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2012 Fiscal Year Annual Research Report

核内ネットワークを制御する天然変性タンパク質の機能発現

Planned Research

Project AreaTarget recognition and expression mechanism of intrinsically disordered protein
Project/Area Number 21113005
Research InstitutionKyushu University

Principal Investigator

石野 良純  九州大学, (連合)農学研究科(研究院), 教授 (30346837)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 奥脇 暢  筑波大学, 医学医療系, 准教授 (50322699)
清水 光弘  明星大学, 理工学部, 教授 (80231364)
Project Period (FY) 2009-07-23 – 2014-03-31
Keywords天然変性蛋白質 / 分子間相互作用 / DNA複製 / 転写因子 / ヒストンシャペロン
Research Abstract

DNA複製フォーク停止修復過程で重要な働きをするヒト由来のhHef (FANCM)とアーキア由来のHefタンパク質について、それぞれの天然変性領域と相互作用するタンパク質を網羅的にスクリーニングして得られた相互作用タンパク質が、実際に結合することを実験的に証明した。また、それぞれのタンパク質について、Hefとの相互作用の機能的な意味を解明するべく、種々のモデルを提唱した(近日投稿予定)。天然変性領域が複数のタンパク質因子と相互作用するためには、構造をフレキシブルに変換することが必要であり、それを実験的に証明するために、構造解析を進めることにした。結晶化やNMR解析を行うための試料調製に着手した。構造解析は本領域の中の共同研究で進める。
出芽酵母の減数分裂初期遺伝子群の転写の活性と抑制を制御するUme6において、Ime1、Isw2クロマチンリモデリング因子複合体、Sin3-Rpd3ヒストン脱アセチル化酵素複合体との相互作用に関与する天然変性領域のセグメントを決定した(論文準備中)。一方では、テロメアリピートがヌクレオソームポジショニングを破壊することをin vivoで示し(論文投稿中)、ヒトのテロメアリピートにおけるヌクレオソーム形成とTRF1とTRF2の天然変性領域の機能を解析するための実験系を構築した。
アデノウイルスクロマチン制御因子として同定した核小体タンパク質B23が天然変性領域を有することをCDスペクトルを用いて明らかにした。天然変性領域はB23のRNA結合活性の制御に重要な役割を担っており、この領域の細胞内での機能も明らかになってきた。さらに、ヒストンシャペロンNAP1の酸性領域のヒストン結合特異性を明らかにした。この研究は横浜市立大学西村教授グループとの共同研究で進めた。いずれも研究成果も現在論文投稿準備中である。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

研究の進展については、複製修復関連、転写制御、クロマチン制御ともに、計画どおりに天然変性領域の構造と機能に迫る方向で研究がおおむね順調に進展しており、研究対象とするタンパク質の天然変性領域の構造と機能について、着実に実験データを蓄積している。今後、これらの研究成果を順次、迅速に論文にして行く必要がある。

Strategy for Future Research Activity

ヒトHef/FANCM、アーキアのHefの天然変性領域と結合するタンパク質との複合体を単離し、構造解析によって、天然変性領域が特有構造へ折り畳まれる現象を実験的に突き詰めていきたい。転写因子、クロマチン因子についても、これまでの成果をとりまとめ論文発表をする。B23は核小体に局在する因子で、天然領域の機能を介して多くのタンパク質と相互作用し、核小体の中でハブとして機能していることが想定される。天然変性領域を持つ因子のハブとしての機能を明らかにすべく、細胞生物学的な研究を進めて、その生物学的な意義を明らかにしていく予定である。最終年にあたるH25年度は、これまでの成果をまとめながら、天然変性蛋白質研究の新たな方向、すなわち、天然変性領域が何故必要になったのか、またその折り畳みの分子機構の本質へ進展させたいと考えている。

  • Research Products

    (30 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 6 results) Presentation (18 results) (of which Invited: 3 results) Book (2 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] A Novel Single-Strand Specific 3'-5' Exonuclease Found in the Hyperthermophilic Archaeon, Pyrococcus furiosus.2013

