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2013 Fiscal Year Annual Research Report

準安定的に形成される受容体・リガンド複合体間の相互作用解析

Planned Research

Project AreaIntegrative understanding of biological processes mediated by transient macromolecular complexes; New technology for visualizing physiologically metastable states.
Project/Area Number 21121002
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

嶋田 一夫  東京大学, 薬学研究科(研究院), 教授 (70196476)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 甲斐荘 正恒  首都大学東京, 公私立大学の部局等, 教授 (20137029)
Project Period (FY) 2009-07-23 – 2014-03-31
Keywords構造生物学 / 核磁気共鳴法 / 相互作用 / 過渡的複合体 / 転移交差飽和法
Research Abstract

In-cell NMR法は細胞内に導入したタンパク質のNMRシグナルを直接観測し、その構造情報を得る手法である。近年、より高等な哺乳細胞を対象としたin-cell NMR法の開発も報告されており、実際の細胞内での相互作用観測に基づく創薬スクリーニングへの応用も期待されている。しかし、高密度の細胞をNMR試料管内に充填して測定を行うin-cell NMR法では、細胞内環境の劣化および細胞死が経時的に生じるため、限られた時間内でしかNMR観測を行うことができないという問題があった。
そこで、我々は細胞内環境を保ったまま長時間のin-cell NMR測定をおこなうための新規バイオリアクターシステムの開発を行った。まず、細胞を温度可塑性のメビオールゲル内に封入した状態でNMRサンプル管に充填し、サンプル管底部から一定の速度で培地を灌流させた。31P NMR観測の結果から、通常は30分以内で枯渇する細胞内ATP濃度を、バイオリアクターを用いることで15時間以上一定に保持できることが示された。また、15時間経過後にも死細胞の増加がほとんど認められず、長時間のin-cell NMR測定が可能であることが示された。
確立した手法を用いて、外部から導入したタンパク質と内在性のタンパク質との相互作用界解析を行った。微小管結合ドメインCap-Gly domain 1 (CG1)をHeLa細胞内に導入し、内在性の微小管との相互作用部位を転移交差飽和(TCS)法により観測した。その結果、既にin vitro研究にて重要性が示されている疎水性面を相互作用部位として同定することに成功した。

Current Status of Research Progress
Reason

25年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

25年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (28 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (11 results) (of which Peer Reviewed: 11 results) Presentation (16 results) (of which Invited: 6 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Identification of a binding element for the cytoplasmic regulator FROUNT in the membrane-proximal C-terminal region of chemokine receptors CCR2 and CCR52014

    • Author(s)
      Toda E, Terashima Y, Esaki K, Yoshinaga S, Sugihara M, Kofuku Y, Shimada I, Suwa M, Kanegasaki S, Terasawa H, Matsushima K.
    • Journal Title

      Biochem J

      Volume: 457 Pages: 313-322

    • DOI

      10.1042/BJ20130827

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure-based approach to improve a small-molecule inhibitor by the use of a competitive peptide ligand.2014

    • Author(s)
      Ono K, Takeuchi K, Ueda H, Morita Y, Tanimura R, Shimada I, Takahashi H.
    • Journal Title

      Angew Chem Int Ed Engl

      Volume: 53 Pages: 2597-2601

    • DOI

      10.1002/anie.201310749

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Functional dynamics of cell surface membrane proteins2014

    • Author(s)
      Nishida N, Osawa M, Takeuchi K, Imai S, Stampoulis P, Kofuku Y, Ueda T, Shimada I.
    • Journal Title

      J Magn Reson

      Volume: 241 Pages: 86-96

    • DOI

      10.1016/j.jmr.2013.11.007.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A gel-encapsulated bioreactor system for NMR studies of protein-protein interactions in living mammalian cells.2013

    • Author(s)
      Kubo S, Nishida N, Udagawa Y, Takarada O, Ogino S, Shimada I.
    • Journal Title

