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2014 Fiscal Year Annual Research Report

二次代謝産物生合成マシナリー構築用モデル宿主の開発

Planned Research

Project AreaBiosynthetic machinery: Deciphering and regulating the system for bioactive metabolite diversification
Project/Area Number 22108006
Research InstitutionKitasato University

Principal Investigator

池田 治生  北里大学, その他の研究科, 教授 (90159632)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 小松 護  北里大学, その他の研究科, 講師 (40414057)
Project Period (FY) 2010-04-01 – 2015-03-31
Keywordsテルペン化合物 / 異種発現 / 休眠遺伝子 / 国際情報交換 / 米国
Outline of Annual Research Achievements

放線菌はアミノグリコシド、ポリケタイド、およびペプチド化合物など医薬品として重要な代謝産物を生産することが知られている。放線菌とともに糸状菌や植物も2次代謝産物を生産することが知られており、特にテルペン化合物は植物の特異的な主要代謝産物であるとこれまで理解されてきた。一方、放線菌を含む細菌からのテルペン化合物の生成は極めて少なく、数種の異臭物質が細菌のテルペン化合物であると理解されていた。植物のテルペン合成酵素のアミノ酸配列は互いに相同性が高いため比較的容易にそれらの遺伝子の取得などが可能であったが、放線菌を含む細菌のテルペン合成酵素のアミノ酸配列は相同性が乏しく容易にそれらの遺伝子を単離することが困難であった。植物、糸状菌および放線菌のテルペン合成酵素のアミノ酸配列から触媒活性に重要と思われる領域を中心に隠れマルコフモデルを作製し、最終的に公開データーベースに登録されているおよそ900万の細菌タンパク質から262個のテルペン合成酵素と推定されるタンパク質を選択することができた。これらのタンパク質のアミノ酸配列のアラインメントから系統解析を行い、独立した系統群は新規な触媒活性が期待されるため、これらのタンパク質をコードする遺伝子の異種発現を試みた。異種発現系は本研究の初期に開発した系を用い、強制発現、さらには前駆体供給を期待したポリプレニル二リン酸合成酵素との共発現によって評価を行った。検討をおこなったほとんどの遺伝子の発現株はテルペン化合物を蓄積していた。なお、元菌を単に培養した場合は、これらのテルペン化合物が蓄積しないことから、ほとんどのテルペン合成酵素遺伝子は休眠状態であると結論された。異種発現をさせた培養菌体から蓄積した化合物を各種クロマトグラフィーで単離精製した。解析の結果、13種の新規な骨格を有するテルペン化合物であることが明らかとなった。

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (11 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Open Access: 7 results,  Acknowledgement Compliant: 6 results) Presentation (1 results) (of which Invited: 1 results) Book (1 results) Remarks (1 results) Patent(Industrial Property Rights) (1 results)

  • [Journal Article] Structural basis for the 4'-hydroxylation of diclofenac by a microbial cytochrome P450 monooxygenase.2015

    • Author(s)
      L.-H. Xu, H. Ikeda, L. Liu, T. Arakawa, T. Wakagi, H. Shoun, S. Fushinobu
    • Journal Title

      Appl. Microbiol. Biotechnol,

      Volume: 99 Pages: 3081-3091

    • DOI

      10.1007/s00253-014-6148-y

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Identification of an Enzyme-Catalyzed [4+2]-Cycloaddition Required for Macrocyclization of Spirotetronate-Containing Polyketides2015

    • Author(s)
      T. Hashimoto, J. Hashimoto, K. Teruya, T. Hirano, K. Shin-ya, H. Ikeda, H-.W. Liu, M. Nishiyama, T. Kuzuyama
    • Journal Title

      J. Am. Chem. Soc.

      Volume: 137 Pages: 572-575

    • DOI

      10.1021/ja510711

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Terpene synthases are widely distributed in bacteria2015

    • Author(s)
      Y. Yamada, T. Kuzuyama, M. Komatsu, K. Shin-ya, S. Omura, D.E. Cane, H. Ikeda
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci. USA

      Volume: 112 Pages: 857-862

    • DOI

      10.1073/pnas.1422108112

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Novel terpenes generated by heterologous expression of bacterial terpene synthase genes in an engineered Streptomyces host2015

    • Author(s)
      Y. Yamada, S. Arima, T. Nagamitsu, K. Johmoto, H. Uekusa, T. Eguchi, K. Shin-Ya, D.E. Cane, H. Ikeda
    • Journal Title

      J. Antibiot.

    • DOI

      10.1038/ja.2014.171

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Total synthesis of (+)-clavulatriene A2015

    • Author(s)
      F. Ito, Y. Ohbatake, S. Aoyama, T. Ikeda, S. Arima, Y. Yamada, H. Ikeda, T. Nagamitsu
    • Journal Title

      Synthesis

      Volume: 47 Pages: A-H

    • DOI

      10.1055/s-0034-1379898

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Genome Mining Reveals a Minimum Gene Set for the Biosynthesis of 32-Membered Macrocyclic Thiopeptides Lactazoles2014

    • Author(s)
      S. Hayashi, T. Ozaki, S. Asamizu, H. Ikeda, S. Omura, N. Oku, Y. Igarashi, H. Tomoda, H. Onaka
    • Journal Title

      Chem. Biol.

      Volume: 21 Pages: 679-688

    • DOI

      10.1016/j.chembiol.2014.03.008

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Discovery of gene cluster for mycosporine-like amino acid biosynthesis from Actinomycetales microorganisms and production of a novel mycosporine-like amino acid by heterologous expression2014

    • Author(s)
      K. T. Miyamoto, M. Komatsu, H. Ikeda
    • Journal Title

      Appl. Environ. Microbiol.

      Volume: 80 Pages: 5028-5036

    • DOI

      10.1128/AEM.00727-14

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Novel terpenes generated by heterologous expression of genes encoding bacterial terpene synthases2015

    • Author(s)
      H. Ikeda
    • Organizer
      Natural Product, Discovery & Development in the post genomic era
    • Place of Presentation
      San Diego, USA
    • Year and Date
      2015-01-11 – 2015-01-14
    • Invited
  • [Book] 化学と生物2014

    • Author(s)
      異種発現による天然化合物創製
    • Total Pages
      6
    • Publisher
      日本農芸化学会
  • [Remarks]

    • URL

      http://avermitilis.ls.kitasato-u.ac.jp

  • [Patent(Industrial Property Rights)] 1.微生物を用いたマイコスポリン様アミノ酸を生産する方法2014

    • Inventor(s)
      池田治生、曽田匡洋、松本淳、山本省吾
    • Industrial Property Rights Holder
      池田治生、曽田匡洋、松本淳、山本省吾
    • Industrial Property Rights Type
      特許
    • Industrial Property Number
      2014-099647
    • Filing Date
      2014-05-13

URL: 

Published: 2016-06-01  

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