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2014 Fiscal Year Annual Research Report

転写環境の構築とアミノ酸代謝のクロストーク制御

Planned Research

Project AreaCrosstalk of transcriptional control and energy pathways by hub metabolites
Project/Area Number 23116004
Research InstitutionUniversity of Tsukuba

Principal Investigator

深水 昭吉  筑波大学, 生命環境系, 教授 (60199172)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 高橋 秀和  山口大学, 医学(系)研究科(研究院), 講師 (90450402)
Project Period (FY) 2011-04-01 – 2016-03-31
Keywords線虫 / S-adenosylmethionine / メチオニン代謝 / メチル化 / 転写 / LC-MS/MS / 栄養
Outline of Annual Research Achievements

代謝と転写環境をつなぐ生命素子の1つとして、メチル化修飾反応のメチル基供与体であるSAMに着目してきた。SAMは生体内において、必須アミノ酸であるメチオニンとATPからSAM合成酵素 (線虫ではSAMS [SAM synthetase]、哺乳類ではMAT [methionine adenosyltransferase]) を介して生成されることから、「食餌・栄養の摂取」や「メチオニン代謝サイクル」などがSAM量を規定する律速段階であると予想される。この可能性をモデル生物や培養細胞を用いて検証すると共に、SAM量の変動がメチル化修飾を介して転写環境、さらには個体機能に与える影響についても解析を進めてきた。

[I]生体における生命素子の分析技術の確立
SAMとメチル化の関係性に加え、脱メチル化反応の補酵素であるα-ケトグルタル酸にも着目し、その分析・定量方法の確立に成功した。この技術を用いて、生体サンプルのα-ケトグルタル酸量やアセチルCoA量等を測定することができた。
[II]メチオニン代謝回路の制御とその個体解析
メチオニン代謝回路を制御する遺伝子を同定する事ができた。ノックダウンやトランスジェニック等の手法を用いて、この遺伝子のメチオニン回路に及ぼす役割やそれが個体機能に与える影響について解析を行った。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

当初計画した「生体における生命素子の分析技術の確立」については、α-ケトグルタル酸やアセチルCoA量などの分析・定量実験法を確立することに成功しており、計画した研究内容はすでに完了した。現在は、生命素子を産生する代謝経路に分析範囲を拡大し、代謝物の分析・定量法の確立のために研究を進めている。具体的には、TCA回路やアミノ酸代謝経路の解析に着手しており、順調に進行している。また、確立してきた分析技術をもとに生体サンプルでの代謝物量を測定し、その結果から代謝酵素の発現量との相関を評価できるようになった。さらに、分析範囲の拡大により、遺伝子機能が代謝に与える影響について詳細な議論が可能となった。
また、「メチオニン代謝回路の制御とその個体解析」についても、メチオニン代謝回路を制御する遺伝子の同定に成功している。同定した遺伝子のノックダウン線虫において、メチオニン回路の代謝物が大きく変動する事を突き止めた。さらに研究を進めるために、トランスジェニック線虫を作製し、遺伝子発現部位や細胞内局在についても解析している。個体機能としては、成長速度、産卵数、寿命に焦点を絞り、ノックダウンや過剰発現によってそれらの表現型が変化する事を明らかにした。現在は、遺伝子が機能するカスケードを解明するため、エピスタシス解析や関連代謝物の定量分析を進めている。
上記した分析化学的解析と遺伝子の個体機能解析は、それぞれ順調に進展している。また相互に解析結果を還元する事で多角的な視点で研究を俯瞰できるようになり、今後の成果が期待できる。従って、実験計画は順調に進展している。

Strategy for Future Research Activity

本計画研究では、タンパク質の翻訳後修飾を介した転写環境の変化と、代謝に伴う修飾基供与体や補酵素の産生経路の有機的な連動を「転写代謝ネットワーク」と捉え直し、遺伝学・分子生物学的手法・分析化学技術を駆使してその分子基盤の解明を目指す。具体的には、以下の3点を中心に解析を行う。

[I]栄養・食餌がSAM生成量および個体機能に与える影響
[II]メチル化修飾による転写環境の構築と個体機能制御
[III]生体における生命素子の分析・定量

  • Research Products

    (26 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (1 results) (of which Peer Reviewed: 1 results,  Acknowledgement Compliant: 1 results) Presentation (24 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Protein arginine methyltransferase 7 has a novel homodimer-like structure formed by tandem repeats2014

    • Author(s)
      Hasegawa, M., Toma-Fukai, S., Kim, JD., Fukamizu, A., and Shimizu, T.
    • Journal Title

      FEBS Letter

      Volume: 588 Pages: 1942-1948

    • DOI

      10.1016/j.febslet.2014.03.053.