      Angew Chem Int Ed Engl

      Volume: 52 Pages: 1208-1211

    • DOI

      10.1002/anie.201207243

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Backbone resonance assignments for the cytoplasmic region of the Mg(2+) transporter MgtE in the Mg (2+)-unbound state2013

    • Author(s)
      Maruyama T, Imai S, Osawa M, Hattori M, Ishitani R, Nureki O, Shimada I.
    • Journal Title

      Biomol NMR Assign

      Volume: 7 Pages: 93-96

    • DOI

      10.1007/s12104-012-9385-y

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure of the mouse sex peptide pheromone ESP1 reveals a molecular basis for specific binding to the class C G-protein-coupled vomeronasal receptor2013

    • Author(s)
      Yoshinaga S, Sato T, Hirakane M, Esaki K, Hamaguchi T, Haga-Yamanaka S, Tsunoda M, Kimoto H, Shimada I, Touhara K, Terasawa H.
    • Journal Title

      J Biol Chem

      Volume: 288 Pages: 16064-16072

    • DOI

      10.1074/jbc.M112.436782

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Backbone resonance assignments for G protein α(i3) subunit in the GDP-bound state2013

    • Author(s)
      Mase Y, Yokogawa M, Osawa M, Shimada I.
    • Journal Title

      Biomol NMR Assign

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Nuclear magnetic resonance approaches for characterizing interactions between the bacterial chaperonin GroEL and unstructured proteins.2013

    • Author(s)
      Nishida N, Yagi-Utsumi M, Motojima F, Yoshida M, Shimada I, Kato K.
    • Journal Title

      J Biosci Bioeng

      Volume: 116 Pages: 160-164

    • DOI

      10.1016/j.jbiosc.2013.02.012.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Backbone and side-chain (1)H, (15)N and (13)C resonance assignments of the microtubule-binding domain of yeast cytoplasmic dynein in the high and low-affinity states.2013

    • Author(s)
      Takarada O, Nishida N, Kikkawa M, Shimada I.
    • Journal Title

      Biomol NMR Assign

    • DOI

      10.1007/s10858-012-9628-3

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Perdeuteration and methyl-selective (1)H, (13)C-labeling by using a Kluyveromyces lactis expression system2013

    • Author(s)
      Miyazawa-Onami M, Takeuchi K, Takano T, Sugiki T, Shimada I, Takahashi H.
    • Journal Title

      J Biomol NMR

      Volume: 57 Pages: 297-304

    • DOI

      10.1007/s10858-013-9789-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Rapid identification of ligand-binding sites by using an assignment-free NMR approach2013

    • Author(s)
      Kodama Y, Takeuchi K, Shimba N, Ishikawa K, Suzuki E, Shimada I, Takahashi H.
    • Journal Title

      J Med Chem

      Volume: 56 Pages: 9342-9350

    • DOI

      10.1021/jm4014357

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 二次元NMRインターフェログラム再構成法の開発およびCCR5のMIP-1α結合様式の解明への応用2014

    • Author(s)
      上田卓見、吉浦知絵、松本昌彦、幸福裕、奥出順也、近藤啓太、白石勇太郎、嶋田一夫
    • Organizer
      日本薬学会第134年会
    • Place of Presentation
      熊本県熊本市
    • Year and Date
      20140327-20140330
  • [Presentation] β2-アドレナリン受容体のシグナル制御機構の解明2014

    • Author(s)
      幸福 裕,上田 卓見,奥出 順也,白石 勇太郎,近藤 啓太,前田 正洋,
    • Organizer
      日本薬学会第134年会
    • Place of Presentation
      熊本県熊本市
    • Year and Date
      20140327-20140330
  • [Presentation] NMR 法による脂質二重膜中における P2X4受容体の動的構造平衡の解明2014

    • Author(s)
      鈴木 志歩,湊 雄一,幸福 裕,上田 卓見,服部 素之,濡木 理,嶋田 一夫
    • Organizer
      日本薬学会第134年会
    • Place of Presentation
      熊本県熊本市
    • Year and Date
      20140327-20140330
  • [Presentation] β2 アドレナリン受容体のリン酸化によるシグナル制御機構の解明2014

