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2014 Fiscal Year Annual Research Report

ソフトマターから人工細胞への物理的アプローチ

Planned Research

Project AreaSynergy of Fluctuation and Structure:Foundation of Universal Laws in Nonequilibrium Systems
Project/Area Number 25103009
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

今井 正幸  東北大学, 理学(系)研究科(研究院), 教授 (60251485)

Co-Investigator(Kenkyū-buntansha) 佐久間 由香  東北大学, 理学(系)研究科(研究院), 助教 (40630801)
菅原 正  神奈川大学, 理学部, 教授 (50124219)
豊田 太郎  東京大学, 総合文化研究科, 准教授 (80422377)
Project Period (FY) 2013-06-28 – 2018-03-31
Keywords人工細胞 / ベシクル / 自己複製 / 遺伝情報分子 / 触媒作用 / 自己駆動
Outline of Annual Research Achievements

本研究計画では、基本的な分子群を用いて遺伝情報分子を複製しながら増殖するモデル膜(ベシクル型人工細胞)や化学反応を利用して自己駆動するベシクルなど、生命に特徴的な機能を基本的な分子群で再現し、その物理的な機構を解明することにより人工細胞への道を探ることを目的にしている。
1)ベシクル型人工細胞
繰り返し増殖するベシクルを創成するには、原料の供給システムを確立する必要がある。我々の開発したベシクル系では、新たに分裂したベシクル型人工細胞には、DNAの原料であるdNTPが枯渇している。そこで、dNTPを内封しかつ膜電位の符号の異なるコンベイヤGVを、分散液のpH変化をトリガーとして、分裂したGVに吸着・融合させたところ、dNTP が移送され、繰り返し自己増殖するGV型人工細胞が実現した。また、分裂して増殖するベシクルの3次元解析により、その軌跡が一定の道筋を通ること、ベシクルが分裂したのち分離するには逆コーン型の脂質が内膜に過剰に存在することが必要であることを定量的に示した。
2)化学反応を利用して変形しながら駆動する脂質凝集体
我々は、界面活性剤水溶液中で変形しやすいリン脂質凝集体に注目し、界面活性剤の刺激により変形しながら駆動するリン脂質凝集体の創成を目的としている。今年度、フォスファチジルコリンで構成されるリン脂質凝集体へ、TritonX100という非イオン性界面活性剤を添加しうる半透膜型チャンバーを作製した。これにより、球形のリン脂質凝集体が尾状の構造体を形成するように変形し、その尾状構造体を大きく左右にフラッピングさせたり伸縮させるという特異的な変形をしながら、頭部が向いている方向へ一方向的に駆動することを見出した。

Current Status of Research Progress
Current Status of Research Progress

2: Research has progressed on the whole more than it was originally planned.

Reason

本研究計画の基本的な分子群を用いて遺伝情報分子を複製しながら増殖するモデル膜(ベシクル型人工細胞)や化学反応を利用して自己駆動するベシクルを構築すること目的にしている。
増殖するベシクル型人工細胞の開発に関しては、既に 遺伝情報分子であるDNAを内包し、DNAを複製しながら分裂するベシクルの開発に成功している。今回その系の残された課題の一つである枯渇した代謝反応の基質を、任意のタイミングでベシクル型人工細胞に輸送する方法を確立した。また、ベシクル分裂の機構の解明もモデル系を用いて進んでおり、ベシクルの2分子膜内での非対称分布が鍵であることが定量的に明らかになった。
一方、化学反応を利用して変形しながら駆動する脂質凝集体については、穏やかな界面活性剤の添加を可能にする観測デバイスを構築することにより、リン脂質凝集体の駆動現象を観測しその画像データを解析できる段階に至った。本研究課題の目標の1つを達成したといえる。
このように、目的とするベシクル型人工細胞の構築に向けて順調に研究を進めている。