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] 食餌性メチオニン制限がメチオニン量及び S-adenosyl-L-methionine量 へ与える影響2015

    • Author(s)
      山内理恵子、廣田恵子、徐照、加香孝一郎、大徳浩照、深水昭吉
    • Organizer
      冬の若手ワークショップ 2015
    • Place of Presentation
      群馬県渋川市 ホテル松本楼
    • Year and Date
      2015-02-06 – 2015-02-06
  • [Presentation] 長寿変異体における転写因子DAF-16の転写活性化能の評価2015

    • Author(s)
      新生翔, 大徳浩照, 金子悠太, 廣田恵子, 深水昭吉
    • Organizer
      冬の若手ワークショップ 2015
    • Place of Presentation
      群馬県渋川市 ホテル松本楼
    • Year and Date
      2015-02-06 – 2015-02-06
  • [Presentation] 核小体因子NucleomethylinによるrRNAメチル化制御機構の解析2015

    • Author(s)
      横山航、和久剛、仲島由佳、深水昭吉
    • Organizer
      冬の若手ワークショップ 2015
    • Place of Presentation
      群馬県渋川市 ホテル松本楼
    • Year and Date
      2015-02-06 – 2015-02-06
  • [Presentation] A UPLC-based quantitative method for measuring asymmetric dimethylarginine in cellular proteins2015

    • Author(s)
      沙亮,加香孝一郎,大徳浩照,深水昭吉
    • Organizer
      冬の若手ワークショップ 2015
    • Place of Presentation
      群馬県渋川市 ホテル松本楼
    • Year and Date
      2015-02-06 – 2015-02-06
  • [Presentation] 紫外線DNA損傷応答におけるフォークヘッド型転写因子FOXO1/DAF-16の役割2015

    • Author(s)
      金子悠太, 大徳浩照, 吉用賢治, 松本佳保里, 米野千尋, 深水昭吉
    • Organizer
      冬の若手ワークショップ 2015
    • Place of Presentation
      群馬県渋川市 ホテル松本楼
    • Year and Date
      2015-02-05 – 2015-02-05
  • [Presentation] アルギニンN-メチル基転移酵素の探索2015

    • Author(s)
      狩野明彦,加香孝一郎,廣田恵子,深水昭吉
    • Organizer
      冬の若手ワークショップ 2015
    • Place of Presentation
      群馬県渋川市 ホテル松本楼
    • Year and Date
      2015-02-05 – 2015-02-05
  • [Presentation] Citric acid is required for embryonic development in Caenorhabditis elegans2015

    • Author(s)
      波田一誠,稲野辺愛,廣田恵子,加香孝一郎,深水昭吉
    • Organizer
      冬の若手ワークショップ 2015
    • Place of Presentation
      群馬県渋川市 ホテル松本楼
    • Year and Date
      2015-02-05 – 2015-02-05
  • [Presentation] Crosstalk between Transcription and Metabolism2014

    • Author(s)
      深水昭吉
    • Organizer
      The 4D nucleome 2014
    • Place of Presentation
      広島県廿日市市 安芸グランドホテル
    • Year and Date
      2014-12-17 – 2014-12-19
  • [Presentation] メチル化の作用点と機能2014

    • Author(s)
      深水昭吉
    • Organizer
      第32回染色体ワークショップ・第13回核ダイナミクス研究会
    • Place of Presentation
      広島県廿日市市 安芸グランドホテル
    • Year and Date
      2014-12-16 – 2014-12-16
  • [Presentation] アコニターゼ2はEGFシグナル経路を介してα-チューブリンのアセチル化レベルを制御する2014

    • Author(s)
      柴沼 香穂, 大徳 浩照, 加香 孝一郎, 金子 悠太, 深水 昭吉
    • Organizer
      第37回 日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      神奈川県横浜市 パシフィコ横浜
    • Year and Date
      2014-11-27 – 2014-11-27
  • [Presentation] メチル化制御と遺伝子発現2014

    • Author(s)
      深水昭吉
    • Organizer
      第12回RCGMフロンティア国際シンポジウム
    • Place of Presentation
      埼玉県日高市 埼玉医科大学ゲノム医学研究センター(RCGM)
    • Year and Date
      2014-10-31 – 2014-10-31
  • [Presentation] 長寿転写因子DAF-16のin vivoにおける制御機構の解明2014

    • Author(s)
      米野 千尋, 新生 翔, 大徳 浩照, 金子 悠太, 深水 昭吉
    • Organizer
      第87回 日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      京都府京都市 京都国際会議場
    • Year and Date
      2014-10-17 – 2014-10-17
  • [Presentation] 線虫 Caenorhabditis elegans の胚における TCA 回路の代謝フラックスとその機能2014

