生命分子の動的秩序形成におけるミクロ‐マクロ相関の探査と設計原理の探求

2014 Fiscal Year Annual Research Report

• Project Area: Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions
• Project/Area Number: 25102008
• Research Institution: Okazaki Research Facilities, National Institutes of Natural Sciences
• Principal Investigator: 加藤 晃一 大学共同利用機関法人自然科学研究機構(岡崎共通研究施設), 岡崎統合バイオサイエンスセンター, 教授 (20211849)
• Co-Investigator(Kenkyū-buntansha): 佐藤 匡史 名古屋市立大学, 薬学研究科(研究院), 准教授 (80532100) ; 山口 拓実 分子科学研究所, 生命・錯体分子科学研究領域, 助教 (60522430)
• Project Period (FY): 2013-06-28 – 2018-03-31
• Keywords: 動的秩序 / 生命分子 / 分子集合 / NMR / 溶液散乱

Outline of Annual Research Achievements

１．細胞内のタンパク質分解装置であるプロテアソームのアッセンブリーと機能発現に関わる生命分子システム：平成26年度では、プロテアソームの集合シャペロンであるPba3-Pba4ヘテロ2量体が、サブユニットの適切な配置を定める‘molecular matchmaker’として機能していることを明らかにした。また、古細菌が持つプロテアソーム集合シャペロンのホモログPbaAの結晶構造を決定し、本タンパク質がホモ5量体構造を形成していることを示した。
２．タンパク質の運命決定に関わる分子集団の協奏的機能発現メカニズム：立体構造形成の不完全な糖タンパク質を認識する糖転移酵素UGGTの基質認識ドメインの一部に関して、3次元構造情報を得ることに初めて成功した。また、タンパク質の正しいジスルフィド結合形成を促してフォールディングを助ける酵素PDIの基質認識部位の構造変化を探査した。さらに、前年度までに開発した糖鎖の動的3次元構造解析手法を、糖タンパク質の細胞内運命の決定に関わる高マンノース型糖鎖および細胞表層でアミロイドβ（Aβ）のアッセンブリーを促すガングリオシドGM1の糖鎖の解析に応用した。その結果、高マンノース型糖鎖が末端の糖残基の除去に伴ってコンフォメーション空間を有意に広げる様子や、これらの糖鎖の分子認識に際して多様な構造アンサンブルの中の特定のコンフォマーが選ばれることを明らかにすることができた。
３．膜系における糖脂質クラスターの動態：膜系における動的秩序システムの精密解析を実施するための適切なモデル系を構築するため、人工的に分子設計した機能性ネオ糖脂質を化学合成することに成功するとともに、安定同位体標識を施した糖脂質の調製法を確立し、固体NMR法による精密解析を実現する基盤を整えた。また、生体分子を磁場配向させ精密NMR解析を可能にする超分子を作出した。

Current Status of Research Progress

1: Research has progressed more than it was originally planned.

Reason

常磁性効果を利用したNMR解析を、マシャドジョセフ病原因遺伝子産物であり、プロテアソーム系における分解標的の消長を制御する脱ユビキチン化酵素ataxin-3の基質認識様式の解析に応用し、本酵素の作動機構の構造基盤を与えることができた。また、Aβの分解系への輸送を司る神経細胞膜上の膜タンパク質sorLAがAβを捕捉する仕組みを溶液NMR法と結晶構造解析を相補的に用いて解明することに成功するなど、医学・薬学分野においても重要な知見をもたらすことができた。

Strategy for Future Research Activity

生命分子システムの動的秩序形成におけるミクロ-マクロ相関の探査を可能とする物理化学的計測手法の開発に引き続き取り組むとともに、生命分子素子がダイナミックな集合離散を通じて動的な秩序構造を形成するメカニズムを明らかにすることを目指す。また、生命分子システムのデザインルールを取り入れた人工自己組織化システムの創生に資することを目的とする。
本研究の目的を達成するため、特に、1. 細胞内における糖タンパク質の運命決定のダイナミクス、2. タンパク質の分子集合過程の解明と人工系への応用、3. 糖脂質クラスターの設計・創生と構造・機能解析に関して、NMR分光法、溶液散乱、分子シミュレーションに加え、複合体質量解析、カロリメトリーなどを駆使した多元的研究アプローチを展開する。

Research Products

• [Journal Article] NMR-based structural validation of therapeutic antibody produced in Nicotiana benthamiana (2015)
  • Author(s): H. Yagi, N. Fukuzawa, Y. Tasaka, K. Matsuo, Y. Zhang, T. Yamaguchi, S. Kondo, S. Nakazawa, N. Hashii, N. Kawasaki, T. Matsumura and K. Kato
  • Journal Title: Plant Cell Rep. Volume: 34 Pages: 959-968
  • DOI: 10.1007/s00299-015-1757-1
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Stable isotope labeling of glycoprotein expressed in silkworms using immunoglobulin G as a test molecule (2015)
  • Author(s): H. Yagi, M. Nakamura, J. Yokoyama, Y. Zhang, T. Yamaguchi, S. Kondo, J. Kobayashi, T. Kato, E. Y. Park, S. Nakazawa, N. Hashii, N. Kawasaki and K. Kato
  • Journal Title: J. Biomol. NMR Volume: 62 Pages: 157-167
  • DOI: 10.1007/s10858-015-9930-y
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Backbone 1H, 13C, and 15N resonance assignments of the Fc fragment of human immunoglobulin G glycoprotein (2015)
  • Author(s): H. Yagi, Y. Zhang, M. Yagi-Utsumi, T. Yamaguchi, S. Iida, Y. Yamaguchi and K. Kato
  • Journal Title: Biomol. NMR Assign. Volume: 9 Pages: 257-260
  • DOI: 10.1007/s12104-014-9586-7
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Glycan structure and serum half-life of recombinant CTLA4Ig, an immunosuppressive agent, expressed in suspension-cultured rice cells with coexpression of human β1,4-galactosyltransferase and human CTLA4Ig (2015)
  • Author(s): S. H. Kang, H. S. Jung, S. J. Lee, C. I. Park, S. M. Lim, H. Park, B. S. Kim, K. H. Na, G. J. Han, J. W. Bae, H. J. Park, K. C. Bang, B. T. Park, H. S. Hwang, I.-S. Jung, J. I. Kim, D. B. Oh, D. I. Kim, H. Yagi, K. Kato, D. K. Kim and H. H. Kim
