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2023 Fiscal Year Annual Research Report

In Vitro Reconstitution of Multicellular Computing Systems

Planned Research

Project AreaMulticellular neurobiocomputing
Project/Area Number 21H05164
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

山本 英明  東北大学, 電気通信研究所, 准教授 (10552036)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 谷井 孝至  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (20339708)
平野 愛弓  東北大学, 電気通信研究所, 教授 (80339241)
Project Period (FY) 2021-08-23 – 2024-03-31
Keywords多細胞バイオ計算 / 培養神経回路 / リザバーコンピューティング / 数理モデル / スパイキングニューラルネットワーク / マイクロ流体デバイス / カルシウムイメージング
Outline of Annual Research Achievements

本計画班では,微細加工基板表面に形成した人工神経細胞回路とその摂動解析系を基盤として,実神経細胞が構成するマルチセルラネットワークの大自由度システムとしての動的特性と自己組織性をボトムアップに解析した.課題の最終年度であるR5年度には,以下の2つのテーマに関する研究を実施し,それぞれ原著論文として国際誌に発表した.
(1)リザバーコンピューティングによる人工神経細胞回路の刺激応答特性の解析
A01班代表の香取と共同で,リザバーコンピューティングと呼ばれる機械学習の新しい枠組みを用いて,ラットの大脳皮質神経細胞で構成した人工神経細胞回路の刺激応答特性を解析した.本実験では,培養された神経細胞ネットワークの刺激応答を光遺伝学と蛍光カルシウムイメージングを用いて記録し,リザバーコンピューティングを使用して刺激応答をデコーディングした.実験の結果,人工神経細胞回路は数百ミリ秒程度の短期記憶を持ち,これを利用して時系列データの分類が可能であることが示された.
(2) モジュール構造型人工神経細胞回路の摂動応答特性の解析
哺乳類の大脳皮質では,複数の神経細胞が同期して活動する状態と細胞がそれぞれ個別に発火する状態の均衡が保たれている.本研究では,人工神経細胞回路を用いて,このような均衡が実現されるメカニズムを調べた.そして,哺乳類の大脳皮質で見られる「モジュール性」という特徴を強く持った培養神経回路ほど外部入力に対する感受性が強くなり,培養神経回路特有の過剰な同期が崩されやすくなることを明らかにした.さらに,一連の実験結果を説明するシミュレーションモデルを構築し,入力を常時受けることによってシナプス伝達で放出される神経伝達物質が減少することが鍵になっていることを突き止めた.本研究は,領域の海外アドバイザーであるJordi Soriano准教授(バルセロナ大学)らとの国際共同研究として推進した.

Research Progress Status

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

令和5年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (35 results)

All 2024 2023 Other

All Int'l Joint Research (2 results) Journal Article (7 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 3 results) Presentation (25 results) (of which Int'l Joint Research: 14 results,  Invited: 5 results) Remarks (1 results)

  • [Int'l Joint Research] バルセロナ大学/グラナダ大学(スペイン)

    • Country Name
      SPAIN
    • Counterpart Institution
      バルセロナ大学/グラナダ大学
  • [Int'l Joint Research] マックスプランク研究所(ドイツ)

    • Country Name
      GERMANY
    • Counterpart Institution
      マックスプランク研究所
  • [Journal Article] Enhanced responses to inflammatory cytokine interleukin-6 in micropatterned networks of cultured cortical neurons2024

    • Author(s)
      M. Sakaibara, H. Yamamoto, H. Murota, N. Monma, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Journal Title

      Biochemical and Biophysical Research Communications

      Volume: 695 Pages: 149379

    • DOI

      10.1016/j.bbrc.2023.149379

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Numerical Study on Physical Reservoir Computing With Josephson Junctions2024

    • Author(s)
      K. Watanabe, Y. Mizugaki, S. Moriya, H. Yamamoto, T. Yamashita, S. Sato
    • Journal Title

      IEEE Transactions on Applied Superconductivity

      Volume: 1700204 Pages: 1700294

    • DOI

      10.1109/TASC.2024.3350576

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Biological neurons act as generalization filters in reservoir computing2023

    • Author(s)
      T. Sumi, H. Yamamoto, Y. Katori, K. Ito, S. Moriya, T. Konno, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Journal Title

      Proceedings of the National Academy of Sciences, U.S.A.

