2010 Fiscal Year Annual Research Report
Project Area | Integrative Systems Understanding of Cancer for Advanced Diagnosis, Therapy and Prevention |
Project/Area Number |
22134008
|
Research Category |
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
|
Research Institution | The Institute of Physical and Chemical Research |
Principal Investigator |
角田 達彦 独立行政法人理化学研究所, 情報解析研究チーム, チームリーダー (10273468)
|
Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
宮 冬樹 独立行政法人理化学研究所, 情報解析研究チーム, 研究員 (50415311)
TODD・A Johnson 独立行政法人理化学研究所, 情報解析研究チーム, リサーチアソシエイト (90392042)
藤本 明洋 独立行政法人理化学研究所, 情報解析研究チーム, 特別研究員 (30525853)
|
Keywords | 次世代シークエンサー / がんゲノム / 多様性 / コピー数多型 / 構造多型 / 日本人ゲノム / 国際がんゲノムコンソーシアム / ゲノムワイド関連解析 |
Research Abstract |
従来より稀な原因を狙ってゲノムワイド関連解析を行うため,ピーク検出アルゴリズムと,ブートストラップ法による帰無分布の取得方法を考慮したKolmogorov-Smirnovの検定法を用いたホモ接合体マッピングに基づく手法を開発した(リバイス論文投稿中).次に,複数の遺伝子の相互作用によるゲノムワイド関連解析ツールを開発した.これには,モデルベースによって全組合せの尤度を求める方法と,ロジスティック回帰分析を基本としpermutation testによる帰無分布をimportance samplingによって高速化した関連解析手法を用いる方法との2種類の実装を行い,並列化した.そしてコピー数多型や変異の解析のためのハプロタイプフェージング手法を,SNPを含む複雑な場合も解決できるEM-PLアルゴリズムで開発し,具体例として,全ゲノム中でのSNPとの連鎖不平衡の関係という,原因探索に重要な問いに答えた.そして次世代シークエンサーデータ解析には,高精度なマッピング,ベイズ推定や尤度比検定によるSNVコール,ペアエンド/メイトペア間の距離とリードの深さの組合せによるコピー数多型/変異や,ペアエンド/メイトペア間の距離や向きによりゲノム再編成の特定を行うアルゴリズムを,それぞれ開発した.またアセンブルソフトにより新規配列を同定する解析手法を確立した.これらをまとめて並列パイプライン化し,世界初の日本人ゲノムの多様性の包括的解析として報告を行った.そしてこれらの手法を国際がんゲノムコンソーシアムのデータに適用し,変異のカタログを報告した.現在,同手法を,より多くのサンプルに適用中である.また次世代シークエンサーとタイリングアレーによる転写発現データを比較し,特性の比較を行い,メリットとデメリットを報告した.
|
Research Products
(11 results)
-
[Journal Article] Whole genome sequencing and comprehensive variant analysis of a Japanese individual using massively parallel sequencing.2010
Author(s)
A.Fujimoto, H.Nakagawa, N.Hosono, K.Nakano, T.Abe, K.A.Boroevich, M.Nagasaki, R.Yamaguchi, T.Shibuya, M.Kubo, S.Miyano, Y.Nakamura, T.Tsunoda.
-
Journal Title
Nature Genetics
Volume: 42
Pages: 931-936
Peer Reviewed
-
-
-
-
[Presentation] 次世代シークエンサーを用いた日本人一個体の全ゲノムシークエンスと遺伝的多様性の包括的解析2010
Author(s)
藤本明洋, 中川英刀, 細野直哉, 中野かおる, 阿部哲雄, 長崎正朗, 山口類, 渋谷哲朗, 久保充明, 宮野悟, 中村祐輔, 角田達彦
Organizer
第33回日本分子生物学会年会・第83回日本生化学会大会合同大会(BMB2010)
Place of Presentation
神戸
Year and Date
2010-12-10
-
-
-
[Presentation] Whole genome sequencing and accurate variant calls of a Japanese individual using massively parallel sequencing.2010
Author(s)
A.Fujimoto, H.Nakagawa, N.Hosono, K.Nakano, T.Abe, M.Nagasaki, R.Yamaguichi, T.Shibuya, M.Kubo, S.Miyano, Y.Nakamura, T.Tsunoda.
Organizer
American Society of Human Genetics 60th Annual Meeting (ASHG 2010)
Place of Presentation
Washigton DC, USA
Year and Date
2010-11-03
-
-
-