先端ゲノム・トランスクリプトーム解析技術を用いた環境微生物の共生原理の解明

2011 Fiscal Year Annual Research Report

• Project Area: "Matryoshka"-type evolution of eukaryotes
• Project/Area Number: 23117003
• Research Category: Grant-in-Aid for Scientific Research on Innovative Areas (Research in a proposed research area)
• Research Institution: The Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: 守屋 繁春 独立行政法人理化学研究所, 長田抗生物質研究室, 専任研究員 (00321828)
• Keywords: 共生 / シロアリ / ゲノム / トランスクリプトーム / 生態 / 進化

Research Abstract

本年度は、主に研究のフレーム構築に向け、以下の項目について検討を行った。
・メタトランスクリプトーム解析に向けたシングルセルを含む少数の細胞からのcDNA合成条件の検討を行った。PCRベースの手法を用いることでシングルセルからでもcDNAを得ることに成功したが、ハイスループットシーケンサーのサンプルとするのに十分な量を得ることが難しく、タグを用いた複数配列の同時シーケンスの条件検討を引き続き進めている。
・バイオフィルム解析に用いる水路実験装置を制作し、バイオフィルム形成試験を行った。大型実験水槽に天然海水および天然底砂を投入したマイクロコズムにより、再現性よく複数微生物種からなるバイオフィルムの形成を行う事が可能となっている。
・静電デバイスによるシングルセル多重捕集装置の試作と条件検討を行った。シロアリ共生原生生物の細胞内バクテリアのシングルセルレベルでのソーティングと捕集を同時に実施する条件を得た。
・サンゴ共生系の研究の準備のために珊瑚礁水域より海水のサンプリングとそこからのメタゲノムサンプルの調整を行った。現在、ID配列の取得とその解析を引き続き行っている。
・バイオフィルムを立体的に捉え、集塊状共生系についての解析を進めるため、海水からの粒子状有機物の捕集条件の決定と、その解析に向けた条件検討を進めた。
以上、本計画班における研究各項目について最も基礎的な実験系の立ち上げと試験、先行的な解析の試行を行い、来年度以降の実際の研究進展に必要なリソースを得た。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

計画書に記載した研究フレームの準備に関する事項は概ね完了しており、研究の遅れにつながる要素は今のところ発生していないため。

Strategy for Future Research Activity

本年度確立した実験条件および装置を用いて来年度以降は実際の解析を開始する。また、本年度唯一開始できなかったサンゴの水槽飼育実験については、来年度早期に着手する。