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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Exploring regulatory association and dissociation processes of biological molecules constituting a functional module

Planned Research

Project AreaDynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
Project/Area Number 25102003
Research InstitutionNara Institute of Science and Technology

Principal Investigator

上久保 裕生  奈良先端科学技術大学院大学, 先端科学技術研究科, 教授 (20311128)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 片岡 幹雄  一般財団法人総合科学研究機構(総合科学研究センター(総合科学研究室)及び中性子科学センター(研究開発, 中性子科学センター, サイエンスコーディネーター (30150254)
Project Period (FY) 2013-06-28 – 2018-03-31
KeywordsX線溶液散乱 / タンパク質 / 多成分平衡状態 / 相互作用解析 / μ流路 / 分子複合系
Outline of Annual Research Achievements

本研究では、タンパク質分子と細胞の中間階層に位置するタンパク質集団の動的秩序を明らかにすることを目的とし、量子ビーム溶液散乱測定法と新たに開発したμ流路デバイスを組み合わせた連続滴定X線溶液散乱測定法を考案し実用化してきた。
当該年度は、μ流路デバイスの改良を行うと同時に、昨年度から継続して行ってきた神経軸索伸長に関わるタンパク質集団の解析を進めた。これまでPDMS製のμ流路デバイスを用いてきたが、PDMSは柔らかいため高流速時の脈動や耐圧安定性に問題があった。そこで、素材をPDMSから金属に変更し、新たな金属製μ流路デバイスを作製した。この結果、耐圧性能や流速安定性を向上することに成功し、より精度の高い解析ができるようになった。これに加え、従来、1デバイスあたり10万円かかっていたコストを3万円まで下げることができ、協力企業(ユニソク社)が製品化し高エネルギー加速器研究機構放射光実験施設に納品され一般共同利用に供されるに至った。神経軸索伸長に関わるタンパク質集団(shootin1/cortactin/L1-CAM)に関しては、リン酸化調整を受けるshootin1に注目し、2つあるリン酸化部位(セリン)を失活させた変異体を系統的に作製し、リン酸化とshootin1の構造変化を比較した。これらのセリンのリン酸加速度は大きく異なり、結果としてshootin1は1つのセリンがリン酸化した状態と2つのセリンがリン酸化した状態の2つのリン酸化状態が存在することが明らかとなった。更に、両者は構造が異なり、shootin1が作用するcortactinとL1-CAMの結合が速度論的に調節を受けていることが示唆された。

Research Progress Status

平成29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

平成29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (27 results)

All 2018 2017

All Journal Article (8 results) (of which Int'l Joint Research: 3 results,  Peer Reviewed: 8 results,  Open Access: 8 results) Presentation (19 results) (of which Int'l Joint Research: 5 results,  Invited: 7 results)

  • [Journal Article] Solution scattering approaches to dynamical ordering in biomolecular systems2018

    • Author(s)
      Bernad Pau、Shimizu Nobutaka、Zaccai Giuseppe、Kamikubo Hironari、Sugiyama Masaaki
    • Journal Title

      Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - General Subjects

      Volume: 1862 Pages: 253~274

    • DOI

      10.1016/j.bbagen.2017.10.015

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Development of μ-fluidics Based Auto Sampling System Designed for Continuous Titration SAXS Experiments2018

    • Author(s)
      KAMIKUBO Hironari
    • Journal Title

      Journal of Computer Chemistry, Japan

      Volume: 17 Pages: 57~64

    • DOI

      org/10.2477/jccj.2018-0008

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Active-Site pKa Determination for Photoactive Yellow Protein Rationalizes Slow Ground-State Recovery2017

    • Author(s)
      Oktaviani Nur Alia、Pool Trijntje J.、Yoshimura Yuichi、Kamikubo Hironari、Scheek Ruud M.、Kataoka Mikio、Mulder Frans A.A.
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 112 Pages: 2109~2116

    • DOI

      org/10.1016/j.bpj.2017.04.008

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Journal Article] Aggregation Control by Multi-stimuli-Responsive Poly(N-vinylamide) Derivatives in Aqueous System2017

    • Author(s)
      Kawatani Ryo、Nishiyama Yasuhiro、Kamikubo Hironari、Kakiuchi Kiyomi、Ajiro Hiroharu
    • Journal Title

      Nanoscale Research Letters

      Volume: 12 Pages: 461

    • DOI

      10.1186/s11671-017-2221-7

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Heat-induced native dimerization prevents amyloid formation by variable domain from immunoglobulin light-chain REI2017

    • Author(s)
      Nawata Marina、Tsutsumi Hirotaka、Kobayashi Yuta、Unzai Satoru、Mine Shouhei、Nakamura Tsutomu、Uegaki Koichi、Kamikubo Hironari、Kataoka Mikio、Hamada Daizo
    • Journal Title

      The FEBS Journal

      Volume: 284 Pages: 3114~3127

    • DOI

      10.1111/febs.14181

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Neutron crystallography of photoactive yellow protein reveals unusual protonation state of Arg52 in the crystal2017

    • Author(s)
      Yonezawa Kento、Shimizu Nobutaka、Kurihara Kazuo、Yamazaki Yoichi、Kamikubo Hironari、Kataoka Mikio
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 7 Pages: 9361

    • DOI

      10.1038/s41598-017-09718-9

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Visualisation of a flexible modular structure of the ER folding-sensor enzyme UGGT2017

    • Author(s)
      Satoh Tadashi、Song Chihong、Zhu Tong、Toshimori Takayasu、Murata Kazuyoshi、Hayashi Yugo、Kamikubo Hironari、Uchihashi Takayuki、Kato Koichi
    • Journal Title

