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2022 Fiscal Year Annual Research Report

Development of cross-scale In-cell AFM technique for elucidating intra-cellular molecular structures and dynamics

Planned Research

Project AreaNew cross-scale biology
Project/Area Number 21H05251
Research InstitutionKanazawa University

Principal Investigator

福間 剛士  金沢大学, ナノ生命科学研究所, 教授 (90452094)

Project Period (FY) 2021-09-10 – 2026-03-31
Keywords原子間力顕微鏡(AFM)
Outline of Annual Research Achievements

クロススケール新生物学領域の発展のために、In-Cell AFM技術を代表とするバイオAFM技術の開発と、それを用いた細胞内現象のナノレベル研究に取り組んだ。技術的には、水上・藤原班と共同で、TIRF/AFM複合機の開発に取り組み、AFMおよびTIRFそれぞれの動作を確認した。現在、長時間観察時に生じる退色の問題があり、その解決に取り組んでいる。また、杉田班と共同でAFMによる核膜の硬さ測定とシミュレーションとの比較に取り組んでいる。実験的にはがん化にともなって核の硬さが低下することと、その原因がクロマチンの凝集状態の違いによるものであることを確認した。一方で、シミュレーション側では、AFM計測をin-silicoに再現するためのモデリングに取り組んでいる。
応用研究としては、仁田班と共同でチューブリンの集合体形成に与えるCamsup2の影響について高速AFMにより研究している。これまでに、Camsup2がチューブリンリングを分解し、微小管の形成や、微小管アスター構造の形成を促す様子を直接観察して確認できている。データ量としては十分なので、あとは論文としてまとめる作業を進める。また、田中班と共同で、アミロイド繊維の表面に存在するファジーコートとよばれる揺動構造の3D-AFM観察に取り組んでいる。これまでに、コートの有無やpHの違いによって、大きな表面構造の違いがみられることを確認している。今後、再現性の確認がとれれば論文成果としてまとめるフェーズに移行できる。倉永班と共同でショウジョウバエのWing Discの硬さ測定に取り組んでいる。Wing Disc表面は細胞の単層膜で覆われており、硬さ測定に苦労していたが、この層を除去する方法が開発できたので、今後は大きく研究が進展すると考えている。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

以下の理由により、技術開発、応用研究ともに概ね順調に進展していると判断する。
技術開発については、In-Cell AFM技術を様々な光学顕微鏡技術と融合させることを目標としていた。現在のIn-Cell AFMと超解像顕微鏡、共焦点顕微鏡、TIRF顕微鏡を組み合わせた複合機をそれぞれ立ち上げることができた。中でも超解像顕微鏡については、細胞表面における相関イメージングが達成されており、論文発表も完了している。共焦点顕微鏡との複合イメージングについては、アクチン繊維の観察が論文となっており、接着斑の観察が最近実現した。TIRFについては、上記の通り、装置的には完成しているが、退色という蛍光観察の原理的な問題に直面しており、観察技術の向上で、どこまで対応できるか検討している。以上の通り、当初の目標はおおむね達成できており、おおむね順調と判断する。
応用研究については、In-Cell AFM, HS-AFM, 3D-AFMなどの特徴的なバイオAFM技術を用いて、様々な細胞内生命現象の起源をナノレベルで解明することを目標としている。これまでに、In-Cell AFMを用いた核膜の硬さ測定については、がんや心筋症など幅広い疾患の研究に応用できることを見出し、仁田班との共同研究が順調に進展している。また、HS-AFMや3D-AFMについても、仁田班と共同で微小管について、田中班と共同でアミロイド繊維についての研究が進展しており、こちらも順調と言える。それ以外にも、現在、山本班と液滴について、稲葉班とゴルジ体について、倉永班とショウジョウバエのWing Discについて、Wong班と細胞核について、それぞれ共同研究の計画が進んでおり、順調に共同研究のネットワークが広がりつつある。したがって、応用についても、順調に進展しているものと判断する。

