Chemical genetic approach to mode of action and biological validation of compounds from latent chemical space

2023 Fiscal Year Annual Research Report

• Project Area: Latent Chemical Space Based on Diverse Natural Products for Bio-active Molecular Design
• Project/Area Number: 23H04882
• Research Institution: Institute of Physical and Chemical Research
• Principal Investigator: 吉田 稔 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, グループディレクター (80191617)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 掛谷 秀昭 京都大学, 薬学研究科, 教授 (00270596) ; 出井 晶子 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 副基盤ユニットリーダー (00970972) ; 八代田 陽子 国立研究開発法人理化学研究所, 環境資源科学研究センター, 副チームリーダー (60360658)
• Project Period (FY): 2023-04-01 – 2028-03-31
• Keywords: アッセイ系開発 / ハイスループットスクリーニング / ケミカルゲノミクス / 分子標的同定 / 天然生理活性物質 / ケミカルプローブ

Outline of Annual Research Achievements

本研究では、化合物潜在空間を基盤とする「サイバー生物活性分子デザインラボ」によって新しい生体機能解析や医薬・農薬シーズに結び付く画期的生物活性分子を開発することを目的とする。そのため、デザインされた化合物の生物活性の検証、化合物潜在空間の高精度化を目指した種々の手法によるハイスループットスクリーニング（HTS）、さらに本計画研究で得られる新規活性物質からのケミカルプローブ合成とエピジェネティクスや代謝に関わる独自のケミカルバイオロジーを実施する。
2023年度は、理研天然物ライブラリーNPDepoから見出した抗真菌活性を有するNPD6433について、酵母ケミカルゲノミクス（CG）解析により脂肪酸合成酵素Fas1が標的であることが予測されたので、生化学的アッセイや薬剤耐性株の単離により検証した。また、in-house天然物模倣型合成化合物ライブラリーより見出したKUSCについて、酵母CG解析により標的を予測した。さらに、荒井班岩月より提供された大村天然化合物ライブラリーについて、酵母の増殖阻害活性探索を実施した。一方、ハイスループットスクリーニングとしては、ホスホフルクトキナーゼ1（PFK1）を標的とする阻害剤の探索を開始した。我々はこれまでPFK1阻害が細胞でのミトコンドリア代謝機能の改善作用を有することを報告しており、PFK1阻害剤は新規ミトコンドリア病の治療法として期待されるが、これまで動物モデルで検証可能な十分な活性と代謝安定性を有する阻害剤は報告されていない。そこで、qHTSの手法により、東大General Aライブラリーから選抜した28,800化合物の評価を行い、濃度依存的に酵素阻害作用を示した380化合物を選抜した。また、がん特異的代謝を標的として、アスパラギン合成酵素阻害剤bisabosqual類を見出し、新たな生理活性物質の同定に成功した。

Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究では、(1) 「サイバー生物活性分子デザインラボ」で創成される、あるいは同定される生理活性物質の作用機序を解明するとともに、(2)さまざまなアッセイ系の構築とハイスループットスクリーニング（HTS）を実施し、新しい生理活性物質を同定するとともに高品質な生物活性データをB01班に提供し、(3)生命科学に資する新たなケミカルプローブを創成することを目標とする。
作用機序研究に関しては、結合タンパク質を釣り上げるアフィニティ法とケミカルゲノミクス（CG）法を併用する。化合物処理と標的分子をコードする酵母の遺伝子変異株との「合成致死性」の定量化による化学遺伝学的相互作用をバーコードシーケンスにより一括検出し、その結果を遺伝学的相互作用データベースと照合し化合物の標的予測・同定を行う。本年度はまず、研究分担者掛谷がin-house天然物模倣型合成化合物ライブラリーより見出した特徴的な抗真菌作用をもつ新規化合物KUSCについて、相互作用解析に資するプローブの合成研究を行うとともに、酵母CGによる標的同定を試みた。その結果、標的経路がリボソーム生合成であることが予測された。HTSに関しては、ホスホフルクトキナーゼ1（PFK1）を標的とする阻害剤の探索を行うため、評価系の構築を行った。具体的にはPFK1の反応で生じるADPをヘキソキナーゼ、グルコース-6-リン酸脱水素酵素、ジアホラーゼと共役させた発色系を考案し、効率よく活性測定できることを見出した。これを用い、定量HTS（qHTS）を実施して380化合物をヒットとして同定した。また、新規天然活性物質として、アスパラギン合成酵素阻害剤bisabosqual類、新規抗菌剤precezomycin、複合培養由来の新規アノイキス誘導剤amoxetamide Aなどを見出した。このように、当初の計画通り、おおむね順調に進展している。

Strategy for Future Research Activity

作用機序研究に関しては、引き続き同定された生理活性物質の活性発現メカニズムをケミカルゲノミクス法によって解析する。特にKUSCの標的候補分子については、細胞内、試験管内での相互作用を解析してその妥当性を検証する。また、岩月から提供される大村天然化合物ライブラリーについては、順次ケミカルゲノミクス解析試験を開始する。さらに、B01班が予測生成し、C01班が合成した化合物が提供され次第、それらの作用機序解析を進める。一方、HTSに関しては、引き続きPFK1等の興味深い標的について評価系を構築してHTSを実施する。特にPFK1阻害剤候補として得られた化合物に関して今後は、SPRによりKDを算出し、有望な化合物について細胞代謝機能を調べる予定である。また、HTSの結果として得られたヒット化合物と不活性化合物の構造情報をB01班に提供し、機械学習の教師データとして活用する。さらに、新たに見出された天然活性物質については、それらのプローブ化を行うとともに、作用標的の同定を目指した化学遺伝学研究を実施する。

Remarks

Deadly fungi beaten with fatty acid synthase inhibitor
https://itaintmagic.riken.jp/hot-off-the-press/deadly-fungi-beaten-with-fatty-acid-synthase-inhibitor/

Research Products

• [Journal Article] Tumescenamide C, a cyclic lipodepsipeptide from Streptomyces sp. KUSC_F05, exerts antimicrobial activity against the scab-forming actinomycete Streptomyces scabiei (2024)
  • Author(s): Kaneko K, Mieda M, Jiang Y, Takahashi N, Kakeya H.