Strategy for Future Research Activity

さらにもう一段進んだ人工細胞の創成に向けて以下の研究を推進する。
増殖するベシクル型人工細胞:ベシクルの増殖と情報分子の連携が取れた人工細胞系の構築を目指して、人工細胞に鎖長の異なるDNA(遺伝子型)をそれぞれ内封し、その分裂様式(表現型)を共焦点レーザー顕微鏡で観察することで、遺伝子型と表現型の相関を明らかにする。また、ベシクルの分裂における困難は、球場のベシクルからひょうたん型(limiting shape)への変形とlimiting shapeから2つの独立したベシクルへの分離である。前者については変形過程の3次元解析と膜弾性エネルギーモデルで逆コーン型脂質の2分子膜内の非対称分布が鍵であることが判明したが、後者については未解決である。この問題を理解するためにはベシクル分裂時のPE脂質の分布の変化を評価することが大切である。そこで、PE脂質のアシル鎖を蛍光ラベルした分子を用いて、分裂時のPE脂質の分布の時間変化を定量化し、PE脂質の局在化をモデル化した膜弾性モデルを用いて機構の解明を目指す。
化学反応を利用して変形しながら駆動する脂質凝集体については、今回開発したリン脂質凝集体は,駆動している間に頭部も尾状構造体も徐々に小さくなり,添加して10分後には,ほぼ全ての凝集体が溶解することが課題である。そこで、リン脂質凝集体の構成分子を補給でき、凝集体の駆動時間を長時間化するための化学反応系を新たに構築する。

  • Research Products

    (46 results)

All 2015 2014 Other

All Journal Article (10 results) (of which Peer Reviewed: 8 results,  Acknowledgement Compliant: 3 results,  Open Access: 1 results) Presentation (30 results) (of which Invited: 10 results) Book (3 results) Remarks (3 results)

  • [Journal Article] Molecular dynamics simulation for shape change of water-in-oil droplets2015

    • Author(s)
      N. Urakami, A. Kakai, M. Imai and T. Yamamoto
    • Journal Title

      Molecular Simulation,

      Volume: 41 Pages: 1-7

    • DOI

      10.1080/08927022.2014.931582

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Shape transformations of toroidal vesicles2015

    • Author(s)
      H. Noguchi, A. Sakashita and M. Imai
    • Journal Title

      Soft Matter

      Volume: 11 Pages: 193-201

    • DOI

      10.1039/c4sm01890g

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] From Vesicles to Protocells: The Roles of Amphiphilic Molecules2015

    • Author(s)
      Y. Sakuma and M. Imai
    • Journal Title

      Life

      Volume: 5 Pages: 651-675

    • DOI

      10.3390/life5010651

    • Peer Reviewed / Open Access / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Fat as Soft Architecture: The Spontaneous Transformation of Lipids into Organic Microstructures with Predefined Biophysical Properties2015

    • Author(s)
      J. M. Castro, T. Toyota, H. Iwasaki
    • Journal Title

      Recent Advances in Natural Computing

      Volume: 9 Pages: 113-122

    • DOI

      10.1007/978-4-431-55105-8_8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Formation of monodisperse hierarchical lipid particles utilizing microfluidic droplets in a non-equilibrium state2015

    • Author(s)
      M. Mizuno, T. Toyota, M. Konishi, Y. Kageyama, M. Yamada, M. Seki
    • Journal Title

      Langmuir

      Volume: 31 Pages: 2334-2341

    • DOI

      10.1021/acs.langmuir.5b00043

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 人工細胞への構成的アプローチ2015

    • Author(s)
      菅原正
    • Journal Title

      パリティ

      Volume: 30 Pages: 64-66

  • [Journal Article] Morphological variation of a lipid vesicle confined in a spherical vesicle2014

    • Author(s)
      A. Sakashita, M. Imai, and H. Noguchi
    • Journal Title

      Phys. Rev. E

      Volume: 89 Pages: 040701(1-4)

    • DOI

      10.1103/PhysRevE.89.040701

    • Peer Reviewed / Acknowledgement Compliant
  • [Journal Article] Magnetic Manipulation of Nucleic Acid Base Microcrystals for DNA Sensing2014

    • Author(s)
      Y. Mizukawa, K. Suzuki, S. Yamamura, Y. Sugawara, T. Sugawara, M. Iwasaka
    • Journal Title

      IEEE Trans. Magn.