  • Journal Title: Glycoconjugate J. Volume: 32 Pages: 161-172
  • DOI: 10.1007/s10719-015-9590-x
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 離合集散が織りなす生命分子機能の研究フロンティア (2015)
  • Author(s): 加藤晃一, 稲垣直之
  • Journal Title: 実験医学 Volume: 33 Pages: 1316-1320
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structural and dynamic views of GM1 ganglioside (2015)
  • Author(s): M. Yagi-Utsumi and K. Kato
  • Journal Title: Glycoconjugate J. Volume: 32 Pages: 105-112
  • DOI: 10.1007/s10719-015-9587-5
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] 生命分子の自己組織化のダイナミクス (2015)
  • Author(s): 加藤晃一, 佐藤匡史
  • Journal Title: 化学工業 Volume: 66 Pages: 32-37
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Redox-dependent conformational transition of catalytic domain of protein disulfide isomerase indicated by crystal structure-based molecular dynamics simulation (2015)
  • Author(s): K.Inagaki, T.Satoh, S.G. Itoh, H.Okumura, and K.Kato
  • Journal Title: Chem. Phys. Lett. Volume: 618 Pages: 203-207
  • DOI: 10.1016/j.cplett.2014.11.017
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Impaired O-linked N-acetylglucosaminylation in the endoplasmic reticulum by mutated EGF domain-specific O-linked N-acetylglucosamine transferase found in Adams-Oliver syndrome (2015)
  • Author(s): M.Ogawa, S.Sawaguchi, T.Kawai, D.Nadano, T.Matsuda, H.Yagi, K.Kato, K.Furukawa, and T.Okajima
  • Journal Title: J. Biol. Chem. Volume: 290 Pages: 2137-2149
  • DOI: 10.1074/jbc.M114.598821
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Self-assembled, π-stacked complex as a finely-tunable magnetic aligner for protein RDC observation (2015)
  • Author(s): S.Sato, R.Takeuchi, M.Yagi-Utsumi, T.Yamaguchi, Y.Yamaguchi, K.Kato, and M.Fujita
  • Journal Title: Chem. Commun. Volume: 51 Pages: 2540-2543
  • DOI: 10.1039/c4cc09354b
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Structural basis for amyloidogenic peptide recognition by sorLA (2015)
  • Author(s): Y.Kitago, M.Nagae, Z.Nakata, M.Yagi-Utsumi, S.Takagi-Niidome, E.Mihara, T.Nogi, K.Kato, and J.Takagi
  • Journal Title: Nature Struct. Mol. Biol. Volume: 22 Pages: 199-206
  • DOI: 10.1038/nsmb.2954
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] 糖鎖構造学研究の新展開 (2015)
  • Author(s): 加藤晃一
  • Journal Title: BIOTOVO Volume: 23 Pages: 2-3
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Emerging structural insights into glycoprotein quality control coupled with N-glycan processing in the endoplasmic reticulum (2015)
  • Author(s): T.Satoh, T.Yamaguchi, and K.Kato
  • Journal Title: Molecules Volume: 20 Pages: 2475-2491
  • DOI: 10.3390/molecules20022475
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] 糖鎖の立体構造を描き出す (2015)
  • Author(s): 山口拓実, 加藤晃一
  • Journal Title: 生物物理 Volume: 55 Pages: 81-83
  • DOI: 10.2142/biophys.55.081
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Structural basis for proteasome formation controlled by an assembly chaperone Nas2 (2014)
  • Author(s): T.Satoh, Y.Saeki, T.Hiromoto, Y.-H. Wang, Y.Uekusa, H.Yagi, H.Yoshihara, M.Yagi-Utsumi, T.Mizushima, K.Tanaka, and K.Kato
  • Journal Title: Structure Volume: 22 Pages: 731-743
  • DOI: 10.1016/j.str.2014.02.014
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Enhanced expression of the β4-galactosyltransferase 2 gene impairs mammalian tumor growth (2014)
  • Author(s): M.Tagawa, K.Shirane, L.Yu, T.Sato, S.Furukawa, H.Mizuguchi, R.Kuji, K.Kawamura, N.Takahashi, K.Kato, S.Hayakawa, S.Sawada, and K.Furukawa
  • Journal Title: Cancer Gene Therapy Volume: 21 Pages: 219-227
  • DOI: 10.1038/cgt.2014.21
  • Peer Reviewed
• [Journal Article] Pba3-Pba4 heterodimer acts as a molecular matchmaker in proteasome α-ring formation (2014)