  • Journal Title: The Journal of Antibiotics Volume: 77 Pages: -
  • DOI: 10.1038/s41429-024-00716-4
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Precezomycin, a novel antibiotic biosynthetic precursor of cezomycin, from actinomycete Kitasatospora putterlickiae 10-13 (2024)
  • Author(s): Mao D, Yu P, Shinzato N, Zhang L, Zheng W, Lu S, Kakeya H.
  • Journal Title: The Journal of Antibiotics Volume: 77 Pages: 189-192
  • DOI: 10.1038/s41429-023-00695-y
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Development of a chemical scaffold for inhibiting nonribosomal peptide synthetases in live bacterial cells (2024)
  • Author(s): Ishikawa F, Konno S, Kakeya H, Tanabe G.
  • Journal Title: Beilstein J. Org. Chem. Volume: 20 Pages: 445-451
  • DOI: 10.3762/bjoc.20.39
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Amoxetamide A, a new anoikis inducer, produced by combined-culture of Amycolatopsis sp. and Tsukamurella pulmonis (2024)
  • Author(s): Pan C, Ikeda H, Minote M, Tokuda T, Kuranaga T, Taniguchi T, Shinzato N, Onaka H, Kakeya H.
  • Journal Title: The Journal of Antibiotics Volume: 77 Pages: 66-70
  • DOI: 10.1038/s41429-023-00668-1
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Discovery of Clinical Candidate AZD5462, a Selective Oral Allosteric RXFP1 Agonist for Treatment of Heart Failure (2024)
  • Author(s): K. L. Granberg, S. Sakamaki, N. Larsson, F. Bergstrom, R. Fuchigami, Y. Niwa, E. Ryberg, A. Backmark, H. Kato, S. Miyazaki, K. Iguchi, T. Sakamoto, M. Persson, A. Idei,... M. La
  • Journal Title: J. Med. Chem. Volume: 67 Pages: 4419-4441
  • DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c02184
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] A specific G9a inhibitor unveils BGLT3 lncRNA as a universal mediator of chemically induced fetal globin gene expression (2023)
  • Author(s): S. Takase, T. Hiroyama, F. Shirai, Y. Maemoto, A. Nakata, M. Arata, S. Matsuoka, T. Sonoda, H. Niwa, S. Sato, T. Umehara, M. Shirouzu, Y. Nishigaya, T. Sumiya, N. Hashimoto, R. Namie, M. Usui, T. Ohishi, S. Ohba, M. Kawada, Y. Hayashi, H. Harada, T. Yamaguchi, Y. Shinkai, Y. Nakamura, M. Yoshida, A. Ito
  • Journal Title: Nat. Commun. Volume: 14 Pages: 23
  • DOI: 10.1038/s41467-022-35404-0
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Identification of small-molecule inhibitors against the interaction of RNA-binding protein PSF and its target RNA for cancer treatment (2023)
  • Author(s): K. Takayama, S. Matsuoka, S. Adachi, T. Honma, M. Yoshida, T. Doi, K. Shin-Ya, M. Yoshida, H. Osada, S. Inoue
  • Journal Title: PNAS Nexus Volume: 2 Pages: pgad203
  • DOI: 10.1093/pnasnexus/pgad203
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Lysine long-chain fatty acylation regulates the TEAD transcription factor (2023)
  • Author(s): K. Noritsugu, T. Suzuki, K. Dodo, K. Ohgane, Y. Ichikawa, K. Koike, S. Morita, T. Umehara, K. Ogawa, M. Sodeoka, N. Dohmae, M. Yoshida, A. Ito
  • Journal Title: Cell Rep. Volume: 42 Pages: 112388
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112388
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Identification of triazenyl indoles as inhibitors of fungal fatty acid biosynthesis with broad-spectrum activity (2023)
  • Author(s): K. R. Iyer, S. C. Li, N. M. Revie, J. W. Lou, D. Duncan, S. Fallah, H. Sanchez, I. Skulska, M. M. U_aj, H. Safizadeh, B. Larsen, C. Wong, A. Aman, T. Kiyota, M. Yoshimura, H. Kimura, H. Hirano, M. Yoshida,... Y. Yashiroda, C. Boone, L. E. Cowen
  • Journal Title: Cell Chem. Biol. Volume: 30 Pages: 795-810.e8
  • DOI: 10.1016/j.chembiol.2023.06.005
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Discovery of Novel Substrate-Competitive Lysine Methyltransferase G9a Inhibitors as Anticancer Agents (2023)
  • Author(s): Y. Nishiga, S. Takase, T. Sumiya, K. Kikuzato, T. Sato, H. Niwa, S. Sato, A. Nakata, T. Sonoda, N. Hashimoto, R. Namie, T. Honma, T. Umehara, M. Shirouzu, H. Koyama, M. Yoshida, A. Ito, F. Shirai
  • Journal Title: J. Med. Chem. Volume: 66 Pages: 4059-4085
  • DOI: 10.1021/acs.jmedchem.2c02059
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] RNAi screening reveals a synthetic chemical-genetic interaction between ATP synthase and PFK1 in cancer cells (2023)
  • Author(s): H. Kobayashi, S. Takase, H. Nishimura, K. Matsumoto, H. Harada, M. Yoshida
  • Journal Title: Cancer Sci. Volume: 114 Pages: 1663-1671
  • DOI: 10.1111/cas.15713
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Identification of Fungal and Bacterial Denitrification Inhibitors Targeting Copper Nitrite Reductase (2023)
  • Author(s): A. Kumar, M. Matsuoka, A. Matsuyama, M. Yoshida, K. Y. J. Zhang
  • Journal Title: J. Agric. Food Chem. Volume: 71 Pages: 5172-5184
