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2017 Fiscal Year Annual Research Report

Investigation on the dynamics of protein folding by single molecule fluorescence spectroscopy

Planned Research

Project AreaScience on Function of Soft Molecular Systems by Cooperation of Theory and Experiment
Project/Area Number 25104007
Research InstitutionTohoku University

Principal Investigator

高橋 聡  東北大学, 多元物質科学研究所, 教授 (30283641)

Project Period (FY) 2013-06-28 – 2018-03-31
Keywordsタンパク質フォールディング / 一分子蛍光観察 / p53
Outline of Annual Research Achievements

本年度は第一に高時間分解能の一分子蛍光観察装置を開発し、タンパク質の高速運動を観察した。第二に、発ガン制御タンパク質であるp53のDNA 上における運動の解析を行った。第三に、蛍光相関分光法を用いて血清中におけるタンパク質の集合状態の解析を可能にした。
1.高時間分解一分子蛍光分光法によるタンパク質の高速ダイナミクスの観察。ハイブリッド光検出器(HPD)を用いた高時間分解能一分子蛍光観察装置を開発し、5ミリ秒以上連続して10マイクロ秒の時間分解能における一分子蛍光観察を可能にした。一分子蛍光観察法を用いてF1-ATPaseのγサブユニットの回転運動に伴うαβサブユニットの構造変化を追跡した。
2.発ガン制御タンパク質p53のDNA上における一次元拡散運動の解析。我々は、これまでの研究でp53が行うDNA上における拡散運動がMg2+などの二価カチオン濃度に大きく依存することを見いだした。p53の持つドメイン構造を切り出すことで、二価カチオン濃度依存性が発現する機構を調べた。その結果、C末端ドメインが二価カチオン濃度依存性の制御に重要な役割を果たすことを見いだした。p53が持つリンカー領域は、複数のドメインをつなぐだけの役割を持つと考えられてきた。リンカーの長さやアミノ酸配列を変えた変異体の解析を行った結果、リンカー領域がDNAの非特異配列と直接相互作用することで、p53の一次元拡散運動を制御することを見いだした。p53が異なるストランド間を乗り移る運動を解析し、この過程が拡散律速運動に近い速い時定数で起こることを見いだした。
3.蛍光相関分光法を用いたタンパク質の会合状態の解析。HPDを用いた蛍光相関分光観測装置を構築した。装置を用いてガンの転移に関与するSAA3の会合状態を緩衝溶液中と血清中において調べ、両条件において試料が4量体を維持することを確定した。

Research Progress Status

29年度が最終年度であるため、記入しない。

Strategy for Future Research Activity

29年度が最終年度であるため、記入しない。

  • Research Products

    (11 results)

All 2018 2017

All Journal Article (7 results) (of which Peer Reviewed: 7 results) Presentation (4 results) (of which Int'l Joint Research: 4 results,  Invited: 1 results)

  • [Journal Article] Microsecond resolved single-molecule FRET time series measurements based on the line confocal optical system combined with hybrid photodetectors2018

    • Author(s)
      Oikawa Hiroyuki, Takahashi Takumi, Kamonprasertsuk Supawich, Takahashi Satoshi
    • Journal Title

      Physical Chemistry Chemical Physics

      Volume: 20 Pages: 3277~3285

    • DOI

      DOI: 10.1039/c7cp06268k

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Hypothesis: structural heterogeneity of the unfolded proteins originating from the coupling of the local clusters and the long-range distance distribution2018

    • Author(s)
      Takahashi Satoshi, Yoshida Aya, Oikawa Hiroyuki
    • Journal Title

      Biophysical Reviews

      Volume: 10 Pages: 363~373

    • DOI

      https://doi.org/10.1007/s12551-018-0405-8

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] One-Dimensional Search Dynamics of Tumor Suppressor p53 Regulated by a Disordered C-Terminal Domain2017