      Volume: 50 Pages: 5001904(1-4)

    • DOI

      10.1109/TMAG.2014.2328633

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] 自らが増殖する人工細胞の化学構築2014

    • Author(s)
      菅原正, 鈴木健太郎
    • Journal Title

      高分子

      Volume: 63 Pages: 382-384

  • [Journal Article] Spontaneous transformation from micelles to vesicles associated with sequential conversions of comprising amphiphiles within assemblies2014

    • Author(s)
      K. Takakura, T. Yamamoto, K. Kurihara, T. Toyota, K. Ohnuma and T. Sugawara
    • Journal Title

      Chem. Commun.

      Volume: 50 Pages: 2190-2192

    • DOI

      10.1039/c3cc47786j

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] DNA添加によるカチオン性ベシクル表面状態の変化2015

    • Author(s)
      亀田恵介・廣石達也・鈴木健太郎・菅原正
    • Organizer
      日本化学会第95春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学、千葉
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] 紫外線応答型二重ベシクル2015

    • Author(s)
      町田巧太郎・伊藤愼弥・中島拓磨・鈴木健太郎・山口和夫・菅原正
    • Organizer
      日本化学会第95春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学、千葉
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] ベシクル型人工細胞におけるDNA-触媒分子複合体の膜局在化に及ぼす膜成分の効果2015

    • Author(s)
      松尾宗征・栗原顕輔・豊田太郎・菅原正
    • Organizer
      日本化学会第95春季年会
    • Place of Presentation
      日本大学、千葉
    • Year and Date
      2015-03-26 – 2015-03-29
  • [Presentation] How Self-proliferative Vesicle-based Protocell Acquire Responsibility and Recursibility2015

    • Author(s)
      T. Sugawara, K. Kurihara, K. Suzuki, T. Toyota, M. Matsuo
    • Organizer
      BIT's 1st Annual World Congress of Smart Material-2015
    • Place of Presentation
      Busan, Korea
    • Year and Date
      2015-03-23 – 2015-03-25
    • Invited
  • [Presentation] 変形を伴うリン脂質分子集合体の自己駆動現象2015

    • Author(s)
      諸橋博昭・豊田太郎・今井正幸
    • Organizer
      日本物理学会第70回年次大会
    • Place of Presentation
      早稲田大学、東京
    • Year and Date
      2015-03-21 – 2015-03-24
  • [Presentation] 化学作用に対する膜の応答ダイナミクス2015

    • Author(s)
      今井正幸
    • Organizer
      公開シンポジウム「ソフトマターを基盤とするバイオ系の構築」
    • Place of Presentation
      首都大学東京、東京
    • Year and Date
      2015-03-19 – 2015-03-19
    • Invited
  • [Presentation] リン脂質ベシクルの化学駆動とそれに伴う変形と破裂2015

    • Author(s)
      兒玉篤治, 佐久間由香, 今井正幸, 川勝年洋, Nicolas Puff, Miglena I. Angelova
    • Organizer
      新学術領域研究「ゆらぎと構造の協奏」研究会「アクティブ・マター研究の過去・現在・未来」
    • Place of Presentation
      東北大学、仙台
    • Year and Date
      2015-03-14 – 2015-03-15
  • [Presentation] リン脂質分子集合体の自己駆動現象2015

    • Author(s)
      諸橋博昭・豊田太郎・今井正幸
    • Organizer
      新学術領域研究「ゆらぎと構造の協奏」研究会「アクティブ・マター研究の過去・現在・未来」
    • Place of Presentation
      東北大学、仙台
    • Year and Date
      2015-03-14 – 2015-03-15
  • [Presentation] 分子が探る水和水の構造とダイナミクス2015

    • Author(s)
      菅原正, 鈴木健太郎
    • Organizer
      新世代研究所主催 水和ナノ構造研究会
    • Place of Presentation
      新世代研究所、東京
    • Year and Date
      2015-03-12 – 2015-03-12
    • Invited
  • [Presentation] リン脂質ベシクルの化学駆動とそれに伴う変形と破裂2015

    • Author(s)
      兒玉篤治, 佐久間由香, 今井正幸, 川勝年洋, Nicolas Puff, Miglena I. Angelova
    • Organizer
      第4回ソフトマター研究会
    • Place of Presentation
      名古屋大学、名古屋
    • Year and Date
      2015-01-06 – 2015-01-08
  • [Presentation] 三次元画像解析による二成分ベシクル自己生産機構の研究2015

