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2014 Fiscal Year Annual Research Report

カメの甲の新規形態パターンをもたらした発生機構の変化

Planned Research

Project AreaGenetic bases for the evolution of complex adaptive traits
Project/Area Number 22128003
Research InstitutionThe Institute of Physical and Chemical Research

Principal Investigator

倉谷 滋  独立行政法人理化学研究所, 倉谷形態進化研究室, 主任研究員 (00178089)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 入江 直樹  東京大学, 理学(系)研究科(研究院), 准教授 (10536121)
Project Period (FY) 2010-04-01 – 2015-03-31
Keywords進化 / 発生 / ゲノム / バイオインフォマティクス / 脊椎動物 / カメ
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、形態進化の中で新規形質が獲得される過程の極端な一例としてカメの甲の進化に注目し、この新規形質の獲得を導いた発生プログラムの変化を明らかにすることを目指した。本研究でこれまでに解読したゲノム配列をもとにした遺伝子発現情報の解析により、胚発生過程ではまず脊椎動物のボディプランが成立し、その後カメ独自の発生過程により甲を備えた形態パターンが生じることが分かっていた。一方、2013年度から2014年度にかけて複数種のカメと他の羊膜類の胚発生を比較したところ、甲稜と呼ばれる背側体壁の側方への突出が生じるまでの過程の中に、カメの甲の新規形態パターンの獲得を導いた発生機構の変化が生じたことが示唆された。同時に、詳細に遺伝子発現パターンを観察し、他の羊膜類では腹側体壁で発現するWnt5aがカメでは甲稜予定領域で甲稜の形成に先んじて発現することを発見した。これをふまえて対象とする発生ステージを絞り、スッポン胚における甲稜と他の組織の間、およびスッポン胚と他の羊膜類(ニワトリ)の胚における各組織間において、RNA-seqによる比較トランスクリプトーム解析を進め、甲の発生を司る遺伝子制御ネットワークに含まれる候補分子を探した。結果、ニワトリ胚の背側体壁と比べてスッポン胚の甲稜で、Wnt経路、細胞移動,細胞間コミュニケーションに関与する遺伝子の発現上昇が検出された。Wntリガンド受容体としては、唯一、古典的Wnt経路に含まれるFzd10の発現上昇が甲稜で認められた。だが、上述のWnt5aは非古典的Wnt経路に関わる遺伝子であり、Fzd10と結合することはこれまで知られていない。したがって、甲の初期進化で生じた発生プログラムの変化の本質は、単純なWnt5aの異所的発現だけでなく、Wnt5aやFzd10を含む遺伝子制御ネットワークの再配線もともなっていた可能性が考えられる。

Research Progress Status

26年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

26年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (32 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (14 results) (of which Peer Reviewed: 13 results,  Open Access: 7 results,  Acknowledgement Compliant: 5 results) Presentation (11 results) (of which Invited: 7 results) Book (5 results) Remarks (2 results)

  • [Journal Article] Independent origins of tympanic membranes and middle ears in amniotes.2015

    • Author(s)
      Kitazawa, T., Takechi, M., Hirasawa, T., Hirai, T., Narboux-Nême, N., Kume, H., Oikawa, S., Maeda, K., Miyagawa-Tomita, S., Kurihara, Y., Hitomi, J., Levi, G., Kuratani, S., and Hiroki Kurihara, H
    • Journal Title

      Nat. Comm.

      Volume: 6 Pages: 6917

    • DOI

      10.1038/ncomms7917

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Comparative analysis of pleurodiran and cryptodiran turtle embryos depicts the molecular ground pattern of the turtle carapacial ridge.2015

    • Author(s)
      Pascual-Anaya, J., Hirasawa, T, Sato, I., Kuraku, S., and Kuratani, S.
    • Journal Title

      Int. J. Dev. Biol.

