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2010 Fiscal Year Annual Research Report

動物・植物細胞のシグナル検知と伝達の構造生物学

Planned Research

Project AreaStructural basis of cell-signalling complexes mediating signal perception, transduction and responses
Project/Area Number 22121002
Research Category

Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)

Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

箱嶋 敏雄  奈良先端科学技術大学院大学, バイオサイエンス研究科, 教授 (00164773)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 三島 正規  首都大学東京, 理工学研究科, 准教授 (70346310)
Keywords分子構造 / シグナル伝達 / 細胞骨格 / Gタンパク質 / unconventionalミオシン / 密着結合 / 植物ホルモン / 受容体
Research Abstract

1.動物細胞のシグナル検知と伝達制御:低分子量GTPaseであるRacのGEFとして細胞骨格系の制御を通して細胞運動を制御するタンパク質Tiam1については,活性化に必要な新たな膜・膜タンパク質相互作用ドメインであるPHCCExドメインの結晶構造解析を完成すると共にDCC等の認識部位を同定できた.また,運動の方向決定に関与するmyosin-Xについては,積荷認識ドメイン(MyTH4-FERMドメイン)の調製に成功して,構造解析のための結晶化実験に取りかかった.更に,細胞のメカノセンサーとしての・-cateninとvinculinとの張力依存的な特異的相互作用の調節機構を解明するために,種々のコンストラクトを検討して,試料調製を可能とした.これらを用いて,結晶化を試みる段階まで到達した.また,医学的に重要な三量体GTPaseの阻害剤複合体の構造を世界に先駆けて決定した.また,早老症原因タンパク質WRNの構造決定にも成功した.
Tiam1については平成22年の年末に,共同研究者から新たな知見(分子内相互作用による活性抑制の可能性)が提供されて,その検討のために必要なドメイン,特にN-末端の構造的に柔軟な領域やRas結合ドメインとPDZドメインを,年度を繰り越して試料調製を貫徹して,分子間・分子内相互作用解析の準備が整った.
2.植物細胞ののシグナル検知と伝達制御:DELLAタンパク質やその他のGRASドメインタンパク質の大腸菌での高い発現系構築に成功した.また,ストリゴラクトン受容体候補であるD14調製して結晶化に成功した.ホルモンと受容体の相互作用解析では,購入した熱量計ITC_<200>をフル稼働で使用して,定量的に結合の強さを見積もった.更に,受容体候補類似タンパク質D14Lの調製については,年度を繰り越して試料の調製を貫徹した.

  • Research Products

    (71 results)

All 2012 2011 2010

All Journal Article (13 results) (of which Peer Reviewed: 13 results) Presentation (58 results)

  • [Journal Article] ^1H, ^<13>C and ^<15>N NMR assignments of the Escherichia coli Orf135 protein2012

    • Author(s)
      Kumiko Kawasaki
    • Journal Title

      Biomol NMR Assign.

      Volume: 6 Pages: 1-4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Insights into substrate recognition by the E.coli orf135 prote in through its solution structure2012

    • Author(s)
      Kumiko Kawasaki
    • Journal Title

      Biochem Biophys Res Commun.

      Volume: (in Press)

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] A mechanism for single-stranded DNA-binding protein (SSB) displacement from single-stranded DNA upon SSB-RecO interaction2011

    • Author(s)
      Jin Inoue
    • Journal Title

      J Biol Chem.

      Volume: 286 Pages: 6720-6732

    • DOI

      10.1074/jbc.M110.164210. Epub 2010 Dec 17.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis of cargo recognition by the myosin-X MyTH4-FERM domain2011

    • Author(s)
      Y.Hirano
    • Journal Title

      EMBO J.

      Volume: 30 Pages: 2734-2747

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Exclsuively NOESY-based automated NMR assignment and structure determination of proteins2011

    • Author(s)
      Teppei Ikeya
    • Journal Title

      J Biomol NMR

      Volume: 50 Pages: 137-46

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The PHCCEx domain of Tiam1/2 is a novel protein- and membrane-binding module2010

    • Author(s)
      S.Terawaki
    • Journal Title

      EMBO J.

