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2012 Fiscal Year Annual Research Report

準安定的に形成される受容体・リガンド複合体間の相互作用解析

Planned Research

Project AreaIntegrative understanding of biological processes mediated by transient macromolecular complexes; New technology for visualizing physiologically metastable states.
Project/Area Number 21121002
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

嶋田 一夫  東京大学, 薬学研究科(研究院), 教授 (70196476)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 甲斐荘 正恒  首都大学東京, 公私立大学の部局等, 教授 (20137029)
Project Period (FY) 2009-07-23 – 2014-03-31
Keywords構造生物学 / 核磁気共鳴法 / 過渡的複合体 / 膜タンパク質 / 構造平衡
Research Abstract

Gタンパク質共役型受容体(GPCR)はリガンドが存在しない状態でもGタンパク質を介したシグナルを惹起し(基礎活性)、またリガンド結合によるシグナル伝達活性の強度は、リガンドによって異なること(薬効度)が知られている。これまでに様々なリガンドに結合したGPCRの結晶構造が明らかになっているにもかかわらず、リガンドごとに薬効度が異なる機構は明らかではない。そこで、NMRを用いて、beta2 adrenergic receptor (b2AR)を解析対象とし、b2ARのシグナル制御機構の解明を行った。
b2ARには、9残基のメチオニンが広く分布しており、活性化にともない大きく構造変化する部位に存在することから、メチオニンメチル基をプローブとしてNMR解析をおこなうこととした。薬効度の異なる作動薬の結合状態について、シグナルの変化を解析したところ、薬効度依存的に、活性化状態と不活性化状態との中間の位置にシグナルが観測され、b2ARは、基本的に2種類の不活性化状態と、活性化状態の間の動的平衡状態にあることが示された。
またリガンドごとに薬効度が異なる機構を、以下のように説明することができる。完全作動薬結合状態では、b2ARはほぼ活性型コンフォメーションにあり、最大のシグナル伝達活性を示す。部分作動薬結合状態では、主に不活性型コンフォメーションと、活性型コンフォメーションの平衡にあり、後者の割合が高いほど、より高いシグナル伝達活性を示す。阻害薬結合状態では、3つのコンフォメーションの平衡にあり、わずかに存在する活性型コンフォメーションによって、基礎活性が発揮される。逆作動薬結合状態では主に不活性型コンフォメーションをとり、ほとんどシグナル伝達活性を示さない)。すなわち、b2AR は生体膜上で活性型と不活性型の構造平衡を取りシグナルを制御しており、リガンドはその平衡をずらすことにより薬効度を発揮していることが明らかとなった。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

膜タンパク質が形成する過渡的な複合体の観測に関して、当初予定していたリガンド分子側だけではなく、膜タンパク質側のNMRシグナルの観測が可能となり、GPCRをはじめとする膜タンパク質の過渡的複合体の構造情報を得る方法が確立できた。

Strategy for Future Research Activity

最終年度を迎えるにあたり一層の研究の加速を目指す。膜タンパク質の直接観測が可能となったことを踏まえ、安定同位体標識GPCRをこれまでに開発した再構成法を用いて脂質二重膜中に埋め込み、生理的条件に近い環境におけるGPCRの構造情報を得る研究にも取り組む。

  • Research Products

    (42 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (14 results) (of which Peer Reviewed: 13 results) Presentation (27 results) (of which Invited: 7 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Structural basis for modulation of gating property of G protein-gated inwardly rectifying potassium ion channel (GIRK) by i/o-family G protein α subunit (Gαi/o)2012

    • Author(s)
      Mase Y, Yokogawa M, Osawa M, Shimada I
    • Journal Title

      J Biol Chem.

      Volume: 287(23) Pages: 19537-49

    • DOI

      10.1074/jbc.M112.353888

  • [Journal Article] Efficacy of the beta2-adrenergic receptor is determined by conformational equilibrium in the transmembrane region2012

    • Author(s)
      Kofuku Y, Ueda T, Okude J, Shiraishi Y, Kondo K, Maeda M, Tsujishita H, Shimada I.
    • Journal Title

      Nat Commun.

