2017 Fiscal Year Annual Research Report
Interactions among biological molecular assembly and among artificial molecular assembly and large-scale structural transformations
| Project Area | Dynamical ordering of biomolecular systems for creation of integrated functions |
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| Project/Area Number |
25102009
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| Research Institution | Nagoya University |
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Principal Investigator |
岡本 祐幸 名古屋大学, 理学研究科, 教授 (70185487)
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| Project Period (FY) |
2013-06-28 – 2018-03-31
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| Keywords | 生体系 / 蛋白質 / 分子シミュレーション / 拡張アンサンブル法 / 自由エネルギー計算 |
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| Outline of Annual Research Achievements |
免疫グロブリンと糖鎖の相互作用をレプリカ交換分子動力学シミュレーションが終了した。具体的内容は、搭載にフコースが結合している場合、酵素反応が促進されるが、フコースが糖鎖に結合していない場合、酵素反応が抑制されることが実験的に知られていた。この２つの場合において、レプリカ交換分子動力学シミュレーションを行った結果は、フコースが結合している場合、糖鎖の構造揺らぎが大きいが、フコースが結合していない場合は、構造揺らぎが小さいことが分かり、この違いが酵素反応の違いに反映していることが示唆された。また、このシミュレーションによって、X線回折実験で構造が決らなかった部分の立体構造の情報が新たに得られた。これらの結果は論文としてまとめられ、Scientific Reportsに出版された。これらは、本研究領域の領域代表の加藤グループとの共同研究である。次に、本研究領域の他の計画班の佐藤グループが作成した球状の人工分子に結合させた糖鎖とアミロイドβ蛋白質との相互作用を考察するための準備として、糖鎖１個だけの系と球状の人口分子に糖鎖が２４個結合した系の分子動力学シミュレーションを行った。この２つの系における糖鎖の構造揺らぎを比較したが、球状の人口分子に糖鎖が結合した系では、糖鎖間の水素結合が、糖鎖１個の系に比べて、糖鎖の立体構造を安定化していることを見出だした。これらの結果を論文にまとめ、投稿した。これらの結果は公募班の奥村グループとの共同研究である。
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| Research Progress Status |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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| Strategy for Future Research Activity |
29年度が最終年度であるため、記入しない。
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