      Volume: 29 Pages: 236-250

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural Basis for DNA Strand Separation by the Unconventional Winged-Helix Domain of RecQ Helicase WRN2010

    • Author(s)
      K.Kitano
    • Journal Title

      Structure (Cell Press)

      Volume: 18 Pages: 177-187

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization of the plant hormone receptors PYL9/RCAR1, PYL5/RCAR8, PYR1/RCAR11 in the presence of (+)-abscisic acid2010

    • Author(s)
      N.Shibata
    • Journal Title

      Acta Crystallogr.

      Volume: F66 Pages: 456-459

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Cloning and crystallization of human phosphodiesterase 122010

    • Author(s)
      T.Kohno
    • Journal Title

      Acta Crystallogr.

      Volume: F66 Pages: 520-522

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Structural basis for the specific inhibition of heterotrimeric G_q protein by a small molecule2010

    • Author(s)
      A.Nishimura
    • Journal Title

      Proc.Natl.Acad.Sci.USA

      Volume: 107 Pages: 13666-13671

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Solution structure of the HRDC domain of huian Bloom syndrome protein BLM2010

    • Author(s)
      M.Mishima
    • Journal Title

      J.Biochem.

      Volume: 154 Pages: 517-525

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] NMR protein structure determination in living E.coli cells using nonlinear sampling2010

    • Author(s)
      Teppei Ikeya
    • Journal Title

      Nat Protoc

      Volume: 5 Pages: 1051-1060

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Electrostatic interaction between oxysterol-binding protein and VAMP-associated protein A revealed by NMR and mutagenesis studies2010

    • Author(s)
      Kyoko Furuita
    • Journal Title

      Journal of Biological Chemistry

      Volume: 285 Pages: 12961-12970

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Autoinhibition and activation of end-binding 1 revealed by NMR2011

    • Author(s)
      Teppei Kanaba
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市(ポスター発表複数日)
    • Year and Date
      20111116-20111118
  • [Presentation] An attempt to obtain the structural insight of the multidomain protein PKC by solution NMR2011

    • Author(s)
      Katsutaka Akiyoshi
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市(ポスター発表複数日)
    • Year and Date
      20111116-20111118
  • [Presentation] Structural and dynamical studies of transcriptional corepressor SHARP/SMRT complex2011

    • Author(s)
      Ayaho Kobayashi
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市(ポスター発表複数日)
    • Year and Date
      20111116-20111118
  • [Presentation] Structural study of ternary complex formation of IRF4 using NMR2011

    • Author(s)
      Kouhei Sakaki
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市(ポスター発表複数日)
    • Year and Date
      20111116-20111118
  • [Presentation] Structural studies of tubulin tyrosine ligase 12011

    • Author(s)
      Kunimichi Saeki
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市(ポスター発表複数日)
    • Year and Date
      20111116-20111118
  • [Presentation] Structural and dynamic studies of proteins in living cells by in-cell NMR spectroscopy2011

    • Author(s)
      Jumpei Hamatsu
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市(ポスター発表複数日)
    • Year and Date
      20111116-20111118
  • [Presentation] Structure determination of the protein G B1 domain in living cells by in-cell NMR spectroscopy2011

    • Author(s)
      Saori Hosoya
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市(ポスター発表複数日)
    • Year and Date
      20111116-20111118
  • [Presentation] Heteronuclear multidimensional NMR spectroscopy of proteins in human cultured cells2011

    • Author(s)
      Kaori Onishi
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市(ポスター発表複数日)
    • Year and Date
      20111116-20111118
  • [Presentation] NMR structure refinement by torsion angle molecular dynamics simulation using a physical force field in CYANA2011

