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2013 Fiscal Year Annual Research Report

翻訳後修飾によるシグナル伝達制御とその破綻に起因する疾患の数理モデル

Planned Research

Project AreaRegulation of signal transduction by post-translational modifications and its pathogenic dysregulation
Project/Area Number 22117008
Research InstitutionThe University of Tokyo

Principal Investigator

市川 一寿  東京大学, 医科学研究所, 特任教授 (20343626)

Project Period (FY) 2010-06-23 – 2015-03-31
Keywords細胞シミュレーション / NF-kB / 核移行 / 振動 / ストレス顆粒 / 反応拡散
Research Abstract

1)核内外移行を繰り返すことにより生ずるNF-kBの振動のパーターンが、タンパク質の拡散定数、核/細胞質体積比(N/C比)、核膜輸送量などの空間パラメータにより大きく変化することを数理モデルによって見出しているが、H25年度は拡散定数が振動パターを変化させるメカニズムを明らかにした。核内NF-kBの振動継続のためには①核内NR-kB量のリセット、②そのために十分量のIkB流入が必要であること、③十分量のIkBを核へ供給するためには核から離れた細胞質にIkBを蓄えておく必要があり、この細胞質領域がIkBの「溜池」として機能する必要があること、④細胞質「溜池」にIkBを十分量蓄えるためには大きな拡散定数(特にIkBの)が必要であることを明らかにした。もし①~④が正しければIkBの拡散定数だけを大きくすれば細胞質「溜池」に十分量のIkBが蓄えられ、それが核内に流入することによりNF-kBをリセットし、振動が継続するはずである。実際シミュレーションによりこれを確認し、①~④のメカニズムの正しさを強く示唆する結果を得た。
2)次に、古典的経路でのRelAに比べて研究の遅れている非古典的経路のRelB活性制御のメカニズムについて複数のモデルを検討し、実験結果との整合性を考慮してモデルを絞り込んだ。
3)ストレス顆粒(SG)形成のモデルに関して、stochastic simulation(SS)のプログラムを拡張し、微小管上のSG確率的輸送を扱えるようにした。シミュレーションの結果、SG形成個数、time courseにおいて実験と非常によく一致する結果を得、SG形成のメカニズムを明らかにした。
4)領域の若手研究者育成活動として若手ワークチョップにおいて細胞シミュレーションの具体例を取り上げながら講習を行い、かつホームページ上に例題を載せ公開した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

①拡散係数がなぜNF-kBの振動に影響を与えるかの詳細なメカニズムを明らかにした。本来拡散定数は物質固有の値であるが、細胞内においてはオルガネラの分布、密度、大きさ(面積)によって実効的な値が変化すると考えられる。拡散定数は細胞生物学においては大きく扱われてこなかったが、一方で細胞分裂のときはもちろん、hypoxiaやウイルス感染によってオルガネラ分布が大きく変化することが報告されている。従ってオルガネラの変化による実行拡散定数の変化は今後の細胞生物学において重要になると考えられ、本研究によってその先鞭をつけた。
②SG形成のSSを世界に先駆けて実現し、そのメカニズムを明らかにした。
③細胞生物学において数理的研究をできる若手の育成を行った。
以上のように、おおむね順調に進展している。

Strategy for Future Research Activity

1)実際の細胞の連続電顕写真からオルガネラを抽出してコンピュータ上に再構成し(TiCS:True intraCellular Space)、TiCSにおけるNF-kB制御のメカニズムをさらに追及する。TiCSシミュレーションは従来方法で行うと超大規模シミュレーションとなるため、世界最高速のスパコンでも実用的シミュレーションが困難であると予想される。そこで計算量を数ケタ低減するための方策を編み出す。
2)NF-kB制御の古典的経路のメカニズムを明らかにする。
3)SG形成制御の予測を行い、実験で検証する。

  • Research Products

    (18 results)

All 2014 2013 Other

All Journal Article (6 results) (of which Peer Reviewed: 4 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (9 results) (of which Invited: 8 results) Book (1 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Regulation of signal transduction by spatial parameters: a case in NF-kB oscillation2014

    • Author(s)
      Ichikawa, K., Ohshima, D., and Sagara, H.
    • Journal Title

      IET Systems Biology

      Volume: 9 Pages: 41-51

    • DOI

      10.1049/iet-syb.2013.0020

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Spatial chaos and complexity in the intracellular space of cancer and normal cells2013

    • Author(s)
      Pham, T.D., and Ichikawa, K.
    • Journal Title

      Theoretical Modeling and Medical Biology

      Volume: 10 Pages: 62

    • DOI

      10.1186/1742-4682-10-62

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Regulation of NF-kB Oscillation by Spatial Parameters in True Intracellular Space (TiCS)2013

    • Author(s)
      Ohshima, D., Sagara, H., and Ichikawa, K.
    • Journal Title

      2013 International Symposium on Computational Models for Life Sciences, AIP Conf.Proc.

      Volume: 1559 Pages: 5-11

    • DOI

      10.1063/1.4824990

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Critical role of transient activity of MT1-MMP for ECM degradation in invadopodia2013

    • Author(s)
      Watanabe, A., Hoshino D., Koshikawa, N., Seiki, M., Suzuki, T., and Ichikawa, K.
    • Journal Title

      PLoS Comp.Biol.

