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2012 Fiscal Year Annual Research Report

Regulation of NF-kB signaling by post-translational modifications and its relation to disease onsets

Planned Research

Project AreaRegulation of signal transduction by post-translational modifications and its pathogenic dysregulation
Project/Area Number 22117002
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

井上 純一郎  東京大学, 医科学研究所, 教授 (70176428)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 尾山 大明  東京大学, 医科学研究所, 准教授 (30422398)
Project Period (FY) 2010-04-01 – 2015-03-31
Keywordsユビキチン / シグナル伝達 / 構造生物学 / 数理モデル / 質量分析
Outline of Annual Research Achievements

研究計画を遂行し以下の結果を得た。
1)NF-kBの活性化に必須なIkBキナーゼ(IKK)複合体に結合する分子を質量分析担当の分担者尾山と探索し、p47を同定した。p47は刺激依存的にユビキチン化され活性化されたIKK複合体のサブユニットNEMOをライソゾームで分解してNF-kBの活性化を負に制御する分子であると考えられた。2)TRAF6/MEKK3/TAK1シグナル複合体形成におけるTAK1のK63型ポリユビキチン化の役割を解明するための研究において既にMEKK3と結合する分子としてp62を同定しているが、p62の関連分子NBR1がIL-1及びTNFaによるNF-kB活性化を正に関与していることを見出した。3)複合体に結合し、サイトカインによるNF-kB活性化には影響を与えずTaxによるNF-kB活性化のみを促進するタンパク質を見出した。4)NF-kBの非古典的経路においてTRAF2とTRAF3の相互作用を阻害することでその活性化に関与する新たなタンパク質を同定した。5)Basal型乳癌細胞株においてNF-kBの活性化がCD44陽性, CD24陰性のがん幹細胞分画の顕著な増大を誘導することを既に明らかにしたが、NF-kBで発現誘導されたJAG1によるNotchシグナルの活性化が関与していることを明らかにした。6)K63型ユビキチン鎖に結合するペプチドを合成し、そのペプチドを共有結合させたアフィニティーカラムを作成することでK63型ユビキチン鎖を濃縮することに成功した。現在作成したアフィニティーカラムで細胞破壊液からK63型ユビキチン化タンパク質の精製を試みている。7)古典的経路におけるNF-kB活性化のオシレーションの3次元シミュレーションに成功した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

刺激依存的に形成されるポリユビキチン鎖を標的にしてNF-kB活性化を負に制御する新たなタンパク質p47を同定したこと、そしてA03市川班と連携してNF-kBの3次元シミュレーションに成功したことは大きな成果であり、ほぼ順調に目的を達成できたことを示している。さらに疾患との関連では、乳癌幹細胞の維持におけるNF-kB活性化の新たな役割を明らかにできたことはこの分野の進展に大きく貢献したと考えている。

Strategy for Future Research Activity

1)翻訳後修飾による新たなシグナル制御機構解明:本研究で同定したp47は、Lys63型や直鎖状ユビキチン化されたNEMOをリソゾームで分解させるという全く新たなNF-kBの活性制御機構である。また、p62やNBR1もユビキチン鎖結合ドメインを持ちNF-kBの活性制御において新たなメカニズムが明らかになる可能性が高い。さらに、TaxによるNF-kB活性化は白血病発症に深く関与しながらその分子機構は解明されていない。本研究では細胞質にTaxを加えることでポリユビキチン鎖が形成されることを明らかにしており、ユビキチン鎖を介するNF-kBの新たな活性化機構の解明が期待される。
2)未知の翻訳後修飾の同定を念頭においた基盤技術の導入:NF-kBの時空間的挙動をモニターするシステムの確立のため、NF-kBのサブユニットであるRelBと蛍光タンパク質Venusが融合したRelB-Venusのノックインマウスから細胞株を樹立した。この細胞をリンホトキシンで刺激すると興味深いことにRelBは核移行と核外移行を繰り返しオシレーションした。このときオシレーションの周期が約1.5時間の細胞群と約3時間の細胞群が存在した。異なるオシレーションの遺伝子発現における意義やその制御を担う翻訳後修飾の解明を進めることで新たなシグナルに時空間的制御機構が明らかになることが期待される。
3)遺伝子改変マウスを用いた疾患との関連解明:本研究で同定した新規の負の制御タンパク質p47のノックアウトマウスを解析しp47と疾患との関係を明らかにする。また、今後同定される因子についても積極的にマウスの実験系を用いて疾患との関連を明らかにする。

  • Research Products

    (23 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (4 results) (of which Peer Reviewed: 4 results) Presentation (17 results) (of which Invited: 2 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Partial purification of Lys63 ubiquitinated proteins by using a column switch HPLC method.2013

    • Author(s)
      Kojima, A
    • Journal Title

      PEPTIDE SCIENCE 2012

      Volume: 2012 Pages: 161-164

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] p47 negatively regulates IKK activation by inducing the lysosomal degradation of polyubiquitinated NEMO.2012

    • Author(s)
      Shibata. Y
    • Journal Title

      Nat. Commun.