    • Author(s)
      Teppei Ikeya
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市(ポスター発表複数日)
    • Year and Date
      20111116-20111118
  • [Presentation] In-cell NMRによる細胞内蛋白質の分子動態解析2011

    • Author(s)
      濱津順平
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市
    • Year and Date
      2011-12-14
  • [Presentation] Structure determination of protein G B1 domain in living cells by in-cell NMR spectroscopy2011

    • Author(s)
      Saori Hosoya
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市
    • Year and Date
      2011-12-14
  • [Presentation] 溶液NMR法を用いた全長Protein kinase Cの構造決定の試み2011

    • Author(s)
      Katsutaka Akiyoshi
    • Organizer
      第34回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市
    • Year and Date
      2011-12-14
  • [Presentation] Weak and transient interaction underlying the transcriptional corepressor SHARP/SMRT complex2011

    • Author(s)
      Masaki Mishima
    • Organizer
      ISNMR2011
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市
    • Year and Date
      2011-11-17
  • [Presentation] Structural basis for the transcriptional regulation by SHARP2011

    • Author(s)
      Masaki Mishima
    • Organizer
      The 4th Asia-Pacific NMR Symposium
    • Place of Presentation
      Beijing, China
    • Year and Date
      2011-10-18
  • [Presentation] Molecular recognition of the C-terminal region of SMRT by SHARP and its dynamical aspect in transcriptional regulation2011

    • Author(s)
      三島正規
    • Organizer
      第49回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県姫路市
    • Year and Date
      2011-09-16
  • [Presentation] タンパク質を加工する/Modification of proteins for structural determination2011

    • Author(s)
      箱嶋敏雄
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会ワークショップ「複合体構造研究のひと工夫」
    • Place of Presentation
      大阪府吹田市
    • Year and Date
      2011-06-09
  • [Presentation] 複合体構造研究のひと工夫/Technical tips for solving problems in structural studies of protein complexes2011

    • Author(s)
      箱嶋敏雄
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会ワークショップ「複合体構造研究のひと工夫」
    • Place of Presentation
      大阪府吹田市
    • Year and Date
      2011-06-09
  • [Presentation] 微小管ダイナミクスを制御する蛋白質群についての構造研究/Structural studies of regulatory proteins for microtubule dynamics2011

    • Author(s)
      金場哲平
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府吹田市
    • Year and Date
      2011-06-08
  • [Presentation] PCNAのリングの内側に存在する酸性アミノ酸残基の機能解析/Molecular analysis of acidic amino acid residues in the center hole of PCNA2011

    • Author(s)
      諏訪喜昭
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府吹田市
    • Year and Date
      2011-06-08
  • [Presentation] NMR法によるマルチドメインタンパク質Protein kinase Cの構造解析の試み2011

    • Author(s)
      秋吉克昂
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府吹田市
    • Year and Date
      2011-06-08
  • [Presentation] 蛋白質間相互作用により生じる単鎖DNA結合蛋白質(SSB/RPA)のssDNAからの解離の一般的機構2011

    • Author(s)
      井上仁
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府吹田市
    • Year and Date
      2011-06-08
  • [Presentation] 微小管+端集積因子、EB1-CLASPの複合体結晶構造解析/The crystal structure of EB1-CLASP complex2011

    • Author(s)
      森智行
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府吹田市
    • Year and Date
      2011-06-07
  • [Presentation] Myosin-XのMyTH4-FERMドメインによる積み荷認識機構の構造的基盤/Structural basis of cargo recognition by the myosin-X MyTH4-FERM domain2011

    • Author(s)
      平野良憲
    • Organizer
      第11回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      大阪府吹田市
    • Year and Date
      2011-06-07
  • [Presentation] タンパク質のかたちから探る病気のしくみ2011

    • Author(s)
      北野健
    • Organizer
      奈良先端大バイオサイエンス研究科成果公開発表会
    • Place of Presentation
      大阪府大阪市
    • Year and Date
      2011-02-05
  • [Presentation] 構造生物学における第三の波2010

