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2016 Fiscal Year Annual Research Report

Actin structural polymorphism machinery that orchestrates amoeba motility

Planned Research

Project AreaHarmonized supramolecular machinery for motility and its diversity
Project/Area Number 24117008
Research InstitutionWaseda University

Principal Investigator

上田 太郎  早稲田大学, 理工学術院, 教授 (90356551)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 徳樂 清孝  室蘭工業大学, 工学研究科, 准教授 (00332106)
長崎 晃  国立研究開発法人産業技術総合研究所, バイオメディカル研究部門, 主任研究員 (30392640)
野口 太郎  都城工業高等専門学校, 物質工学科, 講師 (90615866)
Project Period (FY) 2012-06-28 – 2017-03-31
Keywordsアロステリー / アクチン / ミオシン / コフィリン / 高速AFM / 協同的構造変化
Outline of Annual Research Achievements

昨年度までに、ATP存在下のS1(ミオシンIIのモータードメイン)とアクチンフィラメントの結合は一過的でありながら、コフィリンの結合を強く阻害することから、S1+ATPによるアクチンフィラメントの構造変化の強い協同性が示唆されていた。本年度は、詳細な高速AFM観察を行ったところ、半分強の部分において、フィラメントの半らせんピッチが8%伸びることが分かったが、ADPやATPgS存在下では、半らせんピッチは全く伸びなかった。このことから、ATP加水分解サイクルを回っているS1のみがアクチンフィラメントの構造変化を起こすことが示された。興味深いことに、筋肉由来のトロポミオシン存在下では、S1+ATPはコフィリン結合を強く阻害したものの、らせんピッチの伸長は起きなかった。この結果は、収縮中の筋肉でアクチンフィラメントのらせんピッチの変化が観察されていないことと符合し、らせんピッチの変化はアクチンフィラメントの機能制御にとって必須ではなく付随的な現象であることを示唆する。
平行してRng2とよばれる細胞質分裂に係わるタンパク質のアクチン結合ドメイン(Rng2-CHD)の解析を進めたところ、フィラメント中のアクチンプロトマー14分子にRng2-CHDが1分子しか結合していない状態で、高速non-processiveモーターであるミオシンIIによる運動が50%阻害された。しかしprocessiveモーターであるミオシンVの運動は全く阻害されなかった。他方、蛍光顕微鏡観察から、低濃度ATP存在下のミオシンIIはアクチンフィラメントに協同的に結合してクラスターを形成し、かつ、クラスターがフィラメントの一方向に伸長することがわかった。これらの結果は、アクチンフィラメントの一方向的な協同的構造変化が、高速non-processiveミオシンの運動には必要であることを示唆する。今後は、こうした協同的構造変化の機能は調節的なものなのか、力発生そのものに関与するのかを明らかにしたい。

Research Progress Status

28年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

28年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (33 results)

All 2017 2016 Other

All Journal Article (5 results) (of which Int'l Joint Research: 1 results,  Peer Reviewed: 5 results,  Open Access: 4 results,  Acknowledgement Compliant: 2 results) Presentation (26 results) (of which Int'l Joint Research: 7 results,  Invited: 2 results) Book (1 results) Remarks (1 results)

  • [Journal Article] Elongated Nanoparticle Aggregates in Cancer Cells for Mechanical Destruction with Low Frequency Rotating Magnetic Field.2017

    • Author(s)
      Shen Y, Wu C, Uyeda TQP, Plaza GR, Liu B, Han Y, Lesniak MS, Cheng Y
    • Journal Title

      Theranostics

      Volume: 7 Pages: 1735-1748

    • DOI

      10.7150/thno.18352

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Quantitative measurements of intercellular adhesion between a macrophage and cancer cells using a cup-attached AFM chip.2017

    • Author(s)
      Kim H, Yamagishi A, Imaizumi M, Onomura Y, Nagasaki A, Miyagi Y, Okada Y, Nakamura C.
    • Journal Title

      Colloids Surf B Biointerfaces

      Volume: 155 Pages: 366-372

    • DOI

      10.1016/j.colsurfb.2017.04.039

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Mutually exclusive cooperative binding of myosin and cofilin to actin filaments involves cooperative conformational changes of actin.2016

    • Author(s)
      Ngo KX, Umeki N, Kijima ST, Kodera N, Ueno H, Furutani-Umezu N, Nakajima J, Noguchi TQP, Nagasaki A, Tokuraku K, Uyeda TQP
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 6 Pages: 35449

    • DOI

      10.1038/srep35449

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Utilization of paramagnetic relaxation enhancements for structural analysis of actin-binding proteins in complex with actin.2016

    • Author(s)
      Huang S, Umemoto R, Tamura Y, Kofuku Y, Uyeda TQP, Nishida N, Shimada I
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 6 Pages: 33690

    • DOI

      10.1038/srep33690

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Actin binding domain of filamin distinguishes posterior from anterior actin filaments in migrating Dictyostelium cells.2016