Strategy for Future Research Activity

現在研究はおおむね順調に進んでおり、基本的にはそれらを継続し、できるだけ早期に論文としてまとめることを目指す。一方で、新たに加わる公募班のメンバーとの共同研究の可能性も積極的に探っていく。
技術開発については、TIRF/AFM複合機による接着斑の成長・崩壊過程の観察を実現するために、退色の問題の解決に取り組む。具体的には、励起光の照射時間や強度を必要最低限に抑制し、観察可能な時間を延ばす。一方で、In-Cell AFMの動作速度を向上させるために探針で細胞膜を貫通する際に最適な速度の向上を目指した技術開発に取り組む。また、In-Cell AFMによる核膜の硬さ測定に関するシミュレーションについては、杉田Gと連携して、実験系を再現できるシミュレーションモデルの開発に取り組む。
応用研究については、仁田班と共同で取り組んでいる微小管の研究は、すでにデータ取得はほぼ完了しており、その解析と整理を進めて、早期に論文発表することを目指す。田中班と共同で取り組んでいるアミロイド繊維のファジーコートの3D-AFM解析については、ファジーコートが観察できることは確認できているので、あとは再現性の確認と、論文にまとめられるだけの数のデータ取得を目指す。Wong班と共同で取り組んでいる単離した細胞核の表面形状、硬さ測定については、ある程度まとまったデータが取れているので、あとは論文に必要な数のデータの取得を目指す。そのほか、仁田班と共同で取り組んでいる心筋症に伴う核ラミナ異常と細胞核の硬さの関係についての研究は、学内の臨床研究審査が終わり次第、着手する予定である。また、倉永班と共同で取り組んでいるショウジョウバエのWing Discの硬さ計測については、表面の細胞層を除去した試料を用いて、実験を実施していくことで、大きく進展できると考えている。

  • Research Products

    (39 results)

All 2023 2022 Other

All Int'l Joint Research (1 results) Journal Article (6 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Peer Reviewed: 6 results,  Open Access: 6 results) Presentation (29 results) (of which Int'l Joint Research: 14 results,  Invited: 8 results) Remarks (3 results)

  • [Int'l Joint Research] Aalto University(フィンランド)

    • Country Name
      FINLAND
    • Counterpart Institution
      Aalto University
  • [Journal Article] Actin-binding domain of Rng2 sparsely bound on F-actin strongly inhibits actin movement on myosin II2022

    • Author(s)
      Hayakawa Yuuki、Takaine Masak、Ngo Kien Xuan、Imai Taiga、Yamada Masafumi D、Behjat Arash Badami、Umeda Kenichi、Hirose Keiko、Yurtsever Ayhan、Kodera Noriyuki、Tokuraku Kiyotaka、Numata Osamu、Fukuma Takeshi、Ando Toshio、Nakano Kentaro、Uyeda Taro QP
    • Journal Title

      Life Science Alliance

      Volume: 6 Pages: e202201469

    • DOI

      10.26508/lsa.202201469

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Molecular insights on the crystalline cellulose-water interfaces via three-dimensional atomic force microscopy2022

    • Author(s)
      Yurtsever Ayhan、Wang Pei-Xi、Priante Fabio、Morais Jaques Ygor、Miyazawa Keisuke、MacLachlan Mark J.、Foster Adam S.、Fukuma Takeshi
    • Journal Title

      Science Advances

      Volume: 8 Pages: eabq0160

    • DOI

      10.1126/sciadv.abq0160

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Probing the Structural Details of Chitin Nanocrystal?Water Interfaces by Three‐Dimensional Atomic Force Microscopy2022

    • Author(s)
      Yurtsever Ayhan、Wang Pei‐Xi、Priante Fabio、Morais Jaques Ygor、Miyata Kazuki、MacLachlan Mark J.、Foster Adam S.、Fukuma Takeshi
    • Journal Title

      Small Methods

      Volume: 6 Pages: 2200320~2200320

    • DOI

      10.1002/smtd.202200320

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Computed Three-Dimensional Atomic Force Microscopy Images of Biopolymers Using the Jarzynski Equality2022

    • Author(s)
      Sumikama Takashi、Federici Canova Filippo、Gao David Z.、Penedo Marcos、Miyazawa Keisuke、Foster Adam S.、Fukuma Takeshi
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry Letters

      Volume: 13 Pages: 5365~5371

    • DOI

      10.1021/acs.jpclett.2c01093

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Unraveling the Host-Selective Toxic Interaction of Cassiicolin with Lipid Membranes and Its Cytotoxicity2022

    • Author(s)
      Ngo Kien Xuan、Nguyen Phuong Doan N.、Furusho Hirotoshi、Miyata Makoto、Shimonaka Tomomi、Chau Nguyen Ngoc Bao、Vinh Nguyen Phuong、Nghia Nguyen Anh、Mohammed Tareg Omer、Ichikawa Takehiko、Kodera Noriyuki、Konno Hiroki、Fukuma Takeshi、Quoc Nguyen Bao
    • Journal Title

      Phytopathology?