  • DOI: 10.1021/acs.jafc.3c00896
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] UBL3 Interacts with Alpha-Synuclein in Cells and the Interaction Is Downregulated by the EGFR Pathway Inhibitor Osimertinib (2023)
  • Author(s): B. Chen, Md. M. Hasan, H. Zhang, Q. Zhai, A. S. M. Waliullah, Y. Ping, C. Zhang, S. Oyama, Mst. A. Mimi, Y. Tomochika, Y. Nagashima, T. Nakamura, T. Kahyo, K. Ogawa, D. Kaneda, M. Yoshida, M. Setou
  • Journal Title: Biomedicines Volume: 11 Pages: 1685
  • DOI: 10.3390/biomedicines11061685
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Identification of a derivative of the alkaloid emetine as an inhibitor of the YAP-TEAD interaction and its potential as an anticancer agent (2023)
  • Author(s): S. Sekine, S. Takase, R. Hayase, K. Noritsugu, Y. Maemoto, Y. Ichikawa, K. Ogawa, Y. Kondoh, H. Osada, M. Yoshida, A. Ito
  • Journal Title: Biosci. Biotechnol. Biochem. Volume: 98 Pages: 501-510
  • DOI: 10.1093/bbb/zbad022
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Acidic extracellular pH drives accumulation of N1-acetylspermidine and recruitment of protumor neutrophils (2023)
  • Author(s): M. Kato, K. Maeda, R. Nakahara, H. Hirose, A. Kondo, S. Aki, M. Sugaya, S. Hibino, M. Nishida, M. Hasegawa, H. Morita, R. Ando, R. Tsuchida, M. Yoshida, T. Kodama, H. Yanai, T. Shimamura, T. Osawa
  • Journal Title: PNAS Nexus Volume: 2 Pages: pgad306
  • DOI: 10.1093/pnasnexus/pgad306
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Protocol for detecting threonine deaminase activity in fission yeast cell lysates (2023)
  • Author(s): M. Sasaki, S. Nishimura, A. Matsuyama, M. Yoshida
  • Journal Title: STAR Protoc. Volume: 4 Pages: 102675
  • DOI: 10.1016/j.xpro.2023.102675
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] UBL3 Interaction with α-Synuclein Is Downregulated by Silencing MGST3 (2023)
  • Author(s): J. Yan, H. Zhang, Y. Tomochika, B. Chen, Y. Ping, S. Islam, S. Aramaki, T. Sato, Y. Nagashima, T. Nakamura, T. Kahyo, D. Kaneda, K. Ogawa, M. Yoshida, M. Setou
  • Journal Title: Biomedicines Volume: 11 Pages: 2491
  • DOI: 10.3390/biomedicines11092491
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Journal Article] A set of vectors and strains for chromosomal integration in fission yeast. (2023)
  • Author(s): Matsuyama Akihisa, Hashimoto Atsushi, Nishimura Shinichi, Yoshida Minoru
  • Journal Title: Scientific reports Volume: 13 Pages: 9295
  • DOI: 10.1016/j.celrep.2023.112388
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Protein-protein interaction-mediated regulation of lysine biosynthesis of Thermus thermophilus through the function-unknown protein LysV (2023)
  • Author(s): Yutaro Morita, Ayako Yoshida, Siyan Ye, Takeo Tomita, Minoru Yoshida, Saori Kosono, Makoto Nishiyama
  • Journal Title: J. Gen. Appl. Microbiol. Volume: - Pages: -
  • DOI: 10.2323/jgam.2023.06.003
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Design of an Artificial Peptide Inspired by Transmembrane Mitochondrial Protein for Escorting Exogenous DNA into the Mitochondria to Restore their Functions by Simultaneous Multiple Gene Expression (2023)
  • Author(s): Yoshinaga Naoto, Miyamoto Takaaki, Odahara Masaki, Takeda窶尻amiya Noriko, Toyooka Kiminori, Nara Seia, Nishimura Haruna, Ling Feng, Su'etsugu Masayuki, Yoshida Minoru, Numata Keiji
  • Journal Title: Advanced Functional Materials Volume: 34 Pages: 2306070
  • DOI: 10.1002/adfm.202306070
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Bisabosqual A: A novel asparagine synthetase inhibitor suppressing the proliferation and migration of human non-small cell lung cancer A549 cells (2023)
  • Author(s): Pan Y, Suzuki T, Sakai K, Hirano Y, Ikeda H, Hattori A, Dohmae N, Nishio K, Kakeya H.
  • Journal Title: European Journal of Pharmacology Volume: 960 Pages: 176156
  • DOI: 10.1016/j.ejphar.2023.176156
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] A small molecule iCDM-34 identified by in silico screening suppresses HBV DNA through activation of aryl hydrocarbon receptor (2023)
  • Author(s): Furutani Y, Hirano Y, Toguchi M, Higuchi S, Qin XY, Yanaka K, Sato-Shiozaki Y, Takahashi N, Sakai M, Kongpracha P, Suzuki T, Dohmae N, Kukimoto-Niino M, Shirouzu M, Nagamori S, Suzuki H, Kobayashi K, Masaki T, Koyama H, Sekiba K, Otsuka M, Koike K, Kohara M, Kojima S, Kakeya H, Matsuura T.
  • Journal Title: Cell Death Discovery Volume: 9 Pages: 467
  • DOI: 10.1038/s41420-023-01755-w
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Simultaneous separation and identification of all structural isomers and enantiomers of aminobutyric acid using a highly sensitive chiral resolution labeling reagent (2023)
  • Author(s): Ozaki M, Shimotsuma M, Kuranaga T, Kakeya H, Hirose T.
