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2012 Fiscal Year Annual Research Report

Reconstitution of an in-vitro biological system driven and regulated by a small number of molecules

Planned Research

Project AreaSpying minority in biological phenomena -Toward bridging dynamics between individual and ensemble processes-
Project/Area Number 23115008
Research InstitutionOsaka University

Principal Investigator

今田 勝巳  大阪大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (40346143)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 南野 徹  大阪大学, 生命機能研究科, 准教授 (20402993)
内橋 貴之  金沢大学, 数物科学系, 准教授 (30326300)
Project Period (FY) 2011-04-01 – 2016-03-31
Keywords分子機械 / 生物物理 / ナノバイオ / 生体分子 / 蛋白質
Outline of Annual Research Achievements

細菌べん毛蛋白質輸送システムは多機能性分子で構成され、各々が少数分子のターンオーバーにより機能する。本研究では、このシステムを再構築し、システムの構造を明らかにすると共に、構成要素の数、種類、エネルギー源に操作を加えて応答を観測し、構成サブユニットがターンオーバーしながら作動する機構、基質蛋白質数をモニターしながら発現系にフィードバックする機構の解明を目指している。以下に今年度の成果を記す。
(1) FliH-Iバイパス変異にクラスII蛋白質輸送にロックした変異を持つ輸送装置とプロトンポンプを発現する菌体を作成し、この反転小胞膜の作成に成功した。(2) 少数性分子であるFliT、FlgN、FliJの数と動態を調べるため、mCherryを用いた蛍光融合蛋白質を作成し、FliTとFlgNは機能を有することを確認した。しかしFliJは機能しなかったため、蛍光色素ReASHで標識するためのテトラシステインタグを導入し、タグがFliJの機能発現に影響しないこと、ReASHによる蛍光染色を確認した。(3) FlhAを中心とした相互作用を解析し、FliJ-FlgN-FlgK複合体がFlhAと相互作用すると、FliJはFlgN-FlgK複合体から解離し、FlgN-FlgK複合体はFlhAのC末細胞質ドメイン(FlhAC)へ、FliJはFlhACとその膜貫通領域を繋ぐリンカー領域に結合することが明らかとなった。(4) 細胞表面観察と一分子計測に向けて、昨年度に製作した広範囲スキャナーおよび高速AFM/蛍光顕微鏡複合装置の調整を行い、AFM探針の細胞表面への位置決め、一分子スケールでAFMと蛍光像を同視野・同時観察ができるようになった。(5) 高速AFMを用いてべん毛輸送タンパク質複合体を観察し、FliI複合体が6回回転対称ではなく、2量体が3つ配置してリング状であることを示唆する結果を得た。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

3: Progress in research has been slightly delayed.

Reason

昨年度、基部体精製に必須な高圧ホモジェナイザーの納入が、メーカー都合により当初予定より大幅に遅れ、輸送装置複合体精製条件および反転膜作成条件の探索が進まなかったため。

Strategy for Future Research Activity

・昨年度までに作成した反転小胞膜を用い、輸送測定を試みる。輸送が確認できれば、変異を持たないものについて同様の系を作成し、可溶性性成分や基質量を変化させて輸送を測定する。
・六種類の膜蛋白質の発現と精製を無細胞系を中心に進める。
・高速AFMでFliI複合体のヌクレオチド依存的構造変化を観察する。また、スフェロプラストの基板への展開法を検討し、細胞膜中でのべん毛輸送複合体の観察を試みる。さらに、高速AFM/蛍光顕微鏡複合機により菌体表面でのべん毛成長過程の観察を行う。

  • Research Products

    (46 results)

All 2013 2012 Other

All Journal Article (12 results) (of which Peer Reviewed: 12 results) Presentation (29 results) (of which Invited: 14 results) Book (1 results) Remarks (4 results)

  • [Journal Article] Na+ conductivity of Na+-driven flagellar motor complex composed of unplugged wild-type or mutant PomB with PomA.2013

    • Author(s)
      Takekawa N, Terauchi T, Morimoto YV, Minamino T, Lo C- J, Kojima S, Homma M.
    • Journal Title

      J. Biochem.

      Volume: 153 Pages: 441-451

    • DOI

      doi: 10.1093/jb/mvt011

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-speed AFM and applications to biomolecular systems2013