    • Author(s)
      箱嶋敏雄
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会ワークショップ「構造細胞生物学の新展開」
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市
    • Year and Date
      2010-12-10
  • [Presentation] ssDNAでのSSB置換におけるSSB-蛋白質相互作用の役割2010

    • Author(s)
      井上仁
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市
    • Year and Date
      2010-12-09
  • [Presentation] NMRを用いた蛋白質の立体構造解析における非線形サンプリングの有用性の検証2010

    • Author(s)
      大西香穂里
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市
    • Year and Date
      2010-12-08
  • [Presentation] In-cell NMRによるTTHA1718蛋白質の生細胞内分子動態解析2010

    • Author(s)
      濱津順平
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市
    • Year and Date
      2010-12-08
  • [Presentation] In-cell NMRを用いた生細胞内におけるプロテインG B1ドメインの高次構造解析2010

    • Author(s)
      花島知美
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市
    • Year and Date
      2010-12-08
  • [Presentation] 溶液NMR法によるマルチドメイン蛋白質の構造解析2010

    • Author(s)
      宮崎健介
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市
    • Year and Date
      2010-12-08
  • [Presentation] 転写抑制コファクターSHARP/SMRT複合体の構造解析2010

    • Author(s)
      三神すずか
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市
    • Year and Date
      2010-12-07
  • [Presentation] 溶液NMRを用いた、人チューブリンチロシン化酵素の構造研究2010

    • Author(s)
      佐伯邦道
    • Organizer
      第33回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      兵庫県神戸市
    • Year and Date
      2010-12-07
  • [Presentation] 溶液NMRを用いた、ヒトチューブリンチロシン化酵素の構造解析2010

    • Author(s)
      佐伯邦道
    • Organizer
      第49回NMR討論会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2010-11-17
  • [Presentation] EB1による微小管ダイナミクス制御機構についての構造研究2010

    • Author(s)
      金場哲平
    • Organizer
      第49回NMR討論会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2010-11-17
  • [Presentation] 溶液NMR法によるマルチドメイン蛋白質の構造決定め試み2010

    • Author(s)
      宮崎健介
    • Organizer
      第49回NMR討論会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2010-11-17
  • [Presentation] FLYAによる最少スペクトルデータセットを用いた自動構造解析2010

    • Author(s)
      池谷鉄兵
    • Organizer
      第49回NMR討論会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2010-11-17
  • [Presentation] In-cell NMR法を用いた生細胞内におけるプロテインG B1ドメインの高次構造解析2010

    • Author(s)
      花島知美
    • Organizer
      第49回NMR討論会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2010-11-17
  • [Presentation] NMRを用いた蛋白質の立体構造解析における非線形サンプリングの有用性の検証2010

    • Author(s)
      大西香穂里
    • Organizer
      第49回NMR討論会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2010-11-17
  • [Presentation] NMR studies of 56kDa E.coli nickel binding protein NikA2010

    • Author(s)
      Joanna Jakus
    • Organizer
      第49回NMR討論会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2010-11-17
  • [Presentation] 過渡的に形成される立体構造の常磁性緩和効果による解析2010

    • Author(s)
      三島正規
    • Organizer
      第49回NMR討論会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2010-11-15
  • [Presentation] 転写抑制コファクターSHARP/SMRT複合体の試料調製及び構造解析2010

    • Author(s)
      三神すずか
    • Organizer
      第49回NMR討論会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2010-11-15
  • [Presentation] 溶液NMR法によるMBF1/Jun/Fos/DNA転写因子複合体の構造解析2010

    • Author(s)
      川崎久美子
    • Organizer
      第49回NMR討論会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2010-11-15
  • [Presentation] Nonlinear samplingと3D MaxEntを用いた迅速な4D NOESY測定の有用性の検証2010

    • Author(s)
      重光佳基
    • Organizer
      第49回NMR討論会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2010-11-15
  • [Presentation] In-cell NMRを用いた生細胞内におけるカルモジュリンN末端ドメインの高次構造解析2010