      Volume: 9 Pages: e1003086

    • DOI

      10.1371/annotation/b41ed85a-11d1-483a-a7ac-9d06f0c8669a

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] シミュレーションによるがん浸潤初期過程の動的理解2013

    • Author(s)
      市川一寿
    • Journal Title

      実験医学

      Volume: 31 Pages: 2932-2938

  • [Journal Article] 転写因子NF-kBの振動パターンに大きな影響を与える3次元細胞内空間構造2013

    • Author(s)
      大島大輔・市川一寿
    • Journal Title

      生化学

      Volume: 85 Pages: 430-437

  • [Presentation] Analysis of regulatory mechanisms of transcription factor NF-kB in 3D spherical computational cell model2013

    • Author(s)
      D. Ohshima and K. Ichikawa
    • Organizer
      第36回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      20131203-20131203
  • [Presentation] Regulation of NF-kB Oscillation by Spatial Parameters in True Intracellular Space (TIS)2013

    • Author(s)
      K. Ichikawa, H. Sagara and D. Ohshima
    • Organizer
      CMLS-13
    • Place of Presentation
      Sidney, Australia
    • Year and Date
      20131127-20131127
    • Invited
  • [Presentation] がん浸潤初期過程の研究におけるシミュレーションと実験の相互作用2013

    • Author(s)
      市川一寿
    • Organizer
      文部科学省・科学研究費補助金・新学術領域研究「修飾シグナル病」、若手ワークショップ
    • Place of Presentation
      伊香保
    • Year and Date
      20131021-20131021
    • Invited
  • [Presentation] Predictive dynamic regulation of MT1-MMP at invadopodia by mathematical modeling and computer simulation2013

    • Author(s)
      K. Ichikawa
    • Organizer
      Tsukuba Global Science Week 2013
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      20131004-20131004
    • Invited
  • [Presentation] 細胞内3次元空間がNF-kBの振動に与える影響2013

    • Author(s)
      市川一寿
    • Organizer
      第86回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20130912-20130912
    • Invited
  • [Presentation] がんの浸潤最初期ダイナミクスの理解によって転移抑制を目指す2013

    • Author(s)
      市川一寿
    • Organizer
      応用数理学会2013年度年会オーガナイズドセッション
    • Place of Presentation
      福岡
    • Year and Date
      20130910-20130910
    • Invited
  • [Presentation] Signal Transduction in Real Intracellular Space2013

    • Author(s)
      D. Ohshima, H. Sagara, T.D. Pham, K. Ichikawa
    • Organizer
      35th IEEE EMBC Full-day Workshop on Current Challenging Image Analysis and Information Processing in Life Sciences
    • Place of Presentation
      Osaka
    • Year and Date
      20130703-20130703
    • Invited
  • [Presentation] Segmentation of Endoplasmic Reticulum in Intracellular Space2013

    • Author(s)
      N. Nguyen-Thanh, T.D. Pham, H. Sagara, K. Ichikawa
    • Organizer
      35th IEEE EMBC Full-day Workshop on Current Challenging Image Analysis and Information Processing in Life Sciences
    • Place of Presentation
      Osaka
    • Year and Date
      20130703-20130703
    • Invited
  • [Presentation] Characterization of cancer and normal intracellular images by the power law of a fuzzy partition functional2013

    • Author(s)
      T.D. Pham, K. Ichikawa
    • Organizer
      Int. Conf. Image Analysis and Recognition (ICIAR 2013)
    • Place of Presentation
      Povoa de Varzim, Portuga
    • Year and Date
      20130626-20130628
    • Invited
  • [Book] Nuclear Boundary and Pore Detection in SEM Images2014

    • Author(s)
      Isabel Schwende, Tuan D. Pham, and Kazuhisa Ichikawa
    • Total Pages
      13
    • Publisher
      Springer-Verlag Berlin Heidelberg
  • [Remarks] 東京大学医科学研究所腫瘍数理分野ホームページ

    • URL

      http://www.ims.u-tokyo.ac.jp/mathcancer/

  • [Remarks] 新学術領域「修飾シグナル病」ホームページ

    • URL

      http://shushoku-signal.com/

URL: 

Published: 2015-05-28  

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