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2011 Fiscal Year Annual Research Report

生体反応場の高特異性の解析と機能制御

Planned Research

Project AreaMolecule Activation Directed toward Straightforward Synthesis
Project/Area Number 22105012
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

城 宜嗣  独立行政法人理化学研究所, 城生体金属科学研究室, 主任研究員 (70183051)

Keywords一酸化窒素還元酵素 / 亜酸化窒素 / 脱窒 / 呼吸酵素 / チトクロム酸化酵素 / X線結晶構造解析 / 温室効果ガス / オゾン層破壊
Research Abstract

昨年の緑膿菌Pseudomonas aeruginosaに引き続き、好熱性細菌(Geobacillus stearothermophilus)がもつ一酸化窒素還元酵素NORの構造解析に成功した。NORは、微生物の嫌気呼吸のキー酵素であり、一酸化窒素NOを還元して亜酸化窒素N_2Oに変換する(2NO+2H^++2e^-→N_2O+H_2O)。反応物NOが大気汚染気体NOxの一種であり非常に細胞毒性が強いこと、生成物N_2Oが二酸化炭素CO_2の約310倍の温室効果があり、なおかつオゾン層を破壊する気体であることから、環境科学の側面からも注目されている酵素である。病原菌もNORを有し、感染先のマクロファージが産生するNOを無毒化している。さらに、NORは好気呼吸の鍵酵素であるチトクロム酸化酵素と、共通の祖先を有していると考えられており、呼吸酵素の分子進化を考える上でも重要な酵素である。
両NORの活性中心の構造を基盤に、NO還元触媒反応の分子機構を提案した。休止状態では、非ヘム鉄に配位していたグルタミン酸のカルボキシル基が、反応中には解離し、非ヘム鉄へのNOの配位スペースを空けると同時に、プロトンをシャトルして運ぶ機構である。この提案を作業仮説として、その検証を進めていく。グルタミン酸の解離は、今まで誰も考えていない機構であるが、CO結合型、NO結合型のcNORとqNORの振動スペクトル解析によって検証した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

新反応場解析は極めて順調に進んでいる。その機能制御を早めに開始したい。

Strategy for Future Research Activity

それぞれのNORの大腸菌あるいは緑膿菌をホストとした発現系を構築しており、それを用いて部位特異的変異法を用いて、活性中心の構造を変異させ、新たな活性付与を試みる。
北海道大学薬学部の有沢先生(「分子活性化」領域の公募班員)と共同研究を開始する。我々が2006年に報告したインドールアミンジコキシゲナーゼの構造を基盤に、C-CおよびC-H活性化法を用いてその阻害剤を合成するので、その阻害効果を我々が検証する。

  • Research Products

    (10 results)

All 2012 2011

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 5 results) Presentation (4 results)

  • [Journal Article] Crystal Structure of Quinol-Dependent Nitric Oxide Reductase from Geobacillus stearithermophilus2012

    • Author(s)
      Y.Matsumoto, T.Tosha, A.V.Pisliakov, T.Hino, H.Sugimoto, S.Nagano, Y.Sugita, Y.Shiro
    • Journal Title

      Nat.Strl.Mol.Biol.

      Volume: 19 Pages: 238-245

    • DOI

      10.1038/nsmb.2213

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Application of Micro-reactor Chip Technique for Millisecond Quenching of Deuterium Incorporation into 70S Ribosomal Protein Complex2011

    • Author(s)
      T.Yamamoto, Y.Shimizu, T.Ueda, Y.Shiro, M.Suematsu
    • Journal Title

      Intl.J.Mass Spectrometry

      Volume: 302 Pages: 132-138

    • DOI

      10.1016/i.ijms.2010.08.029

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Oxygen Binding and Redox Properties of the Heme in Soluble Guanylate Cyclase : Implications for the Mechanism of Ligand Discrimination2011

    • Author(s)
      R.Makino, S.-Y.Park, E.Obayashi, T.Iizuka, H.Hori, Y.Shiro
    • Journal Title

      J.Biol.Chem.

      Volume: 286 Pages: 15678-15687

    • DOI

      10.1074/jbc.M100.177576

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal Structure of Carbonmonoxide Complex of Human Cytoglobin2011

    • Author(s)
      M.Makino, H.Sawai, Y.Shiro, H.Sugimoto
    • Journal Title

      PROTEINS

      Volume: 79 Pages: 1143-1153

    • DOI

      10.1002/prot.22950

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystal Structure of H_2O_2-dependent Cytochrome P450_<SPα> with Its Bound Fatty Acid Substrate : Insight into the Regioselective Hydroxylation of Fatty Acids at the a Position2011

    • Author(s)
      T.Fujishiro, O.Shoji, S.Nagano, H.Sugimoto, Y.Shiro, Y.Watanabe
    • Journal Title

      J.Biol.Chem.

      Volume: 286 Pages: 29941-29950

    • DOI

      10.1074/jbc.M111.245225

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 一酸化窒素還元酵素NOR-呼吸酵素の分子進化と温室効果ガスの産生メカニズム-2011

    • Author(s)
      日野智也、城宜嗣
    • Journal Title

      化学

      Volume: 66 Pages: 30-35

  • [Presentation] Iron in Biology2011

    • Author(s)
      Shiro, Y.
    • Organizer
      RIKEN-University of Liverpool Joint Symposium
    • Place of Presentation
      Liverpool, UK(招待講演)
    • Year and Date
      2011-09-15
  • [Presentation] Molecular Structures and Mechanism of Bacterial Nitric Oxide Reductase2011

    • Author(s)
      Shiro, Y.
    • Organizer
      15th International Conference of Biological Inorganic Chemistry
    • Place of Presentation
      Vancouver, Canada(招待講演)
    • Year and Date
      2011-08-09
  • [Presentation] Molecular Structures and Mechanism of Bacterial Nitric Oxide Reductase2011

    • Author(s)
      Shiro, Y.
    • Organizer
      Mini-symposium on "Proton Transport across Biological Membranes" of the Royal Swedish Academy of Sciences
    • Place of Presentation
      Stockholm, Sweden(招待講演)
    • Year and Date
      2011-06-14
  • [Presentation] Structural Basis for Nitrous Oxide Generation by Bacterial Nitric Oxide Reductases2011

    • Author(s)
      Shiro, Y.
    • Organizer
      Royal Society Theo Murphy Meeting
    • Place of Presentation
      Buckinghamshire, UK(招待講演)
    • Year and Date
      2011-05-24

URL: 

Published: 2013-06-26  

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