    • Author(s)
      神保岳大, 佐久間由香, Primoz Ziherl, 今井正幸
    • Organizer
      第4回ソフトマター研究会
    • Place of Presentation
      名古屋大学、名古屋
    • Year and Date
      2015-01-06 – 2015-01-08
  • [Presentation] 多細胞系モデルの形態変化2015

    • Author(s)
      河野拓馬, 佐久間由香, 今井正幸, Primoz Ziherl
    • Organizer
      第4回ソフトマター研究会
    • Place of Presentation
      名古屋大学、名古屋
    • Year and Date
      2015-01-06 – 2015-01-08
  • [Presentation] ソフトな粒子の結晶化とガラス形成におけるスローダイナミクス2015

    • Author(s)
      原田朋佳 今井正幸
    • Organizer
      第4回ソフトマター研究会
    • Place of Presentation
      名古屋大学、名古屋
    • Year and Date
      2015-01-06 – 2015-01-08
  • [Presentation] 人工細胞の構築で見えてくる生命の仕組み2014

    • Author(s)
      菅原正
    • Organizer
      国際高等研究所研究プロジェクト「分子基盤に基づく生体機能への揺らぎとダイナミックネットワークの解明」2014年度第1回(通算第3回)研究会
    • Place of Presentation
      国際高等研究所、京都
    • Year and Date
      2014-12-14 – 2014-12-14
    • Invited
  • [Presentation] How could a model protocell acquire identity as life through autonomous responses towards external stimuli?2014

    • Author(s)
      T. Sugawara, K. Kurihara, M. Matsuo, T. Toyota, K. Suzuki
    • Organizer
      4th Symposium on Artificial Life and Biomimetic Functional Materials
    • Place of Presentation
      University of Tokyo, Tokyo
    • Year and Date
      2014-11-28 – 2014-11-28
    • Invited
  • [Presentation] Self-driven motion of oil droplets launched by UV irradiation2014

    • Author(s)
      K. Suzuki, N. Nakayama, T. Sugawara
    • Organizer
      4th Symposium on Artificial Life and Biomimetic Functional Materials
    • Place of Presentation
      University of Tokyo, Tokyo
    • Year and Date
      2014-11-28 – 2014-11-28
    • Invited
  • [Presentation] Constructive Approach towards Vesicle-based Protocell2014

    • Author(s)
      T. Sugawara
    • Organizer
      EARTH-LIFE SCIENCE INSTITUTE (ELSI) Seminar
    • Place of Presentation
      東京工業大学、東京
    • Year and Date
      2014-10-22 – 2014-10-22
    • Invited
  • [Presentation] ケージドオレイン酸油滴に見られる特異な自発運動ダイナミクス2014

    • Author(s)
      鈴木健太郎・中山直之・菅原正
    • Organizer
      第8回 分子科学討論会
    • Place of Presentation
      広島大学、東広島
    • Year and Date
      2014-09-21 – 2014-09-24
  • [Presentation] DNA含有ベシクル型人工細胞の変形様式と膜中DNA-触媒分子複合体の局在モードとの相関2014

    • Author(s)
      松尾宗征・栗原顕輔・豊田太郎・菅原正
    • Organizer
      第8回 分子科学討論会
    • Place of Presentation
      広島大学、東広島
    • Year and Date
      2014-09-21 – 2014-09-24
  • [Presentation] 紫外線応答型ベシクルを目指した珪藻土吸着法によるリン脂質合成2014

    • Author(s)
      町田巧太郎・伊藤愼弥・中島拓磨・鈴木健太郎・菅原正
    • Organizer
      第25回 基礎有機化学討論会
    • Place of Presentation
      東北大学、仙台
    • Year and Date
      2014-09-07 – 2014-09-09
  • [Presentation] 分子集合体からプロトセルに向けて2014

    • Author(s)
      今井正幸
    • Organizer
      新学術領域「ゆらぎと構造の協奏」第2回領域研究会
    • Place of Presentation
      北海道大学、札幌
    • Year and Date
      2014-08-29 – 2014-08-31
  • [Presentation] 化学刺激に対するイオン性リン脂質の振る舞い2014