  • Journal Title: Analytical Methods Volume: 15 Pages: 6648-6655
  • DOI: 10.1039/d3ay01665j
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Establishment of an MR1 Presentation Reporter Screening System and Identification of Phenylpropanoid Derivatives as MR1 Ligands (2023)
  • Author(s): Matsuoka T, Hattori A, Oishi S, Araki M, Ma B, Fujii T, Arichi N, Okuno Y, Kakeya H, Yamasaki S, Ohno H, Inuki S.
  • Journal Title: Journal of Medicinal Chemistry Volume: 66 Pages: 12520-12535
  • DOI: 10.1021/acs.jmedchem.3c01122
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Separation and Identification of Isoleucine Enantiomers and Diastereomers Using an Original Chiral Resolution Labeling Reagent (2023)
  • Author(s): Ozaki M, Shimotsuma M, Kuranaga T, Kakeya H, Hirose T.
  • Journal Title: Chemical and Pharmaceutical Bulletin Volume: 71 Pages: 824-831
  • DOI: 10.1248/cpb.c23-00439
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Variational autoencoder-based chemical latent space for large molecular structures with 3D complexity (2023)
  • Author(s): Ochiai T, Inukai T, Akiyama M, Furui K, Ohue M, Matsumori N, Inuki S, Uesugi M, Sunazuka T, Kikuchi K, Kakeya H, Sakakibara Y.
  • Journal Title: Communications Chemistry Volume: 6 Pages: 249
  • DOI: 10.1038/s42004-023-01054-6
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Argenteolides A and B, Glycosylated Polyketide-Peptide Hybrid Macrolides from an Actinomycete Streptomyces argenteolus (2023)
  • Author(s): Z. Liu, Y. Yashiroda, P. Sun, H. Ma, Y. Wang, L. Li, F. Yan, Y. Sun
  • Journal Title: Org. Lett. Volume: 25 Pages: 571-575
  • DOI: 10.1021/acs.orglett.2c03290
  • Peer Reviewed / Int'l Joint Research
• [Journal Article] Overexpression profiling reveals cellular requirements in the context of genetic backgrounds and environments (2023)
  • Author(s): N. Saeki, C. Yamamoto, Y. Eguchi, T. Sekito, S. Shigenobu, M. Yoshimura, Y. Yashiroda, C. Boone, H. Moriya
  • Journal Title: PLoS Genet. Volume: 19 Pages: e1010732
  • DOI: 10.1371/journal.pgen.1010732
  • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
• [Presentation] 化学遺伝学評価系に基づく化合物潜在空間の生物活性検証と作用機序解明 (2024)
  • Author(s): 吉田 稔
  • Organizer: 日本化学会第104春季年会併催シンポジウム「化学と情報科学との協働による潜在空間分子設計への挑戦」
  • Invited
• [Presentation] 抗がん活性ジテルペン配糖体はリン酸化依存的な天然変性蛋白質間相互作用を安定化する (2024)
  • Author(s): 荻野 菜々美、室井 誠、長田 裕之、松本 健、吉田 稔、喜井 勲、大神田 淳子
  • Organizer: 日本化学会第104春季年会
• [Presentation] ジャスモン酸主要転写因子MYC に対する低分子阻害剤の探索と植物ホルモン間クロストークの人工制御 (2024)
  • Author(s): 劉 瑞_、李 奇、三野 光識、出井 晶子、吉田 稔、上田 実、高岡 洋輔
  • Organizer: 日本化学会第104春季年会
• [Presentation] 別府輝彦先生の至言と微生物ケミカルバイオロジー (2024)
  • Author(s): 吉田 稔
  • Organizer: 日本農芸化学会2024年度大会
  • Invited
• [Presentation] 分裂酵母Schizosaccharomyces pombeにおいてペンタデカン酸が誘導する脂肪毒性 (2024)
  • Author(s): 星川 陽次郎、代田 夏帆、松山 晃久、木村 聡、LI Sheena、八代田 陽子、BOONE Charles、津川 裕司、有田 誠、吉田 稔、西村 慎一
  • Organizer: 日本農芸化学会2024年度大会
• [Presentation] Girolline is a sequence context-specific modulator of eIF5A activity (2024)
  • Author(s): Tilman Schneider-Poetsch, Yongjun Dang, Mayumi Arata, Yuichi Shichino, Ali Al Mourabit, Celine Morrow, Daniel Romo, Jun O. Liu, Shintaro Iwasaki, Minoru Yoshida
  • Organizer: 日本農芸化学会2024年度大会
• [Presentation] A mitochondrial membrane bound O-acyltransferase is involved in the biosynthesis of Nitrogen Signaling Factors (NSFs) in Schizosaccharomyces pombe (2024)
  • Author(s): KANRIN RI, Yoko Yashiroda, Go Hirai, Masaya Usui, Minoru Yoshida
  • Organizer: 日本農芸化学会2024年度大会
• [Presentation] グルタチオンは分裂酵母の栄養制御に関わる細胞間コミュニケーション分子である (2024)
  • Author(s): 吉住 僚太朗、三浦 俊一、松山 晃久、八代田 陽子、吉田 稔、西村 慎一
  • Organizer: 日本農芸化学会2024年度大会
• [Presentation] 酵母から哺乳類まで寿命を延ばす細菌 (2024)
  • Author(s): 伊藤 孝、吉田 稔
  • Organizer: 日本農芸化学会2024年度大会