    • Author(s)
      Shibata K, Nagasaki A, Adachi H, Uyeda TQP
    • Journal Title

      Biophysics and Physicobiology

      Volume: 13 Pages: 321-331

    • DOI

      10.2142/biophysico.13.0_321

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Presentation] Fluctuation of rhodamine-phalloidin fluorescence along actin filaments.2017

    • Author(s)
      Taro Uyeda, Saku Kijima, Takahiro Suzuki
    • Organizer
      日本生物物理学会第54回年会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      2017-11-27
  • [Presentation] How do multiple actin isoforms form filaments in living plant cells?2017

    • Author(s)
      Saku T. Kijima, Taro Q.P. Uyeda, Christopher J. Staiger
    • Organizer
      ASPB Midwest Section 2017 Meeting
    • Place of Presentation
      West Lafayette, USA
    • Year and Date
      2017-02-14
  • [Presentation] TIMING OF PHOSPHATE RELEASE IN THE ROTARY MOTOR THERMOPHILIC F1.2017

    • Author(s)
      Kengo Adachi, Kazuhiro Oiwa, Masasuke Yoshida, Taro Q.P. Uyeda, Kazuhiko Kinosita, Jr.
    • Organizer
      Biophysical Society 61st Annual Meeting
    • Place of Presentation
      New Orleans, USA
    • Year and Date
      2017-02-11 – 2017-02-15
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] ADP 阻害耐性を持つ変異型 F1-ATPase による ADP 解離タイミングの決定2017

    • Author(s)
      田高裕道、小田桐拓人、足立健吾、Boris A. Feniuk、吉田賢右、上田太郎、木下一彦
    • Organizer
      生体運動研究合同班会議
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2017-01-07
  • [Presentation] 微小管結合蛋白質が関与したF-アクチン-微小管相互作用による細胞突起形成機構2017

    • Author(s)
      志賀美由貴、松井一史、齋藤翔馬、橋友理香、小谷享、徳楽清孝
    • Organizer
      生体運動研究合同班会議
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2017-01-06
  • [Presentation] 蛍光顕微鏡及び高速AFMによるアクチンフィラメントとアクチン結合タンパク質の協同的結合の経時的解析2017

    • Author(s)
      平川利佳、上野寛朗、古寺哲幸、上田太郎、徳楽清孝
    • Organizer
      生体運動研究合同班会議
    • Place of Presentation
      神戸
    • Year and Date
      2017-01-06
  • [Presentation] Long range allostery in actin filaments: implications in regulation of actin binding proteins and cell motility.2016

    • Author(s)
      Taro Uyeda
    • Organizer
      IGER International Symposium “Now in Actin Study: Motor protein research reaching a new stage”
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2016-12-13
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Piezoelectric allostery of an actin filament.2016

    • Author(s)
      Jun Ohnuki, Tkatao Sato, Hideyo Okamura, Taro Q.P. Uyeda, Mitsunori Takano
    • Organizer
      IGER International Symposium “Now in Actin Study: Motor protein research reaching a new stage”
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2016-12-13
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Distribution of actin structure in cells, revealed by intramolecular FRET.2016

    • Author(s)
      Taro Q.P. Noguchi, Mio Okazaki, Saku T. Kijima, Taro Q.P. Uyeda
    • Organizer
      IGER International Symposium “Now in Actin Study: Motor protein research reaching a new stage”
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2016-12-12
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] High speed AFM demonstration of cooperative structural changes in actin filaments induced by myosin S1 and physiological implication.2016

    • Author(s)
      Kien Xuan Ngo, Noriyuki Kodera, Toshio Ando, Taro Q.P. Uyeda.
    • Organizer
      IGER International Symposium “Now in Actin Study: Motor protein research reaching a new stage”
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2016-12-12
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Different Arabidopsis thaliana actin isoforms posses different biochemical properties.2016

    • Author(s)
      Saku T. Kijima, Sam-Geum Kong, Masamitsu Wada, Taro Q.P. Uyeda.
    • Organizer
      IGER International Symposium “Now in Actin Study: Motor protein research reaching a new stage”
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2016-12-12
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dimorphism of the side-chains of Phe352, Met355, and Trp356 in the carboxy-terminal region of Dictyostelium actin.2016

    • Author(s)
      Yuki Gomibuchi, Taro Q.P. Uyeda, Takeyuki Wakabayashi.
    • Organizer
      IGER International Symposium “Now in Actin Study: Motor protein research reaching a new stage”
    • Place of Presentation
      名古屋
    • Year and Date
      2016-12-12
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] GFPアクチン融合タンパク質におけるGFP導入位置によるアクチンフィラメント形成への影響2016

    • Author(s)
      長崎晃、貴嶋紗久、湯本天嗣 、金賢徹、今泉美玖、中村史、上田太郎
    • Organizer
      第39回日本分子生物学会年会
    • Place of Presentation
      横浜
    • Year and Date
      2016-11-30 – 2016-12-02
  • [Presentation] Regulation of cooperative interaction between myosin and F-actin by Rng2.2016

