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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Elucidation of the mechanism of kinetically controlled reaction fields in cells

Planned Research

Project AreaKinetics-Driven Supramolecular Chemistry
Project/Area Number 21H05095
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

奥村 正樹  東北大学, 学際科学フロンティア研究所, 准教授 (50635810)

Project Period (FY) 2021-08-23 – 2024-03-31
Keywords反応遅延制御 / 酸化的フォールディング / LLPS / 活性亢進剤
Outline of Annual Research Achievements

小胞体内化学的触媒反応場の形成メカニズムを明らかにするため、構造生物学、生化学、分子生物学的手法の融合により、その構成成分やトリガーとなる因子を抽出することを目指した。2021年度小胞体内化学的触媒反応場の形成因子を見出し、2022年度A01班齋尾と協力し、NMR測定による小胞体内化学的触媒反応場の形成時の立体構造・ダイナミクス解析を行い、化学的触媒反応場に不可欠な領域の特定に至った。さらに、小胞体内化学的触媒反応場の内部の可視化を目指し、屈折率を活かしたホロトモグラフィー顕微鏡を設置した結果、幾種かのシャペロン、基質の濃縮を特定することが出来た。最終年度である2023年度は、特定した因子の生理学的機能の理解と、小胞体内化学的触媒反応場の可視化を行った。
小胞体内化学的触媒反応場の機能の理解に関して、試験管内の実験において本化学的触媒反応場が基質であるプロインスリンの凝集を抑制し、酸化的フォールディングを触媒するスーパーエンハンサーとしての化学触媒反応場であることを突き止めた。次に、小胞体内化学的触媒反応場に濃縮される因子の機能の理解に関して、因子を濃縮することで、スーパーエンハンサーとしての化学触媒反応場の触媒活性がさらに亢進されることがわかった。今後生理学的な検証を進める必要がある。
小胞体内化学的触媒反応場の可視化において、化学的触媒反応場の因子を安定に発現させたU2OS細胞を作成し、クライオ電顕トモグラフィーによる小胞体内の可視化を行っている。現在条件検討を行っており、可視化に成功後、速やかに論文投稿を目指す。
また、C01班村岡と協力し、反応遅延制御の反応場の化学制御が可能になると考えられる、幾種かの酸化還元化合物を開発し論文として発表した。さらにこの化合物は、小胞体内の幾つかの酵素の活性亢進にも役立っていることを示し、現在論文投稿中である。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (15 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 3 results,  Open Access: 5 results) Presentation (6 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Invited: 6 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] 韓国基礎科学研究所(韓国)

    • Country Name
      KOREA (REP. OF KOREA)
    • Counterpart Institution
      韓国基礎科学研究所
  • [Int'l Joint Research] ケース・ウェスタン・リザーブ 大学(米国)

    • Country Name
      U.S.A.
    • Counterpart Institution
      ケース・ウェスタン・リザーブ 大学
  • [Journal Article] Enzymatic and synthetic regulation of polypeptide folding2024

    • Author(s)
      Muraoka Takahiro、Okumura Masaki、Saio Tomohide
    • Journal Title

      Chemical Science

      Volume: 15 Pages: 2282~2299

    • DOI

      10.1039/d3sc05781j

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Client recognition differences between PDI and ERp46 to guide oxidative folding2024

    • Author(s)
      Saio Tomohide、Ishii Kotone、Matsusaki Motonori、Kumeta Hiroyuki、Kanemura Shingo、Okumura Masaki
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: 2024.03.04 Pages: 583432

    • DOI

      10.1101/2024.03.04.583432

    • Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Diselenide-bond replacement of the external disulfide bond of insulin increases its oligomerization leading to sustained activity2023

    • Author(s)
      Arai Kenta、Okumura Masaki、Lee Young-Ho、Katayama Hidekazu、Mizutani Kenji、Lin Yuxi、Park Sam-Yong、Sawada Kaichiro、Toyoda Masao、Hojo Hironobu、Inaba Kenji、Iwaoka Michio
    • Journal Title

      Communications Chemistry

      Volume: 6 Pages: 258

    • DOI

      10.1038/s42004-023-01056-4

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Semi-enzymatic acceleration of oxidative protein folding by N-methylated heteroaromatic thiols2023

    • Author(s)
      Okada Shunsuke、Matsumoto Yosuke、Takahashi Rikana、Arai Kenta、Kanemura Shingo、Okumura Masaki、Muraoka Takahiro
    • Journal Title

      Chemical Science

      Volume: 14 Pages: 7630~7636

    • DOI

      10.1039/d3sc01540h

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Dose-response relationship for the resistance of human insulin to degradation by insulin-degrading enzyme2023

    • Author(s)
      Okumura Masaki、Kuramochi Tsubura、Lin Yuxi、Furukawa Ran、Mizutani Kenji、Yokoyama Takeshi、Kim Mingeun、Lim Mi Hee、Yi Hyon-Seung、Arai Kenta、Yamaguchi Hiroshi、Hojo Hironobu、Iwaoka Michio、Tanaka Yoshikazu、Park Sam-Yong、Inaba Kenji、Kanemura Shingo、Lee Young-Ho
    • Journal Title

      bioRxiv

      Volume: 2023.04.08. Pages: 536135

    • DOI

      10.1101/2023.04.08.536135

    • Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] フォールディングとアンフォールディングの自在操作の実現2024

    • Author(s)
      奥村正樹
    • Organizer
      日本化学会第104春季年会
    • Invited
  • [Presentation] 細胞における遅延制御反応場の形成機構と機能発現の探求2024

    • Author(s)
      奥村正樹
    • Organizer
      日本化学会第104春季年会
    • Invited
  • [Presentation] 小胞体内相分離の理解2023

    • Author(s)
      奥村正樹
    • Organizer
      第23回 日本蛋白質科学会
    • Invited
  • [Presentation] Discovery of a transient reaction field in the endoplasmic reticulum2023

    • Author(s)
      Masaki Okumura
    • Organizer
      International Cross-disciplinary Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] フォールディングの酵素学的速度制御2023

    • Author(s)
      奥村正樹
    • Organizer
      第46回分子生物学会
    • Invited
  • [Presentation] 小胞体局在因子による液滴の内部構造と機能の相関研究2023

    • Author(s)
      奥村正樹
    • Organizer
      大阪大学蛋白質研究所セミナー/第8回LLPS研究会
    • Invited
  • [Book] 月刊細胞 特集「LC(Low-Complexity)ドメインの生物学」2024

    • Author(s)
      渡部マイ, 金村進吾, 李映昊, 奥村正樹
    • Total Pages
      78
    • Publisher
      北隆館
  • [Remarks] 東北大学奥村研

    • URL

      https://web.tohoku.ac.jp/okumura/#

URL: 

Published: 2024-12-25  

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