• [Presentation] ホスホフルクトキナーゼ-1阻害剤トリプトリナミドの高活性異性体の絶対配置同定 (2024)
  • Author(s): 懸樋 涼、小林 大貴、西村 はる奈、矢島 辰雄、吉田 稔、長岡 康夫、住吉 孝明
  • Organizer: 日本薬学会144年会
• [Presentation] 細胞膜透過性向上を志向したヒドロキサム酸構造を有するpyrilamine型HDAC6阻害剤の探索合成 (2024)
  • Author(s): 天野 日菜子、平中 誠弥、式田 亮史、中田 明子、新 真由美、伊藤 孝、伊藤 昭博、吉田 稔、布村 一人、井手 聡一郎、長岡 康夫、住吉 孝明
  • Organizer: 日本薬学会144年会
• [Presentation] 高感度光学分割ラベル化剤L-FDVDAを用いた生体試料・食品からのアミノ酪酸の高感度分析法の確立 (2024)
  • Author(s): 尾崎 誠, 下間志士, 倉永健史, 掛谷秀昭, 廣瀬恒久
  • Organizer: 第15回Japan Bioanalysis Forum (JBF) シンポジウム
• [Presentation] Natural products-inspired chemical biology-Development of a novel asparagine synthetase inhibitor for cancer chemotherapy- (2024)
  • Author(s): Kakeya, H
  • Organizer: Asian Chemical Biology Initiative (ACBI) 2024 Istanbul Meeting
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 天然物創薬ケミカルバイオロジーを基盤とした分子標的抗がん剤開発研究 (2024)
  • Author(s): 掛谷秀昭
  • Organizer: がん治療のイノベーションに向けて
  • Invited
• [Presentation] 新規がん幹細胞スフェア形成阻害剤ストレプトスフェリンAの全合成研究 (2024)
  • Author(s): 周防大樹, 倉永健史, 吉田沙綾, 池田拓慧, 柴崎守弘, 掛谷秀昭
  • Organizer: 日本薬学会第144年会
• [Presentation] 新規アノイキス誘導剤アモキセタミドAの完全構造決定及び全合成研究 (2024)
  • Author(s): 徳田天成, 倉永健史, 箕手万由里, 池田拓慧, 潘承謙, 掛谷秀昭
  • Organizer: 日本薬学会第144年会
• [Presentation] 新規抗真菌剤アムフィオールの全合成研究 (2024)
  • Author(s): 説田武尚, 倉永健史, 堤凌太郎, 掛谷秀昭
  • Organizer: 日本薬学会第144年会
• [Presentation] 新規がん幹細胞スフェア形成阻害剤ストレプトスフェリンAの単離・構造解析 (2024)
  • Author(s): 池田拓慧, 柴崎守弘, 巻田彩季, 船山佳代, 周防大樹, 吉田沙綾, 倉永健史, 新藤一敏, 降旗一夫, 井本正哉, 掛谷秀昭
  • Organizer: 日本薬学会第144年会
• [Presentation] ヒストンメチル化酵素G9aの阻害剤による体細胞クローン法の改善 (2023)
  • Author(s): 的場章悟、四方大樹、黒滝陽子、白井文幸、山田祐子、 渡邉奈緒美、伊藤昭博、眞貝洋一、佐々木えりか、吉田稔、小倉 淳郎
  • Organizer: 第70回日本実験動物学会
• [Presentation] 14-3-3が介在するたんぱく質間相互作用はmRNA翻訳抑制を調節する (2023)
  • Author(s): 大神田 淳子、荻野 菜々美、増田 遼馬、伊賀上 祥汰、室井 誠、長田 裕之、松本 健、吉田 稔、喜井 勲
  • Organizer: 日本ケミカルバイオロジー学会 第17回年会
• [Presentation] Development of new host-vector systems in fission yeast (2023)
  • Author(s): Matsuyama Akihisa, Hashimoto Atsushi, Nishimura Shinichi, Boone M Charles, Yoshida Minoru
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] ASP2397 and synthetic analogues induce abnormal acceleration of retrograde pathway in the endosome. (2023)
  • Author(s): Hiratsuka, T., Hashizume, Y., Chibana, H., Umeyama, T., Nishimura, S., & Yoshida, M.
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Exogenous pentadecanoic acid perturbs the membrane lipid profile to generate the giant endoplasmic reticulum sheet (2023)
  • Author(s): Hoshikawa, Y., Matsuyama, A., Li, S., Yashiroda, Y., Boone, C., Tsugawa, H., Arita, M., Yoshida, M., & Nishimura, S.
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Activation of Cdc42 and accumulation of Bgs proteins at growing tips by theonellamides, marine-derived antifungals. (2023)
  • Author(s): Nishimura, S., Nakao, K., Suganaga, A., Hiratsuka, T., Yashiroda, Y., Matsuyama, A., & Yoshida, M.
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] How do S. pombe cells produce and perceive the cell-cell communication molecules Nitrogen Signaling Factors (NSFs)? (2023)
  • Author(s): Yashiroda, Y., Li, H., Hirai, G., Usui, M., Ohsawa, S., Nishimura, S., & Yoshida, M.
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Genome-wide screen identifies glutathione as a putative communication molecule in Schizosaccharomyces pombe (2023)
  • Author(s): Yoshizumi, R., Miura, S., Matsuyama, A., Yashiroda, Y., Yoshida, M., & Nishimura, S.
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Construction of a collection of Schizosaccharomyces pombe heterozygous deletion mutants of essential genes for precise target identification of bioactive compounds (2023)
  • Author(s): Pham Lien Thi Kim, Yashiroda Yoko, Matsuyama Akihisa, Yoshimura Mami, Yoshida Minoru, Boone Charles M.