  • Author(s): K.Takagi, Y.Saeki, H.Yashiroda, H.Yagi, A.Kaiho, S.Murata, T.Yamane, K.Tanaka, T.Mizushima, and K.Kato
  • Journal Title: Biochem. Biophys. Res. Commun Volume: 450 Pages: 1110-1114
  • DOI: 10.1016/j.bbrc.2014.06.119
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] EDEM2 initiates mammalian glycoprotein ERAD by catalyzing the first mannose trimming step (2014)
  • Author(s): S.Ninagawa, T.Okada, Y.Sumitomo, Y.Kamiya, K.Kato, S.Horimoto, T.Ishikawa, S.Takeda, T.Sakuma, T.Yamamoto, and K.Mori
  • Journal Title: J. Cell Biol Volume: 206 Pages: 347-356
  • DOI: 10.1083/jcb.201404075
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Backbone 1H, 13C, and 15N assignments of yeast Ump1, an intrinsically disordered protein that functions as a proteasome assembly chaperone (2014)
  • Author(s): Y.Uekusa, K.Okawa, M.Yagi-Utsumi, O.Serve, Y. Nakagawa, T.Mizushima, H.Yagi, Y.Saeki, K.Tanaka, and K.Kato
  • Journal Title: Biomol. NMR Assign. Volume: 8 Pages: 383-386
  • DOI: 10.1007/s12104-013-9523-1
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Site-specific classification of N-linked oligosaccharides of the extracellular regions of Fcγ receptor IIIb expressed in baby hamster kidney cells (2014)
  • Author(s): N.Kawasaki, T.Okumoto, Y.Yamaguchi, N.Takahashi, W.H.Fridman, C.Sautes-Fridman, H.Yagi, and K.Kato
  • Journal Title: J. Glycomics Lipidomics Volume: 4 Pages: 116
  • DOI: 10.4172/2153-0637.1000116
  • Peer Reviewed / Open Access
• [Journal Article] Exploration of conformational spaces of high-mannose-type oligosaccharides by an NMR-validated simulation (2014)
  • Author(s): T.Yamaguchi, Y.Sakae, Y.Zhang, S.Yamamoto, Y.Okamoto, and K.Kato
  • Journal Title: Angew. Chem. Int. Ed. Volume: 53 Pages: 10941-10944
  • DOI: 10.1002/ange.201406145
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Mode of substrate recognition by the Josephin domain of ataxin-3, which has an endo-type deubiquitinase activity (2014)
  • Author(s): T.Satoh, A.Sumiyoshi, M.Yagi-Utsumi, E.Sakata, H.Sasakawa, E.Kurimoto, Y.Yamaguchi, W.Li, C.A.P. Joazeiro, T.Hirokawa, and K.Kato
  • Journal Title: FEBS Lett. Volume: 588 Pages: 4422-4430
  • DOI: 10.1016/j.febslet.2014.10.013
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Crystal structure of archaeal homolog of proteasome-assembly chaperone PbaA (2014)
  • Author(s): A.Sikdar, T.Satoh, M.Kawasaki, and K.Kato
  • Journal Title: Biochem. Biophys. Res. Commun Volume: 453 Pages: 493-497
  • DOI: 10.1016/j.bbrc
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Structural insight into substrate recognition by the endoplasmic reticulum folding-sensor enzyme: crystal structure of third thioredoxin-like domain of UDP-glucose:glycoprotein glucosyltransferase (2014)
  • Author(s): T.Zhu, T.Satoh, and K.Kato
  • Journal Title: Sci. Rep. Volume: 4 Pages: 7322
  • DOI: 10.1038/srep07322
  • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] Recent advances in glycoprotein production for structural biology: toward tailored design of glycoforms (2014)
  • Author(s): Y.Kamiya, T.Satoh, and K.Kato
  • Journal Title: Curr. Opin. Struct. Biol. Volume: 26 Pages: 44-53
  • DOI: 10.1016/j.sbi.2014.03.008
  • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
• [Journal Article] 糖鎖構造生物学の最前線 (2014)
  • Author(s): 矢木宏和, 矢木-内海真穂, 加藤晃一
  • Journal Title: ファルマシア Volume: 50 Pages: 746-750
  • Peer Reviewed
• [Presentation] NMR analyses of glycolipid clustering in membrane systems (2015)
  • Author(s): G. Yan, T. Yamaguchi, Y. Zhang, K. Nishimura, K. Kato
  • Organizer: 日本化学会 第95春季年会
  • Place of Presentation: 日本大学理工学部船橋キャンパス（千葉県船橋市）
  • Year and Date: 2015-03-28
• [Presentation] NMR 法を用いたアミロイドβペプチドと小胞体シャペロンとの相互作用解析 (2015)
  • Author(s): 矢木真穂, 加藤晃一
