2015 Fiscal Year Annual Research Report
体色の多様化が生む脳遺伝子の発現変化と性行動不適合性の解析
| Project Area | Correlative gene system: establishing next-generation genetics |
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| Project/Area Number |
23113008
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| Research Institution | Tokyo Metropolitan University |
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Principal Investigator |
高橋 文 首都大学東京, 理工学研究科, 准教授 (90370121)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
長田 直樹 北海道大学, 情報科学研究科, 准教授 (70416270)
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| Project Period (FY) |
2011-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | 種分化 / 体色変異 / ドーパミン / 性行動 / RNAseq / 生殖的隔離 / 次世代シークエンサー / ショウジョウバエ |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本研究では、ショウジョウバエの体色と行動の両方に関与するドーパミン生合成系の遺伝子群をモデルケースとして、環境適応の副次的な影響として起こる性行動の不適合性により新規生殖的隔離が生じる分子機構を解明することを目的とする。また、より広範な視点からゲノムワイドなトランスクリプトームの遺伝子ネットワークにおける「ゲノム・遺伝子相関」の全体像を把握し、その重要性について定量的な議論を展開することを目標としている。
H27年度は、本プロジェクトにより雇用している博士研究員が中心となって進めてきた、ドーパミン生合成系の遺伝子についてのFluidigmと454 GS Junior による種内遺伝子発現変異の定量データがそろった。このデータを用いて多面発現遺伝子のゲノム進化過程を解明するため、上記の遺伝子についてシス発現制御領域の集団遺伝学的解析を行った。この解析により、自然集団内の複雑なシス制御領域の分子多型の状態が浮き彫りとなり、その解析結果について論文を発表することができた。また、シス発現制御領域内の遺伝的変異の中で、脳での発現にも寄与するものを見つけ、この変異を持つ系統の行動について、日周活動性などの解析を進めた。
次世代シークエンサー（HiSeq2000）を用いたゲノムワイドなシス制御領域の転写制御の「ゲノム・遺伝子相関」解析については、対立遺伝子を区別したRNAseqによるトランスクリプトーム定量データを自然集団由来の18系統の成虫雌雄について、取得できている。H27年度は、このデータからシス制御の効果とトランス制御の効果を分けてそれぞれがどのような要素と相関関係があるかについて再解析を行い、現在再投稿のための準備を行っている。更に、シスとトランスの相互作用を定量化するためのRNAseqデータを取得し、解析を進めた。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Ecological genomics in Xanthomonas: the nature of genetic adaptation with homologous recombination and host shifts.2015
Author(s)
Huang C-L, Pu P-H, Huang H-J, Sung H-M, Liaw H-J, Chen Y-M, Chen C-M, Huang M-B, Osada N, Gojobori T, Pai T-W, Chen Y-T, Hwang C-C,Chiang T-Y
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Journal Title
BMC Genomics
Volume: 16
Pages: 188
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
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