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Cell-to-cell communication controls metabolic preference (2023)
  • Author(s): Ohsawa S, Hirai G., Yashiroda Y , Yoshida M, B_hler, M
  • Organizer: The 11th International Fission Yeast Meeting (Pombe2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] がん抑制遺伝子と合成致死の関係にある候補遺伝子群の同定 (2023)
  • Author(s): 松本 健、吉田 稔
  • Organizer: 第27回がん分子標的治療学会学術集会
• [Presentation] 抗がん剤創製を目指したヒストンメチル化酵素 G9a 阻害剤の開発 (2023)
  • Author(s): 伊藤 昭博、吉田 稔
  • Organizer: 第27回がん分子標的治療学会学術集会
• [Presentation] Elucidation of molecular mechanism underlying the antagonistic roles of class I and II RPD3-like histone deacetylases in response to environmental stresses (2023)
  • Author(s): Ueda Minoru, Ito Akihiro, Suzuki Takehiro,Takahashi Satoshi, Tanaka Maho, Ishida Junko, Dohmae Naoshi, Yoshida Minoru, Seki Motoaki
  • Organizer: The 33rd International Conference on Arabidopsis Research (ICAR2023)
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] ケミカルゲノミクスによる創薬標的研究 (2023)
  • Author(s): 吉田 稔
  • Organizer: 理研‐早稲田シンポジウム2023 ~化学と微生物の接点~
  • Invited
• [Presentation] Lactate inhibits glycolysis and attenuates mitochondrial disease (2023)
  • Author(s): 伊藤孝、西村はる菜、Nurmila Sari、小林大貴、吉田稔
  • Organizer: 理研‐早稲田シンポジウム2023 ~化学と微生物の接点~
• [Presentation] 遺伝性疾患治療を目指したケミカルバイオロジーによるエピゲノム及び代謝リモデリングの制御 (2023)
  • Author(s): 吉田 稔、伊藤 昭博
  • Organizer: 第23回日本蛋白質科学会年会
  • Invited
• [Presentation] 解糖系酵素PFK1新規阻害剤TLAMはSAMP8マウスの空間認知記憶改善に寄与する (2023)
  • Author(s): 伊藤 孝、西村 はる菜、川村りか 、吉田 稔
  • Organizer: 第38回老化促進モデルマウス（SAM）学会学術大会
• [Presentation] Girolline is a context-specific modulator of eIF5A (2023)
  • Author(s): Tilman Schneider-Poetsch, Mayumi Arata, Yuichi Shichino, Shintaro Iwasaki, Minoru Yoshida
  • Organizer: EMBL Protein synthesis and translational control
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Early origin of synchronization between chloroplast translation and cytosolic mRNA abundance in plants (2023)
  • Author(s): Kawamoto Naohiro, Fujita Tomoya, Wakigawa Taisei, Kurihara Yukio, Hirose Yuu, Hirayama Takashi, Toh Hirotaka, Hashimoto Atsushi, Matsuura-Suzuki Eriko, Yoshida Minoru, Matsui Minami, Iwasaki Shintaro
  • Organizer: 第24回日本RNA学会年会
• [Presentation] Mode-of-action analysis of inhibitors targeting ergosterol biosynthesis using yeast chemical genomics (2023)
  • Author(s): Yoko Yashiroda, Mami Yoshimura, Masaya Usui, Hiromi Kimura, Luis Alberto Vega Isuhuaylas, Lien Thi Kim Pham, Takashi Niwa, Ikko Takahashi, Takamitsu Hosoya, Laurean Ilies, Minoru Yoshida, Charles Boone
  • Organizer: 2023 Cold Spring Harbor Asia Conference Matsue "YEAST AND LIFE SCIENCES"
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] Identification of potential therapeutic lead compounds targeting serine-palmitoyltransferase (2023)
  • Author(s): Lien Thi Kim Pham, Mami Yoshimura, Yoko Yashiroda, Sheena Li, Matej Usaj, J. Rafael Montenegro Burke, Minoru Yoshida, Charles Boone
  • Organizer: 2023 Cold Spring Harbor Asia Conference Matsue "YEAST AND LIFE SCIENCES"
  • Int'l Joint Research
• [Presentation] 乳酸がミトコンドリア病様症状を改善する作用機序の解析 (2023)
  • Author(s): 伊藤 孝、西村 はる菜、Nurmila Sari、吉田 稔
  • Organizer: 第22回日本ミトコンドリア学会年会
• [Presentation] 細胞内のウイルス由来プロテアーゼの活性を測定する新規評価法の開発 (2023)
  • Author(s): 小川健司、市川保恵、五島可祥、吉田稔、小熊圭祐
  • Organizer: 第14回スクリーニング学研究会
• [Presentation] 猫コロナウイルス感染阻害薬の高速スクリーニング系の構築 (2023)
  • Author(s): 小熊圭祐、小川健司、市川保恵、吉田稔
  • Organizer: 第14回スクリーニング学研究会
• [Presentation] タンパク質間相互作用スクリーニング系における HTRF と Alpha 技術で取得した化 合物の比較 (2023)
  • Author(s): 三野光識、貝塚利恵、伊原健太郎、宮井智浩、出井晶子、吉田稔
