2013 Fiscal Year Annual Research Report
パーソナルゲノム解析に基づくＡＬＳの疾患関連遺伝子探索と病態解明
| Project Area | Personal genome-based initiatives toward understanding bran diseases |
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| Project/Area Number |
22129005
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| Research Institution | Yokohama City University |
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Principal Investigator |
田中 章景 横浜市立大学, 医学(系)研究科(研究院), 教授 (30378012)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
土井 宏 横浜市立大学, 医学部, 講師 (10326035)
熱田 直樹 名古屋大学, 医学部附属病院, 講師 (90547457)
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| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | 次世代シーケンサー / エクソーム解析 / ALS / 遺伝子診断 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
次世代シークエンサーを用いた網羅的なゲノム解析を大規模に行い、ALSの進行や発症と関連する遺伝子多型あるいは、rare variantsを抽出することを目的とした。SOD1、TDP-43、FUSなどを含む28種類の既知のALS疾患関連遺伝子について、次世代シークエンサーを用いた網羅的なシークエンスシステムの構築を進めた。 Ion AmpliSeq™ Custom Panelを用い、28遺伝子のエクソン部分を増幅するプライマーペアのセットを作成、ライブラリを作成し、Ion One Touch2™システム、Ion PGM™シークエンサーを用いて網羅的なゲノム配列解析を行った。孤発性ALSのうち、家族歴がなく、El Escorial 診断基準でpossible以上と診断され、C9ORF72遺伝子の繰り返し配列の延長が認められなかった469例について、28種類の既知のALS関連遺伝子エクソンの網羅的シークエンスを実施した。その結果、スクリーニングを行った28遺伝子のエクソン領域内で、既にALS発症の原因と関連すると報告されている既知のvariant が14例で認められた。内訳は、SOD1 11例、FUS 2例、TARDBP 1例であった。一方で、孤発性ALSの発症に関与する未知の遺伝子を明らかにするため、孤発性ALS患者の全エクソンシークエンスを平行して行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
ALSのゲノム解析において、既知の遺伝子異常を効率良く同定するシステムの開発は重要な位置を占める。特に、ALSの責任遺伝子が次々と明らかになってきている状況においては、これまでのサンガーシークエンスを用いた方法ではコスト的にも、時間的にも非常に大きな負担がかかり現実的ではない。卓上型次世代シーケンサーであるIon PGM™シークエンサーを用いて効率的に診断ができるシステムを開発できたことには大きな意義があると考えられる。
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| Strategy for Future Research Activity |
ALSサンプルのさらなる収集と解析を進め、ALSの進行や発症と関連する遺伝子多型あるいは、rare variantsを抽出する。
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[Journal Article] Neck weakness is a potent prognostic factor in sporadic amyotrophic lateral sclerosis patients.2013
Author(s)
Nakamura R, Atsuta N, Watanabe H, Hirakawa A, Watanabe H, Ito M, Senda J, Katsuno M, Tanaka F, Izumi Y, Morita M, Ogaki K, Taniguchi A, Aiba I, Mizoguchi K, Okamoto K, Hasegawa K, Aoki M, Kawata A, Abe K, Oda M, Konagaya M, Imai T, Nakagawa M, Tsuji S, Kaji R, Nakano I, Sobue G.
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Journal Title
J Neurol Neurosurg Psychiatry
Volume: 84
Pages: 1365-1371
DOI
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
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[Journal Article] Spliceosome integrity is defective in the motor neuron diseases ALS and SMA2013
Author(s)
Tsuiji H, Iguchi Y, Furuya A, Kataoka A, Hatsuta H, Atsuta N, Tanaka F, Hashizume Y, Akatsu H, Murayama S, Sobue G, Yamanaka K
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Journal Title
EMBO Mol Med
Volume: 5
Pages: 221-234
DOI
Peer Reviewed / Open Access
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[Journal Article] A novel SCARB2 mutation causing late-onset progressive myoclonus epilepsy2013
Author(s)
Higashiyama Y, Doi H, Wakabayashi M, Tsurusaki Y, Miyake N, Saitsu H, Ohba C, Fukai R, Miyatake S, Joki H, Koyano S, Suzuki Y, Tanaka F, Kuroiwa Y, Matsumoto N
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Journal Title
Mov Disord
Volume: 28
Pages: 552-553
DOI
Peer Reviewed
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