    • Author(s)
      Tori, K.
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 8 Pages: e58497

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0058497.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Novel inhibition of archaeal family-D DNA polymerase by uracil.2013

    • Author(s)
      Richardson, TT.
    • Journal Title

      Nucleic Acids Research

      Volume: 41 Pages: 4207-4218

    • DOI

      10.1093/nar/gkt083

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure-based mutational study of an archaeal DNA ligase towards improvement of ligation activity.2012

    • Author(s)
      Tanabe, M.
    • Journal Title

      ChemBioChem.

      Volume: 13 Pages: 2575-2582

    • DOI

      10.1002/cbic.201200336.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rapid progress of DNA replication studies in Archaea, the third domain of life.2012

    • Author(s)
      Ishino, Y.
    • Journal Title

      Sci. China, Ser-C Life Sci.

      Volume: 55 Pages: 1-18

    • DOI

      10.1007/s11427-012-4324-9

  • [Journal Article] Comparative analyses of the two proliferating cell nuclear antigens from the hyperthermophilic archaeon, Thermococcus kodakarensis.2012

    • Author(s)
      Kuba, Y.
    • Journal Title

      Genes Cells

      Volume: 17 Pages: 923-937

    • DOI

      10.1111/gtc.12007.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Function of homo- and hetero-oligomers of human nucleoplasmin/nucleophosmin family proteins NPM1, NPM2 and NPM3 during sperm chromatin remodeling.2012

    • Author(s)
      Okuwaki, M.
    • Journal Title

      Nucleic Acid Research

      Volume: 40 Pages: 4861-4878

    • DOI

      10.1093/nar/gks162

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] B23/nucleophosmin is involved in regulation of adenovirus chromatin structure at late infection stages, but not in virus replication and transcription.2012

    • Author(s)
      Abdus Samad
    • Journal Title

      Journal of General Virology

      Volume: 93 Pages: 1328-1338

    • DOI

      10.1099/vir.0.036665-0

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] The long ID region in Hef (FANCM) is important for interaction with several DNA repair-related proteins.2013

    • Author(s)
      Yoshizumi Ishino
    • Organizer
      The 2nd International Symposium on Intrinsically Disordered Proteins新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」 第2回国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      RIKEN, Yokohama
    • Year and Date
      20130123-20130124
    • Invited
  • [Presentation] Intrinsically disordered regions essential for activator and repressor functions of Ume6.2013

    • Author(s)
      MItsuhiro Shimizu
    • Organizer
      新学術領域研究「天然変性タンパク質の分子認識機構と機能発現」第2回国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      理化学研究所、横浜
    • Year and Date
      20130123-20130124
  • [Presentation] Characterisation of the proteins involved in DNA replication and repair from Caldiarchaeum subterraneum, an uncultivated archaeon.2012

    • Author(s)
      Sonoko Ishino,
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場、福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] The synergistic stimulation of the MCM activity by Cdc6/Orc1 and GINS homotetramer from the archaeon, Thermoplasma acidophilum.2012

    • Author(s)
      Hiromi Ogino,
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場、福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] Exhaustive search for the proteins interacting with intrinsically disordered region in human FANCM.2012

    • Author(s)
      Takeshi Yamagami
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場、福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] The effect of human telomeric repeat sequences and telomere binding protein TRF1 on nucleosome positioning in yeast.2012

    • Author(s)
      Nobuyuki Morohashi,
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場、福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] romotion of nucleosome assembly with ATTCT and CTG repeats and its effect on transcription.2012

    • Author(s)
      Nobuyuki Morohashi,
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場、福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] Interaction between H2A/H2B heterodimer and the acidic domain of histone chaperone hNap12012

    • Author(s)
      Moriwaki Yoshihito
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場、福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] Maintenance of the nucleolar structure by acidic RNA binding proteins2012

