2012 Fiscal Year Annual Research Report
Cancer genomics analysis and biomarker discovery under therapeutic modification
| Project Area | Integrative Systems Understanding of Cancer for Advanced Diagnosis, Therapy and Prevention |
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| Project/Area Number |
22134003
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| Research Institution | Tokyo Medical and Dental University |
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Principal Investigator |
石川 俊平 東京医科歯科大学, 難治疾患研究所, 教授 (50418638)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
前田 大地 東京大学, 医学部附属病院, 助教 (30585500)
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| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | ゲノム / バイオマーカー / 治療標的 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
がん治療の効果、副作用に関わるバイオマーカーは、市販後しばらくして多くの臨床サンプルを収集することによって為され臨床開発早期における効果的な対応には必ずしも直結しないことが多い。さらに抗腫瘍性効果の重要標的が必ずしも明確でない新世代の抗腫瘍薬、免疫療法等ではターゲットアプローチによるバイオマーカーの探索を困難にしている。一方で近年の並列型シーケンシングの技術によりがんにおける塩基レベルでの変異が全ゲノムスケールで同定可能となっている。本提案では培養細胞株、臨床検体を用いて比較的世代の新しい抗腫瘍薬、臨床開発中の新薬、免疫療法を対象に系統的にダイナミックなゲノミクス解析を行うことにより治療のゲノムバイオマーカー候補を同定しその検証を
も行う。最終的には臨床開発早期におけるバイオマーカーの同定を可能とし開発側のバイオマーカーを用いた積極的な臨床開発への先鞭をつけることを目的とする。
包括的ゲノミクス解析の対象となる化合物耐性株の樹立を行っている。肝がん細胞株、胃癌細胞株、膵がん細胞株に対して比較的新世代の薬を対象とし耐性の獲得を評価を行っている。また薬剤耐性の評価にかかわる周辺技術の開発については全トランスクリプトレベルの配列解読技術を構築した。Referenceとなるトランスクリプト配列、SNP情報、CNV情報との比較を含め、配列異常解析、発現異常解析、異常バリアント解析を精度よく行うアッセイ手法、アルゴリズムの開発を行った。またより高速、安価に解読するために半導体シーケンサーを用いたデータ取得についてもパイロット実験を開始している。免疫ゲノムレパートリーについては腫瘍に浸潤するがん組織に浸潤するＴリンパ球、Ｂリンパ球の抗原受容体の再構成レパートリーの網羅的探索を実施し腫瘍浸潤リンパ球の獲得免疫の特徴を捉えると共にがん免疫治療バイオマーカーの特定を目指す研究を開始した。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
包括的ゲノミクス解析の対象となる化合物耐性株の樹立を行っている。肝がん細胞株、胃癌細胞株、膵がん細胞株に対して比較的新世代の薬を対象とし耐性の獲得を評価を行っている。また薬剤耐性の評価にかかわる周辺技術の開発については全トランスクリプトレベルの配列解読技術を構築した。Referenceとなるトランスクリプト配列、SNP情報、CNV情報との比較を含め、配列異常解析、発現異常解析、異常バリアント解析を精度よく行うアッセイ手法、アルゴリズムの開発を行った。またより高速、安価に解読するために半導体シーケンサーを用いたデータ取得についてもパイロット実験を開始している。免疫ゲノムレパートリーについては腫瘍に浸潤するがん組織に浸潤するＴリンパ球、Ｂリンパ球の抗原受容体の再構成レパートリーの網羅的探索を実施し未知の部分が多い腫瘍浸潤リンパ球の獲得免疫の特徴を捉えると共にがん免疫治療バイオマーカーの特定を目指す研究を開始した
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| Strategy for Future Research Activity |
包括的ゲノミクス解析の対象となる化合物耐性株の樹立を引き続き行う予定である。耐性株に対しては、包括的トランスクリプトーム解析、ゲノミクス解析を行う。一部の薬剤は可能な薬剤濃度上昇がきわめて緩徐であり別のゲノミクスアプローチにおけるなどを検討する。
またより高速、安価に解読するために半導体シーケンサーを用いたデータ取得についてもパイロット実験を行う。
免疫ゲノムレパートリーについては腫瘍に浸潤するがん組織に浸潤するＴリンパ球、Ｂリンパ球の抗原受容体の再構成レパートリーの網羅的探索を実施し未知の部分が多い腫瘍浸潤リンパ球の獲得免疫の特徴を捉えること目標とする。
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[Journal Article] Genome-wide single nucleotide polymorphism arrays as a diagnostic tool in patients with synchronous endometrial and ovarian cancer.2012
Author(s)
Ikeda Y, Oda K, Nakagawa S, Murayama-Hosokawa S, Yamamoto S, Ishikawa S, Wang L, Takazawa Y, Maeda D, Wada-Hiraike O, Kawana K, Fukayama M, Aburatani H, Yano T, Kozuma S, Taketani Y.
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Journal Title
Int J Gynecol Cancer.
Volume: 22(5)
Pages: 725-31
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Lung cancer with loss of BRG1/BRM, shows epithelial mesenchymal transition phenotype and distinct histologic and genetic features.2012
Author(s)
Matsubara D, Kishaba Y, Ishikawa S, Sakatani T, Oguni S, Tamura T, Hoshino H, Sugiyama Y, Endo S, Murakami Y, Aburatani H, Fukayama M, Niki T.
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Journal Title
Cancer Sci.
Volume: 104(2)
Pages: 266-73
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] Identification of CCDC6-RET fusion in the human lung adenocarcinoma cell line, LC-2/ad.2012
Author(s)
Matsubara D, Kanai Y, Ishikawa S, Ohara S, Yoshimoto T, Sakatani T, Oguni S, Tamura T, Kataoka H, Endo S, Murakami Y, Aburatani H, Fukayama M, Niki T.
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Journal Title
J Thorac Oncol.
Volume: 7(12)
Pages: 1782-6
DOI
Peer Reviewed
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[Journal Article] ARID1A expression loss in gastric cancer: pathway-dependent roles with and without Epstein-Barr virus infection and microsatellite instability.2012
Author(s)
Abe H, Maeda D, Hino R, Otake Y, Isogai M, Ushiku AS, Matsusaka K, Kunita A, Ushiku T, Uozaki H, Tateishi Y, Hishima T, Iwasaki Y, Ishikawa S, Fukayama M.
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Journal Title
Virchows Arch.
Volume: 461(4)
Pages: 367-77
DOI
Peer Reviewed
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