      Volume: 112 Pages: 1524~1536

    • DOI

      10.1094/PHYTO-09-21-0397-R

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Chemical fixation creates nanoscale clusters on the cell surface by aggregating membrane proteins2022

    • Author(s)
      Ichikawa Takehiko、Wang Dong、Miyazawa Keisuke、Miyata Kazuki、Oshima Masanobu、Fukuma Takeshi
    • Journal Title

      Communications Biology

      Volume: 5 Pages: 487

    • DOI

      10.1038/s42003-022-03437-2

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Presentation] 原子間力顕微鏡を用いたウリ類炭疽病菌の付着器の膨圧計測2023

    • Author(s)
      松森海晴、宮澤佳甫、熊倉直祐、白須賢、福間剛士
    • Organizer
      第70回 応用物理学会春季学術講演会
  • [Presentation] Visualizing Inside of 3D Self-Organizing Systems by 3D Atomic Force Microscopy2022

    • Author(s)
      Takeshi Fukuma
    • Organizer
      2022 JAIST International Symposium of Nanomaterials and Devices Research Area
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Intracellular Structures and Mechanics of Living Cells Investigated by Nanoendoscopy-AFM2022

    • Author(s)
      Takeshi Fukuma
    • Organizer
      6th NanoLSI International Symposium
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Introduction to Research Activities at Nano Life Science Institute (WPI-NanoLSI)2022

    • Author(s)
      Takeshi Fukuma
    • Organizer
      The Computational Biophysics of Atomic Force Microscopy
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 液中原子間力顕微鏡による生命システムと金属腐食現象のナノスケール研究2022

    • Author(s)
      福間剛士
    • Organizer
      令和4年度生命金属科学夏の合宿
    • Invited
  • [Presentation] NanoLSIにおける国際研究拠点形成と国際頭脳循環への取り組み2022

    • Author(s)
      福間剛士
    • Organizer
      自民党科学技術・イノベーション調査会
    • Invited
  • [Presentation] Development of Cross-Scale In-cell AFM Technologies for Elucidating Intra-Cellular Structures and Dynamics2022

    • Author(s)
      福間剛士
    • Organizer
      学術変革領域A第2回領域会議
    • Invited
  • [Presentation] Nanoendoscopy AFM for visualizing nanodynamics and nanomechanics inside living cells2022

    • Author(s)
      Takeshi Fukuma
    • Organizer
      Engineering Mechanics of Cell & Tissue Morphogenesis
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 世界トップレベル研究拠点プログラム -金沢大学ナノ生命科学研究所-2022

    • Author(s)
      福間剛士
    • Organizer
      NanoLSI Special Seminar at Takaramachi Campus
    • Invited
  • [Presentation] Development of a Method for Visualizing Nanometer-Scale Three-Dimensional Structures of Chromosomes by Three-Dimensional Atomic Force Microscopy2022

    • Author(s)
      R. Kojima, K. Miyazawa, K. Teramae, T. Sumikama, M. Meguro, K. Imadate, N. Okano, S. Horike, K. Hirahara T. Fukuma
    • Organizer
      AVS 68th INTERNATIONAL SYMPOSIUM & EXHIBITION
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Direct observation of focal adhesion by nanoendoscopy-AFM in live cells2022

    • Author(s)
      M. S. Alam, T. Shirokawa, T. Ichikawa, K. Miyazawa, K. Miyata, T. Fukuma
    • Organizer
      AVS 68th INTERNATIONAL SYMPOSIUM & EXHIBITION
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Direct observation of focal adhesions by nanoendoscopy-AFM in live cells2022

    • Author(s)
      M. S. Alam, M. Penedo, T. Shirokawa, T. Ichikawa, M. M. Hosain, K. Miyazawa, K. Miyata, T. Fukuma
    • Organizer
      The 22nd international vacuum congress IVC-22
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Development of nanoendoscopy-AFM for visualizing intracellular nanostructures of living cells2022

    • Author(s)
      K. Miyazawa, M. Penedo, N. Okano, H. Furusho, T. Ichikawa, M. S. Alam, K. Miyata, C. Nakamura, T Fukuma
    • Organizer
      The 22nd International Vacuum Congress (IVC-22)
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Development of Humidity-controlled Atomic Force Microscopy for measurement of Humidity Dependence of Elasticity Distribution of a Single Human Corneocyte2022

    • Author(s)
      T. Kawabata, K. Takeuchi, M. Toyoda, F. Komatsu, M. Harada, M. Suzuki, N. Ohara, K. Miyata, K. Miyazawa and T. Fukuma
    • Organizer
      AFM BioMed Conference 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Visualizing focal adhesion by nanoendoscopy-AFM in live cells2022

    • Author(s)
      M. S. Alam, T. Shirokawa, T. Ichikawa, K. Miyazawa, C. M. Franz and T. Fukuma
    • Organizer
      AFM BioMed Conference 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Visualizing 3D internal structure of cell nucleus by 3D-AFM2022

    • Author(s)
      R. Kojima, K. Miyazawa, A. M. Shahidul, K. Sivashanmugan, T. Sumikama, R. Omura and T. Fukuma
    • Organizer
      AFM BioMed Conference 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Chemical fixation creates nanoscale clusters on the cell surface by aggregating membrane proteins2022