    • Author(s)
      T. Ando, TY. Uchihashi, and N. Kodera
    • Journal Title

      Annual Review of Biophysics

      Volume: 42 Pages: in press

    • DOI

      10.1146/annurev-biophys-083012-130324

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Role of trimer-trimer interaction of bacteriorhodopsin studied by high-speed atomic force microscopy2013

    • Author(s)
      H. Yamashita, K. Inoue, M. Shibata, T. Uchihashi, J. Sasaki, H. Kandori, and T. Ando
    • Journal Title

      Journal of Structural Biology

      Volume: 未定 Pages: in press

    • DOI

      10.1016/j.jsb.2013.02.011

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interaction between FliJ and FlhA, components of the bacterial flagellar type III export apparatus.2013

    • Author(s)
      Ibuki, T., Uchida, Y., Hironaka, Y., Namba, K., Imada, K., Minamino, T.
    • Journal Title

      J. Bacteriol.

      Volume: 195 Pages: 466-473

    • DOI

      10.1128/JB.01711-12.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Distinct roles of highly conserved charged residues at the MotA-FliG interface in bacterial flagellar motor rotation.2013

    • Author(s)
      Morimoto, Y.V., Nakamura, S., Hiraoka, K.D., Namba, K., Minamino, T.
    • Journal Title

      J. Bacteriol.

      Volume: 195 Pages: 474-481

    • DOI

      10.1128/JB.01971-12.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Isolation of Salmonella mutants resistant to the inhibitory effect of salicylidene acylhydrazides on flagella-mediated motility.2013

    • Author(s)
      Martinez-Argudo, I. et al.
    • Journal Title

      PLoS One

      Volume: 8 Pages: e52179

    • DOI

      10.1371/journal.pone.0052179

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Insight into the assembly mechanism in the supramolecular rings of the sodium-driven Vibrio flagellar motor from the structure of FlgT.2013

    • Author(s)
      Terashima H, Li N, Sakuma M, Koike M, Kojima S, Homma M, Imada K.
    • Journal Title

      Proc. Natl. Acad. Sci.

      Volume: 110 Pages: 6133-6138

    • DOI

      10.1073/pnas.1222655110.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Visualization of cellobiohydrolase I from Trichoderma reesei moving on crystalline cellulose using high-speed atomic force microscopy2012

    • Author(s)
      K. Igarashi, T. Uchihashi, A. Koivula, M. Wada, S. Kimura, M. Penttil#228;, T. Ando, and M. Samejima
    • Journal Title

      Methods in Enzymology

      Volume: 510 Pages: 169-182

    • DOI

      10.1016/B978-0-12-415931-0.00009-4

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Single molecule imaging on living bacterial cell surface by high-speed AFM2012

    • Author(s)
      H. Yamashita, A. Taoka, T. Uchihashi, T. Asano, T. Ando, and Y. Fukumori
    • Journal Title

      Journal of Molecular Biology

      Volume: 422 Pages: 300-309

    • DOI

      10.1016/j.jmb.2012.05.018

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] High-speed atomic force microscopy2012

    • Author(s)
      T. Ando, T. Uchihashi, and N. Kodera
    • Journal Title

      Japanese Journal of Applied Physics.

      Volume: 51 Pages: 08KA02

    • DOI

      10.1143/JJAP.51.08KA02

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Interaction of the extreme N-terminal region of FliH with FlhA is required for efficient bacterial flagellar protein export.2012

    • Author(s)
      Hara, N., Morimoto, V. Y., Kawamoto, A., Namba, K. Minamino, T.
    • Journal Title

      J. Bacteriol.

      Volume: 194 Pages: 5353-5360

    • DOI

      10.1128/JB.01028-12.

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Crystallization and preliminary X-ray analysis of the FliH-FliI complex responsible for bacterial flagellar type III protein export.2012

    • Author(s)
      Uchida, Y., Minamino, T., Namba, K. Imada, K.
    • Journal Title

      Acta Cryst.

      Volume: F68 Pages: 1311-1314

    • DOI

      10.1107/S1744309112030801.

