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2023 Fiscal Year Annual Research Report

Structural elucidation of the multi-subunit interactions that establish the transcriptional unity mechanism

Planned Research

Project AreaElucidation of the mechanisms of transcriptional unity by understanding spatiotemporal multifactorial interactions
Project/Area Number 21H05161
Research InstitutionYokohama City University

Principal Investigator

仙石 徹  横浜市立大学, 医学部, 准教授 (60576312)

Project Period (FY) 2021-08-23 – 2024-03-31
Keywordsエピジェネティクス / 転写 / クライオ電子顕微鏡 / 分子動力学 / がん
Outline of Annual Research Achievements

転写ユニティー中のヒストン修飾酵素とヌクレオソームとの相互作用、およびその触媒制御機構について研究を行った。ヒストンH2Bのリジン120のモノユビキチン化(H2BK120ub)は、ヒストン修飾クロストークの上流に位置し、H3K4およびH3K79のメチル化を促進し、転写伸長やDNA修復を制御している。ヒトにおいて、H2BK120ubはBre1A/RNF20とBre1B/RNF40という相同な2種類のタンパク質からなるヘテロ2量体がE3酵素として働くことで導入される。Bre1AやH2BK120ubのレベル低下は多くのがんで観察されており、H2BK120ubはがん抑制機能を持つと考えられている。Bre1複合体によるH2BK120特異的モノユビキチン化とその制御機構に関する知見を得るため、我々はクライオ電子顕微鏡を用いてBre1複合体がヌクレオソームに結合した構造を決定した。複合体構造中で、Bre1が持つ2つのRINGドメインがヌクレオソームの酸性パッチとDNAにまたがるように結合し、その結果、片方のRINGドメインはE2酵素とユビキチンをH2BK120の近傍にリクルートするのに適した位置に存在していた。また、先行研究からヌクレオソームDNAの柔軟性を高めるヒストン修飾がBre1を活性化することが知られていたが、この作用がRINGドメインとDNAとの相互作用によって仲介されていることが明らかになった。さらに、変異体解析の結果から、Bre1AサブユニットがE2酵素とユビキチンを結合する触媒サブユニットとして働くことが明らかになった。これらの結果は、転写ユニティー中でヌクレオソームDNAの柔軟性に影響する様々な因子がBre1によるH2BK120ub導入を制御し、その結果としてH3メチル化や転写伸長、DNA修復といった現象が制御される複雑な機構を示唆している。

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (10 results)

All 2024 2023 Other

All Journal Article (4 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 4 results,  Open Access: 2 results) Presentation (5 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] A Compact Reprogrammed Genetic Code for De Novo Discovery of Proteolytically Stable Thiopeptides.2024

    • Author(s)
      Alexander A Vinogradov,Yue Zhang,Keisuke Hamada,Shunsuke Kobayashi,Kazuhiro Ogata,Toru Sengoku,Yuki Goto,Hiroaki Suga
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 146 Pages: 8058-8070

    • DOI

      10.1021/jacs.3c12037

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structure of the human Bre1 complex bound to the nucleosome.2024

    • Author(s)
      Shuhei Onishi,Kotone Uchiyama,Ko Sato,Chikako Okada,Shunsuke Kobayashi,Keisuke Hamada,Tomohiro Nishizawa,Osamu Nureki,Kazuhiro Ogata,Toru Sengoku
    • Journal Title

      Nature communications

      Volume: 15 Pages: 2580

    • DOI

      10.1038/s41467-024-46910-8

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Switching Prenyl Donor Specificities of Cyanobactin Prenyltransferases2023

    • Author(s)
      Yuchen Zhang,Keisuke Hamada,Masayuki Satake,Toru Sengoku,Yuki Goto,Hiroaki Suga
    • Journal Title

      Journal of the American Chemical Society

      Volume: 145 Pages: 23893-23898

    • DOI

      10.1021/jacs.3c07373

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biallelic structural variations within<i>FGF12</i>detected by long-read sequencing in epilepsy2023

    • Author(s)
      Ohori S, Miyauchi A, Osaka H, Lourenco CM, Arakaki N, Sengoku T, Ogata K, Honjo RS, Kim CA, Mitsuhashi S, Frith MC, Seyama R, Tsuchida N, Uchiyama Y, Koshimizu E, Hamanaka K, Misawa K, Miyatake S, Mizuguchi T, Saito K, Fujita A, Matsumoto N.
    • Journal Title

      Life Science Alliance

      Volume: 6 Pages: e202302025

    • DOI

      10.26508/lsa.202302025

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] 転写制御と環状ペプチドの構造生物学2023

    • Author(s)
      仙石徹
    • Organizer
      第 51 回構造活性相関シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] ヒトBre1複合体によるヌクレオソーム上H2BK120ユビキチン化の構造基盤2023

    • Author(s)
      2.大西 修平, 内山 琴音, 佐藤 光, 岡田 千佳子, 小林 俊介, 濱田 恵輔, 西澤 知宏, 濡木 理, 緒方 一博, 仙石 徹
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
    • Invited
  • [Presentation] LECコンポーネントZC3H8による転写制御メカニズムの解明2023

    • Author(s)
      1.野口慶介, 鬼澤理紗, 仙石 徹, 緒方一博, 鈴木秀文, 髙橋秀尚
    • Organizer
      第96回日本生化学会大会
  • [Presentation] LEC構成因子ZC3H8によるsnRNA遺伝の発現制御機構の解明2023

    • Author(s)
      2.野口慶介, 鬼澤理紗, 阿部竜太, 仙石 徹, 緒方一博, 池 陽子, 井野洋子, 木村弥生, 鈴木秀文, 髙橋秀尚
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
  • [Presentation] LECコンポーネントICE2の機能解明2023

    • Author(s)
      寺内佑希, 鈴木秀文, 小川真太郎, 仙石 徹, 緒方一博, 髙橋秀尚
    • Organizer
      第46回日本分子生物学会年会
  • [Remarks] がん抑制に重要な役割を果たす転写伸長マークが導入されるメカニズムを解明

    • URL

      https://www.yokohama-cu.ac.jp/news/2024/20240430sengoku.html

URL: 

Published: 2024-12-25  

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