    • Author(s)
      T. Ichikawa, D. Wang, K. Miyazawa, K. Miyata, M. Oshima, T. Fukuma
    • Organizer
      AFM BioMed Conference 2022
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Low-voltage Cryo Scanning Electron Microscopy Imaging of Rubber Leaves with Corynespora Cassiicola2022

    • Author(s)
      H. Furusho, KX. Ngo, NB. Quoc, T. Fukuma
    • Organizer
      The 78th Annual Meeting of The Japanese Society of Microscopy
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] A Self-making TEM Holder Designed for Evaluating Cantilevers of Scanning Probe Microscopy2022

    • Author(s)
      H. Furusho, MS. Alam, R. Kojima, T. Shirokawa, MM. Hosain, K. Teramae, Y. Asano, K. Hirata, K. Miyazawa, T. Fukuma
    • Organizer
      The 78th Annual Meeting of The Japanese Society of Microscopy
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 化学固定は膜タンパク質を凝集することにより細胞表面にナノスケールのクラスターを形成する2022

    • Author(s)
      市川 壮彦, Dong Wang, 宮澤 佳甫, 宮田 一輝, 大島 正伸, 福間 剛士
    • Organizer
      定量生物学の会第十回年会
  • [Presentation] 生細胞の表面および内部構造を直接計測する液中原子間力顕微鏡の開発2022

    • Author(s)
      宮澤佳甫, 宮田一輝, 福間剛士
    • Organizer
      第13回植物電子顕微鏡若手ワークショップ
  • [Presentation] 原子間力顕微鏡を用いた生きた細胞のナノスケール表面構造体及び内部構造体観察方法の開発2022

    • Author(s)
      市川 壮彦, Marcos Penedo, 宮澤 佳甫, 古庄 公寿, Alam Mohammad Shahidul, 宮田 一輝,中村 史, 福間 剛士
    • Organizer
      第60回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 細胞核内部の3 次元構造を可視化する3D-AFM の開発2022

    • Author(s)
      児島 亮平,宮澤 佳甫,Alam Mohammad Shahidul,Kundan Sivashanmugan,炭竈 享司,太村 理沙,福間 剛士
    • Organizer
      第83回応用物理学会秋季学術講演会(ハイブリッド開催)
  • [Presentation] Computational prediction of 3D-AFM image of biopolymers2022

    • Author(s)
      炭竈享司
    • Organizer
      学術変革領域(A)クロススケール新生物学第二回領域会議
  • [Presentation] Establishment of the method for visualizing 3D internal structure of Organelles by 3D-AFM2022

    • Author(s)
      児島 亮平, 宮澤 佳甫, Alam Mohammad Shahidul, Kundan Sivashanmugan, 寺前 圭吾, 炭竈 享司, 目黒 牧子, 今立 呼南, 岡野 直子, 太村 理沙, 堀家 慎一, 平原 佳織, 福間 剛士
    • Organizer
      学術変革領域(A)クロススケール新生物学第二回領域会議
  • [Presentation] Development of nanoendoscopy-AFM for visualizing cell-cell junction of L929 cells2022

    • Author(s)
      屋代 大地, 宮澤 佳甫,市川 壮彦, 戸田 聡, 福間剛士
    • Organizer
      学術変革領域(A)クロススケール新生物学第二回領域会議
  • [Presentation] Localized In-Vivo Mechanical Characterisation of Normal and Abnormal Cell Nuclei by Atomic Force Microscopy2022

    • Author(s)
      K. Sivashanmugan, T. Ichikawa, E. Hirata, M. S. Alam, M. M. Hosain, K. Miyazawa, K. Miyata, T. Fukuma
    • Organizer
      学術変革領域(A)クロススケール新生物学第二回領域会議
  • [Presentation] Influence of Nanoendoscopy-AFM Measurements of live cells on the proliferation and stress response2022

    • Author(s)
      Hosain Mohammad Mubarak, A. Shahidul, T. Ichikawa, M. Penedo, T. Fukuma.
    • Organizer
      学術変革領域(A)クロススケール新生物学第二回領域会議
  • [Presentation] 化学固定は膜タンパク質を凝集することにより細胞表面にナノスケールのクラスターを形成する2022

    • Author(s)
      市川 壮彦, Dong Wang, 宮澤 佳甫, 宮田 一輝, 大島 正伸, 福間剛士
    • Organizer
      学術変革領域(A)クロススケール新生物学第二回領域会議
  • [Remarks] クロススケール新生物学

    • URL

      https://structure.m.u-tokyo.ac.jp/xscalebio/

  • [Remarks] ナノ生命科学研究所

    • URL

      https://nanolsi.kanazawa-u.ac.jp/

  • [Remarks] 福間研究室

    • URL

      http://fukuma.w3.kanazawa-u.ac.jp/

URL: 

Published: 2023-12-25  

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