  • Organizer: 日本薬学会第135年会
  • Place of Presentation: 神戸学院大学（兵庫県神戸市）
  • Year and Date: 2015-03-28
• [Presentation] NMR解析に基づく分子シミュレーションによる高マンノース型糖鎖の動的立体構造の解明 (2015)
  • Author(s): 山口拓実, 榮 慶丈, 岡本祐幸, 加藤晃一
  • Organizer: 日本化学会 第95春季年会
  • Place of Presentation: 日本大学理工学部船橋キャンパス（千葉県船橋市）
  • Year and Date: 2015-03-27
• [Presentation] 生命分子の自己組織化のダイナミクス (2015)
  • Author(s): 加藤晃一
  • Organizer: 日本化学会 第95春季年会
  • Place of Presentation: 日本大学理工学部船橋キャンパス（千葉県船橋市）
  • Year and Date: 2015-03-26
  • Invited
• [Presentation] プロテアソームα7 サブユニットの多量体ダイナミクスの超分子質量解析 (2015)
  • Author(s): 石井健太郎, 矢木宏和, 加藤晃一, 内山 進
  • Organizer: 2014年度生物物理学会中部支部講演会
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市）
  • Year and Date: 2015-03-10
• [Presentation] 複合糖質の構造生物学と創薬 (2015)
  • Author(s): 加藤晃一
  • Organizer: 第4回岐阜構造生物学・医学・論理的創薬研究会シンポジウム
  • Place of Presentation: 岐阜薬科大学（岐阜県岐阜市）
  • Year and Date: 2015-03-05
  • Invited
• [Presentation] Conformational dynamics and interactions of oligosaccharides and glycoconjugate (2015)
  • Author(s): Koichi Kato
  • Organizer: The 4th International Symposium on Drug Discovery and Design by NMR
  • Place of Presentation: 理化学研究所（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2015-02-04
  • Invited
• [Presentation] Structural basis for sugar trimming reactions by glucosidase II involved glycoprotein quality control system (2015)
  • Author(s): T. Satoh, T. Toshimori, T. Zhu, G. Yan, T. Yamaguchi, and K. Kato
  • Organizer: The 5th Yonsei-IMS Joint Workshop: Multilateral approaches for investigating biomolecular structures and functions
  • Place of Presentation: 箱根高原ホテル(神奈川県足柄郡)
  • Year and Date: 2015-01-30 – 2015-02-01
• [Presentation] Structural aspects of glycoprotein folding sensor enzyme (UGGT): A combined X-ray crystallography and small angle X-ray scattering study (2015)
  • Author(s): T. Zhu, T. Satoh, H. Kamikubo, and K. Kato
  • Organizer: The 5th Yonsei-IMS Joint Workshop: Multilateral approaches for investigating biomolecular structures and functions
  • Place of Presentation: 箱根高原ホテル(神奈川県足柄郡)
  • Year and Date: 2015-01-30 – 2015-02-01
• [Presentation] Elucidation of conformational dynamics of oligosaccharides by NMR spectroscopy and molecular dynamics simulation (2015)
  • Author(s): T. Yamaguchi, Y. Zhang, and K. Kato
  • Organizer: The 5th Yonsei-IMS Joint Workshop: Multilateral approaches for investigating biomolecular structures and functions
  • Place of Presentation: 箱根高原ホテル(神奈川県足柄郡)
  • Year and Date: 2015-01-30 – 2015-02-01
• [Presentation] Structural views of glycans in physiological and pathological contexts (2015)
  • Author(s): Koichi Kato
  • Organizer: CU-IMS workshop
  • Place of Presentation: Bangkok、Thailand
  • Year and Date: 2015-01-24
  • Invited
• [Presentation] Dynamic orchestration of proteasomes, Intracellular protein degradation machines (2015)
  • Author(s): Koichi Kato
  • Organizer: The Winter School of Sokendai/Asian CORE Program
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター（愛知県岡崎市）
  • Year and Date: 2015-01-16
  • Invited
• [Presentation] NMR approaches for characterizing interaction of molecular chaperons with intrinsically disordered proteins (2015)
  • Author(s): M. Yagi-Utsumi and K. Kato
  • Organizer: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • Place of Presentation: 合歓の郷（三重県志摩市）
  • Year and Date: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [Presentation] Structural insight into the ER folding sensor enzyme UDP-glucose: glycoprotein glucosyltransferase (UGGT) (2015)
  • Author(s): T. Zhu, T. Satoh, H. Kamikubo, and K. Kato
  • Organizer: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • Place of Presentation: 合歓の郷（三重県志摩市）