    • Author(s)
      兒玉篤治, 佐久間由香, 今井正幸, 川勝年洋
    • Organizer
      新学術領域「ゆらぎと構造の協奏」第2回領域研究会
    • Place of Presentation
      北海道大学、札幌
    • Year and Date
      2014-08-29 – 2014-08-31
  • [Presentation] ベシクルの自己生産の三次元画像解析2014

    • Author(s)
      神保岳大, 佐久間由香, Primoz Ziherl, 今井正幸
    • Organizer
      新学術領域「ゆらぎと構造の協奏」第2回領域研究会
    • Place of Presentation
      北海道大学、札幌
    • Year and Date
      2014-08-29 – 2014-08-31
  • [Presentation] 自己生産する人工細胞における回帰性の獲得2014

    • Author(s)
      菅原正
    • Organizer
      新学術研究領域「揺らぎと構造の協奏」第2回領域研究会
    • Place of Presentation
      北海道大学、札幌
    • Year and Date
      2014-08-29 – 2014-08-31
  • [Presentation] 分子システムとしてつくる人工細胞2014

    • Author(s)
      菅原正
    • Organizer
      錯体化学若手の会 夏の学校2014
    • Place of Presentation
      ホテル サンシャイン白子、千葉
    • Year and Date
      2014-08-01 – 2014-08-03
    • Invited
  • [Presentation] Physical background of self-reproduction of vesicles2014

    • Author(s)
      T. Jimbo, Y. Sakuma, P. Ziherl, and M. Imai
    • Organizer
      Open Questions on the Origin of Life 2014
    • Place of Presentation
      International Institute for Advanced Studies, Kyoto
    • Year and Date
      2014-07-12 – 2014-07-13
  • [Presentation] How Prebiotic Materials Collaborate in a Vesicle-based Protocell2014

    • Author(s)
      T. Sugawara, M. Matsuo, K. Kurihara, T. Toyota, K. Suzuki
    • Organizer
      OQOL2014, Open Questions on the Origin of Life 2014
    • Place of Presentation
      International Institute for Advanced Studies, Kyoto
    • Year and Date
      2014-07-12 – 2014-07-13
  • [Presentation] Constructive Approach towards a Vesicle-based Protocell2014

    • Author(s)
      T. Sugawara, M. Matsuo, K. Kurihara, T. Toyota, K. Suzuki
    • Organizer
      Origins2014, 2nd ISSOL – The International Astrobiology Society and Bioastronomy (IAU C51) Joint International Conference
    • Place of Presentation
      Nara-ken New Public Hall, Nara
    • Year and Date
      2014-07-06 – 2014-07-11
  • [Presentation] ベシクル型人工細胞の第二世代に回帰性を獲得させるには2014

    • Author(s)
      菅原正
    • Organizer
      豊田理化学研究所第14回フェロー研究報告会
    • Place of Presentation
      豊田理化学研究所、愛知
    • Year and Date
      2014-06-02 – 2014-06-02
    • Invited
  • [Presentation] ベシクルからプロトセルへのアプローチ2014

    • Author(s)
      佐久間由香・今井正幸
    • Organizer
      日本膜学会第36回年会
    • Place of Presentation
      早稲田大学、東京
    • Year and Date
      2014-05-12 – 2014-05-13
    • Invited
  • [Book] Encyclopedia of Polymeric Nanomaterials2015

    • Author(s)
      Y. Sakuma and M. Imai
    • Total Pages
      8
    • Publisher
      Springer-Verlag
  • [Book] 生体膜の分子機構 -リピッドワールドが先導する生命科学2014

    • Author(s)
      佐久間由香、今井正幸
    • Total Pages
      34
    • Publisher
      化学同人
  • [Book] 日本の結晶学(II) ―その輝かしい発展―2014

    • Author(s)
      菅原正
    • Total Pages
      485
    • Publisher
      日本結晶学会
  • [Remarks] 東北大学理学研究科物理学専攻 ソフトマター・生物物理研究室

    • URL

      http://www.bio.phys.tohoku.ac.jp/

  • [Remarks] 神奈川大学理学部化学科 菅原研究室

    • URL

      http://www.chem.kanagawa-u.ac.jp/~sugawara/sugawara.html

  • [Remarks] 東京大学総合文化研究科広域科学専攻 豊田研究室

    • URL

      http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/toyota_lab/

URL: 

Published: 2016-06-01  

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