    • Author(s)
      Murata Agato, Itoh Yuji, Mano Eriko, Kanbayashi Saori, Igarashi Chihiro, Takahashi Hiroto, Takahashi Satoshi, Kamagata Kiyoto
    • Journal Title

      Biophysical Journal

      Volume: 112 Pages: 2301~2314

    • DOI

      DOI: 10.1016/j.bpj.2017.04.038

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] The Disordered Linker in p53 Participates in Nonspecific Binding to and One-Dimensional Sliding along DNA Revealed by Single-Molecule Fluorescence Measurements2017

    • Author(s)
      Subekti Dwiky Rendra Graha, Murata Agato, Itoh Yuji, Fukuchi Satoshi, Takahashi Hiroto, Kanbayashi Saori, Takahashi Satoshi, Kamagata Kiyoto
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 56 Pages: 4134~4144

    • DOI

      DOI: 10.1021/acs.biochem.7b00292

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Highly Heterogeneous Nature of the Native and Unfolded States of the B Domain of Protein A Revealed by Two-Dimensional Fluorescence Lifetime Correlation Spectroscopy2017

    • Author(s)
      Otosu Takuhiro, Ishii Kunihiko, Oikawa Hiroyuki, Arai Munehito, Takahashi Satoshi, Tahara Tahei
    • Journal Title

      The Journal of Physical Chemistry B

      Volume: 121 Pages: 5463~5473

    • DOI

      DOI: 10.1021/acs.jpcb.7b00546

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Probing native metal ion association sites through quenching of fluorophores in the nucleotide-binding domains of the ABC transporter MsbA2017

    • Author(s)
      Daiki Tatsumi, Kei Nanatani, Yuto Koike, Kiyoto Kamagata, Satoshi Takahashi, Ayumu Konno, Tadaomi Furuta, Minoru Sakurai, Nobuyuki Uozumi
    • Journal Title

      Biochemical Journal

      Volume: 474 Pages: 1993~2007

    • DOI

      DOI: 10.1042/BCJ20161051

    • Peer Reviewed
  • [Journal Article] Non-Native α-Helices in the Initial Folding Intermediate Facilitate the Ordered Assembly of the β-Barrel in β-Lactoglobulin2017

    • Author(s)
      Sakurai Kazumasa, Yagi Masanori, Konuma Tsuyoshi, Takahashi Satoshi, Nishimura Chiaki, Goto Yuji
    • Journal Title

      Biochemistry

      Volume: 56 Pages: 4799~4807

    • DOI

      DOI: 10.1021/acs.biochem.7b00458

    • Peer Reviewed
  • [Presentation] Single-molecule characterization of p53 on DNA using DNA array "DNA garden"2017

    • Author(s)
      Kiyoto Kamagata, Agato Murata, Yuji Itoh
    • Organizer
      The 17th international p53 workshop
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Ultrafast intersegmental transfer of a tumor suppressor p53 characterized by ensemble and single-molecule fluorescence spectroscopy2017

    • Author(s)
      Yuji Itoh, Agato Murata, Satoshi Takahashi, Kiyoto Kamagata
    • Organizer
      The 17th international p53 workshop
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] p53-DNA interaction: Effect of linker modulation on binding and sliding2017

    • Author(s)
      Dwiky Rendra Graha Subekti, Agato Murata, Yuji Itoh, Satoshi Takahashi, Kiyoto Kamagata
    • Organizer
      The 17th international p53 workshop
    • Int'l Joint Research
  • [Presentation] Dynamics of protein folding studied by single molecule fluorescence measurements at microsecond resolution2017

    • Author(s)
      Satoshi Takahashi, Masataka Saito, Hiroyuki Oikawa
    • Organizer
      Dijon workshop: Deciphering complex energy landscape and kinetic network from single molecules to cells: A new challenge to make theories meet experiments
    • Int'l Joint Research / Invited

URL: 

Published: 2018-12-17  

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