Based on DNA Conjugates and Assemblies”2023

    • Author(s)
      Kazunori Matsuura, Hiroshi Inaba (Eds N. Sugimoto)
    • Total Pages
      2861
    • Publisher
      Springer Singapore
    • ISBN
      978-981-19-9776-1
  • [Remarks] 野村研究室Webpage

    • URL

      https://sites.google.com/site/smnomuralaboratory/

  • [Remarks] 日経BP 未来コトハジメ 医療や環境分野などで活躍する分子ロボットへの期待

    • URL

      https://project.nikkeibp.co.jp/mirakoto/atcl/robotics/h_vol72/

  • [Remarks] 日本経済新聞 小型ロボ、体内動き治療

    • URL

      https://www.nikkei.com/article/DGKKZO75407790Z11C23A0TJK000/

URL: 

Published: 2024-12-25  

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