      Scientific Reports

      Volume: 7 Pages: 12142

    • DOI

      10.1038/s41598-017-12283-w

    • Peer Reviewed / Open Access
  • [Journal Article] Statistical description of the denatured structure of a single protein, staphylococcal nuclease, by FRET analysis2017

    • Author(s)
      Yamaguchi Mariko、Ohta Emi、Muto Takuya、Watanabe Takayoshi、Hohsaka Takahiro、Yamazaki Yoichi、Kamikubo Hironari、Kataoka Mikio
    • Journal Title

      Biophysical Reviews

      Volume: 10 Pages: 145~152

    • DOI

      10.1007/s12551-017-0334-y

    • Peer Reviewed / Open Access / Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structural Exploring Multi-component Equilibrium in Biological Systems by using Continuous Titration SAXS2018

    • Author(s)
      Hironari Kamikubo
    • Organizer
      The6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Multiple phosphorylation and structural alteration of shootin12018

    • Author(s)
      Shoki Nakata , Kentarou Baba, Yugo Hayashi,Yoichi Yamazaki, Naoyuki Inagaki, Hironari Kamikubo
    • Organizer
      The 6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Structure and interaction analysis of the complex molecular systems (GGA/Arf/MPR/Ub) involved in Clathrin-coated vesicles2018

    • Author(s)
      Endo Natsumi, Yugo Hayashi, Miho Shinohara, Keito Yoshida, Yoichi Yamazaki, Hironari Kamikubo
    • Organizer
      The 6th International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] 光による蛋白質分子複合系の自由エネルギーランドスケープの変調2018

    • Author(s)
      上久保 裕生
    • Organizer
      日本化学会 第98回春季年会(2018)
    • Invited
  • [Presentation] Multi-component equilibrium in biological systems explored by using continuous titration SAXS2017

    • Author(s)
      Hironari Kamikubo
    • Organizer
      Frontier Bioorganization Forum 2017 Dynamical ordering and integrated functions of biomolecular systems
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] 機能を生み出す単位生体分子集団(機能モジュール)の動的秩序の探査2017

    • Author(s)
      上久保 裕生
    • Organizer
      平成29年度新学術領域研究「動的秩序と機能」全体班会議
  • [Presentation] Structure-based analysis on the equilibrium state of a multi-component system2017

    • Author(s)
      上久保 裕生, 山崎 洋一
    • Organizer
      第17回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Photoproducts of PYP Phytochrome Related (Ppr) protein accumulated under various illumination conditions2017

    • Author(s)
      Jia-Siang Sum、山崎 洋一 、林 有吾、上久保 裕生
    • Organizer
      第17回日本蛋白質科学会年会
  • [Presentation] Structural Exploring Multi-component Equilibrium in Biological Systems2017

    • Author(s)
      Hironari Kamikubo
    • Organizer
      the 24th Congress & General Assembly of the International Union of Crystallography
    • Int'l Joint Research / Invited
  • [Presentation] Light dependent multiple complex formation of Rc-PYP2017

    • Author(s)
      Yoichi Yamazaki, Yohei Shibata, Yugo Hayashi, Nathumi Endo, Kentaro Ishii, Susumu Uchiyama, Takayuki Uchihashi, Hironari Kamikubo
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Self-assembly of nanofibers from spider silk fibroin2017

    • Author(s)
      Yugo Hayashi, Tomoaki Murakami, Mai Arakawa, Keito Yoshida, Yoichi Yamazaki, Takehiro K. Sato, Hironari Kamikubo
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Structure elements are closely related to intramolecular residue-residue contacts2017

    • Author(s)
      Yasumichi Takase, Yugo Hayashi, Yoichi Yamazaki, Hironari Kamikubo
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Influence of the PYP domain on Photoreaction of the phytochrome domain in Ppr2017

    • Author(s)
      Jia Siang Sum, Yoichi Yamazaki, Yugo Hayashi, Hironari Kamikubo
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] Multiple phosphorylated species of shootin1 and their solution structure2017

    • Author(s)
      Shoki Nakata, Kentarou Baba, Yugo Hayashi, Yoichi Yamazaki, Naoyuki Inagaki, Hironari Kamikubo
    • Organizer
      第55回日本生物物理学会年会
  • [Presentation] 複数混合溶液中に存在する生体高分子の構造・相互作用評価2017

    • Author(s)
      上久保 裕生
    • Organizer
      分子・物質合成プラットフォーム、大学連携研究設備ネットワーク主催 「ソフトでウェットな素材のやさしい観察」
    • Invited
  • [Presentation] 連続滴定溶液散乱測定による蛋白質分子複合系の多成分平衡状態の解析2017

    • Author(s)
      上久保 裕生
    • Organizer
      第40回溶液化学シンポジウム
    • Invited
  • [Presentation] 混合溶液中の蛋白質分子複合系の構造・相互作用評価~デバイス開発とその応用~2017

    • Author(s)
      上久保 裕生
    • Organizer
      日本学術振興会 構造生物第169委員会 第54回研究会
    • Invited
  • [Presentation] イエロープロテインの中性子結晶構造解析2017

    • Author(s)
      片岡幹雄、米澤健人、清水伸隆、栗原和夫、上久保裕生
    • Organizer
      日本中性子科学会 第17回年会
  • [Presentation] 連続滴定溶液散乱による多成分系解析の標準化2017

    • Author(s)
      上久保 裕生
    • Organizer
      第4回タンパク質X線溶液散乱講習会
    • Invited

URL: 

Published: 2019-12-27  

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