  • Organizer: 第14回スクリーニング学研究会
• [Presentation] データ駆動創薬に向けたオントロジー指向アッセイデータベースの構築と活用 (2023)
  • Author(s): 松岡 聖二、出井 晶子、吉田 稔
  • Organizer: 第14回スクリーニング学研究会
• [Presentation] 分裂酵母の細胞間コミュニケーション分子の組織的探索 (2023)
  • Author(s): 吉住 僚太朗、三浦 俊一、松山 晃久、八代田 陽子、吉田 稔、西村 慎一
  • Organizer: 日本微生物生態学会 第36回浜松大会
• [Presentation] リジン_鎖アシル化修飾を介した転写因子TEADの活性制御 (2023)
  • Author(s): 則次 恒太、鈴木 健裕、市川 保恵、小川 健司、堂前 直、吉田 稔、 伊藤 昭博
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] モミラクトンBによる動物細胞の増殖抑制に関わる遺伝子の同定 (2023)
  • Author(s): 松本 健、黒川 留美、高瀬 恵、岡田 憲典、吉田 稔
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ドーパミンアシル化酵素としてのPLAATの機能解析 (2023)
  • Author(s): 前田 萌羽、前本 佑樹、_木 元秀、廣田 瑛紀、宇山 徹、平島 真一、梅村 知也、上田 夏生、吉田 稔、伊藤 昭博
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] ヒストンメチル化酵素SETDB1の阻害剤探索 (2023)
  • Author(s): 加藤 孝大、前本 佑樹、_原 いく、園田 健、出井 晶子、_田 裕之、眞貝 洋一、吉田 稔、伊藤 昭博
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] GAS41のYEATSドメインを用いた蛍光プローブの開発 (2023)
  • Author(s): 佐々木 和樹、高瀬 翔平、菊地 正樹、梅原 崇史、伊藤 昭博、 吉田 稔
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] Wild-type mtDNA-driven budding of a zygote upon glucose deprivation alleviates the replicative advantage of deleted mtDNA in budding yeast (2023)
  • Author(s): Wenjuan ZHU、Minoru YOSHIDA、Feng LING
  • Organizer: 第46回日本分子生物学会年会
• [Presentation] eIF5A2 はミトコンドリアを活性化することで細胞増殖を促進する (2023)
  • Author(s): 鈴木 雅斗, 米野 雅大, 鈴木 健裕,, 真中 瞳, 多森 翔馬, 佐藤 聡, 秋本 和憲, 堂前 直, 松本 健, 吉田 稔, 柏木 敬子, 五十嵐 一衛, 東 恭平
  • Organizer: 日本ポリミアン学会 第14回年会
• [Presentation] Identification of bisabosqual A as an asparagine synthetase (ASNS) inhibitor towards the development of molecular-targeted anticancer drug (2023)
  • Author(s): Pan, Y., Suzuki, T., Sakai, K., Hirano, Y., Ikeda, H., Hattori, A., Dohmae, N., Nishio, K., Kakeya, H.
  • Organizer: The 17th Annual Meeting of Japanese Society for Chemical Biology
• [Presentation] MR1の細胞表面量を指標とするリガンドスクリーニング法の開発とMAIT細胞モジュレーターの同定 (2023)
  • Author(s): 松岡拓朗, 服部 明, 大石真也, 有地法人, 掛谷秀昭, 山崎 晶, 大野浩章, 井貫晋輔
  • Organizer: 日本ケミカルバイオロジー学会 第17回年会
• [Presentation] Development of an innovative anticancer drug TBP1901, an injectable prodrug of curcumin. 2023 NSFC*1-JSPS-CAS*2 Forum: Translational Medicine and Innovative Drug Research (2023)
  • Author(s): Kakeya, H.
  • Organizer: *1 Natural Science Foundation of China, *2 Chinese Academy of Science [keynote lecture]
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] シンポジウム1・「標的を射抜け！（低分子・中分子・抗体）」―天然物創薬：アスパラギン合成酵素を射抜く (2023)
  • Author(s): 掛谷秀昭
  • Organizer: 第27回日本がん分子標的治療学会学術集会
  • Invited
• [Presentation] 天然物創薬ケミカルバイオロジーの最前線：産学連携による医薬品の実用化に向けて (2023)
  • Author(s): 掛谷秀昭
  • Organizer: 健都イノベーションパーク交流セミナー
  • Invited
• [Presentation] がん幹細胞を標的とした抗がん剤シーズの開発研究 (2023)
  • Author(s): 児玉 開, 池田拓慧, 柴崎守弘, 川見美里, 井本正哉, 掛谷秀昭
  • Organizer: 第33回新薬創製談話会
• [Presentation] 中分子ペプチド創薬を志向した新規ペプチド合成法の開発 (2023)
  • Author(s): 小山 愛, 倉永健史, 森本涼太, 松元拓海, 掛谷秀昭
  • Organizer: 第33回新薬創製談話会
• [Presentation] 「ケミカルバイオロジーを機軸とした分子プロファイリング」 (2023)
  • Author(s): 掛谷秀昭
  • Organizer: 2023年度若手支援技術講習会
  • Invited
• [Presentation] エピメリ化を抑制するペプチドC末端修飾法と中分子環状ペプチド合成への応用 (2023)
  • Author(s): 小山 愛, 倉永健史, 森本涼太, 松元拓海, 掛谷秀昭
  • Organizer: 第65回天然有機化合物討論会
• [Presentation] 細胞表面のMR1存在量に基づくリガンドスクリーニング法の開発とMAIT細胞制御分子の同定 (2023)
  • Author(s): 松岡拓朗, 服部 明, 大石真也, 荒木望嗣, 有地法人, 掛谷秀昭, 山崎 晶, 大野浩章, 井貫晋輔
  • Organizer: 第65回天然有機化合物討論会
• [Presentation] A small chemical compound iCDM-34 identified by an in silico screening suppresses HBV DNA through activation of aryl hydrocarbon receptor (2023)
  • Author(s): Yanaka, K., Hirano, Y., Qiun, X.Y., Suzuki, H., Kakeya, H., Matsuura, T., Furutani, Y.
