2014 Fiscal Year Annual Research Report
国際標準モデル表現言語に基づく次世代細胞シミュレーション基盤研究
| Project Area | Establishment of Integrative Multi-level Systems Biology and its Applications |
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| Project/Area Number |
22136003
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| Research Institution | Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University |
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Principal Investigator |
北野 宏明 沖縄科学技術大学院大学, 統合オープンシステムユニット, 教授 (80500256)
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| Project Period (FY) |
2010-04-01 – 2015-03-31
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| Keywords | シグナル伝達 / ゲノム / 情報工学 / シミュレーション工学 / 循環器 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
プロジェクト全体にわたるソフトウエアプラットフォームの研究開発が、当グループのミッションである。この目標を実現するために、多階層モデリングを可能とするソフトウエアプラットフォームであるPhysioDesignerの開発、CellDesignerの拡張として多様な化合物がネットワーク上で想定しているターゲット以外の分子と相互作用し、ネットワーク全体にどのような影響をあたるかを推定するソフトウエア、PhysioDesignerならびにCellDesignerのモデルをクラウド上で、高速シミュレーションするソフトウエアFLINT、さらには開発したモデルをプロジェクトで共有しより精度を上げるプロセスをサポートするソフトウエアPayaoならびにiPathways+などを開発してきた。今年度は、これらのソフトウエアをユーザの評価などを含めたフィードバックを反映させる形で強化を行った。さらに高精度ドッキングシミュレーションシステムは、実際の化合物を利用した実験結果との比較評価において、精度の高さを実証するなど、その成果の有用性が確認されつつある。
これらの一群のソフトウエアは、当プロジェクトで提唱する国際連携プロジェクトであるThe Garuda Allianceで提供されるGaruda API/Garuda Coreに準拠し、スムーズに連動する例を見ないソフトウエア群に仕上がっている。国内外の製薬会社、食品メーカー、化粧品メーカーから問い合わせが相次ぎ、一部は、試験的な導入を開始している。また、欧州の産学プロジェクトであるInnovative Medicine Initiative (IMI)などとの連携が進み、製薬プラットフォームとの連動が開始されている。今後、より機能の拡充、使いやすさの向上、さらなる連動性の向上などを進めていく。
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| Research Progress Status |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
26年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Oscillation of cAMP and Ca2+ in cardiac myocytes: a systems biology approach2015
Author(s)
Kamide T, Okumura S, Ghosh S, Shinoda Y, Mototani Y, Ohnuki Y, Jin H, Cai W, Suita K, Sato I, Umemura M, Fujita T, Yokoyama U, Sato M, Furutani K, Kitano H, Ishikawa Y.
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Journal Title
The Journal of Physiological Sciences
Volume: 65 (2)
Pages: 195-200
DOI
Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
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[Presentation] PhysioDesigner 1.2 (poster)2015
Author(s)
Yoshiyuki Asai, Takeshi Abe and Hiroaki Kitano
Organizer
Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Area “HD-Physiology” The Final HD-Physiology Report Meeting
Place of Presentation
Osaka University Nakanoshima Center
Year and Date
2015-03-04 – 2015-03-06
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[Presentation] Development of multilevel neural network modeling integrating spike train data on PhysioDesigner2014
Author(s)
Asai, Y., Abe, T., Li, L., Oka, H., Kurachi, Y. and Kitano, H.
Organizer
Advances in Neuroinformatics 2014 (AINI2014)
Place of Presentation
RIKEN, Wako, Saitama, Japan
Year and Date
2014-09-25
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[Presentation] Interoperability between multilevel modeling platform PhysioDesigner and with databases in Physiome.jp and Dynamic Brain Platform through Garuda platform (poster)2014
Author(s)
Asai, Y., Kuwae, K., Li, L., Kitano, H., Wagatsuma, H. and Yamaguchi, Y.
Organizer
Neuroinformatics2014
Place of Presentation
Leiden, Netherlands
Year and Date
2014-08-26
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[Presentation] Multiscale disease systems modelling2014
Author(s)
Kitano, H.
Organizer
7th Noordwijkerhout Symposium on Pharmacokinetics, Pharmacodynamics and Systems Pharmacology: “SYSTEMS PHARMACOLOGY IN DRUG DISCOVERY AND DEVELOPMENT”
Place of Presentation
NH Conference Centre Leeuwenhorst, Noordwijkerhout, the Netherlands
Year and Date
2014-04-24
Invited
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