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡によるタンパク質の一分子ダイナミクス計測2013

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第90回日本生理学会大会 日本生物物理学会連携シンポジウ ”新しい計測で生命科学を切り拓く”
    • Place of Presentation
      タワーホール船堀、江戸川区
    • Year and Date
      2013-03-27
    • Invited
  • [Presentation] べん毛特異的分子シャペロンと輸送ゲート構成蛋白質FlhAとの相互作用2013

    • Author(s)
      南野徹
    • Organizer
      第86回日本細菌学会総会
    • Place of Presentation
      幕張メッセ(千葉県)
    • Year and Date
      2013-03-19
    • Invited
  • [Presentation] Functional and structural analysis of FliP, a component of bacterial flagellar export gate.2013

    • Author(s)
      福村拓真
    • Organizer
      2012年度べん毛研究交流会
    • Place of Presentation
      よろこびの宿 しん喜(群馬県)
    • Year and Date
      2013-03-04
  • [Presentation] FlhAの細胞質フラグメントの構造とドメインの動き2013

    • Author(s)
      小川雄也
    • Organizer
      2012年度べん毛研究交流会
    • Place of Presentation
      よろこびの宿 しん喜(群馬県)
    • Year and Date
      2013-03-04
  • [Presentation] FliM-FliN-FliH-FliI複合体とFliM-FliN複合体のストイキオメトリ2013

    • Author(s)
      松島和司
    • Organizer
      2012年度べん毛研究交流会
    • Place of Presentation
      よろこびの宿 しん喜(群馬県)
    • Year and Date
      2013-03-04
  • [Presentation] べん毛構築における少数性の問題22013

    • Author(s)
      今田勝巳
    • Organizer
      新学術領域研究「少数性生物学」第4回領域会議
    • Place of Presentation
      ヒルトンニセコビレッジ(ニセコ)
    • Year and Date
      2013-03-02
  • [Presentation] プロトン駆動型バクテリアべん毛モーターの固定子―回転子相互作用に関わる荷電残基の役割.2013

    • Author(s)
      森本雄祐
    • Organizer
      日英国際交流事業・研究報告会
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山県)
    • Year and Date
      2013-02-23
  • [Presentation] Detecting a conformational change in the periplasmic region of the sodium-driven stator protein PomB by the disulfide crosslink2013

    • Author(s)
      Zhu S
    • Organizer
      BLAST XII meeting
    • Place of Presentation
      Hilton Tucson East, Arizona, USA
    • Year and Date
      2013-01-24
  • [Presentation] Molecular Mechanism of the bacteral flagellar type III secretion.2013

    • Author(s)
      Imada K
    • Organizer
      4th France-Japan joint seminar
    • Place of Presentation
      SPring-8(播磨)
    • Year and Date
      2013-01-08
    • Invited
  • [Presentation] 高速AFMによる生体分子のダイナミクス解析2012

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      KEK PF 第1回先進的観測技術研究会
    • Place of Presentation
      高エネルギー加速器研究機構, つくば
    • Year and Date
      2012-12-26
    • Invited
  • [Presentation] べん毛III型輸送装置構成タンパク質FliPのプリペラズム領域の結晶化と機能解析2012

    • Author(s)
      福村拓真
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第38回討論会
    • Place of Presentation
      岡山大学(岡山県)
    • Year and Date
      2012-12-24
  • [Presentation] べん毛III型輸送装置蛋白質FlhAの細胞質領域の構造変化2012

    • Author(s)
      小川雄也
    • Organizer
      日本生体エネルギー研究会第38回討論会
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知県)
    • Year and Date
      2012-12-24
  • [Presentation] Combined High-Speed AFM and Optical Microscopy2012

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      20th International Colloquium on Scanning Probe Microscopy (ICSPM20)
    • Place of Presentation
      沖縄かりゆしアーバンリゾート、那覇
    • Year and Date
      2012-12-17
    • Invited
  • [Presentation] 高速AFMを用いた1分子ダイナミクス2012

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会, シンポジウム”少数性・生化学の新たな視点”
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場
    • Year and Date
      2012-12-16
    • Invited
  • [Presentation] べん毛III型輸送装置蛋白質FlhAの細胞質フラグメントの構造とドメインの動き2012

    • Author(s)
      小川雄也
    • Organizer
      第85回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      福岡国際会議場・マリンメッセ福岡(福岡県)
    • Year and Date
      2012-12-15
  • [Presentation] 高速AFMによるバイオ分子の液中動的観察2012

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      生体分子機能解析のための走査型プローブ顕微鏡手法研究部会
    • Place of Presentation
      湯沢ニューオータニホテル, 越後湯沢
    • Year and Date
      2012-12-09
    • Invited
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡でイメージ ングするタンパク質の一分子ダイナミクス2012