      Volume: in press Pages: in press

    • DOI

      in press

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] On the homology of the shoulder girdle in turtles.2015

    • Author(s)
      Nagashima, H., Sugahara, F., Takechi, M., Sato, N., and Kuratani, S.
    • Journal Title

      J. Exp. Zool. (Mol. Dev. Evol.).

      Volume: 324 Pages: 244-254

    • DOI

      10.1002/jez.b.22584

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The evolutionary origin of the turtle shell grounded on the axial arrest of the embryonic rib cage.2015

    • Author(s)
      Hirasawa, T., Pascual-Anaya, J., Kamezaki, N., Taniguchi, N., Mine, K., and Kuratani, S.
    • Journal Title

      J. Exp. Zool. (Mol. Dev. Evol.

      Volume: 324 Pages: 194-207

    • DOI

      10.1002/jez.b.22579

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] On the peculiar morphology and development of the hypoglossal, glossopharyngeal and vagus nerves and hypobranchial muscles in the hagfish.2015

    • Author(s)
      Oisi, Y., Fujimoto, S., Ota, K. G., and Kuratani, S.
    • Journal Title

      Zool. Lett.

      Volume: 1:6 Pages: 1-15

    • DOI

      10.1186/s40851-014-0005-9

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Eolution of the vertebrate skeleton - morphology, embryology and development.2015

    • Author(s)
      Hirasawa, T., and Kuratani, S.
    • Journal Title

      Zool. Lett.

      Volume: 1:2 Pages: 1-17

    • DOI

      10.1186/s40851-014-0007-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Turtle ghrelin.2014

    • Author(s)
      Juan Pascual-Anaya, Amonida Zaddissa, Bronwen Aken, Guojie Zhang and Naoki Irie
    • Journal Title

      Nature Genetics

      Volume: 46 Pages: 526

    • DOI

      10.1038/ng.2988

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Development of the thalamo-DVR tract in the Chinese soft-shelled turtle Pelodiscus sinensis.2014

    • Author(s)
      Tosa, Y., Hirao, A., Matsubara, I., Kawaguchi, M., Nagashima, H., Kuratani, S., and Murakami, Y.
    • Journal Title

      Dev. Growth Diff.

      Volume: 57 Pages: 40-57

    • DOI

      10.1111/dgd.12186

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Evolutional and developmental understanding of the spinal accessory nerve.2014

    • Author(s)
      Tada, M., and Kuratani, S.
    • Journal Title

      Zool. Lett.

      Volume: 1:4 Pages: 1-13

    • DOI

      10.1186/s40851-014-0006-8

  • [Journal Article] Three crocodilian genomes reveal ancestral patterns of evolution among archosaurs.2014

    • Author(s)
      Richard E. et al.(著者55人中45番目)
    • Journal Title

      Science

      Volume: 12 Pages: 1254449

    • DOI

      10.1126/science.1254449

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The developmental hourglass model: a predictor of the basic body plan?2014

    • Author(s)
      Irie, N., and Kuratani, S.
    • Journal Title

      Development

      Volume: 141 Pages: 4649-4655

    • DOI

      1242/dev.107318

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Evolutionary origin of vertebrate head: The problem of head segmentation in vertebrates.2014

    • Author(s)
      Onai, T., Irie, N., and Kuratani, S.
    • Journal Title

      Ann. Rev. Genom. & Human Genet.

      Volume: 15 Pages: 443-459

    • DOI

      10.1146/annurev-genom-091212-153404

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] The origin of developmental mechanisms underlying vertebral elements: implications from hagfish EvoDevo.2014

    • Author(s)
      Ota, K. G., Oisi, Y., Fujimoto, S., and Kuratani, S.
    • Journal Title

      Zoology

      Volume: 117 Pages: 77-80

    • DOI

      10.1016/j.zool.2013.10.010

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] On the maxillary nerve.2014

    • Author(s)
      Higashiyama, H., and Kuratani, S.
    • Journal Title

      J. Morphol.

      Volume: 275 Pages: 17-38

    • DOI

      10.1002/jmor.20193

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] In search for more ancestral embryos2015

    • Author(s)
      Naoki Irie
    • Organizer
      CDB Symposium2015 Time in Development
    • Place of Presentation
      Kobe, Japan
    • Year and Date
      2015-03-25 – 2015-03-25
    • Invited
  • [Presentation] Evolution of the turtle shell: insights from developmental paleontological and genomic perspectives2015

    • Author(s)
      倉谷 滋
    • Organizer
      第120回日本解剖学会総会・全国学術集会 第92回日本生理学会大会 合同大会 The 120th Meeting of the Japanese Association of Anatomists, The 92nd Annual Meeting of the Physiological Society of Japan
    • Place of Presentation
      神戸市
    • Year and Date
      2015-03-22 – 2015-03-22
    • Invited
  • [Presentation] Is the hourglass model, unified theory of Evo-Devo?2014