      Volume: 3 Pages: 1045

    • DOI

      10.1038/ncomms2046

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] An NMR method to study protein-protein interactions2012

    • Author(s)
      Nishida N, Shimada I.
    • Journal Title

      Methods Mol Biol

      Volume: 757 Pages: 129-137

    • DOI

      10.1007/978-1-61779-166-6_10

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isotopic labeling of heterologous proteins in the yeast Pichia pastoris and Kluyveromyces lactis2012

    • Author(s)
      Sugiki T, Ichikawa O, Miyazawa-Onami M, Shimada I, Takahashi H.
    • Journal Title

      Methods Mol Biol

      Volume: 831 Pages: 19-36

    • DOI

      10.1007/978-1-61779-480-3_2

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Atypical membrane-embedded phosphatidylinositol 3,4-bisphosphate (PI(3,4)P2)-binding site on p47(phox) Phox homology (PX) domain revealed by NMR2012

    • Author(s)
      Stampoulis P, Ueda T, Matsumoto M, Terasawa H, Miyano K, Sumimoto H, Shimad I.
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 287 Pages: 17848-17859

    • DOI

      10.1074/jbc.M111.332874

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Segmental isotopic labeling of a 140 kDa dimeric multi-domain protein CheA from Escherichia coli by expressed protein ligation and protein trans-splicing2012

    • Author(s)
      Minato Y, Ueda T, Machiyama A, Shimada I, Iwai H.
    • Journal Title

      J Biomol NMR

      Volume: 53 Pages: 191-207

    • DOI

      10.1007/s10858-012-9628-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] NMR study of ligand release from asialoglycoprotein receptor under solution conditions in early endosomes2012

    • Author(s)
      Onizuka T, Shimizu H, Moriwaki Y, Nakano T, Kanai S, Shimada I, Takahashi H.
    • Journal Title

      FEBS J

      Volume: 279 Pages: 2645-2656

    • DOI

      10.1111/j.1742-4658.2012.08643.x.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for the Golgi association by the pleckstrin homology domain of the ceramide trafficking protein (CERT)2012

    • Author(s)
      Sugiki T, Takeuchi K, Yamaji T, Takano T, Tokunaga Y, Kumagai K, Hanada K, Takahashi H, Shimada I.
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 287 Pages: 33706-33718

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis of efficient electron transport between photosynthetic membrane proteins and plastocyanin in spinach revealed using nuclear magnetic resonance2012

    • Author(s)
      Ueda T, Nomoto N, Koga M, Ogasa H, Ogawa Y, Matsumoto M, Stampoulis P, Sode K, Terasawa H, Shimada I.
    • Journal Title

      Plant Cell

      Volume: 24 Pages: 4173-4186

    • DOI

      10.1105/tpc.112.102517

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional dynamics of proteins revealed by solution NMR2012

    • Author(s)
      Osawa M, Takeuchi K, Ueda T, Nishida N, Shimada I.
    • Journal Title

      Curr Opin Struct Biol

      Volume: 22 Pages: 660-669

    • DOI

      10.1016/j.sbi.2012.08.007

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Backbone resonance assignments for G protein α(i3) subunit in the GTP-bound state2012

    • Author(s)
      Mase Y, Yokogawa M, Osawa M, Shimada I.
    • Journal Title

      Biomol NMR Assign

      Volume: 6 Pages: 217-220

    • DOI

      10.1007/s12104-012-9361-6

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Spatial distribution of cytoplasmic domains of the Mg(2+)-transporter MgtE, in a solution lacking Mg(2+), revealed by paramagnetic relaxation enhancement2012

    • Author(s)
      Imai S, Maruyama T, Osawa M, Hattori M, Ishitani R, Nureki O, Shimada I.
    • Journal Title

      Biochim Biophys Acta

      Volume: 1824 Pages: 1129-1135

    • DOI

      10.1016/j.bbapap.2012.06.008

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biological role of the two overlapping poly(A)-binding protein interacting motifs 2 (PAM2) of eukaryotic releasing factor eRF3 in mRNA decay.2012

    • Author(s)
      Osawa M, Hosoda N, Nakanishi T, Uchida N, Kimura T, Imai S, Machiyama A, Katada T, Hoshino S, Shimada I.
    • Journal Title

      RNA

      Volume: 18 Pages: 1957-1967

    • DOI

      10.1261/rna.035311.112

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional equilibrium of the KcsA structure revealed by NMR2012