      Volume: 120 Pages: e2217008120

    • DOI

      10.1073/pnas.2217008120

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] マイクロ流体デバイスを用いた神経回路機能の実細胞再構成2023

    • Author(s)
      山本英明, 平野愛弓, 佐藤茂雄
    • Journal Title

      応用物理

      Volume: 92 Pages: 278-282

    • DOI

      10.11470/oubutsu.92.5_278

  • [Journal Article] Microfluidic technologies for reconstituting neuronal network functions in vitro2023

    • Author(s)
      H. Yamamoto, A. Hirano-Iwata, S. Sato
    • Journal Title

      JSAP Review

      Volume: 2023 Pages: 230420

    • DOI

      10.11470/jsaprev.230420

    • Open Access
  • [Journal Article] Modular architecture facilitates noise-driven control of synchrony in neuronal networks2023

    • Author(s)
      H. Yamamoto, F.P. Spitzner, T. Takemuro, V. Buend_a, H. Murota, C. Morante, T. Konno, S. Sato, A. Hirano-Iwata, A. Levina, V. Priesemann, M.A. Mu_oz, J. Zierenberg, J. Soriano
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 9 Pages: eade1755

    • DOI

      10.1126/sciadv.ade1755

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Model-free idealization: Adaptive integrated approach for idealization of ion-channel currents2023

    • Author(s)
      M. Sato, M. Hariyama, M. Komiya, K. Suzuki, Y. Tozawa, H. Yamamoto, A. Hirano-Iwata
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 122 Pages: 3959-3975

    • DOI

      10.1016/j.bpj.2023.08.019

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] シナプススケーリング則の最適化:モジュラスパイキングニューラルネットワークへの適用とその影響の解析2024

    • Author(s)
      新川拓海, 加藤秀行, 石川慶孝, 住 拓磨, 山本英明, 香取勇一
    • Organizer
      電子情報通信学会 非線形問題(NLP)研究会
  • [Presentation] Generation of Lorenz attractor by reservoir-based predictive coding in cultured neurons with spiking neural network model2024

    • Author(s)
      Y. Ishikawa, T. Shinkawa, T. Sumi, H. Kato, H. Yamamoto, Y. Katori
    • Organizer
      The 12th RIEC International Symposium on Brain Functions and Brain Computer
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Parameter analysis for biologically plausible learning algorithms for recurrent SNNs: impact of dynamical and anatomical network properties2024

    • Author(s)
      D. Noe, H. Yamamoto, S. Sato
    • Organizer
      The 12th RIEC International Symposium on Brain Functions and Brain Computer
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Analog circuit design of multiplicative spike-timing-dependent plasticity in 65-nm CMOS2024

    • Author(s)
      S. Moriya, Y. Iida, H. Yamamoto, S. Sato
    • Organizer
      The 12th RIEC International Symposium on Brain Functions and Brain Computer
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Designing modular neuronal networks with directional connections to enhance dynamical complexity2024

    • Author(s)
      N. Monma, H. Yamamoto, H. Murota, S. Moriya, N. Fujiwara, A.Hirano-Iwata, S. Sato
    • Organizer
      The 12th RIEC International Symposium on Brain Functions and Brain Computer
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Modulation of neuronal ensembles by optogenetic stimulation in biological neuronal networks2024

    • Author(s)
      H. Murota, H. Yamamoto, N. Monma, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Organizer
      The 12th RIEC International Symposium on Brain Functions and Brain Computer
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Recovery of neuronal activity in culture and numerical models through functional connectivity reorganization2024

    • Author(s)
      T. Sumi, A. M. Houben, A.-C. H?b, H. Yamamoto, H. Kato, Y. Katori, H. Chiba, J. Soriano, A. Hirano-Iwata
    • Organizer
      The 12th RIEC International Symposium on Brain Functions and Brain Computer
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 神経細胞ネットワークの機能を理解し応用するための神経工学技術2024

    • Author(s)
      山本英明
    • Organizer
      Beyond AIワークショップ「培養ニューロンの機能と未来」
    • Invited
  • [Presentation] 脳領域間結合のin vitro再構成に向けたマイクロ流体デバイスの開発2024

    • Author(s)
      遠藤壮太, 山本英明, 西村周泰, 酒井原一守, 門間信明, 正水芳人, 平野愛弓, 佐藤茂雄
    • Organizer
      第71回応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] In vitro neuroengineering technologies for reconstituting and decoding neuronal network dynamics2023

    • Author(s)
      H. Yamamoto, A. Hirano-Iwata, S. Sato
    • Organizer
      Tohoku NeuroTech Symposium (TNS) 2023
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Physical reservoir computing using dynamics of biological neuronal network with modular structure2023

