2010 Fiscal Year Annual Research Report
| Project Area | Genetic bases for the evolution of complex adaptive traits |
|---|
| Project/Area Number |
22128008
|
|---|
| Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
|
| Research Institution | Kanazawa University |
|---|
Principal Investigator |
西山 智明 金沢大学, 学際科学実験センター, 助教 (50390688)
|
|---|
| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
重信 秀治 基礎生物学研究所, 生物機能解析センター, 特任准教授 (30399555)
門田 幸二 東京大学, 大学院・農学生命科学研究科, 特任助教 (60392221)
|
|---|
| Keywords | 一塩基多 / RNA-seq / ヒメツリガネゴケ / アブラムシ / 遺伝子発現変動 / トランスクリプトーム / ゲノム |
|---|
| Research Abstract |
1)クラスター型計算機を有効に利用出来るように、エラーの自動リトライを含むミドルウエアを開発した。ヒメツリガネゴケの分離集団のIlluminaによるindexingペアエンドシーケンスを参照ゲノム配列にマッピングし、SNPを検出した。
2)レーザーマイクロダイセクションによって得られた微小組織サンプルのRNA-seqに1例成功した。アブラムシAcyrthosiphon pisumのgermariumをレーザーマイクロダイセクションによって切り出した。複数のgermariumから精製したRNAのうち4.6ngを、SPIA法(NuGEN社)によって増幅し、2.5μgのcDNAが得られた。そのうち300ngをIlluminaシークエンスした結果、リードの約50%をゲノムにマップする事ができた。
3)SOLiDのcolor spaceの配列データをゲノムにマッピングし、イントロンを考慮したgapped alignmentする方法を開発した。
4)総リード数による補正だと高発現の発現変動遺伝子数の偏りによって結果が歪むので、新たな正規化法の開発を行った。発現変動遺伝子の割合を定数として取り入れた新手法と既存のTMM法(Robinson and Oshlack, Genome Biol., 2010)を「発現変動遺伝子数の割合を5%、偏りを4:1」としたシミュレーションデータにおいて比較し、新手法のほうが真の正規化係数により近い値を返すことを確認した。
|
Research Products
(5 results)