  • Organizer: 2023 Interbational HBV Meeting
• [Presentation] 高感度光学分割ラベル化剤D-FDLDAを用いた食品中のDL-アミノ酸分析 (2023)
  • Author(s): 廣瀬恒久, 尾崎 誠, 中出友美, 下間志士, 倉永健史, 掛谷秀昭
  • Organizer: 日本アミノ酸学会第17回学術大会 (JSAA2023)
• [Presentation] 高感度光学分割ラベル化剤L-FDVDAを用いた全アミノ酪酸一斉分析法の確立 (2023)
  • Author(s): 尾崎 誠, 下間志士, 倉永健史, 掛谷秀昭, 廣瀬恒久
  • Organizer: 日本アミノ酸学会第17回学術大会 (JSAA2023)
• [Presentation] 光学分割ラベル化剤L-FDVDAを用いたペプチド中のThrとIleの立体異性体の同定 (2023)
  • Author(s): 中出友美, 尾崎 誠, 下間志士, 倉永健史, 掛谷秀昭, 廣瀬恒久
  • Organizer: 日本アミノ酸学会第17回学術大会 (JSAA2023)
• [Presentation] 天然物ケミカルバイオロジーを基盤とした創発医薬科学研究 (2023)
  • Author(s): 掛谷秀昭
  • Organizer: 第9回薬学の未来を考える京都シンポジウム：創発医薬科学専攻開学記念シンポジウム
  • Invited
• [Presentation] Acyl sulfonamide-mediated amidation and its application to the synthesis of middle molecular natural peptidic molecules (2023)
  • Author(s): Koyama, A., Kuranaga, T., Morimoto, R., Matsumoto, T., Kakeya, H.
  • Organizer: The 60th Japanese Peptide Symposium
• [Presentation] Design, synthesis, and application of highly sensitive labeling reagent for amino acids (2023)
  • Author(s): Kuranaga, T., Morimoto, R., Pan, C., Ogawa, H., Kakeya, H.
  • Organizer: The 60th Japanese Peptide Symposium
• [Presentation] Identification of DL-amino acids containing threonine and isoleucine stereoisomers in peptides using an original chiral resolution labeling reagent (2023)
  • Author(s): Ozaki, M., Shimotsuma, M., Kuranaga, T., Kakeya, H., Hirose, T.
  • Organizer: The 60th Japanese Peptide Symposium
• [Presentation] 天然物創薬ケミカルバイオロジー：新規アミノ酸・ペプチド分析法の開発と応用 (2023)
  • Author(s): 掛谷秀昭
  • Organizer: 第13回新アミノ酸分析研究会
  • Invited
• [Presentation] 高感度光学分割ラベル化剤D-FDLDAを用いた発酵食品中のDL-アミノ酸分析 (2023)
  • Author(s): 廣瀬恒久, 尾崎 誠, 中出友美, 下間志士, 池田明夏里, 倉永健史, 掛谷秀昭
  • Organizer: 第13回新アミノ酸分析研究会
• [Presentation] 高感度光学分割ラベル化剤L-FDVDAを用いたアミノ酪酸の構造異性体と光学異性体の一斉分析. 一斉分析法の確立 (2023)
  • Author(s): 尾崎 誠, 下間志士, 倉永健史, 掛谷秀昭, 廣瀬恒久
  • Organizer: 第13回新アミノ酸分析研究会
• [Presentation] Natural products-inspired chemical biology-Development of highly sensitive labeling reagents (2023)
  • Author(s): Kakeya, H
  • Organizer: Asian Chemical Biology Initiative (ACBI) 2023 Kuala Lumpur Meeting
  • Int'l Joint Research / Invited
• [Presentation] 思いがけず見出された脂肪酸の機能～分裂酵母の細胞間コミュニケーション～ (2023)
  • Author(s): 八代田陽子
  • Organizer: 大隅基礎科学創成財団 第6期 第7回創発セミナー
  • Invited
• [Presentation] 創薬スクリーニングの過去と未来 (2023)
  • Author(s): 出井晶子
  • Organizer: 公開第3回DMP創薬セミナー
• [Presentation] 化学遺伝学評価系に基づく化合物潜在空間の生物活性検証と作用機序解明 (2023)
  • Author(s): 吉田稔、掛谷秀昭、八代田陽子、出井晶子
  • Organizer: CBI学会スポンサードシンポジウム
• [Book] 創薬リード探索へのケモインフォマティクスの応用. （分担執筆） ケモインフォマティクスにおけるデータ収集の最適化と解析方法 ～組成予測や化学構造の生成・合成経路探索や反応条件最適化・毒性評価～ (2023)
  • Author(s): 掛谷秀昭
  • Total Pages: 8
  • Publisher: 技術情報協会
  • ISBN: 978-4-86104-944-6
• [Book] 新講座・天然物化学① 「天然有機化合物と”くすり”」 (2023)
  • Author(s): 掛谷秀昭
  • Total Pages: 4
  • Publisher: 日本化学会「化学と教育」
  • ISBN: 978-4-86104-944-6
• [Remarks] 脂肪酸合成を阻害する新たな抗真菌化合物の発見－世界的脅威である真菌感染症の新しい治療薬として期待－
  • URL: https://www.riken.jp/press/2023/20230711_1/index.html
• [Patent(Industrial Property Rights)] 新規ピラゾール誘導体及びその用途 (2023)
  • Inventor(s): 風見純一、清宮啓之、吉田稔、八代田陽子
  • Industrial Property Rights Holder: 風見純一、清宮啓之、吉田稔、八代田陽子
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Industrial Property Number: PCT/JP2023/28365
  • Overseas
• [Patent(Industrial Property Rights)] Compounds as antifungal agents, derivatives thereof and novel compounds (2023)
  • Inventor(s): 大矢禎一、、、八代田陽子、、、山中大輔
  • Industrial Property Rights Holder: 大矢禎一、、、八代田陽子、、、山中大輔
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Industrial Property Number: 63/578668
  • Overseas
• [Patent(Industrial Property Rights)] コロナウイルス感染症を処置することに用いられる抗体 (2023)
  • Inventor(s): 齊藤隆、、、出井晶子、、、北川善紀
  • Industrial Property Rights Holder: 齊藤隆、、、出井晶子、、、北川善紀
  • Industrial Property Rights Type: 特許
  • Industrial Property Number: PCT/JP2023/014855
  • Overseas