    • Author(s)
      Imai S, Osawa M, Mita K, Toyonaga S, Machiyama A, Ueda T, Takeuchi K, Oiki S, Shimada I.
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 287 Pages: 39634-39641

    • DOI

      10.1074/jbc.M112.401265

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] バイオリアクターを用いた in-cell NMR 法による細胞内タンパク質間相互作用の観測2013

    • Author(s)
      西田紀貴、久保智史、嶋田一夫
    • Organizer
      日本薬学会 第133回年会
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市
    • Year and Date
      20130327-20130330
    • Invited
  • [Presentation] Elucidation of the transient interaction between ubiquitin and yeast ubiquitin hydrolase by NMR2013

    • Author(s)
      小笠 広起、上田 卓見、松本 昌彦、嶋田 一夫
    • Organizer
      Nagoya Symposium - Frontiers in Structural Physiology
    • Place of Presentation
      愛知県名古屋市
    • Year and Date
      20130122-20130124
  • [Presentation] Efficacy of the b2-adrenergic receptor is determined by conformational2013

    • Author(s)
      幸福 裕、上田 卓見、奥出 順也、白石 勇太郎、近藤 啓太、前田 正洋、辻下 英樹、嶋田 一夫
    • Organizer
      Nagoya Symposium - Frontiers in Structural Physiology
    • Place of Presentation
      愛知県名古屋市
    • Year and Date
      20130122-20130124
  • [Presentation] Alternate Signal Transduction Mechanism of CheA and CheY revealed by NMR2013

    • Author(s)
      湊 雄一、上田 卓見、町山 麻子、岩井 秀夫、嶋田 一夫
    • Organizer
      Nagoya Symposium - Frontiers in Structural Physiology
    • Place of Presentation
      愛知県名古屋市
    • Year and Date
      20130122-20130124
  • [Presentation] Structurral elucidation of the Mg2+-dependent gating mechanism of a Mg2+ transporter MgtE2013

    • Author(s)
      丸山達朗, 今井駿輔, 大澤匡範, 服部素之, 石谷隆一郎, 濡木理, 嶋田一夫
    • Organizer
      Nagoya Symposium - Frontiers in Structural Physiology
    • Place of Presentation
      愛知県名古屋市
    • Year and Date
      20130122-20130124
  • [Presentation] Structural Basis for Regulation of G Protein Regulation of G Protein-activated Inwardly Rectifying Potassium Channel 1 (GIRK1) by G Protein2013

    • Author(s)
      大澤匡範、間瀬瑤子、横川真梨子、竹内恒、嶋田一夫
    • Organizer
      Nagoya Symposium - Frontiers in Structural Physiology
    • Place of Presentation
      愛知県名古屋市
    • Year and Date
      20130122-20130124
  • [Presentation] NMRによる膜タンパク質の機能解明2013

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      よこはまNMR構造生物学研究会
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市
    • Year and Date
      2013-03-22
  • [Presentation] Gタンパク質共役型受容体の動的平衡の制御機構の解明2012

    • Author(s)
      近藤 啓太、幸福 裕、上田 卓見、嶋田 一夫
    • Organizer
      第85回日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      福岡県福岡市
    • Year and Date
      20121214-20121216
  • [Presentation] ATP effect on Mg2+-dependent gating of a Mg2+ channel MgtE2012

    • Author(s)
      丸山達朗, 今井駿輔, 大澤匡範, 服部素之, 石谷隆一郎, 濡木理, 嶋田一夫
    • Organizer
      第85回生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡県福岡市
    • Year and Date
      20121214-20121216
  • [Presentation] 細胞内molecular crowding環境におけるタンパク質間相互作用解析2012

    • Author(s)
      宇田川侑子、久保智史、西田紀貴、嶋田一夫
    • Organizer
      第85回生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡県福岡市
    • Year and Date
      20121214-20121216
  • [Presentation] Elucidation of the transient interaction between ubiquitin and yeast ubiquitin hydrolase2012

    • Author(s)
      小笠 広起、上田 卓見、松本 昌彦、嶋田 一夫
    • Organizer
      25th ICMRBS
    • Place of Presentation
      リヨン、フランス
    • Year and Date
      20120819-20120824
  • [Presentation] Protein-protein docking method utilizing the intermolecular 1H-1H distance restraints obtained by the quantitative cross-saturation method2012

