2012 Fiscal Year Annual Research Report
先端ゲノム・トランスクリプトーム解析技術を用いた環境微生物の共生原理の解明
| Project Area | "Matryoshka"-type evolution of eukaryotes |
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| Project/Area Number |
23117003
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| Research Institution | Institute of Physical and Chemical Research |
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Principal Investigator |
守屋 繁春 独立行政法人理化学研究所, 長田抗生物質研究室, 専任研究員 (00321828)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
大熊 盛也 独立行政法人理化学研究所, バイオリソースセンター, 室長 (10270597)
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| Project Period (FY) |
2011-07-25 – 2016-03-31
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| Keywords | 生物圏現象 / 進化 / 共生 / トランスクリプトーム |
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| Research Abstract |
シロアリ共生系(日和見マトリョーシカ)においては、昨年に引き続いてシングルセルゲノム・トランスクリプト ーム解析を続行した。現在Trichoninpha agilisのトランスクリプトーム解析においてはほぼリード数が飽和に達し、二次解析へと移行している。同種のシングルセルゲノム解析は引き続き配列を収集し、現在アッセンブル工程にある。シングルセルトランスクリプトームのデータより、多様な糖の資化と、そこから始まる代謝系のかなりの早期において、共生バクテリアとの代謝接続が行われている可能性が示唆されている。また、窒素や硫黄などの資源のシェアに関しても、発現頻度解析より代謝接続点に関する知見が得られつつある。
バイオフィルム(並列マトリョーシカ)においては、福島県で採取されたバイオフィルムにおける元素蓄積に関する解析とその解釈を実施し現在論文化の途上にある。本研究においては、ランタノイド系列の元素を吸着するバイオフィルム群落を見いだすことに成功し、その群落の微生物集団的特徴を記述した。この結果を元に、ジオケミストリと「並列マトリョーシカ」間の生態系機能と、それに関連する生物間相互作用を解明するために、さらに多様なバイオフィルム集団と、その生態系中での物質循環機能をタイピングし、創発的共生系の環境中での役割に迫りたい。
さらにサンゴ共生系(可逆マトリョーシカ)においては、サカサクラゲの飼育・ラベリングシステムの構築と運用を開始し、実験に必要な生体の確保を行っている。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
計画通り、ゲノムトランスクリプトーム解析は進行しており、データが蓄積されている。
可逆マトリョーシカに関しては生物の性質による若干の遅れがあるが、当初計画の想定の範囲内である。
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| Strategy for Future Research Activity |
シロアリ共生系についてはTrichonymphaの解析結果をまとめると共に、共生バクテリアとの共生的接続点の抽出にステージを移す。
バイオフィルムに関しては、複数の集団に関するタイピングを行い、実際の代謝接続点の抽出へ向けて研究を進める。
サンゴ共生系については、代謝ラベルとトランスクリプトーム解析による時系列解析へと研究を進める。
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[Presentation] Comparative genomics of the nitrogen-fixing endosymbionts of the cellulolytic protists Pseudotrichonympha spp. in the gut of termites
Author(s)
Ajeng K. Pramono, Akinori Yamada, Hirokazu Kuwahara, Yuji Mochizuki, Takako Mabuchi, Osamu Kitade, Nathan Lo, Shigeharu Moriya, Atsushi Toyoda, TakehikoItoh, Moriya Ohkuma, Yuichi Hongoh
Organizer
18th International Congress on Nitrogen Fixation
Place of Presentation
Miyazaki