  • Year and Date: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [Presentation] Observation of formation and/or dissosication of protein complexes by deuteration assisted small-angle neutron scattering (2015)
  • Author(s): M. Sugiyama, R. Inoue, H. Yagi, and K. Kato
  • Organizer: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • Place of Presentation: 合歓の郷（三重県志摩市）
  • Year and Date: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [Presentation] Proteasome subunits assemblies studied by native mass spectrometry (2015)
  • Author(s): K. Ishii, H. Yagi, K. Kato and S. Uchiyama
  • Organizer: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • Place of Presentation: 合歓の郷（三重県志摩市）
  • Year and Date: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [Presentation] Dynamic orchestration of proteasome systems (2015)
  • Author(s): K. Kato, T. Yamaguchi, M. Yagi-Utsumi, H. Yagi and T. Satoh
  • Organizer: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • Place of Presentation: 合歓の郷（三重県志摩市）
  • Year and Date: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [Presentation] Molecular mechanisms underlying the formation of functional glycans displayed on α-dystroglycan (2015)
  • Author(s): H. Yagi, N. Nakagawa, S. Oka and K. Kato
  • Organizer: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • Place of Presentation: 合歓の郷（三重県志摩市）
  • Year and Date: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [Presentation] Elucidation of the molecular basis of oligosaccharide functions by NMR spectroscopy and molecular dynamics simulation (2015)
  • Author(s): T. Yamaguchi, Y. Sakae, M. Yagi-Utsumi, Y. Zhang, S. Yamamoto, Y. Okamoto, and K. Kato
  • Organizer: The 3rd International Symposium on Dynamical Ordering of Biomolecular Systems for Creation of Integrated Functions
  • Place of Presentation: 合歓の郷（三重県志摩市）
  • Year and Date: 2015-01-10 – 2015-01-11
• [Presentation] Biophysical exploration of biomolecular systems characterized by conformational dynamics and dynamical assembly (2014)
  • Author(s): K. Kato
  • Organizer: National Chiao Tung University Seminar
  • Place of Presentation: Hsinchu、Taiwan
  • Year and Date: 2014-12-12
  • Invited
• [Presentation] Structural basis for recognition of the terminal glucose tag of N-glycans as fate-determinant of glycoproteins in cells (2014)
  • Author(s): T. Satoh, T. Toshimori, K. Suzuki, T. Yamaguchi, G. Yan, T. Zhu and K. Kato,
  • Organizer: The 7th Korea-Japan Seminars on Biomolecular Sciences: Experiments and Simulations
  • Place of Presentation: Seoul、Korea
  • Year and Date: 2014-11-26 – 2014-11-27
  • Invited
• [Presentation] Molecular mechanisms underlying the formation of laminin-binding glycans displayed on α-dystroglycan (2014)
  • Author(s): Hirokazu Yagi, Naoki Nakagawa, Shogo Oka and Koichi Kato
  • Organizer: Sarellite Symposium II “Glycans in Neuroscience”
  • Place of Presentation: Honolulu、Hawai、USA
  • Year and Date: 2014-11-16
• [Presentation] EDEM1/2/3 are α1,2-mannosidases essential for endoplasmic reticulum-associated degradation of glycoproteins (2014)
  • Author(s): Satoshi Ninagawa, Tetsuya Okada, Yoshiki Sumitomo, Yukiko Kamiya, Satoshi Horimoto, Tokiro Ishikawa, Shunichi Takeda, Tetsushi Sakuma, Takashi Yamamoto, Koichi Kato and Kazutoshi Mori
  • Organizer: Sarellite Symposium II “Glycans in Neuroscience”
  • Place of Presentation: Honolulu、Hawai、USA
  • Year and Date: 2014-11-16
• [Presentation] A multilateral approach for structural characterization of dynamic organization of flexible biomolecules (2014)
  • Author(s): Koichi Kato, Takumi Yamaguchi, Maho Yagi-Utsumi, Hirokazu Yagi and Tadashi Satoh
  • Organizer: Okazaki Institute for Integrative Bioscience Retreat 2014
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
  • Year and Date: 2014-11-05