      Volume: 3 Pages: 1061

    • DOI

      10.1038/ncomms2068.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Roles of spatial parameters on the oscillation of nuclear NF-#61547;B: computer simulations of a 3D spherical cell.2012

    • Author(s)
      Oshima, D
    • Journal Title

      PLoS ONE

      Volume: 7 Pages: e46911

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0046911

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] cIAP1/2 negatively regulate RANKL-induced osteoclastogenesis through the inhibition of NFATc1 expression.2012

    • Author(s)
      Yamaguchi, N
    • Journal Title

      Genes Cells

      Volume: 17 Pages: 971-981

    • DOI

      10.1111/gtc.12012

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Ubiquitin E3 ligases cIAP1/2 negatively regulate osteoclastogenesis2013

    • Author(s)
      山口 憲孝
    • Organizer
      日本薬学会第133年会
    • Place of Presentation
      パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2013-03-27 – 2013-03-30
  • [Presentation] Critical roles of NF-kB activation in breast cancer development2013

    • Author(s)
      井上 純一郎
    • Organizer
      Breakthroughs in Basic and Translational Cancer Research
    • Place of Presentation
      ハイアットリージェンシーマウイ アメリカ ハワイ州
    • Year and Date
      2013-02-21 – 2013-02-25
  • [Presentation] Preparation of the K63-linked polyyubiquitin-specific affinity columun packed with the Zinc Finger peptide derived frm TAK1 binding protein22013

    • Author(s)
      小嶋 絢
    • Organizer
      Breakthroughs in Basic and Translational Cancer Research
    • Place of Presentation
      ハイアットリージェンシーマウイ アメリカ ハワイ州
    • Year and Date
      2013-02-21 – 2013-02-25
  • [Presentation] A non-cell-autonomous role of NF-kappaB inregulating cancer stem cell populations in the basal-like breast cancer subtype2013

    • Author(s)
      山本 瑞生
    • Organizer
      がん研究分野の特性等を踏まえた支援活動・公開シンポジウム
    • Place of Presentation
      学術総合センター 一橋講堂
    • Year and Date
      2013-01-29 – 2013-01-30
  • [Presentation] Activation of the IκB kinase complex by HTLV-1 Tax requires cytosolic factors involved in Tax-induced polyubiquitination2013

    • Author(s)
      柴田 佑里
    • Organizer
      Asian-African Research Forum on Emerging and Reemerging Infections 2013
    • Place of Presentation
      東京医科歯科大学
    • Year and Date
      2013-01-23 – 2013-01-24
  • [Presentation] p47 negatively regulates IKK activation by inducing the lysosomal degradation of polyubiquitinated NEMO2012

    • Author(s)
      柴田 佑里
    • Organizer
      第35回 日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場
    • Year and Date
      2012-12-11 – 2012-12-14
  • [Presentation] Indentificatioan of a Novel Function of an Ubiquitin-editing Enzyme A20 by a Proteomic Analysis2012

    • Author(s)
      山口 憲孝
    • Organizer
      第35回 日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場
    • Year and Date
      2012-12-11 – 2012-12-14
  • [Presentation] Isolation of Lys63-linked Polyubiquitinated Proteins Using the Affinity Column Conjugated with the NZF Peptide Derived TAB22012

    • Author(s)
      小嶋 絢
    • Organizer
      第35回 日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場
    • Year and Date
      2012-12-11 – 2012-12-14
  • [Presentation] RANK Harbors the Specific Domain that is Crucial for Sspatiotemporal Regulation of RANK-mediated osteoclastogenic Signaling2012

    • Author(s)
      田口 祐
    • Organizer
      第35回 日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場
    • Year and Date
      2012-12-11 – 2012-12-14
  • [Presentation] Roles of Spatial Parameters for the Regulation of Nuclear Nf-κB Oscillation:Simulation on the 3D Spherical Cell Model2012

    • Author(s)
      大島 大輔
    • Organizer
      第35回 日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場
    • Year and Date
      2012-12-11 – 2012-12-14
  • [Presentation] p47 negatively regulates IKK activation by inducing the lysosomal degradation of polyubiquitinated NEMO2012

    • Author(s)
      井上 純一郎
    • Organizer
      2nd Japanese-French Cancer Workshop
    • Place of Presentation
      グランドエクシブ鳴門
    • Year and Date
      2012-11-29 – 2012-12-01
    • Invited
  • [Presentation] カラムスイッチHPLC法を用いたk63型ポリユビキチン化タンパク質の部分精製2012

    • Author(s)
      小嶋 絢
    • Organizer
      第49回ペプチド討論会
    • Place of Presentation
      鹿児島県民交流センター
    • Year and Date
      2012-11-09 – 2012-11-11
  • [Presentation] 転写因子NF-kappaB活性化を介した細胞間相互作用によるBasal-like乳癌幹細胞維持機構の解析2012

    • Author(s)
      山本 瑞生
    • Organizer
      第71回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      ロイトン札幌
    • Year and Date
      2012-09-19 – 2012-09-21
  • [Presentation] TRAF6はRasによるトランスフォームに必須ではない2012

    • Author(s)
      山口 憲孝
    • Organizer
      第71回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      ロイトン札幌
    • Year and Date
      2012-09-19 – 2012-09-21
  • [Presentation] 乳がん悪性化における転写因子NF-kBの役割2012

    • Author(s)
      井上 純一郎
    • Organizer
      第71回日本癌学会学術総会
    • Place of Presentation
      ロイトン札幌
    • Year and Date
      2012-09-19 – 2012-09-21
    • Invited
  • [Presentation] 核と細胞質の間で振動する転写因子NF-kBの生物学2012

    • Author(s)
      井上 純一郎
    • Organizer
      日本応用数理学会2012年度年会
    • Place of Presentation
      稚内全日空ホテル
    • Year and Date
      2012-08-28 – 2012-09-02
  • [Presentation] 転写因子NF-kB振動の数理モデル2012

    • Author(s)
      大島 大輔
    • Organizer
      日本応用数理学会2012年度年会
    • Place of Presentation
      稚内全日空ホテル
    • Year and Date
      2012-08-28 – 2012-09-02
  • [Remarks] 新学術領域研究「修飾シグナル病」

    • URL

      http://shushoku-signal.com/

  • [Remarks] 東京大学医科学研究所 分子発癌分野

    • URL

      http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/BunshiHatsugan/index.html

URL: 

Published: 2018-02-02  

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