    • Author(s)
      細谷沙織
    • Organizer
      第49回NMR討論会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2010-11-15
  • [Presentation] In-cell NMRによる高度好熱菌TTHA1718蛋白質の生細胞動態解析2010

    • Author(s)
      濱津順平
    • Organizer
      第49回NMR討論会
    • Place of Presentation
      東京都江戸川区
    • Year and Date
      2010-11-15
  • [Presentation] 植物ホルモン受容体の構造研究2010

    • Author(s)
      箱嶋敏雄
    • Organizer
      蛋白研セミナー
    • Place of Presentation
      大阪府吹田市
    • Year and Date
      2010-10-21
  • [Presentation] Structural basis for the transcriptional repression mediated by SHARP/SMRT complex2010

    • Author(s)
      Teppei Kanaba
    • Organizer
      日本生物物理学会第48回年会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市
    • Year and Date
      2010-09-22
  • [Presentation] Structural studies of tubulin tyrosine ligase using solution NMR spectroscopy2010

    • Author(s)
      Kunimichi Saeki
    • Organizer
      日本生物物理学会第48回年会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市
    • Year and Date
      2010-09-22
  • [Presentation] Structural analysis of multi-domain proteins by solution NMR2010

    • Author(s)
      Kensuke Miyazaki
    • Organizer
      日本生物物理学会第48回年会
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市
    • Year and Date
      2010-09-21
  • [Presentation] NMR and mutagenesis studies of the interaction of ER membrane protein VAP-A with intrinsically disordered protein OSBP2010

    • Author(s)
      K.Furuita
    • Organizer
      The 24^<th> International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • Place of Presentation
      Cairns, Commonwealth in Australia
    • Year and Date
      2010-08-24
  • [Presentation] Structure and dynamics of proteins at work inside cells2010

    • Author(s)
      Ito, J
    • Organizer
      The 24^<th> International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • Place of Presentation
      Cairns, Commonwealth in Australia
    • Year and Date
      2010-08-23
  • [Presentation] NMR studies of 56kDa E.coli periplasmic nickel binding protein NikA2010

    • Author(s)
      J.E.Jakus
    • Organizer
      The 24^<th> International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • Place of Presentation
      Cairns, Commonwealth in Australia
    • Year and Date
      2010-08-23
  • [Presentation] Applications of nonlinear sampling scheme to 4D NOESY experiment2010

    • Author(s)
      Y.Shigemitsu
    • Organizer
      The 24^<th> International Conference on Magnetic Resonance in Biological Systems
    • Place of Presentation
      Cairns, Commonwealth in Australia
    • Year and Date
      2010-08-23
  • [Presentation] NMR characterization of the regulation of microtubule dynamics by EB12010

    • Author(s)
      Teppei Kanaba
    • Organizer
      Joint EUROMAR 2010 and 17th ISMAR Conference
    • Place of Presentation
      イタリア フローレンス
    • Year and Date
      2010-07-06
  • [Presentation] 溶液NMR法を用いたマルチドメイン蛋白質の構造解析の試み2010

    • Author(s)
      宮崎健介
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      北海道札幌市
    • Year and Date
      2010-06-16
  • [Presentation] チューブリンチロシン化酵素の構造研究2010

    • Author(s)
      佐伯邦道
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      北海道札幌市
    • Year and Date
      2010-06-16
  • [Presentation] 微小管制御蛋白質EB1の構造解析2010

    • Author(s)
      金場哲平
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      北海道札幌市
    • Year and Date
      2010-06-16
  • [Presentation] 多次元NMR法による転写抑制因子SHARP/SMRT複合体の立体構造解析2010

    • Author(s)
      三神すずか
    • Organizer
      第10回日本蛋白質科学会年会
    • Place of Presentation
      北海道札幌市
    • Year and Date
      2010-06-16

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Published: 2013-06-26  

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