• [Presentation] Complex formation of proteasome subunits investigated by native mass spectrometry (2014)
  • Author(s): Kentaro Ishii, Hirokazu Yagi, Koichi Kato and Susumu Uchiyama
  • Organizer: Okazaki Institute for Integrative Bioscience Retreat 2014
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
  • Year and Date: 2014-11-05
• [Presentation] Three-dimensional structure of archaeal homolog of proteasome assembly chaperone PbaA (2014)
  • Author(s): Arunima Sikdar, Tadashi Satoh, Masato Kawasaki and Koichi Kato
  • Organizer: Okazaki Institute for Integrative Bioscience Retreat 2014
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
  • Year and Date: 2014-11-05
• [Presentation] Assembly mechanisms of intrinsically disordered proteins upon their specific interactions with gangliosides (2014)
  • Author(s): Maho Yagi-Utsumi, Takumi Yamaguchi and Koichi Kato
  • Organizer: Okazaki Institute for Integrative Bioscience Retreat 2014
  • Place of Presentation: 岡崎コンファレンスセンター(愛知県岡崎市)
  • Year and Date: 2014-11-05
• [Presentation] NMRを利用した抗体の高次構造バリデーション (2014)
  • Author(s): 矢木宏和
  • Organizer: 第5回グライコバイオロジクス研究会
  • Place of Presentation: 臨床研究情報センター（兵庫県神戸市）
  • Year and Date: 2014-11-01
• [Presentation] X線とNMRによる抗体の構造解析 (2014)
  • Author(s): 加藤晃一
  • Organizer: 第87回 日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府京都市）
  • Year and Date: 2014-10-18
  • Invited
• [Presentation] タンパク質機能の制御に関わるN型糖鎖構造の多様性と多型性 (2014)
  • Author(s): 加藤晃一
  • Organizer: 第87回 日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府京都市）
  • Year and Date: 2014-10-17
  • Invited
• [Presentation] 古くて新しい小胞体の糖鎖生物学 (2014)
  • Author(s): 佐藤匡史
  • Organizer: 第87回 日本生化学会大会
  • Place of Presentation: 国立京都国際会館(京都府京都市）
  • Year and Date: 2014-10-15
  • Invited
• [Presentation] NMRとSANSによる生命分子のダイナミクス研究 (2014)
  • Author(s): 加藤晃一
  • Organizer: 平成26年度第１回生物構造学研究会
  • Place of Presentation: エッサム神田ホール（東京都千代田区）
  • Year and Date: 2014-10-03
  • Invited
• [Presentation] アミロイドβの分子会合の精密構造解析 (2014)
  • Author(s): 矢木-内海真穂
  • Organizer: 第1回「動的秩序と機能」若手研究会
  • Place of Presentation: ラフォーレ蔵王(宮城県刈田郡）
  • Year and Date: 2014-09-30
• [Presentation] 生命分子の動的秩序形成におけるミクロ-マクロ相関の探査と設計原理の探求 (2014)
  • Author(s): 山口拓実、佐藤匡史、加藤晃一
  • Organizer: 第1回「動的秩序と機能」若手研究会
  • Place of Presentation: ラフォーレ蔵王(宮城県刈田郡）
  • Year and Date: 2014-09-29
• [Presentation] 小胞体糖タンパク質品質管理に関わるグルコシダーゼIIの基質認識機構 (2014)
  • Author(s): 年森隆泰，佐藤匡史，Gengwei Yan，山口拓実，Tong Zhu，加藤晃一
  • Organizer: 第1回「動的秩序と機能」若手研究会
  • Place of Presentation: ラフォーレ蔵王(宮城県刈田郡）
  • Year and Date: 2014-09-29
• [Presentation] NMR characterization of molecular recognition process of intrinsically disordered proteins associated with neurodegenerative diseases (2014)
  • Author(s): Maho Yagi-Utsumi, Takumi Yamaguchi, Koichi Kato
  • Organizer: 第1回「動的秩序と機能」若手研究会
  • Place of Presentation: ラフォーレ蔵王(宮城県刈田郡）
  • Year and Date: 2014-09-28
• [Presentation] Crystal structure of third thioredoxin-like domain of ER folding sensor glucosyltransferase (2014)
  • Author(s): Tong Zhu, Tadashi Satoh, Koichi Kato
  • Organizer: 第1回「動的秩序と機能」若手研究会
  • Place of Presentation: ラフォーレ蔵王(宮城県刈田郡）
  • Year and Date: 2014-09-28
• [Presentation] 糖タンパク質品質管理システムにおける糖鎖修飾メカニズムの構造基盤 (2014)
  • Author(s): 佐藤匡史，加藤晃一
  • Organizer: 第52回 日本生物物理学会年会
  • Place of Presentation: 札幌コンベンションセンター(北海道札幌市）
  • Year and Date: 2014-09-26
  • Invited
• [Presentation] NMR exploration of dynamic conformations and interactions of oligosaccharides and glycoconjugates (2014)
  • Author(s): Koichi Kato
  • Organizer: The 6th Iberoamerican NMR meeting // IV Iberian NMR meeting //VII Reunion Bienal del GERMN
  • Place of Presentation: Alcala de Henares、Spain
  • Year and Date: 2014-09-24
  • Invited
• [Presentation] Structural basis for fate determination and functional regulation of proteins mediated by sugar chains (2014)
