2010 Fiscal Year Annual Research Report

放線菌ゲノム解析と二次代謝産物生合成遺伝子情報の効果的利用

Planned Research

Project Area	Biosynthetic machinery: Deciphering and regulating the system for bioactive metabolite diversification
Project/Area Number	22108010
Research Category	Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
Research Institution	National Institute of Infectious Diseases
Principal Investigator	石川淳国立感染症研究所, 生物活性物質部, 室長 (40202957)
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha)	星野泰隆国立感染症研究所, 生物活性物質部, 主任研究官 (40399457)
Keywords	ゲノム / データベース / 二次代謝産物 / 抗生物質 / 生合成 / 次世代シークエンサー
Research Abstract	抗生物質や抗ガン剤などの生物活性物質(二次代謝産物)の生産者である放線菌において、現在我々が認知できている二次代謝産物は、放線菌の生産能力のうちの1割ほどでしかないことがゲノム解析により明らかにされた。しかしながら、残りの9割にアプローチし、利用するための情報は未だ不十分であるため、本研究は、既存の情報を整理し、生合成マシナリーの解明とそれを応用した新たなマシナリーのデザインのためのデータベースを構築することを目的とする。初年度である平成22年度は、主にデータベースおよび各種解析のためのサーバーの構築を行った。2基のインテルXeonプロセッサー(計12コア)と96GBのメモリーを搭載したラックマウントサーバーを購入(12月)し、シークエンスアセンブラーとしてPred/Phrap/Consedパッケージ、ABySSおよびVelvetをインストールした。配列解析ソフトおよびデータベースとしてClustalW、Maq、BWA、BLAST、HMMER3(Pfam)などをインストールした。さらにデータベースエンジンとしてPostgreSQLをインストールした。また、他の班員との情報共有を行うために、ウェブサーバーを構築した(現時点では非公開)。