    • Author(s)
      Hada K, Kako K, Hirota K, Fukamizu A.
    • Organizer
      第87回日本生化学会大会
    • Place of Presentation
      京都府京都市 国立京都国際会館
    • Year and Date
      2014-10-17 – 2014-10-17
  • [Presentation] 紫外線DNA損傷応答におけるフォークヘッド型転写因子FOXO1/DAF-16の役割2014

    • Author(s)
      金子 悠太, 大徳 浩照, 吉用 賢治, 松本 佳保里, 米野 千尋, 深水 昭吉
    • Organizer
      第87回 日本生化学会年会
    • Place of Presentation
      京都府京都市 京都国際会議場
    • Year and Date
      2014-10-17 – 2014-10-17
  • [Presentation] Dietary methionine restriction in axenic medium decreases both methionine and S-adenosyl-L-methionine levels. 6th Asia-pacific C.elegans Meeting2014

    • Author(s)
      Yamauchi, R., Hirota, K., Xu, Z., Iizuka, K., Daitoku, H., Kako, K., Fukamizu, A.
    • Organizer
      6th Asia-pacific C.elegans Meeting
    • Place of Presentation
      奈良県奈良市 奈良県新公会堂
    • Year and Date
      2014-07-15 – 2014-07-15
  • [Presentation] Elucidation of regulation of longevity transcription factor DAF-16 in vivo2014

    • Author(s)
      米野 千尋, 新生 翔, 大徳 浩照, 金子 悠太, 深水 昭吉
    • Organizer
      平成26年度 転写代謝システム領域班会議
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市 岩沼屋
    • Year and Date
      2014-07-12 – 2014-07-12
  • [Presentation] 線虫Caenorhabditis elegans の初期胚における代謝物質の同定2014

    • Author(s)
      波田一誠,加香孝一郎,廣田恵子,深水昭吉
    • Organizer
      平成26年度 転写代謝システム領域班会議
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市 岩沼屋
    • Year and Date
      2014-07-12 – 2014-07-12
  • [Presentation] 食餌性メチオニン制限によるメチオニン及び S-adenosyl-L-methionine への影響2014

    • Author(s)
      山内理恵子、廣田恵子、徐照、飯塚慧、大徳浩照、加香孝一郎、深水昭吉
    • Organizer
      平成26年度 転写代謝システム領域班会議
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市 岩沼屋
    • Year and Date
      2014-07-12 – 2014-07-12
  • [Presentation] 線虫Caenorhabditis elegans におけるphosphoethanolamine methyltransferase-1 の SAM代謝への影響2014

    • Author(s)
      石原誠司、廣田恵子、加香孝一郎、深水昭吉
    • Organizer
      平成26年度 転写代謝システム領域班会議
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市 岩沼屋
    • Year and Date
      2014-07-12 – 2014-07-12
  • [Presentation] 核小体タンパク質NMLによるリボソーム制御機構の解析2014

    • Author(s)
      横山航、和久剛、仲島由佳、深水昭吉
    • Organizer
      平成26年度 転写代謝システム領域班会議
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市 岩沼屋
    • Year and Date
      2014-07-12 – 2014-07-12
  • [Presentation] ヒスチジンNt-メチル基転移酵素の探索2014

    • Author(s)
      狩野明彦,加香孝一郎,廣田恵子,深水昭吉
    • Organizer
      平成26年度 転写代謝システム領域班会議
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市 岩沼屋
    • Year and Date
      2014-07-11 – 2014-07-13
  • [Presentation] SAM代謝とメチル基転移酵素2014

    • Author(s)
      深水昭吉,廣田恵子,大徳浩照,加香孝一郎
    • Organizer
      平成26年度 転写代謝システム領域班会議
    • Place of Presentation
      宮城県仙台市 岩沼屋
    • Year and Date
      2014-07-11 – 2014-07-13
  • [Presentation] Methylation related to transcription and metabolism2014

    • Author(s)
      深水昭吉
    • Organizer
      第37回日本基礎老化学会大会
    • Place of Presentation
      愛知県知多郡東浦町 あいち健康プラザ
    • Year and Date
      2014-06-26 – 2014-06-27
  • [Presentation] エピゲノムと代謝2014

    • Author(s)
      深水昭吉
    • Organizer
      第87回日本内分泌学会学術総会
    • Place of Presentation
      福岡県福岡市 福岡国際会議場
    • Year and Date
      2014-04-24 – 2014-04-24
  • [Remarks] 深水昭吉研究室

    • URL

      http://akif2.tara.tsukuba.ac.jp/Top_iweb/Welcome.html

URL: 

Published: 2016-06-01  

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