2011 Fiscal Year Annual Research Report
| Project Area | HLA polymorphism, disease and evolution |
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22133002
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| Research Institution | Tokai University |
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Principal Investigator |
椎名 隆 東海大学, 医学部, 准教授 (00317744)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
猪子 英俊 東海大学, 医学部, 教授 (10101932)
大塚 正人 東海大学, 医学部, 講師 (90372945)
太田 正穂 信州大学, 医学部, 准教授 (50115333)
細道 一善 国立遺伝学研究所, 総合遺伝研究系・人類遺伝研究部門, 助教 (50420948)
今西 規 独立行政法人産業技術総合研究所, バイオメディシナル情報研究センター, 研究チーム長 (80270461)
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| Keywords | 次世代シークエンサー / リシークエンシング / ゲノム多様性 / 相関解析 / データベース |
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| Research Abstract |
日本人に最も頻度の高いHLAハプロタイプのゲノム塩基配列を完全に決定するために、ロシュ社の次世代シークエンサーGS Junior systemを用いて、HLAクラスI領域1.8Mbを網羅する184個のPCR産物の塩基配列を決定した。その結果、リファレンス配列のNT_007592(1,857,161bp)よりも80,509bp短い1,776,652bpのゲノム塩基配列を決定した。HLAクラスII領域ならびにクラスIII領域の計2MbについてはPCR増幅ならびにシークエンシングにより、ほぼ全領域のゲノム塩基配列を決定した。またHLA領域との相関性の認められる重症筋無力症サンプルを用いたリシークエンシングの準備も進めている。さらにHLA遺伝子におけるゲノム多様性を理解するために、HLA-A,-B,-C,-DRBl,-DQAI,-DQBl,-DPBlおよび-DPBl遺伝子についてエンハンサーやプロモーター領域を含む遺伝子全領域(5～11kb)をそれぞれ特異的にPCR増幅させ、その後、次世代シークエンシングにてその塩基配列を決定することによりHLAアリルを判定する新しいDNAタイピング法を開発した。この条件にて従来法では単一のアリル判定ができないサンプルのDNAタイピングにより、いずれの検体とも8桁レベルのHLAアリルが判定された。したがって、本法はambiguityの認められない8桁レベルのHLAタイピングに有効であるとともに、新規HLAアリルやnullアリルを効率よく検出するための精度の高い、究極のHLA-DNAタイピング法であることが示唆された。一方、HLA統合データベースの構築については、技術基盤としてのリンク自動管理システムを整備し、ヒトMHCに関するGene,Protein,Structure,Function,Literatureなどのオミックス情報を統合化した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
HLAハプロタイプのゲノム塩基配列決定法を確立し、本年度中に概ね決定されたこと、HLA遺伝子におけるゲノム多様性解析ツールを早期に開発できたこと、HLA統合データベースのプラットフォームも構築されたことから、本研究課題はおおむね順調に進展している、と言える。
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| Strategy for Future Research Activity |
本年度に確立したゲノム塩基配列決定法を駆使し、日本人に比較的頻度の高いHLAハプロタイプのゲノム塩基配列を決定するとともに、HLA領域との相関性の認められる重症筋無力症の患者群ならびに対照群についてのリシークエンシングを実行し疾患関連多型を検出する。HLA遺伝子における新しいDNAタイピング法を駆使して、8桁レベルのHLAアリル配列を充実させ、これを用いたゲノム多様性解析を進める。
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Research Products
(14 results)
