2015 Fiscal Year Annual Research Report
精神疾患患者死後脳における神経細胞ゲノム動態の解析
| Project Area | Unraveling micro-endophenotypes of psychiatric disorders at the molecular, cellular and circuit levels. |
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| Project/Area Number |
24116009
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| Research Institution | The University of Tokyo |
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Principal Investigator |
岩本 和也 熊本大学, 大学院生命科学研究部(医), 教授 (40342753)
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| Project Period (FY) |
2012-06-28 – 2017-03-31
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| Keywords | 統合失調症 / 体細胞変異 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
本年度の実績として、複数のヒト死後臓器（肝臓、前頭葉皮質、小脳、前頭葉神経細胞、前頭葉非神経細胞）から抽出したゲノムDNAで行ったX100以上の深度の全ゲノム解析データを用いて、一塩基変異を対象とした体細胞変異の検出を行った。得られたシークエンスデータの品質管理後、体細胞変異検出アルゴリズムであるMutectおよびStrelkaを用いて候補体細胞変異の検出を行った。まず、前頭葉皮質と小脳全ゲノムデータを用い、シークエンスデータの品質管理条件と解析アルゴリズムのパラメーターを複数点設定し、体細胞候補の変異を様々に得た。これらについて一括して独立した検証実験を、MiSeqを用いたアンプリコンシークエンシング法、および、パイロシークエンシング法を用いて行った。その結果、パイロシークエンシング法による確認はもともとアレル割合の高い候補でのみ追試できたが、MiSeqによるアンプリコンシークエンシング法はアレル割合の低い候補も含めて良好に追試できた。追試実験の結果、最も偽陽性・偽陰性の少ない品質管理条件および解析パラメーターの設定を行った。また確立した解析手法を前頭葉神経細胞・前頭葉非神経細胞肝臓試料のシークエンスデータに適用し、それぞれの試料で体細胞変異の候補を同定した。
エピゲノム解析については、微量ゲノムDNAを用いた増幅法により、プロモーター領域に特化したDNAメチル化解析法の条件設定を行った。
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| Current Status of Research Progress |
Current Status of Research Progress
2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.
Reason
脳組織における体細胞変異の同定と追試、解析パイプラインの構築に成功した。
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| Strategy for Future Research Activity |
本年度の解析により確立した次世代シークエンスデータからの体細胞変異検出パイプラインを、患者試料のゲノムデータに適用し体細胞変異の有無と疾患との関連の検討を行う。エピゲノム解析を患者試料で行う。領域内連係によりモデル動物のトランスポゾンコピー数の計測を行う。
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