2012 Fiscal Year Annual Research Report
HLA genome diversity analyses by resequencing
| Project Area | HLA polymorphism, disease and evolution |
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| Project/Area Number |
22133002
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| Research Institution | Tokai University |
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Principal Investigator |
椎名 隆 東海大学, 医学部, 准教授 (00317744)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
猪子 英俊 東海大学, 医学部, 教授 (10101932)
太田 正穂 信州大学, 医学部, 准教授 (50115333)
細道 一善 国立遺伝学研究所, 総合遺伝研究系・人類遺伝研究部門, 助教 (50420948)
今西 規 東海大学, 医学部, 教授 (80270461)
大塚 正人 東海大学, 医学部, 講師 (90372945)
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| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | HLA / 次世代シークエンサー / リシークエンシング / ジェノタイピング / ゲノム多様性 / データベース |
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| Outline of Annual Research Achievements |
（１）日本人集団最高頻度HLAハプロタイプにおける多型検出：HLA-A24-B52-DR15配列を参照配列（hg18）にマッピングし、塩基置換数を算出した結果、計7631個、すなわち遺伝子間領域および遺伝子領域に5321個および2310個の塩基置換がそれぞれ検出された。遺伝子領域に検出された塩基置換のうち、99個は非同義置換であったのに対して、125個は同義置換であった。7631個の塩基置換のうち、334個は新規に検出された塩基置換であった。
（２）超高解像度DNAタイピング (Super high resolution Single molecule-Sequence Based Typing; SS-SBT) 法の開発：HLA-A、-B, -C, -DRB1,-DQA1, -DQB1, -DPB1および-DPB1遺伝子についてエンハンサーやプロモーター領域を含む遺伝子全領域をそれぞれ特異的にPCR増幅させ、かつ両染色体由来のHLAアリルをほぼ1:1で増幅させるPCR条件を設定した。この条件にて従来法では単一のアリル判定ができないDNAタイピングにより、いずれの検体とも8桁レベルのHLAアリルが判定された。
（３）HLA統合データベースの構築：ヒトの全タンパク質断片に対して、HLAクラスIおよびクラスII分子と結合するエピトープの予測を網羅的に行った。これをデータベース化し、自己ペプチドとの結合性予測結果を容易に検索・閲覧できるシステムをHLA-IRに作り、本領域研究内で公開した。さらに、HLA遺伝子領域の連鎖不平衡に関する研究を行った。HapMapプロジェクトの大量SNPデータの解析により、HLA遺伝子領域の詳細な連鎖不平衡マップを作成した。また、HLA遺伝子領域と同様にメガベース単位で強い連鎖不平衡を示すゲノム領域を多数みつけた。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
HLAハプロタイプのゲノム塩基配列決定法を開発し、この２年間で日本人集団に高頻度な上位５種類のHLAハプロタイプならびにヨーロッパ人集団に高頻度な２種類のHLAハプロタイプについての塩基配列を決定したこと、HLA遺伝子におけるゲノム多様性解析ツールを早期に開発できたこと、新規の高解像度HLAタイピング法を開発したこと、HLA統合データベースのプラットフォームも構築されたこと、さらには中間評価における研究の進展状況ならびに研究成果についての所見から、本研究課題はおおむね順調に進展している、と言える。
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| Strategy for Future Research Activity |
本計画研究の進行をさらに加速させ、他研究計画にそれら情報を提供し、本領域の活性化ならびに質の高い成果を発表することを図る。統合データベースに関しては、国全体で取り組んでいるライフサイエンスデータベースプロジェクトとの連携や国際的なHLA研究者との連携なども視野に入れつつ、研究開発に取り組みたい。
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