    • Author(s)
      Taiga Imai, Masak Takaine, Kentaro Nakano, Osamu Numata, Taro Q.P. Uyeda, Kiyotaka Tokuraku
    • Organizer
      日本生物物理学会第54回年会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      2016-11-27
  • [Presentation] Structural polymorphism of actin filaments: its implication in regulation of actin binding proteins and cell motility.2016

    • Author(s)
      Taro Uyeda, Kien Ngo, Taro Noguchi, Akira Nagasaki, Noriyuki Kodera, Kiyotaka Tokuraku.
    • Organizer
      日本生物物理学会第54回年会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      2016-11-27
    • Invited
  • [Presentation] Structural change of actin filaments induced by Rng2, and the resultant inhibition of actin movement on HMM.2016

    • Author(s)
      Yuki Hayakawa, Keiko Hirose, Masafumi Yamada, Kien Ngo, Noriyuki Kodera, Masak Takaine, Kentaro Nakano, Osamu Numata, Taro Uyeda.
    • Organizer
      日本生物物理学会第54回年会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      2016-11-27
  • [Presentation] Dimorphism of the side-chains of Phe352, Met355, and Trp356 in the carboxyl-terminal region of Dictyostelium actin mutants.2016

    • Author(s)
      Yuki Gomibuchi, Taro Uyeda, Takeyuki Wakabayashi
    • Organizer
      日本生物物理学会第54回年会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      2016-11-27
  • [Presentation] Piezoelectric property of actin filament III.2016

    • Author(s)
      Jun Ohnuki, Takato Sato, Hideyo Okumura, Taro Uyeda, Mitsunori Takano.
    • Organizer
      日本生物物理学会第54回年会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      2016-11-27
  • [Presentation] Determination of the proton pump activity and the H+/ATP ratio of thermophilic Bacillus PS3 FoF1-ATP synthase.2016

    • Author(s)
      Naoya Iida, Yuzo Kasuya, Naoki Soga, Toshiharu Suzuki, Taro Uyeda, Masasuke Yoshida, Kazuhiko Kinosita
    • Organizer
      日本生物物理学会第54回年会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      2016-11-26
  • [Presentation] Timing of Pi release in the rotary motor thermophilic F1 (TF1)2016

    • Author(s)
      Kengo Adachi, Kazuhiro Oiwa, Masasuke Yoshida, Taro Uyeda, Kazuhiko Kinosita, Jr.
    • Organizer
      日本生物物理学会第54回年会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      2016-11-25
  • [Presentation] Real-time observation of cooperative binding between myosin and F-actin by fluorescence microscopy and high-speed atomic force microscopy.2016

    • Author(s)
      Rika Hirakawa, Hiroaki Ueno, Noriyuki Kodera, Toshio Ando, Taro Q.P. Uyeda, Kiyotaka Tokuraku
    • Organizer
      日本生物物理学会第54回年会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      2016-11-25
  • [Presentation] High-speed AFM demonstration of cooperative structural changes in actin filaments induced by myosin S1 and physiological implication.2016

    • Author(s)
      Kien Xuan Ngo, Noriyuki Kodera, Toshio Ando, Taro Uyeda
    • Organizer
      日本生物物理学会第54回年会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      2016-11-25
  • [Presentation] Intragenic suppressor analysis of actin mutation that impairs cooperative conformational change of actin filament.2016

    • Author(s)
      Tenji Yumoto, Takehiko Yoko-o, Keiko Hirose, Taro Uyeda
    • Organizer
      日本生物物理学会第54回年会
    • Place of Presentation
      つくば
    • Year and Date
      2016-11-25
  • [Presentation] 線虫由来PTL-1(protein with tau-like repeats)による微小管重合促進とF-アクチンの結合活性2016

    • Author(s)
      松井一史、志賀美由貴、橋友理香、小谷享、徳楽清孝
    • Organizer
      日本動物学会第87回年会
    • Place of Presentation
      宜野湾
    • Year and Date
      2016-11-17 – 2016-11-19
  • [Presentation] 微小管結合蛋白質によるアクチンと微小管のクロスリンクとアクチンに沿った微小管の形成2016

    • Author(s)
      志賀美由貴、松井一史、小谷享、徳楽清孝
    • Organizer
      日本動物学会第87回年会
    • Place of Presentation
      宜野湾
    • Year and Date
      2016-11-17 – 2016-11-19
  • [Presentation] シロイヌナズナアクチンとシロイヌナズナミオシンとの間の反応特異性2016

    • Author(s)
      薩如拉, 諏訪貴大, 貴嶋紗久, 原口武士, 富永基 樹, 上田太郎, 伊藤光二
    • Organizer
      日本植物学会第80回大会
    • Place of Presentation
      宜野湾
    • Year and Date
      2016-09-16
  • [Book] Role of dynamic and cooperative conformational changes in actin filaments. In Muscle Contraction and Cell Motility (Sugi H, Ed)2017

    • Author(s)
      Taro Q.P. Uyeda
    • Total Pages
      454 (415-443)
    • Publisher
      Pan Stanford Publishing
  • [Remarks] 分子生物物理学: 上田研究室

    • URL

      http://www.qp.phys.waseda.ac.jp/index.html

URL: 

Published: 2018-01-16  

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