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2014 Fiscal Year Annual Research Report

植物システム制御の数理モデリング

Planned Research

Project AreaIntegrated analysis of strategies for plant survival and growth in response to global environmental changes
Project/Area Number 22119011
Research InstitutionHokkaido University

Principal Investigator

佐竹 暁子  北海道大学, 地球環境科学研究科(研究院), 准教授 (70506237)

Project Period (FY) 2010-04-01 – 2015-03-31
Keywords植物 / モデル化 / 生理学 / 遺伝子 / 環境
Outline of Annual Research Achievements

数理モデルによって,特定の光合成能を有するイネに任意の玄米数と玄米配置を与えたときの各玄米登熟度を予測できれば,総収量を最大化する玄米数と玄米配置をもつイネ穂構造を数理モデルによって提案することが可能になる.そこで,我々は育種研究へ新たな数理的手法を提供することを目的に,イネのショ糖転流と玄米登熟を捉えた師管栄養輸送モデルを開発した.
師部におけるショ糖転流の駆動力は,ショ糖濃度勾配によって生じる膨圧差によって生じると考える圧流説が現在支配的である.本研究ではこの圧流説を採用し,ソース葉と複数のシンク(玄米)が師管(エッジ)で連結されたグラフとして複合的師管ネットワークをモデル化し,各ソースとシンクにおけるショ糖ダイナミクスを離散空間常微分方程式系によって記述した.グラフの形状はコシヒカリの穂構造をもとに算出した.
松葉(1991 中国農業試験場研究報告11-58)によって提案された完全展開モデルをもとに,玄米数は固定し玄米配置のみが異なるイネ穂ネットワークを仮想的に3種類作出し,ネットワーク間で収量比較を行った.その結果,一次枝梗のみあるいは少数の二次枝梗を発達させたネットワークにおいて高い収量が予測されたが,三次枝梗まで発達させたネットワークでは未熟な玄米が認められ収量は低いままであった.また,高い収量が予測されたイネ穂ネットワークでは、ネットワーク上の全ての玄米が均質な登熟動態を示した.総光合成速度を増加させた場合にも同様の結果が得られた.これらの結果は,均質なショ糖輸送が可能な玄米配置をデザインすることによって、収量増加を実現できることを示唆するものである.

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (13 results)

All 2015 2014

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results,  Acknowledgement Compliant: 7 results) Presentation (6 results) (of which Invited: 5 results)

  • [Journal Article] A mathematical model of phloem sucrose transport as a new tool for designing rice panicle structure for high grain yield2015

    • Author(s)
      Seki M, Feugier FG, Song X, Ashikari M, Nakamura H, Ishiyama K, Yamaya T, Ikeda M, Kitano H, Satake A
    • Journal Title

      Plant & Cell Physiology

      Volume: 56 Pages: 605-619

    • DOI

      10.1093/pcp/pcu191

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] In silico simulation modeling reveals the importance of the Caspian strip for efficient silicon uptake in rice roots2015

    • Author(s)
      Sakurai, G, Satake A, Yamaji N, Mitani-Ueno N, Yokozawa M, Feugier FG, Ma JF
    • Journal Title

      Plant & Cell Physiology

      Volume: 56 Pages: 631-639

    • DOI

      10.1093/pcp/pcv017

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Spatially explicit model for flowering time in bamboos: long rhizomes drive the evolution of delayed flowering.2015

    • Author(s)
      Tachiki, Y, Makita, Suyama Y, Satake A
    • Journal Title

      Journal of Ecology

      Volume: 103 Pages: 585-593

    • DOI

      10.1111/1365-2745.12390

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Understanding circadian regulation of carbohydrate metabolism in Arabidopsis using mathematical models2015

    • Author(s)
      Webb, A.A.R., Satake A
    • Journal Title

      Plant & Cell Physiology

      Volume: 56 Pages: 586-593

    • DOI

      10.1093/pcp/pcv033

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Hyperbolic features of the circadian clock oscillations can explain linearity in leaf starch dynamics and adaptation of plants to diverse light and dark cycles.2014

    • Author(s)
      Feugier, GF, Satake A.
    • Journal Title

      Ecological Modelling

      Volume: 290 Pages: 110-120

    • DOI

      10.1016/j.ecolmodel.2013.11.011

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Ribosomes in a stacked array. Elucidation of the step in translation elongation at which they are stalled during S-adenosyl-L-methionine-induced translation arrest of CGS1 mRNA2014

    • Author(s)
      Yamashita Y, Kadokura Y, Sotta N, Fujiwara T, Takigawa I, Satake A, Onouchi H, Naito S
    • Journal Title

      The Journal of Biological Chemistry

      Volume: 289 Pages: 12693-12704

    • DOI

      10.1074/jbc.M113.526616

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Nitrogen as a key regulator of flowering in Fagus crenata: understanding the physiological mechanism of masting by gene expression analysis2014

    • Author(s)
      Miyazaki Y, Maruyama Y, Chiba Y, Kobayashi MJ, Joseph B, Shimizu KK, Mochida K, Hiura T, Kon H, Satake A
    • Journal Title

      Ecology Letters

      Volume: 17 Pages: 1299-1309

    • DOI

      10.1111/ele.12338

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 長期フェノロジーデータ分析から一斉開花メカニズムを解明する/Exploring general flowering mechanism using long-term phenology data2015

    • Author(s)
      佐竹暁子・Chen, Yu-Yun・沼田真也・小杉緑子・谷誠・市栄智明・谷尚樹
    • Organizer
      第62回日本生態学会大会
    • Place of Presentation
      鹿児島大学
    • Year and Date
      2015-03-18 – 2015-03-22
  • [Presentation] Flowering phenology and environmental change: comparison between temperate and tropical rain forests2015

    • Author(s)
      Yeoh, S-H., Satake, A., Numata, S., Ichie, T., Lee, S-L., Basherudin, N., Muhammad, N., Chen, Y-Y., Kosughi, Y., Tani, M., Tani, N.
    • Organizer
      第56回日本植物生理学会年会
    • Place of Presentation
      東京農業大学
    • Year and Date
      2015-03-16 – 2015-03-18
    • Invited
  • [Presentation] 森林のリズムが生まれる仕組みと理由2014

    • Author(s)
      佐竹暁子
    • Organizer
      生物リズム若手研究者の集い
    • Place of Presentation
      京都大学
    • Year and Date
      2014-12-13 – 2014-12-14
    • Invited
  • [Presentation] Transportation of sucrose and flowering signal in phloem network2014

    • Author(s)
      Satake, A.
    • Organizer
      EMBO conference "Interdisciplinary plant development"
    • Place of Presentation
      ケンブリッジ大学,ケンブリッジ,UK
    • Year and Date
      2014-09-21 – 2014-09-24
    • Invited
  • [Presentation] Exploring the mechanism of synchronized flowering by integrating molecular and modeling approaches2014

    • Author(s)
      Satake, A.
    • Organizer
      Joint Annual Meeting of JSMB & SMB
    • Place of Presentation
      大阪国際会議場
    • Year and Date
      2014-07-28 – 2014-08-01
    • Invited
  • [Presentation] Nitrogen as a key regulator of mast flowering2014

    • Author(s)
      Satake, A.
    • Organizer
      51st Annual Meeting of ATBC
    • Place of Presentation
      ケアンズコンベンションセンター,ケアンズ,オーストラリア
    • Year and Date
      2014-07-20 – 2014-07-24
    • Invited

URL: 

Published: 2016-06-01  

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