    • Author(s)
      松本 昌彦、上田 真也、上田 卓見、嶋田 一夫
    • Organizer
      25th ICMRBS
    • Place of Presentation
      リヨン、フランス
    • Year and Date
      20120819-20120824
  • [Presentation] Structural Elucidation of the Alternate Signal Transduction Mechanism of CheA and CheY2012

    • Author(s)
      湊 雄一、上田 卓見、町山 麻子、岩井 秀夫、嶋田 一夫
    • Organizer
      25th ICMRBS
    • Place of Presentation
      リヨン、フランス
    • Year and Date
      20120819-20120824
  • [Presentation] Structural basis for the modulation of the gating property of G protein-gated inwardly rectifying potassium ion channel (GIRK) by G protein α subunit in the i/o-family (Gαi/o)2012

    • Author(s)
      間瀬瑤子、横川真梨子、大澤匡範、嶋田一夫
    • Organizer
      25th ICMRBS
    • Place of Presentation
      リヨン、フランス
    • Year and Date
      20120819-20120824
  • [Presentation] Elucidation of the Mg2+-dependent gating mechanism of a Mg2+ transporter MgtE2012

    • Author(s)
      丸山達朗, 今井駿輔, 大澤匡範, 服部素之, 石谷隆一郎, 濡木理, 嶋田一夫
    • Organizer
      25th ICMRBS
    • Place of Presentation
      リヨン、フランス
    • Year and Date
      20120819-20120824
  • [Presentation] Elucidation of the affinity switching mechanism of the microtubule-binding domain of cytoplasmic dynein2012

    • Author(s)
      宝田理、西田紀貴、吉川雅英、嶋田一夫
    • Organizer
      25th ICMRBS
    • Place of Presentation
      リヨン、フランス
    • Year and Date
      20120819-20120824
  • [Presentation] An NMR method to observe protein-protein interactions in living mammalian cells using the gel encapsulated bioreactor system2012

    • Author(s)
      久保智史, 西田紀貴, 宇田川侑子, 宝田理, 荻野新治, 嶋田一夫
    • Organizer
      25th ICMRBS
    • Place of Presentation
      リヨン、フランス
    • Year and Date
      20120819-20120824
  • [Presentation] 内向き整流性カリウムチャネル開閉機構の解明2012

    • Author(s)
      外山侑樹、大澤匡範、横川真梨子、豊永翔、町山麻子、嶋田一夫
    • Organizer
      第12回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      愛知県名古屋市
    • Year and Date
      20120620-20120622
  • [Presentation] Functional Dynamics of Membrane Proteins by NMR2012

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      第85回生化学会年会
    • Place of Presentation
      福岡県福岡市
    • Year and Date
      2012-12-11
  • [Presentation] NMRを用いた膜タンパク質の機能解明2012

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会
    • Place of Presentation
      愛知県名古屋市
    • Year and Date
      2012-06-22
  • [Presentation] Dynamical aspects of membrane proteins2012

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      INPEC2012
    • Place of Presentation
      台北、台湾
    • Year and Date
      2012-04-06
  • [Presentation] NMRによる膜タンパク質の機能解明

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      第13回若手NMR研究会
    • Place of Presentation
      北海道、支笏湖
    • Invited
  • [Presentation] 膜タンパク質を対象としたNMR創薬基盤技術

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      第25回バイオメディカル分析科学シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京都港区
    • Invited
  • [Presentation] Functional Dynamics of Membrane Proteins

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      ICMRBS
    • Place of Presentation
      リヨン、フランス
    • Invited
  • [Presentation] Functional Dynamics of Membrane Proteins

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      The 3rd International Symposium on Drug Discovery and Design by NM
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市
    • Invited
  • [Presentation] NMRによる膜タンパク質の機能解明

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      第34回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム
    • Place of Presentation
      京都府京都市
    • Invited
  • [Presentation] Functional Equilibrium of Membrane Proteins

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      Frontiers of NMR in Biology, Keystone Symposia,
    • Place of Presentation
      Snowbird, Utah, USA
    • Invited
  • [Remarks] 東京大学大学院薬学系研究科 生命物理化学教室

    • URL

      http://ishimada.f.u-tokyo.ac.jp/public_html/index_j.html

URL: 

Published: 2015-05-28  

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