2012 Fiscal Year Annual Research Report
| Project Area | Genetic bases for the evolution of complex adaptive traits |
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| Project/Area Number |
22128008
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| Research Institution | Kanazawa University |
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Principal Investigator |
西山 智明 金沢大学, 学際科学実験センター, 助教 (50390688)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
重信 秀治 基礎生物学研究所, 生物機能解析センター, 特任准教授 (30399555)
門田 幸二 東京大学, 農学生命科学研究科, 特任准教授 (60392221)
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| Project Period (FY) |
2010-06-23 – 2015-03-31
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| Keywords | ゲノムアセンブリー / トランスクリプトーム解析 |
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| Research Abstract |
[1] Illuminaと単分子シーケンサーのデータを組み合わせたゲノムアセンブリー法を検討し、Burkhorderia sp. についてはAllpaths-LGを用いて24 Scaffoldまでにする事ができた。また、ネムリユスリカについて短リードで構築したScaffoldのGapを単分子シーケンサーのデータで埋める解析を行った。
[2] 細胞内共生細菌ブフネラを格納するアブラムシの共生器官から得られたtotal RNAをSPIA法によって増幅しHiSeqシークエンスを行い、宿主真核細胞と共生原核細胞の同時RNA-seqに成功した。両者のRibosomal RNAの混入は約50％であった。これは、真核細胞と原核細胞を含む共生・寄生系のトランスクリプトーム解析に広く応用できる。
[3] RNA-seqアセンブリのアノテーションとwebインターフェイスの構築を行った。
[4] 23年度に開発したタグカウントデータ正規化法（TbT法）は、正規化時に「発現変動遺伝子（DEG）検出・排除」のステップを組み込んだ頑健な正規化法であるが、計算時間が大きいという問題が残されていた。今年度は提唱した正規化戦略（DEG elimination strategy; DEGES）を一般化し、DEG検出法をパラメトリックな方法に切り替えた正規化法の開発を行った。TbT法とほぼ同精度かつ100倍程度高速なDEGESに基づく複数の正規化法をRパッケージTCCに実装した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
バクテリアのゲノムアセンブリーが順調にできることが達成された。
また、RNA-seq解析を参照配列無しにアセンブルしてタグ計数データを得て比較できるようになった。
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| Strategy for Future Research Activity |
[1] 長距離のscaffolding をする10～20 kb インサートメイトペアライブラリと、40 kb インサートfosmid ライブラリをイルミナで末端シーケンシングする技術を実現し、PacBio RSのデータを用いて長いContig サイズになっている上にscaffolding を行えるようにする。
[2] miRNA などの低分子RNA が発生、形態形成に関わっている例が知られており、新奇形態形質の獲得にも関与している可能性があるので、その解析技術を開発する。siRNA, miRNA およびその前駆体を含むnon-coding RNA を解析できる系をつくるためrRNA の選択的除去によるライブラリの他、低分子RNA をライブラリ化する方法を確立する。
[3] 5’末端シーケンスとRNA-seq のデータを統合してアノテーションを行うシステムを構築する。また、RNA-seq データに含まれるポリA の位置を認識して3’末端にあるポリA 付加サイトを明らかにしたアノテーションを可能にする。
[4] TCCパッケージ中に実装されているDEGESに基づく正規化法は、二群間比較用に限定されているため、多群間比較への対応を行う。
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Research Products
(12 results)