    • Author(s)
      Mitsuru Okuwaki
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場、福岡
    • Year and Date
      20121211-20121214
  • [Presentation] Preparation of intrinsically disordered proteins using auto-cleavage protease fusion protein expression system.2012

    • Author(s)
      Natsuko Goda,
    • Organizer
      第35回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場、福岡
    • Year and Date
      20121111-20121114
  • [Presentation] In vivoでのヌクレオソーム形成に及ぼすDNAリピート配列の影響2012

    • Author(s)
      清水光弘
    • Organizer
      平成24年度国立遺伝学研究所研究会「染色体ドメインの形成と機能発現機構」
    • Place of Presentation
      国立遺伝学研究所、三島
    • Year and Date
      20121018-20121019
    • Invited
  • [Presentation] DNA複製修復タンパク質FANCMの天然変性領域と相互作用する複製関連タンパク質の発見2012

    • Author(s)
      山中啓吾
    • Organizer
      平成24年度日本農芸化学会西日本支部および日本栄養・食糧学会九州・沖縄支部合同大会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学 鹿児島
    • Year and Date
      20120928-20120929
  • [Presentation] Promotion of nucleosome assembly with DNA repeat sequences associated with hereditary neurological diseases2012

    • Author(s)
      Nobuyuki Morohashi
    • Organizer
      Cold Spring Harbor Laboratory Meeting on EPIGENETICS & CHROMATIN
    • Place of Presentation
      Cold Spring Harbor, New York, USA
    • Year and Date
      20120911-20120915
  • [Presentation] アーキア(古細菌)のDNA ポリメラーゼ ~その種類と役割~2012

    • Author(s)
      石野良純
    • Organizer
      変異機構研究会 第25 回夏の学校
    • Place of Presentation
      愛知県小牧勤労センター, 愛知
    • Year and Date
      20120630-20120701
    • Invited
  • [Presentation] 核小体タンパク質Nucleophosmin/B23のRNA結合特性の解析

    • Author(s)
      久岡美晴
    • Organizer
      第2回リボソームミーティング
    • Place of Presentation
      東京農工大学, 東京
  • [Presentation] 核小体形成におけるRNP複合体の核小体クロマチンへの集合機構

    • Author(s)
      上島州平
    • Organizer
      第2回リボソームミーティング
    • Place of Presentation
      東京農工大学, 東京
  • [Presentation] 核小体形成におけるRNAとRNA結合タンパク質の協調的な働き

    • Author(s)
      奥脇暢
    • Organizer
      第30回染色体ワークショップ・第11回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      淡路島, 兵庫
  • [Presentation] Assembly and maintenance of the nucleolar structure by RNA and RNA binding proteins

    • Author(s)
      Mitsuru Okuwaki
    • Organizer
      Human Biology Symposium-Biology and Regenerative Medicine
    • Place of Presentation
      つくば国際会議場、つくば
  • [Book] DNA polymerases and DNA ligases. In THERMOPHILES IN ENVIRONMENTAL AND INDUSTRIAL BIOTECHNOLOGY2013

    • Author(s)
      Ishino, S.
    • Total Pages
      28
    • Publisher
      Springer Science+Business Media.
  • [Book] DNA Replication in Archaea, the Third Domain of Life., In The Mechanisms of DNA Replication2012

    • Author(s)
      Ishino, Y.
    • Total Pages
      35
    • Publisher
      INTECH
  • [Remarks] 石野研究室ホームページ「石野研究室へようこそ」

    • URL

      http://www.agr.kyushu-u.ac.jp/lab/pce-web/

  • [Remarks] 清水研究室ホームページ「明星大学 生命科学 化学系 教員・研究室 清水研究室」

    • URL

      http://www.hino.meisei-u.ac.jp/chem/LBT/Shimizu01.html

  • [Remarks] 奥脇研究室ホームページ 『感染生物学分子ウイルス学分野」

    • URL

      http://www.md.tsukuba.ac.jp/basic-med/infectionbiology/virology/news.html

URL: 

Published: 2015-05-28  

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