  • Author(s): Koichi Kato
  • Organizer: The Cordeliers Research Center Seminar
  • Place of Presentation: Paris,France
  • Year and Date: 2014-09-19
  • Invited
• [Presentation] Lewis X構造を提示するネオ糖脂質クラスターの創生 (2014)
  • Author(s): Yan Gengwei，Zhang Ying，山口拓実，矢木宏和，加藤晃一
  • Organizer: 第8回バイオ関連化学シンポジウム
  • Place of Presentation: 岡山大学津島キャンパス(岡山県岡山市）
  • Year and Date: 2014-09-12
• [Presentation] Structural views of physiological and pathological roles of glycans (2014)
  • Author(s): K. Kato
  • Organizer: Academia Sinica Institutional Lecture
  • Place of Presentation: Taipei 、Taiwan
  • Year and Date: 2014-09-11
  • Invited
• [Presentation] Exploration of conformational dynamics of oligosaccharides by stable isotope- and lanthanide- assisted NMR approaches (2014)
  • Author(s): Takumi Yamaguchi, Ying Zhang, Yukiko Kamiya, Sayoko Yamamoto, and Koichi Kato
  • Organizer: XXVIth International Council on Magnetic Resonance in Biological Systems (ICMRBS)
  • Place of Presentation: Dallas、U.S.A
  • Year and Date: 2014-08-28
• [Presentation] NMR characterization of molecular recognition process of intrinsically disordered proteins associated with neurodegenerative diseases (2014)
  • Author(s): Maho Yagi-Utsumi, Takumi Yamaguchi, and Koichi Kato
  • Organizer: XXVIth International Council on Magnetic Resonance in Biological Systems (ICMRBS)
  • Place of Presentation: Dallas、U.S.A
  • Year and Date: 2014-08-25 – 2014-08-28
• [Presentation] AGO61はラミニン結合性糖鎖の初期構造の形成に関与する (2014)
  • Author(s): 矢木宏和，中川直樹，齋藤拓也，戸田達史，Sz-Wei Wu，Kay-Hooi-Khoo，岡 昌吾，加藤晃一
  • Organizer: 第33回 日本糖質学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋大学(愛知県名古屋市)
  • Year and Date: 2014-08-12
• [Presentation] 小胞体で新生タンパク質に付加されたN型糖鎖からのマンノーストリミングはEDEM2によって開始される (2014)
  • Author(s): 蜷川 暁，岡田徹也，住友嘉樹，神谷由紀子，堀本 賢，石川時郎，武田俊一，佐久間哲史，山本 卓，加藤晃一，森 和俊
  • Organizer: 第33回 日本糖質学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋大学(愛知県名古屋市）
  • Year and Date: 2014-08-11
• [Presentation] 小胞体グルコシダーゼIIの基質認識メカニズムの構造基盤 (2014)
  • Author(s): 年森隆泰，佐藤匡史，Gengwei Yan，山口拓実，Tong Zhu，加藤晃一
  • Organizer: 第33回 日本糖質学会年会
  • Place of Presentation: 名古屋大学(愛知県名古屋市)
  • Year and Date: 2014-08-11
• [Presentation] 生命分子構造学を基礎とする生命分子システムの動的秩序形成の仕組みの探求 (2014)
  • Author(s): 加藤晃一
  • Organizer: 第54回生物物理若手の会 夏の学校
  • Place of Presentation: 西浦温泉 ホテルたつき(愛知県蒲郡市)
  • Year and Date: 2014-08-10
  • Invited
• [Presentation] Structural basis for substrate recognition mechanism of ER glucosidase II (2014)
  • Author(s): Tadashi Satoh, Takayasu Toshimori, Takumi Yamaguchi, Zhu Tong, and Koichi Kato
  • Organizer: 23rd Congress and General Assembly of the International Union of Crystallography (IUCr 2014)
  • Place of Presentation: Montreal、Canada
  • Year and Date: 2014-08-07
• [Presentation] 生命分子の動的秩序形成におけるミクロ-マクロ相関の探査と設計原理の探求 (2014)
  • Author(s): 加藤晃一
  • Organizer: 「動的秩序と機能」平成26年度全体班会議
  • Place of Presentation: 粟津温泉 おびし荘（石川県小松市）
  • Year and Date: 2014-08-04 – 2014-08-07
  • Invited
• [Presentation] 糖タンパク質の細胞内プロセッシングに関わるグルコシダーゼⅡの基質認識メカニズム (2014)
  • Author(s): 年森隆泰，佐藤匡史，Gengwei Yan，山口拓実，Tong Zhu，加藤晃一
  • Organizer: 第12回 次世代を担う若手のためのフィジカル・ファーマフォーラム（PPF2014）
  • Place of Presentation: 箱根高原ホテル(神奈川県足柄下郡)
  • Year and Date: 2014-07-14
• [Presentation] プロテアソームのサブユニット集合における動的秩序 (2014)
  • Author(s): 加藤 晃一，佐藤 匡史
  • Organizer: 第14回 日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: ワークピア横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-06-26 – 2014-06-26
  • Invited
• [Presentation] 小胞体品質管理システムに関わるグルコシダーゼIIの基質認識機構 (2014)
  • Author(s): 佐藤 匡史，年森 隆泰，山口 拓実，Zhu Tong，加藤 晃一
  • Organizer: 第14回 日本蛋白質科学会年会
  • Place of Presentation: ワークピア横浜（神奈川県横浜市）
  • Year and Date: 2014-06-26
• [Presentation] 揺らめく糖鎖のかたちとはたらき (2014)
  • Author(s): 山口拓実
  • Organizer: 「宇宙・生命・脳・物質・エネルギー」若手研究者による Rising Sun Ⅲ自然科学研究機構若手研究者賞記念講演
