2015 Fiscal Year Annual Research Report
ミトコンドリア・色素体以外の共生オルガネラ成立過程の解明
| Project Area | "Matryoshka"-type evolution of eukaryotes |
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| Project/Area Number |
23117006
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| Research Institution | University of Tsukuba |
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Principal Investigator |
稲垣 祐司 筑波大学, 生命環境系, 准教授 (50387958)
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| Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) |
小保方 潤一 京都府立大学, 生命環境科学研究科(系), 教授 (50185667)
神川 龍馬 京都大学, 地球環境学堂, 助教 (40627634)
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| Project Period (FY) |
2011-04-01 – 2016-03-31
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| Keywords | オルガネラ進化 / ゲノム進化 / 共生 / 光合成 / 窒素固定 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
Rhopalodia科珪藻Epithemia adnataの宿主核ゲノム中にコードされた楕円体の維持・制御に関わる遺伝子を探索した。その結果、ペプチドグリカンの代謝に関連する遺伝子を同定した。当該珪藻細胞内でペプチドグリカンを保持する構造は楕円体のみであり、これら2つの遺伝子は宿主細胞が楕円体のペプチドグリカン代謝を制御している証拠であると考えらえれる。
これまでのゲノムシーケンス解析、遺伝子転写物の網羅的シーケンス解析、転写開始点解析データ等を総合し、有殻アメーバPaulinella chromatophora MYN-1株の宿主核ゲノムの概要が把握できた。ゲノムサイズは約1Gbpだと推測され、これまでのゲノムシーケンスデータのカバレッジはX137となっている。転写物データは合計41.3Gbpに達し、転写開始点解析で取得した約10億タグ（合計3.3Gbp）と併せ、ゲノム上での転写反応がどこから開始されているかの概要を十分に把握できた。現在ゲノム配列のアノテーションを行っている。アノテーションが終わり次第、そのデータをもとにシアノバクテリア共生体（有色体）の獲得に伴う宿主核ゲノム進化の全容の解明に取りかかることができる。
Rhopalodia科珪藻の楕円体を高精度で推測するためには、楕円体に直近の自由生活性シアノバクテリアのゲノムデータに基づく大規模分子系統解析が必要である。前年度までのシーケンス解析により、Cyanothece sp. NKBG520001株ゲノム中には複数種のIS配列が多数存在するため完全解読は困難であることが判明した。但し楕円体の起源を推測する系統解析には十分であり、H27年度はNKBG20001株ドラフトゲノムデータを加えた大規模分子系統解析を実施した。その結果、楕円体は淡水産のCyanothece属シアノバクテリアとの姉妹群関係が強い系統的支持のもと復元された。
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| Research Progress Status |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
27年度が最終年度であるため、記入しない。
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[Journal Article] Ungulate malaria parasites2016
Author(s)
Templeton T, Asada M, Jiratanh M, Ishikawa SA, Tiawsirisup S, Sivakumar T, Namangala B, Takeda M, Mohkaew K, Ngamjituea S, Inoue N, Sugimoto C, Inagaki Y, Suzuki Y, Yokoyama N, Kaewthamasorn M, Kaneko O
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Journal Title
Scientific Reports
Volume: 6
Pages: 23230
DOI
Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research / Acknowledgement Compliant
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[Presentation] Phylogenetic analysis of a myxozoan genus Kudoa mitochondrial genomes, and the modulation of host innate immunity by Kudoa infection2015
Author(s)
Fumihiko Takeuchi, Tsuyoshi Sekizuka, Yumiko Ogasawara, Hiroshi Yokoyama, Ryoma Kamikawa, Yuji Inagaki, Tomoyoshi Nozaki, Yoshiko Sugita-Konishi, Takahiro Ohnishi, Makoto Kuroda
Organizer
2nd International Symposium on Matryoshka-type Evolution of Eukaryotic Cells
Place of Presentation
筑波大学（茨城県つくば市）
Year and Date
2015-09-30 – 2015-10-02
Int'l Joint Research
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