    • Author(s)
      T. Sumi, H. Yamamoto, Y. Katori, K. Ito, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Organizer
      10th International Congress on Industrial and Applied Mathematics (ICIAM 2023)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] マイクロパターン培養神経ネットワークのダイナミクスを用いたリザバーコンピューティング2023

    • Author(s)
      住 拓磨, 山本英明, 伊藤亘輝, 香取勇一, 佐藤茂雄, 平野愛弓
    • Organizer
      第33回日本神経回路学会全国大会
  • [Presentation] 人工神経細胞回路における摂動応答特性のモジュール構造依存性の解析2023

    • Author(s)
      室田白馬, 山本英明, 竹室汰貴, 佐藤茂雄, J. Soriano, 平野愛弓
    • Organizer
      第33回日本神経回路学会全国大会
  • [Presentation] 結合指向性を有する神経細胞ネットワークの in vitro-in silico モデリング2023

    • Author(s)
      門間信明, 山本英明, 室田白馬, 守谷 哲, 藤原直哉, 平野愛弓, 佐藤茂雄
    • Organizer
      第84回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] 大規模モジュール構造型培養神経回路のリザバー特性の解析2023

    • Author(s)
      伊藤亘輝, 山本英明, 住 拓磨, 香取勇一, 佐藤茂雄, 平野愛弓
    • Organizer
      第84回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] 人工神経細胞回路における光刺激前後での神経アンサンブルの解析2023

    • Author(s)
      室田白馬, 山本英明, 門間信明, 佐藤茂雄, 平野愛弓
    • Organizer
      第84回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] 高密度多点電極アレイ上にパターニングしたモジュール構造型大規模培養神経回路の活動解析2023

    • Author(s)
      薗 勇輝, 山本英明, 佐藤有弥, 香取勇一, 平野愛弓, 佐藤茂雄
    • Organizer
      第84回応用物理学会秋季学術講演会
  • [Presentation] Bottom-Up Investigation of Multicellular Computing Within Biological Neuronal Networks2023

    • Author(s)
      H. Yamamoto, T. Sumi, Y. Sato, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Organizer
      2023 International Symposium on Nonlinear Theory and Its Applications (NOLTA2023)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Spiking and Bursting Properties of Spontaneous Activities in Modular Spiking Neuronal Networks2023

    • Author(s)
      H. Kato, T. Shinkawa, Y. Ishikawa, T. Sumi, H. Yamamoto, Y. Katori
    • Organizer
      2023 International Symposium on Nonlinear Theory and Its Applications (NOLTA2023)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Modular Topology Enhances Reservoir Computing Performance in Biological Neuronal Networks2023

    • Author(s)
      T. Sumi, H. Yamamoto, Y. Katori, K. Ito, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Organizer
      2023 International Symposium on Nonlinear Theory and Its Applications (NOLTA2023)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Evaluation of Reservoir-Based Predictive Coding in Cultured Neurons with Spiking Neural Network Model2023

    • Author(s)
      Y. Ishikawa, T. Shinkawa, T. Sumi, H. Kato, H. Yamamoto, Y. Katori
    • Organizer
      2023 International Symposium on Nonlinear Theory and Its Applications (NOLTA2023)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 人工神経細胞回路を用いた物理リザバーコンピューティング2023

    • Author(s)
      山本英明, 住 拓磨, 平野愛弓, 佐藤茂雄
    • Organizer
      化学とマイクロ・ナノシステム学会第48回研究会 (CHEMINAS48)
    • Invited
  • [Presentation] 生体工学と機械学習による神経回路機能の探求2023

    • Author(s)
      山本英明
    • Organizer
      計測自動制御学会 システム・情報部門 学術講演会 2023 (SSI2023)
    • Invited
  • [Presentation] Optogenetic perturbation of engineered neuronal networks grown in vitro2023

    • Author(s)
      H. Yamamoto, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Organizer
      16th International Symposium on Nanomedicine (ISNM2023)
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Enhanced modulation of spontaneous neural activity by interleukin-6 in micropatterned neuronal networks2023

    • Author(s)
      M. Sakaibara, H. Yamamoto, H. Murota, N. Monma, S. Sato, A. Hirano-Iwata
    • Organizer
      16th International Symposium on Nanomedicine (ISNM2023)
    • Int'l Joint Research
  • [Remarks] 領域ホームページ

    • URL

      https://www.mnbc.riec.tohoku.ac.jp/

URL: 

Published: 2024-12-25  

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