    • Author(s)
      Naoki Irie
    • Organizer
      OIST Winter Course "Evolution of Complex Systems"
    • Place of Presentation
      Okinawa, Japan
    • Year and Date
      2014-12-12 – 2014-12-12
    • Invited
  • [Presentation] 動物進化と個体発生の統合的理解に向けて2014

    • Author(s)
      入江 直樹
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜市
    • Year and Date
      2014-11-26 – 2014-11-26
  • [Presentation] Evolutionary meanings of fish-like stages in our embryogenesis.2014

    • Author(s)
      Naoki Irie
    • Organizer
      Japan-Chile JSPS symposium "Genomic and epigenomic insights into vertebrate regeneration, development and evolution - Xenopus and fish as models"
    • Place of Presentation
      Santiago, Chile
    • Year and Date
      2014-11-04 – 2014-11-04
  • [Presentation] Evolutionary origin of turtles from developmental paleontological and genomic perspectives2014

    • Author(s)
      Shigeru Kuratani
    • Organizer
      JSPS China-Japan Scientific Cooperation Program “China-Japan-Korea Joint Symposium on Developmental Biology
    • Place of Presentation
      Beijing, China
    • Year and Date
      2014-10-22 – 2014-10-22
    • Invited
  • [Presentation] Easily changed early embryogenesis?2014

    • Author(s)
      Naoki Irie
    • Organizer
      X Meeting of the Spanish Society for Developmental Biology
    • Place of Presentation
      Seville, Spain
    • Year and Date
      2014-10-14 – 2014-10-14
  • [Presentation] 大規模トランスクリプトームから挑む進化発生学の古典問題2014

    • Author(s)
      入江 直樹
    • Organizer
      日本遺伝学会第86回大会
    • Place of Presentation
      長浜市
    • Year and Date
      2014-09-16 – 2014-09-16
    • Invited
  • [Presentation] Embryology of the hagfish and early evolution of vertebrates2014

    • Author(s)
      Kuratani Shigeru, Ohta Kinya G, Oisi Yasuhiro
    • Organizer
      The fifth meeting of the European Society for Evolutionary Developmental Biology (EED)
    • Place of Presentation
      Vienna, Austria
    • Year and Date
      2014-07-25 – 2014-07-25
    • Invited
  • [Presentation] Remaining questions of the developmental hourglass model2014

    • Author(s)
      Naoki Irie
    • Organizer
      The fifth meeting of the European Society for Evolutionary Developmental Biology (EED)
    • Place of Presentation
      Vienna, Austria
    • Year and Date
      2014-07-24 – 2014-07-24
  • [Presentation] 祖先の姿を反映した発生期?EvoDevの古典問題と生命情報解析2014

    • Author(s)
      入江 直樹
    • Organizer
      遺伝研研究集会「ゲノム編集時代の分子進化」
    • Place of Presentation
      三島市
    • Year and Date
      2014-06-28 – 2014-06-28
    • Invited
  • [Book] 形態学 形づくりにみる動物進化のシナリオ2015

    • Author(s)
      倉谷 滋
    • Total Pages
      211
    • Publisher
      丸善出版
  • [Book] In Situ Hybridization Methods, Neuromethods, vol. 992015

    • Author(s)
      Sugahara, F., Murakami, Y., and Kuratani, S.
    • Total Pages
      16
    • Publisher
      Springer Protocols, Humana Press
  • [Book] In Situ Hybridization Methods, Neuromethods, vol. 992015

    • Author(s)
      Oisi, Y., Kakitani, O., Kuratani, S., and Ota, K. G.
    • Total Pages
      14
    • Publisher
      Springer Protocols, Humana Press
  • [Book] New Principles in Developmental Processes2014

    • Author(s)
      Irie, N., Nagashima, H., Kuratani, S
    • Total Pages
      12
    • Publisher
      Springer Japan
  • [Book] 細胞工学 2014年 1月号 特集号2014

    • Author(s)
      入江 直樹
    • Total Pages
      5
    • Publisher
      秀潤社
  • [Remarks] 複合適応形質進化の遺伝子基盤解明

    • URL

      https://staff.aist.go.jp/t-fukatsu/SGJHome.html

  • [Remarks] 理化学研究所 倉谷形態進化研究室

    • URL

      http://www.cdb.riken.jp/emo/japanese/indexj.html

URL: 

Published: 2016-06-01  

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