  • Place of Presentation: 日本未来館(東京都江東区)
  • Year and Date: 2014-06-15
• [Presentation] 小胞体でのN型糖鎖マンノースのトリミングはEDEM2によって開始される (2014)
  • Author(s): 蜷川 暁
  • Organizer: 平成26年度 比較グライコーム研究会
  • Place of Presentation: 名古屋市立大学(愛知県名古屋市)
  • Year and Date: 2014-06-07
• [Presentation] NMR investigation of non- nucleoside inhibitors binding to HIV-1 reverse transcriptase (2014)
  • Author(s): Ratsupa Thammaporn, Pornthip Boonsri, Kiattawee Choowongkomon, Supanna Techasakul, Maho Yagi-Utsumi, Takumi Yamaguchi, Koichi Kato, and Supa Hannongbua
  • Organizer: RGJ-Ph.D. Congress XV
  • Place of Presentation: Pattaya,Thailand
  • Year and Date: 2014-05-29
• [Presentation] Assembly mechanism of hereditary amyloid-β variants promoted on their specific gangliosides (2014)
  • Author(s): Maho Yagi-Utsumi, Koichi Kato, Christopher M. Dobson
  • Organizer: Biophysics of Amyloids and Prions
  • Place of Presentation: Napoli、Italy
  • Year and Date: 2014-05-25
• [Presentation] カーゴレセプターERGIC-53/MCFD2複合体による糖タンパク質認識メカニズムの構造基盤 (2014)
  • Author(s): 鈴木康介，佐藤匡史，山口拓実，西尾美穂，神谷由紀子，矢木真穂，加藤晃一
  • Organizer: 第78回 日本生化学会中部支部例会
  • Place of Presentation: 名古屋大学(愛知県名古屋市)
  • Year and Date: 2014-05-24
• [Presentation] 糖タンパク質品質管理に関わるグルコシダーゼIIの基質認識メカニズムの構造基盤 (2014)
  • Author(s): 年森隆泰，佐藤匡史，Genwei Yan，山口拓実，Zhu Tong，加藤晃一
  • Organizer: 第78回 日本生化学会中部支部例会
  • Place of Presentation: 名古屋大学(愛知県名古屋市)
  • Year and Date: 2014-05-24
• [Presentation] Dynamic Orchestration of Proteasomes (2014)
  • Author(s): Koichi Kato
  • Organizer: Biophysical Seminar at the Department of Chemistry, University of Cambirdge
  • Place of Presentation: Cambridge、U.K
  • Year and Date: 2014-05-23
  • Invited
• [Presentation] Structural views of glycosylation as potential drug target (2014)
  • Author(s): Koichi Kato
  • Organizer: The 4th Asia Pacific Protein Association (APPA) Conference
  • Place of Presentation: Jeju、Korea
  • Year and Date: 2014-05-20
  • Invited
• [Presentation] Structural insights into substrate recognition mechanism of glycoprotein processing enzyme ER glucosidase II (2014)
  • Author(s): Tadashi Satoh, Takayasu Toshimori, Takumi Yamaguchi, Tong Zhu, and Koichi Kato
  • Organizer: The 4th Asia Pacific Protein Association (APPA) Conference
  • Place of Presentation: Jeju、Korea
  • Year and Date: 2014-05-18
• [Presentation] 創薬と生命分子構造学 (2014)
  • Author(s): 加藤晃一
  • Organizer: 名古屋市立大学 見学模擬授業
  • Place of Presentation: 名古屋市立大学(愛知県名古屋市）
  • Year and Date: 2014-05-14
  • Invited
• [Presentation] Studying molecular recognition processes of intrinsically disordered proteins by NMR spectroscopy (2014)
  • Author(s): Maho Yagi-Utsumi, Koichi Kato, Christopher M. Dobson
  • Organizer: Royal Society of Chemistry NMR Discussion Group Meeting "NMR in Structural Biology"
  • Place of Presentation: Cambridge、U.K
  • Year and Date: 2014-04-10
• [Book] Springer (Switzerland) (2015)
  • Author(s): Y.Zhang, T.Yamaguchi, T.Satoh, M.Yagi-Utsumi, Y.Kamiya, Y.Sakae, Y.Okamoto, and K.Kato
  • Total Pages: 411（217-230）
  • Publisher: Advances in Experimental Medicine and Biology
• [Book] Advances in Experimental Medicine and Biology (2015)
  • Author(s): G.Mandal, H.Yagi, K.Kato, and B.P.Chatterjee
  • Total Pages: 805(389-401)
  • Publisher: Springer (Switzerland)
• [Book] Advances in Neurobiology (2014)
  • Author(s): Y.Yamaguchi, T.Yamaguchi, and K.Kato
  • Total Pages: 584（165-183）
  • Publisher: Springer (New York)
• [Book] Glycoscience: Biology and Medicine (2014)
  • Author(s): T.Yamaguchi and K.Kato
  • Total Pages: 1568(137-145)
  • Publisher: Springer (Japan)
• [Remarks] アルツハイマー病の原因物質を「掃除」するタンパク質の立体構造を解明
  • URL: https://www.ims.ac.jp/news/2015/02/03_3093.html
• [Remarks] 水中で絶え間なく揺らいでいる糖鎖の立体構造を描き出す
  • URL: https://www.ims.ac.jp/news/2014/09/05_2994.html