    • Author(s)
      白石 勇太郎,幸福 裕,上田 卓見,嶋田 一夫
    • Organizer
      日本薬学会第134年会
    • Place of Presentation
      熊本県熊本市
    • Year and Date
      20140327-20140330
  • [Presentation] 脂質二重膜中の脂質による GPCR の活性制御機構の解明2014

    • Author(s)
      水村 拓也、近藤 啓太、幸福 裕、上田 卓見、嶋田 一夫
    • Organizer
      日本薬学会第134年会
    • Place of Presentation
      熊本県熊本市
    • Year and Date
      20140327-20140330
  • [Presentation] NMR 法による P2X4 受容体の開閉制御機構の解明2014

    • Author(s)
      湊 雄一、鈴木 志歩,幸福 裕,上田 卓見,服部 素之,濡木 理,嶋田 一夫
    • Organizer
      日本薬学会第134年会
    • Place of Presentation
      熊本県熊本市
    • Year and Date
      20140327-20140330
  • [Presentation] 電位依存性カリウムイオンチャネルの膜電位感受機構の解明2014

    • Author(s)
      野﨑智裕, 小澤新一郎, 原田瞳, 木村友美, 大澤匡範, 嶋田一夫
    • Organizer
      日本薬学会 第134年会
    • Place of Presentation
      熊本県熊本市
    • Year and Date
      20140327-20140330
  • [Presentation] NMR observation of protein-protein interactions in living mammalian cells using a gel encapsulated bioreactor system2013

    • Author(s)
      西田紀貴、嶋田一夫
    • Organizer
      第36回分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市
    • Year and Date
      20131203-20131205
    • Invited
  • [Presentation] イオンチャネルの機能に関連した動的構造2013

    • Author(s)
      今井駿輔、○大澤匡範、三田建一郎、豊永翔、町山麻子、上田卓見、竹内 恒、老木成稔、嶋田一夫
    • Organizer
      第35回生体膜と薬物の相互作用シンポジウム
    • Place of Presentation
      東京都文京区
    • Year and Date
      20131121-20131123
    • Invited
  • [Presentation] Affinity regulation mechanism of microtubule-binding domain of cytoplasmic dynein2013

    • Author(s)
      西田紀貴、宝田理、吉川雅英、嶋田一夫
    • Organizer
      Dynein2013
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市
    • Year and Date
      20131101-20131103
    • Invited
  • [Presentation] A gel-encapsulated bioreactor system for NMR studies of protein-protein interactions in living mammalian cells.2013

    • Author(s)
      西田紀貴、嶋田一夫
    • Organizer
      生物物理学会 第51回年会
    • Place of Presentation
      京都府京都市
    • Year and Date
      20131028-20131030
    • Invited
  • [Presentation] Functional Equilibrium of GPCR2013

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      5th Asia-Pacific NMR Symposium in conjunction with ANZNAG2013
    • Place of Presentation
      Brisbane, Australia
    • Year and Date
      2013-10-24
  • [Presentation] Functional Equilibrium of Membrane Proteins2013

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      International Conference on Structural Genomics 2013
    • Place of Presentation
      北海道札幌市
    • Year and Date
      2013-07-24
  • [Presentation] Functional Equilibrium of Membrane Proteins2013

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      54th Experimental Nuclear Magnetic Resonance Conference
    • Place of Presentation
      Asilomar, California, USA
    • Year and Date
      2013-04-15
  • [Presentation] Functional Equilibrium of GPCR

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      Symposium “Perspectives of NMR in drug discovery
    • Place of Presentation
      Novartis, Basel, Switzerland
    • Invited
  • [Presentation] NMR を用いた高分子量タンパク質複合体の相互作用解析法の開発と応用

    • Author(s)
      嶋田一夫
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市
    • Invited
  • [Remarks] 東京大学大学院薬学系研究科 生命物理化学教室

    • URL

      http://ishimada.f.u-tokyo.ac.jp/public_html/index_j.html

URL: 

Published: 2015-05-28  

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