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第12回名古屋大学遺伝子実験施設公開セミナー
    • Place of Presentation
      名古屋大学
    • Year and Date
      2012-11-29
    • Invited
  • [Presentation] Image analysis of HS-AFM movies for dynamic events on biological molecules: F1-ATPase and cellulase2012

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      3rd Kanazawa Bio-AFM Workshop
    • Place of Presentation
      KKRホテル石川, 金沢
    • Year and Date
      2012-11-06
    • Invited
  • [Presentation] Molecular mechanism of bacterial flagellar construction and its regulation by a small number of export chaperone molecules.2012

    • Author(s)
      Imada K
    • Organizer
      Paradigm Innovation in biology: Novel strategy and thinking
    • Place of Presentation
      Academia Sinica (Taipei, Taiwan)
    • Year and Date
      2012-10-18
    • Invited
  • [Presentation] Role of the C-terminal α-helix of FliT chaperone in the export of its cognate substrate FliD2012

    • Author(s)
      Minamino, T.
    • Organizer
      第50回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知県)
    • Year and Date
      2012-09-23
  • [Presentation] Effect of FliI ATPase on local pH around the bacterial flagellar protein export apparatus.2012

    • Author(s)
      Morimoto, V. M.
    • Organizer
      第50回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知県)
    • Year and Date
      2012-09-23
  • [Presentation] Structural and functional analyses of a periplasm region of FliP, a component of the flagellar protein export apparatus.2012

    • Author(s)
      Fukumura, T
    • Organizer
      第50回日本生物物理学会年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知県)
    • Year and Date
      2012-09-23
  • [Presentation] Molecular Mechanism of bacteral flagellar construction and its regulation.2012

    • Author(s)
      Imada K
    • Organizer
      日本生物物理学会第50回年会
    • Place of Presentation
      名古屋大学(愛知県)
    • Year and Date
      2012-09-22
    • Invited
  • [Presentation] High-speed atomic force microscopy: A tool for nanobionnics2012

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      3rd Asia-Pacific Symposium on Nanobionics
    • Place of Presentation
      Wollongong, Australia
    • Year and Date
      2012-09-20
  • [Presentation] 高速原子間力顕微鏡で可視化するタンパク質の機能動態2012

    • Author(s)
      内橋貴之
    • Organizer
      第52回生命科学夏の学校
    • Place of Presentation
      ホテルたつき, 蒲郡
    • Year and Date
      2012-08-25
    • Invited
  • [Presentation] HIGH-SPEED ATOMIC FORCE MICROSCOPY FOR OBSERVING DYNAMIC BIOMOLECULAR PROCESSES2012

    • Author(s)
      Takayuki Uchihashi
    • Organizer
      XXI International Materials Research Congress
    • Place of Presentation
      Cancun, Mexico
    • Year and Date
      2012-08-12
    • Invited
  • [Presentation] べん毛輸送装置構成因子FliPペリプラズム領域の構造機能解析2012

    • Author(s)
      福村拓真
    • Organizer
      第9回21世紀大腸菌研究会
    • Place of Presentation
      長浜ロイヤルホテル(滋賀県)
    • Year and Date
      2012-06-21
  • [Presentation] べん毛構築における少数性の問題2012

    • Author(s)
      今田勝巳
    • Organizer
      新学術領域研究「少数性生物学」第2回領域会議
    • Place of Presentation
      びわこクラブ(滋賀県 大津市)
    • Year and Date
      2012-06-12
  • [Presentation] バクテリアべん毛蛋白質輸送におけるエネルギー産生機構2012

    • Author(s)
      南野徹
    • Organizer
      第7回トランスポーター研究会年会
    • Place of Presentation
      京都大学農学部(京都府)
    • Year and Date
      2012-06-10
    • Invited
  • [Book] Single-molecule Studies of Proteins. Biophysics for the Life Sciences2013

    • Author(s)
      T. Uchihashi and T. Ando
    • Total Pages
      269
    • Publisher
      Springer
  • [Remarks]

    • URL

      http://paradigm-innovation.jp/result/result_paper_a03.html

  • [Remarks]

    • URL

      http://paradigm-innovation.jp/member/member_a03.html

  • [Remarks]

    • URL

      http://paradigm-innovation.jp/result/result_confe_a03.html

  • [Remarks]

    • URL

      http://paradigm-innovation.jp/result/result_book.html

URL: 

Published: 2018-02-02  

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